genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8082863--8082940	22	3.5	22	82	5	104	29	23	21	25	1.99
8090473--8090552	3	26.7	3	79	5	90	62	0	0	37	0.95
8090858--8091425	113	5.0	113	92	1	824	28	18	13	38	1.89
8092152--8092627	83	5.7	83	96	0	846	36	21	13	28	1.91
8106046--8106082	19	1.9	19	89	10	58	5	24	10	59	1.52
8106507--8106592	3	28.7	3	81	4	102	62	0	0	37	0.95
8107004--8107052	20	2.5	20	100	0	98	18	16	34	30	1.93
8107718--8108046	59	5.6	58	88	4	464	35	19	9	35	1.85
8107718--8108046	117	2.8	117	90	2	493	35	19	9	35	1.85
8107718--8108047	176	1.9	175	91	3	547	35	19	9	35	1.85
8108480--8108533	22	2.6	20	83	11	72	27	27	14	29	1.95
8108480--8108551	22	3.5	21	77	14	71	26	30	15	27	1.96
8108408--8108608	95	2.1	95	84	1	260	26	23	14	34	1.94
8110393--8110421	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8111024--8111103	21	3.7	21	85	12	117	41	26	11	21	1.86
8111020--8111108	44	2.0	44	97	0	169	39	28	10	22	1.86
8112022--8112087	30	2.2	30	78	5	71	31	21	9	37	1.85
8117314--8117372	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
8117995--8118061	23	3.0	23	85	14	104	40	26	8	23	1.84
8123171--8123200	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8123355--8123388	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8133274--8133298	10	2.5	10	100	0	50	0	52	8	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8140118--8140272	38	4.2	38	84	8	230	13	23	23	38	1.91
8140202--8140260	20	3.3	20	65	30	60	18	18	20	42	1.90
8140404--8140635	116	2.0	116	95	1	421	36	12	7	43	1.70
8147304--8147449	37	4.0	37	82	1	195	26	19	13	40	1.89
8147290--8147447	73	2.2	73	95	0	280	25	18	13	41	1.88
8147290--8148171	204	4.3	198	67	22	522	29	18	13	38	1.89
8147520--8147684	80	2.1	80	91	0	267	27	18	16	36	1.93
8147586--8147619	15	2.3	15	89	0	50	20	17	20	41	1.91
8147751--8147920	66	2.5	66	81	3	173	29	19	12	38	1.89
8147871--8147957	36	2.4	37	88	1	122	24	20	13	41	1.89
8147806--8148160	102	3.5	102	97	0	658	29	19	12	38	1.89
8147973--8148162	36	5.4	36	72	14	164	28	18	12	40	1.88
8148293--8148387	34	3.1	29	78	12	102	42	12	11	33	1.79
8148980--8149036	2	29.0	2	96	3	107	50	0	0	49	1.00
8150338--8150426	42	2.1	42	97	0	169	30	22	25	21	1.99
8154367--8154454	24	3.7	24	78	3	97	48	15	15	19	1.81
8154360--8154451	48	1.9	48	88	4	141	50	15	16	18	1.79
8154360--8154464	48	2.2	48	84	6	133	49	15	16	19	1.80
8158952--8159015	24	2.7	24	80	0	65	51	17	9	21	1.73
8168701--8168773	21	3.5	21	94	0	128	35	15	15	34	1.88
8171211--8171282	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
8171959--8171984	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8174918--8175096	54	3.1	54	75	14	169	23	14	24	37	1.92
8178343--8178372	7	4.3	7	100	0	60	40	0	46	13	1.43
8178793--8178857	18	3.5	17	78	15	67	81	0	3	15	0.81
8178806--8178900	11	8.8	10	69	18	57	77	1	5	15	0.99
8178791--8178897	35	3.2	33	85	10	123	78	0	5	14	0.98
8178750--8178894	12	12.0	12	67	19	61	75	0	4	19	1.03
8178799--8178985	23	7.9	24	62	17	61	72	1	6	19	1.12
8179025--8179068	19	2.4	18	85	7	61	70	2	6	20	1.21
8180587--8180666	32	2.5	32	97	0	151	23	12	27	36	1.91
8198925--8198963	21	1.9	20	94	5	69	25	12	25	35	1.92
8202307--8202369	21	3.0	21	90	0	99	23	17	28	30	1.97
8205009--8205124	50	2.3	50	78	12	116	68	2	6	21	1.25
8205141--8205204	34	1.9	33	84	9	85	75	0	12	12	1.06
8205215--8205283	29	2.4	28	83	7	77	72	1	11	14	1.19
8205237--8205303	28	2.4	27	81	13	75	70	0	7	22	1.12
8206269--8206309	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
8210180--8210256	37	2.1	37	85	2	102	46	12	20	19	1.83
8211794--8211841	24	2.0	24	95	0	87	33	18	16	31	1.94
8213307--8213375	36	2.0	36	88	5	106	39	4	4	52	1.41
8213303--8213400	20	5.1	20	65	22	66	38	4	3	54	1.35
8213322--8213456	43	3.1	45	70	13	147	38	4	2	54	1.36
8214670--8214695	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8214667--8214731	19	3.6	18	76	15	64	67	0	3	29	1.05
8214708--8214757	26	1.9	26	83	0	64	52	2	0	46	1.12
8215564--8215608	21	2.2	20	84	4	54	57	0	0	42	0.98
8215890--8215928	17	2.2	18	86	4	53	51	7	2	38	1.44
8216339--8216385	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
8219800--8219839	19	2.1	19	95	0	71	22	27	0	50	1.50
8230902--8230952	18	2.7	19	88	11	79	0	27	0	72	0.85
8233669--8233761	38	2.4	38	87	3	134	23	18	23	34	1.96
8233695--8233793	38	2.6	38	85	1	117	22	15	26	36	1.93
8235132--8235202	19	3.6	19	71	25	58	39	4	1	54	1.28
8235462--8235504	22	2.0	22	85	0	59	25	4	0	69	1.07
8235753--8235801	12	4.1	12	81	5	55	55	0	0	44	0.99
8235864--8235916	24	2.2	24	83	3	63	52	0	1	45	1.11
8235917--8236038	30	4.0	31	73	11	92	45	0	1	51	1.16
8235919--8236036	60	2.0	60	88	3	175	44	0	1	52	1.16
8235919--8236033	22	5.5	22	71	20	77	46	0	1	51	1.17
8237171--8237242	31	2.3	31	95	0	126	41	16	31	9	1.81
8249676--8249715	21	2.0	20	85	5	53	30	12	20	37	1.89
8255508--8255553	17	2.6	18	77	12	51	36	4	13	45	1.63
8259786--8259876	23	4.0	23	77	0	101	18	24	26	30	1.98
8266619--8266668	21	2.4	21	89	0	73	28	20	10	42	1.84
8266670--8266696	13	2.1	13	100	0	54	44	22	7	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8267052--8267170	54	2.2	53	89	1	175	27	21	19	31	1.97
8273974--8274025	20	2.6	20	84	6	61	25	26	19	28	1.98
8277250--8277298	24	2.0	24	96	0	89	26	26	4	42	1.73
8278779--8278815	18	2.1	18	90	10	58	48	5	29	16	1.68
8282067--8282104	17	2.2	17	86	9	51	18	5	18	57	1.58
8282100--8282147	13	3.8	13	83	2	62	22	2	14	60	1.45
8289568--8289619	13	3.9	14	83	14	56	67	0	28	3	1.08
8289586--8289625	7	5.4	7	88	11	62	72	0	27	0	0.85
8289586--8289636	16	3.1	16	91	2	75	70	0	27	1	0.98
8289586--8289636	23	2.2	23	93	6	86	70	0	27	1	0.98
8289965--8290043	27	3.0	25	74	18	72	65	1	24	8	1.28
8293217--8293266	20	2.5	20	100	0	100	32	16	30	22	1.95
8294019--8294087	23	3.0	23	84	0	93	14	21	26	37	1.92
8294048--8294109	21	2.8	22	80	7	72	12	19	29	38	1.89
8294117--8294161	23	1.9	23	86	4	63	20	24	22	33	1.97
8295712--8295746	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
8296624--8296921	148	2.0	145	94	2	526	26	17	21	34	1.96
8296900--8296944	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
8304143--8304183	19	2.2	19	100	0	82	53	9	0	36	1.34
8304592--8304627	11	3.2	12	84	15	58	58	5	0	36	1.22
8308301--8308356	22	2.4	23	88	5	78	35	17	25	21	1.95
8308757--8308881	47	2.8	45	85	7	173	32	21	7	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8313051--8313123	27	2.7	27	91	0	119	42	13	4	39	1.64
8316188--8316250	32	2.0	32	93	0	108	49	4	3	42	1.39
8316246--8316339	47	2.0	46	87	2	134	40	11	2	45	1.52
8316736--8316788	25	2.3	21	74	20	52	30	11	3	54	1.53
8318457--8318483	14	1.9	14	100	0	54	51	14	7	25	1.68
8318596--8318636	8	5.1	8	88	11	66	60	24	0	14	1.34
8318592--8318636	16	2.8	17	86	13	76	60	22	0	17	1.37
8318641--8318692	23	2.3	23	83	6	70	57	17	5	19	1.59
8318761--8318813	22	2.4	21	79	14	54	60	18	5	15	1.54
8318776--8318898	40	3.2	37	90	5	174	57	20	4	17	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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