genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14308945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8731073--8731122	22	2.3	22	89	6	75	28	26	18	28	1.98
8736488--8736528	20	2.0	22	85	9	59	51	0	2	46	1.14
8737949--8738018	21	3.3	21	95	0	122	38	8	37	15	1.78
8738146--8738180	16	2.1	17	89	5	54	45	2	34	17	1.63
8741065--8741350	80	3.6	80	91	0	439	22	20	25	31	1.98
8743154--8743222	21	3.3	21	87	2	104	40	8	34	15	1.79
8743346--8743380	16	2.1	17	89	5	54	45	2	34	17	1.63
8746224--8746475	80	3.2	80	87	1	344	22	20	25	32	1.98
8748752--8748834	25	3.3	25	96	3	150	24	13	20	42	1.87
8748770--8748834	14	5.1	14	64	21	52	23	13	20	43	1.87
8752554--8752587	17	1.9	17	88	5	50	73	2	2	20	1.09
8753155--8753203	20	2.4	20	86	10	64	40	0	4	55	1.19
8753194--8753349	30	5.2	30	80	0	150	33	8	8	49	1.64
8753195--8753349	60	2.6	60	78	1	166	33	8	9	49	1.65
8753416--8753440	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8753851--8753936	43	2.0	43	84	4	111	58	15	2	24	1.49
8756912--8756951	16	2.5	16	87	0	53	27	2	7	62	1.35
8759321--8759378	3	19.0	3	82	3	62	27	3	1	67	1.17
8760888--8760929	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8764608--8764735	64	2.0	64	92	0	211	42	10	21	25	1.85
8766561--8766664	7	14.9	7	83	7	104	80	0	17	1	0.80
8766561--8766664	29	3.7	28	82	11	117	80	0	17	1	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8766561--8766658	15	6.8	14	77	9	90	80	0	17	2	0.80
8768160--8768513	52	6.8	52	90	1	503	37	16	22	22	1.94
8768160--8768513	105	3.4	105	89	0	514	37	16	22	22	1.94
8768160--8768513	157	2.3	157	89	2	525	37	16	22	22	1.94
8768594--8768635	23	1.9	22	85	9	59	23	9	30	35	1.87
8770014--8770422	177	2.3	178	90	0	658	31	17	21	29	1.96
8770423--8770604	36	5.0	34	66	17	116	31	15	12	40	1.85
8770424--8770604	73	2.5	73	96	0	335	31	16	12	40	1.85
8770544--8770739	61	3.0	62	82	14	268	32	16	12	38	1.86
8770603--8770721	37	3.2	37	68	11	118	32	17	13	36	1.89
8770471--8770738	134	2.0	134	96	0	491	32	16	12	38	1.86
8770885--8770948	3	21.0	3	75	15	51	34	4	0	60	1.17
8770883--8770948	23	2.9	23	82	14	75	33	4	0	62	1.16
8771947--8771991	21	2.1	21	84	8	56	26	26	28	17	1.98
8774288--8774334	24	2.0	24	86	0	67	46	21	12	19	1.82
8775803--8775867	20	3.1	21	76	12	62	26	24	29	20	1.99
8782104--8783481	693	2.0	693	95	0	2465	30	21	15	32	1.94
8790838--8790877	20	2.0	20	85	5	53	55	7	15	22	1.65
8802639--8802727	44	2.0	44	89	4	135	22	19	23	34	1.96
8806960--8807166	111	1.9	111	86	2	299	32	16	16	33	1.92
8825616--8825666	2	25.5	2	100	0	102	0	0	49	50	1.00
8825960--8826012	17	2.9	17	83	8	61	43	0	1	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8826507--8826810	54	5.6	53	87	4	412	28	19	18	33	1.95
8826507--8826810	162	1.9	161	92	2	511	28	19	18	33	1.95
8826771--8826848	40	2.0	40	87	5	113	25	15	21	37	1.93
8827344--8827391	21	2.3	20	79	10	51	31	0	4	64	1.12
8837181--8837221	14	2.9	14	88	0	64	39	26	9	24	1.86
8846517--8846549	16	2.0	17	88	5	50	18	3	36	42	1.66
8853273--8853304	16	2.0	16	93	0	55	21	12	21	43	1.86
8856162--8856271	50	2.2	50	85	6	143	14	33	30	20	1.93
8856410--8856449	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
8856584--8856797	111	1.9	111	96	0	392	36	6	10	46	1.65
8857060--8857096	12	3.2	12	77	14	51	32	5	51	10	1.60
8858754--8858881	64	2.0	62	90	3	202	35	3	8	51	1.51
8860058--8860110	2	26.5	2	96	0	97	50	0	0	49	1.00
8860793--8860822	12	2.5	12	100	0	60	23	23	10	43	1.83
8862219--8862346	60	2.1	60	85	5	170	32	23	3	40	1.73
8862255--8862342	29	3.0	30	69	12	74	30	25	4	39	1.75
8863322--8863379	23	2.6	23	80	2	64	48	18	22	10	1.78
8863626--8863655	15	2.0	15	100	0	60	60	6	0	33	1.23
8863993--8864312	22	14.5	22	88	1	435	47	11	0	40	1.44
8863993--8864316	66	4.9	66	87	1	479	46	11	0	41	1.44
8866828--8866856	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8866956--8866998	18	2.4	18	80	3	52	13	16	0	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8867125--8867154	13	2.3	13	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8869540--8869738	95	2.1	95	87	0	283	35	14	17	33	1.90
8869540--8869800	95	2.7	98	79	9	281	33	15	17	32	1.92
8870666--8870950	84	3.4	84	84	1	390	34	22	18	24	1.96
8876152--8876519	203	1.8	202	81	4	463	32	20	20	26	1.97
8879799--8879878	21	3.8	21	68	14	56	20	23	30	26	1.98
8885919--8885943	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
8887689--8887731	7	6.0	7	81	5	50	30	6	0	62	1.21
8890611--8890663	22	2.4	22	83	3	70	24	7	15	52	1.68
8894273--8894313	18	2.3	18	87	8	57	39	29	12	19	1.88
8904379--8904412	3	11.3	3	93	0	59	35	2	0	61	1.11
8904419--8904472	23	2.4	23	87	3	74	38	25	12	22	1.90
8911636--8911690	24	2.3	24	93	0	92	30	16	25	27	1.96
8912137--8912166	14	2.2	14	94	5	53	33	3	26	36	1.73
8912333--8912368	18	2.0	18	94	0	63	19	19	33	27	1.96
8912348--8912399	23	2.2	24	93	6	88	23	21	23	32	1.98
8913664--8913703	20	2.0	21	95	5	73	25	20	22	32	1.98
8921241--8921326	45	1.9	45	80	4	102	41	15	25	17	1.88
8922317--8923358	89	11.7	89	88	2	1434	29	18	20	31	1.96
8922747--8922885	42	3.2	41	67	13	107	33	18	23	25	1.97
8923360--8923535	55	3.2	55	82	0	208	28	20	19	31	1.97
8923489--8923850	82	4.4	82	84	3	433	37	21	20	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8923489--8923841	165	2.2	163	85	3	476	37	21	19	21	1.95
8924002--8924047	23	2.0	23	91	0	74	30	28	15	26	1.96
8927890--8927944	24	2.4	24	84	6	69	38	5	0	56	1.23
8927900--8928188	29	9.9	29	72	12	198	37	7	1	53	1.35
8927899--8928177	59	4.8	58	71	14	189	37	7	1	53	1.36
8928072--8928144	35	2.2	34	83	11	89	35	6	1	56	1.35
8928191--8928327	29	4.6	29	82	7	168	50	2	9	37	1.47
8928191--8928327	30	4.6	30	82	4	170	50	2	9	37	1.47
8928380--8928420	18	2.3	19	79	12	50	36	0	14	48	1.44
8928473--8928506	17	2.0	17	100	0	68	29	11	17	41	1.85
8930555--8930631	2	38.5	2	100	0	154	50	0	0	49	1.00
8945052--8945108	25	2.3	25	96	0	105	24	15	28	31	1.96
8945379--8945412	15	2.3	15	94	0	59	11	8	35	44	1.72
8945388--8945417	15	2.0	15	93	0	51	13	10	33	43	1.77
8951854--8951910	30	1.9	30	85	0	78	40	1	14	43	1.55
8953513--8953589	41	1.9	40	83	2	100	27	16	19	36	1.93
8956685--8956833	42	3.5	42	77	2	138	28	26	15	30	1.96
8957315--8957408	36	2.6	36	84	6	127	42	13	11	31	1.81
8958289--8958330	15	2.8	15	80	20	52	28	21	9	40	1.84
8965039--8965088	21	2.4	21	86	6	66	32	30	14	24	1.94
8970001--8970046	24	1.9	24	95	0	83	23	17	30	28	1.97
8972949--8973227	139	2.0	139	100	0	558	44	16	13	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8979282--8979342	31	2.0	31	100	0	122	59	14	0	26	1.36
8982912--8982967	28	2.0	28	89	0	85	57	17	5	19	1.59
8982782--8983100	157	2.0	158	99	0	631	49	20	10	19	1.77
8991133--8991187	27	2.0	27	82	3	65	63	5	1	29	1.27
8997264--8997547	88	3.2	86	79	4	257	38	2	10	48	1.52
8997509--8997567	23	2.6	23	83	5	66	37	3	6	52	1.45
8997509--8997558	12	4.3	12	75	7	50	38	2	6	54	1.37
8999542--8999583	12	3.3	13	83	12	52	50	11	2	35	1.52
8999664--8999708	12	4.6	10	80	20	51	60	2	0	37	1.09
8999664--8999708	5	9.2	5	80	20	51	60	2	0	37	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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