genome.fa.s7923.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110328_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8415618

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2014586--2014634	26	1.9	26	87	4	73	55	0	6	38	1.25
2014584--2014639	25	2.3	24	82	11	69	55	0	7	37	1.27
2016125--2016158	3	10.7	3	87	12	50	64	2	2	29	1.22
2017021--2017048	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2017496--2017572	31	2.5	31	81	10	95	25	11	14	48	1.78
2018706--2018812	31	3.5	31	90	0	160	45	16	14	23	1.84
2024535--2024564	15	1.9	16	93	6	53	43	6	26	23	1.78
2031539--2031579	18	2.4	17	87	4	55	51	2	12	34	1.52
2037041--2037093	23	2.3	23	93	0	88	37	15	26	20	1.92
2040250--2040320	2	37.5	2	75	10	69	47	0	2	49	1.16
2040304--2040346	3	14.7	3	86	13	63	34	0	0	65	0.93
2041653--2041691	18	2.2	18	90	9	62	38	0	2	58	1.12
2041746--2041775	16	1.9	15	93	6	51	33	0	0	66	0.92
2042249--2042282	11	3.2	11	87	8	52	32	0	2	64	1.08
2053144--2053233	36	2.4	38	81	17	118	48	17	16	16	1.81
2053148--2053233	37	2.3	36	83	15	113	48	17	16	17	1.81
2053422--2053490	3	23.3	3	97	2	131	33	0	0	66	0.92
2054630--2054675	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2054822--2054860	18	2.2	18	90	9	62	38	0	2	58	1.12
2054915--2054944	16	1.9	15	93	6	51	33	0	0	66	0.92
2059830--2059882	21	2.4	22	78	9	54	64	3	3	28	1.28
2060074--2060150	38	2.0	38	100	0	154	31	23	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063929--2063977	21	2.3	21	100	0	98	44	20	12	22	1.84
2078498--2078574	36	2.1	36	92	0	127	31	11	38	18	1.86
2078651--2078729	36	2.2	36	88	4	117	49	1	0	49	1.09
2080849--2080892	23	1.9	23	95	0	79	52	6	6	34	1.55
2081413--2081445	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2088539--2088576	9	4.1	9	86	13	51	42	0	0	57	0.98
2088582--2088626	23	1.9	24	86	4	65	48	4	0	46	1.22
2089066--2089093	5	5.6	5	100	0	56	0	57	0	42	0.99
2089066--2089100	15	2.3	15	90	0	52	5	54	0	40	1.24
2089209--2089234	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
2093807--2093892	24	3.6	24	98	0	163	29	23	25	22	1.99
2094287--2094323	19	1.9	19	88	0	56	35	16	8	40	1.78
2096187--2096226	20	2.0	21	90	5	64	22	17	20	40	1.92
2098018--2098113	21	4.5	21	75	12	79	39	15	10	34	1.82
2099069--2099099	7	4.4	7	95	0	53	22	12	32	32	1.92
2101398--2101441	21	2.0	22	91	4	72	40	11	11	36	1.77
2101461--2101500	21	1.9	21	89	0	62	35	15	15	35	1.88
2104754--2104802	21	2.5	20	83	9	66	26	26	18	28	1.98
2104837--2104909	20	3.6	20	90	5	112	28	26	19	26	1.98
2107875--2107936	21	3.0	20	81	9	70	41	20	32	4	1.74
2108647--2108703	20	2.8	21	73	10	64	24	3	5	66	1.28
2110428--2110478	22	2.3	22	89	0	75	25	39	11	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110692--2110723	13	2.5	13	100	0	64	0	6	15	78	0.95
2112785--2112899	21	5.5	21	73	10	76	27	33	15	23	1.95
2112783--2112899	42	2.8	42	77	14	116	27	33	15	23	1.95
2113283--2113315	12	2.8	12	90	0	57	48	3	0	48	1.17
2114331--2114370	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
2114281--2114420	66	2.2	62	86	7	185	30	0	17	51	1.50
2114504--2114542	20	2.0	20	89	0	60	25	20	15	38	1.92
2114569--2114614	17	2.7	17	100	0	92	50	19	8	21	1.75
2114753--2114839	39	2.2	39	97	0	165	17	14	20	47	1.83
2115150--2115186	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2115574--2115623	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
2115713--2115769	20	2.8	20	81	0	78	36	21	19	22	1.95
2115785--2115843	20	3.0	20	87	0	82	16	16	22	44	1.87
2118432--2118485	24	2.2	24	86	0	72	40	16	18	24	1.90
2119390--2119560	20	8.6	20	71	11	111	24	15	23	36	1.94
2119405--2119519	40	2.9	40	88	1	169	20	15	25	38	1.92
2120180--2120232	26	2.0	26	92	0	88	32	3	18	45	1.68
2120202--2120240	17	2.3	17	86	0	51	28	5	15	51	1.64
2120606--2120698	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
2120687--2120781	20	4.7	20	77	2	82	34	23	17	24	1.96
2120606--2120698	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
2120684--2120761	41	1.9	41	83	0	102	39	20	16	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120969--2121012	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2122633--2122677	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
2123139--2123205	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2123194--2123251	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
2123178--2123268	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
2123285--2123340	14	3.8	14	76	19	60	8	17	26	46	1.78
2123280--2123356	32	2.4	32	93	2	129	11	19	23	45	1.83
2123341--2123395	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
2125419--2125486	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
2125505--2125562	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
2126621--2126674	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2126849--2126873	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2129165--2129229	19	3.7	19	70	19	68	43	20	24	12	1.86
2129165--2129227	33	1.9	33	96	0	117	41	20	25	12	1.88
2129225--2129267	20	2.2	20	83	4	52	16	18	20	44	1.87
2129253--2129286	14	2.4	14	90	0	59	8	23	17	50	1.74
2129408--2129444	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2132910--2133006	33	2.9	33	89	1	140	40	23	23	12	1.89
2132884--2133069	19	10.1	19	76	15	167	44	20	22	12	1.85
2132980--2133069	39	2.3	38	94	1	153	47	21	20	11	1.80
2133650--2133702	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2133733--2133825	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133672--2133806	41	3.3	41	83	4	139	19	21	21	37	1.94
2133733--2133825	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
2138276--2138323	23	2.1	23	100	0	96	31	12	25	31	1.92
2142355--2142379	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2144449--2144487	19	2.1	19	100	0	78	38	15	10	35	1.81
2146554--2146601	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2146803--2147660	183	4.7	183	95	1	1506	33	16	14	35	1.89
2148871--2148976	12	8.8	12	90	0	140	21	33	7	37	1.82
2148871--2148963	6	15.5	6	85	0	96	22	33	7	36	1.82
2148913--2148976	18	3.6	18	75	8	67	18	32	9	39	1.83
2150474--2151437	200	4.8	200	96	0	1741	30	18	15	36	1.92
2151538--2151598	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
2151550--2151598	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2155496--2155535	20	2.0	21	95	5	73	17	17	15	50	1.79
2155278--2155750	181	2.6	180	87	3	651	27	16	13	42	1.86
2157378--2157419	22	1.9	22	95	0	75	26	14	14	45	1.83
2161006--2161067	29	2.1	29	96	0	115	33	8	9	48	1.65
2161833--2161897	31	2.1	31	91	2	103	20	4	10	64	1.42
2172398--2172463	33	2.0	33	90	0	105	25	15	7	51	1.69
2172569--2172628	29	2.1	29	84	6	77	33	25	5	36	1.78
2172607--2172681	31	2.4	31	86	0	105	28	29	10	32	1.90
2174417--2174459	20	2.2	20	86	0	59	27	9	20	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179460--2179485	13	2.0	13	100	0	52	15	30	23	30	1.95
2180929--2180975	14	3.2	14	79	14	51	29	2	0	68	1.02
2181079--2181125	19	2.5	20	83	13	55	48	6	6	38	1.54
2182074--2182164	46	1.9	49	82	10	118	38	13	19	28	1.89
2183505--2183593	43	2.0	44	91	2	144	30	10	22	37	1.87
2183665--2183883	95	2.3	95	93	0	375	19	15	8	56	1.65
2186191--2186432	123	2.0	123	90	1	378	30	15	20	33	1.94
2189482--2189639	75	2.1	75	84	0	208	33	16	20	29	1.94
2190989--2191048	22	2.7	22	86	0	84	35	18	13	33	1.89
2191817--2192180	45	8.1	45	94	0	656	24	23	18	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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