genome.fa.s7923.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110328_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8415618

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7911652--7911739	44	2.0	44	88	2	133	11	11	36	40	1.77
7911705--7911858	28	5.2	28	81	13	173	14	8	31	45	1.74
7912452--7912495	16	2.8	16	96	0	79	29	15	0	54	1.42
7919328--7919464	15	9.1	15	79	9	145	50	0	1	48	1.09
7919370--7919464	44	2.1	46	92	3	158	50	0	0	49	1.00
7925761--7925815	27	2.0	27	100	0	110	36	25	7	30	1.83
7929008--7929182	51	3.4	51	80	9	237	52	16	9	22	1.72
7929285--7929328	17	2.6	17	77	0	52	59	0	0	40	0.98
7930168--7930214	17	2.8	17	93	0	76	55	0	34	10	1.35
7930455--7930595	64	2.2	63	81	7	160	32	17	24	26	1.96
7930583--7930640	20	2.6	22	86	10	75	29	22	22	25	1.99
7932120--7932184	31	2.1	31	85	5	87	21	16	23	38	1.93
7932176--7932241	29	2.2	30	89	2	98	15	13	31	39	1.86
7935366--7935506	64	2.2	63	82	7	169	33	17	22	26	1.96
7935494--7935551	20	2.6	22	86	10	75	29	22	22	25	1.99
7936750--7936788	19	2.0	20	90	5	62	46	5	23	25	1.73
7937888--7937952	31	2.1	31	82	5	78	23	20	21	35	1.96
7938308--7938354	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
7939655--7939697	20	2.0	20	86	8	59	13	6	16	62	1.51
7943696--7943727	15	2.2	15	94	5	57	25	28	9	37	1.87
7944310--7944359	20	2.5	20	90	0	82	22	24	12	42	1.87
7949308--7949334	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7957138--7957899	201	3.8	199	78	7	702	36	9	20	34	1.84
7961855--7961916	26	2.4	26	81	7	74	37	0	6	56	1.25
7962410--7962468	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
7962479--7962530	20	2.6	20	84	0	77	25	26	23	25	2.00
7962706--7962748	22	2.0	22	85	0	59	23	41	16	18	1.89
7963135--7963241	20	5.4	20	86	3	110	14	15	23	46	1.82
7965148--7965195	20	2.4	20	89	0	69	33	25	20	20	1.97
7965238--7965284	18	2.5	19	86	6	60	21	19	25	34	1.96
7967403--7967458	20	2.8	21	76	10	64	44	25	17	12	1.84
7967497--7967733	20	12.4	20	78	10	246	23	20	23	32	1.98
7967485--7967599	34	3.2	34	78	13	140	23	21	21	33	1.98
7967485--7967639	74	2.1	74	97	0	292	24	21	21	32	1.98
7967517--7967775	54	4.7	54	81	6	295	24	18	22	34	1.96
7967596--7967775	74	2.4	75	73	16	185	24	17	22	35	1.95
7970339--7970392	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
7971213--7971264	20	2.6	20	100	0	104	23	25	30	21	1.99
7978171--7978235	32	2.0	32	85	5	87	26	15	10	47	1.78
7984293--7984340	21	2.3	21	79	13	55	0	47	0	52	1.00
7991387--7991678	151	1.9	151	97	0	548	35	13	30	20	1.91
7992014--7992066	15	3.3	17	74	12	58	16	0	28	54	1.43
7992024--7992154	48	2.7	50	78	3	149	18	0	25	54	1.48
7993231--7993405	91	1.9	91	98	0	341	32	26	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7994044--7994199	31	5.0	31	91	1	242	36	22	20	20	1.95
7994415--7994461	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
7994998--7995042	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
7995998--7996085	32	2.8	32	80	0	86	44	21	14	19	1.86
7996977--7997069	49	1.9	48	95	2	168	27	26	22	22	1.99
8002834--8002900	26	2.6	25	86	4	98	25	23	4	46	1.71
8003113--8003162	18	2.7	18	73	14	57	36	2	4	58	1.29
8003533--8003609	27	3.1	23	77	15	66	22	5	1	71	1.13
8003623--8003679	22	2.6	22	78	13	64	21	8	5	64	1.41
8005929--8005973	18	2.4	19	88	3	65	62	6	2	28	1.33
8005970--8005995	8	3.2	8	100	0	52	26	23	0	50	1.50
8011724--8012358	321	2.0	323	88	2	956	41	14	10	34	1.80
8012611--8012725	29	4.0	28	67	19	83	39	8	1	50	1.44
8013034--8013071	18	2.0	20	90	10	62	57	0	0	42	0.98
8013697--8013821	29	4.3	30	76	10	116	56	2	4	36	1.31
8014805--8014856	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
8014845--8014958	20	5.7	20	83	6	140	33	23	19	23	1.97
8015601--8015751	19	8.7	19	64	21	80	14	21	21	42	1.88
8015605--8015731	33	3.9	32	85	8	175	14	22	20	43	1.87
8015598--8015730	66	2.0	66	94	0	230	15	21	20	42	1.89
8018515--8018619	20	5.4	19	80	6	95	40	23	21	14	1.90
8018667--8018724	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8018650--8018740	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
8018725--8018779	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
8019261--8019305	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
8020940--8020983	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
8021171--8021285	20	5.7	20	79	6	97	25	17	25	32	1.97
8021151--8021286	41	3.3	41	76	6	141	25	16	24	33	1.96
8021274--8021366	41	2.3	41	98	0	141	18	24	17	39	1.91
8021274--8021349	21	3.7	21	76	3	91	17	25	17	40	1.90
8021300--8021366	20	3.3	20	79	4	89	17	22	17	41	1.90
8022428--8022454	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8023039--8023438	112	3.6	112	94	0	692	46	14	14	24	1.82
8023223--8023593	204	1.8	204	92	0	625	45	14	16	24	1.84
8023335--8023535	92	2.2	92	92	0	339	45	14	16	22	1.84
8023506--8023557	20	2.6	20	84	0	77	57	13	15	13	1.65
8023466--8023845	182	2.1	182	91	1	618	42	13	16	27	1.86
8024329--8024376	23	2.1	23	84	0	60	43	14	4	37	1.65
8026984--8027365	195	2.0	189	81	9	452	34	23	11	30	1.90
8030529--8030589	23	2.7	23	81	0	77	19	24	26	29	1.99
8033763--8033811	20	2.5	20	86	0	62	38	22	12	26	1.89
8035201--8035247	24	2.0	24	82	0	58	34	4	0	61	1.15
8035365--8035422	31	1.9	31	82	6	75	51	0	5	43	1.24
8035390--8035443	20	2.4	23	82	14	69	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8035405--8035478	25	2.9	26	86	7	100	52	0	2	44	1.15
8035921--8035993	21	3.5	21	88	3	112	41	15	23	20	1.90
8036436--8036488	20	2.7	20	74	11	54	13	26	16	43	1.85
8038168--8038543	94	4.1	93	95	3	627	21	12	19	47	1.81
8038683--8038717	18	1.9	18	94	0	61	8	17	25	48	1.75
8038730--8038781	21	2.6	20	78	6	61	13	19	21	46	1.84
8039175--8039258	42	2.0	42	83	0	105	22	38	16	22	1.93
8040795--8040871	33	2.3	33	93	0	127	46	22	22	9	1.79
8040795--8040852	19	3.3	19	72	22	63	44	20	24	10	1.82
8040909--8040949	20	2.0	20	90	0	64	19	19	21	39	1.93
8040916--8040988	20	3.6	19	70	17	58	23	16	24	35	1.95
8043456--8043507	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
8044367--8044520	21	7.5	21	78	6	163	38	16	22	22	1.92
8044367--8044503	41	3.3	40	90	4	220	39	16	22	21	1.92
8044408--8044523	62	1.9	62	83	1	144	38	17	22	21	1.93
8044367--8044524	82	1.9	82	85	3	210	39	16	22	21	1.92
8055740--8055766	10	2.7	10	100	0	54	70	0	0	29	0.88
8058010--8058040	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8059196--8059250	26	2.1	27	83	10	69	74	5	1	18	1.10
8059673--8059729	25	2.3	25	81	6	71	73	5	1	19	1.11
8063561--8063605	2	23.0	2	81	4	56	44	0	55	0	0.99
8073778--8073806	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8075763--8075826	6	9.3	7	82	17	57	28	0	1	70	0.97
8075767--8075814	4	12.0	4	79	16	55	27	0	2	70	0.98
8077346--8077371	10	2.6	10	100	0	52	19	7	0	73	1.07
8081015--8082285	106	12.0	106	94	0	2204	33	25	18	22	1.96
8081015--8082713	318	5.5	318	89	5	2560	33	24	19	22	1.97
8082188--8082337	43	3.4	43	66	18	112	35	25	19	20	1.95
8082189--8082568	88	4.1	89	80	12	383	34	25	18	21	1.96
8082077--8082667	106	6.0	94	82	11	577	34	24	18	21	1.96
8082365--8082712	106	3.3	104	86	5	447	33	24	20	22	1.97
8095328--8095391	30	2.1	30	97	0	119	53	4	14	28	1.60

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