genome.fa.s7923.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110328_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8415618

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196501--2196614	60	1.9	60	87	3	167	49	4	12	34	1.60
2196501--2196640	60	2.3	60	79	7	142	47	5	13	33	1.64
2200871--2200946	38	2.0	39	94	2	136	38	10	9	42	1.71
2203248--2203544	54	5.5	54	92	0	477	30	16	18	34	1.93
2204371--2204435	31	2.1	31	88	0	94	52	13	12	21	1.73
2204724--2204758	18	1.9	18	88	0	52	42	5	0	51	1.25
2206223--2206338	42	2.8	41	86	4	160	19	15	17	47	1.83
2206516--2206565	17	2.9	18	82	11	70	44	0	0	56	0.99
2206516--2206568	9	6.0	9	78	10	56	45	0	0	54	0.99
2206525--2206685	29	6.0	26	64	27	70	49	0	1	49	1.13
2206623--2206679	25	2.3	25	82	11	73	52	0	1	45	1.11
2206681--2206724	22	2.0	22	86	4	61	54	2	2	40	1.25
2206763--2206833	29	2.3	33	83	9	87	50	5	0	43	1.25
2206829--2206891	21	3.3	19	71	22	60	50	0	3	46	1.17
2207045--2207083	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
2207073--2207123	15	3.4	15	94	0	84	45	15	1	37	1.58
2213211--2213268	21	2.5	24	78	8	68	24	0	3	72	1.00
2214247--2214341	45	2.1	45	84	0	118	26	7	12	53	1.64
2219332--2219378	11	4.2	11	88	2	67	85	0	14	0	0.61
2220883--2221017	51	2.6	52	88	2	193	39	18	21	20	1.93
2222438--2222519	42	2.0	42	92	0	137	21	21	21	34	1.97
2222103--2223127	249	4.1	249	94	0	1737	30	16	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222687--2222768	42	2.0	42	90	0	128	20	21	21	35	1.96
2223149--2223334	47	4.0	47	90	2	293	26	21	22	29	1.99
2223149--2223334	95	2.0	94	91	1	300	26	21	22	29	1.99
2224645--2224689	19	2.2	21	81	18	60	17	8	2	71	1.23
2224862--2224907	23	2.0	23	82	4	56	28	2	2	67	1.14
2227798--2227841	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2228007--2228324	137	2.3	137	91	1	521	24	18	26	31	1.98
2232265--2232299	17	2.1	17	100	0	70	28	11	17	42	1.83
2239717--2239839	65	1.9	65	89	3	194	28	20	17	33	1.96
2240146--2240188	18	2.4	18	80	3	52	27	16	4	51	1.64
2241927--2241990	27	2.4	26	76	20	62	28	1	3	67	1.15
2241952--2242068	42	2.8	40	80	10	126	30	1	2	64	1.16
2241962--2242086	42	3.0	42	76	17	113	30	2	1	65	1.15
2241946--2242100	42	4.1	36	75	19	97	27	1	2	67	1.14
2241994--2242146	49	3.2	48	78	14	133	24	3	1	71	1.09
2242081--2242190	46	2.4	46	79	8	118	16	8	1	73	1.15
2245272--2245318	13	3.6	12	81	18	58	78	4	12	4	1.04
2245272--2245328	14	4.2	14	77	18	50	77	3	14	5	1.08
2245272--2245329	27	2.2	26	87	9	82	75	3	13	6	1.13
2245279--2245328	13	3.7	14	82	12	61	76	2	16	6	1.08
2245401--2245538	69	2.0	69	89	0	213	37	22	14	25	1.92
2246462--2246577	32	3.6	31	84	4	133	28	12	22	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247159--2247480	106	3.0	106	89	0	455	33	23	19	22	1.97
2247849--2247935	37	2.4	37	84	1	104	25	20	14	39	1.91
2247738--2247916	87	2.1	87	95	0	322	32	18	12	35	1.89
2247825--2248064	102	2.4	102	88	1	356	32	18	11	37	1.87
2247965--2248037	37	2.0	37	91	0	119	26	16	12	45	1.82
2248183--2248298	36	3.2	36	81	8	137	25	17	14	43	1.87
2248285--2248376	39	2.4	39	87	3	125	42	22	7	27	1.80
2249509--2249636	43	3.2	37	76	18	123	32	1	1	64	1.13
2252203--2252274	28	2.6	28	90	0	117	19	13	29	37	1.90
2253171--2253206	15	2.5	14	91	8	63	8	13	0	77	0.98
2253251--2253284	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
2253215--2253372	69	2.4	64	78	15	151	16	6	5	72	1.24
2257984--2258084	51	2.0	51	96	0	184	31	21	11	34	1.90
2260311--2260338	14	2.0	14	100	0	56	14	21	14	50	1.78
2263688--2263742	29	1.9	28	89	10	85	25	10	0	63	1.27
2263800--2263859	32	1.9	31	90	10	95	65	0	3	31	1.09
2269214--2269258	21	2.1	21	100	0	90	40	0	0	60	0.97
2269939--2269990	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2270765--2270815	19	2.7	19	100	0	102	29	23	21	25	1.99
2271545--2271598	20	2.7	20	94	0	90	37	20	18	24	1.94
2271642--2271691	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
2273582--2273653	20	3.6	20	94	0	126	37	19	20	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273667--2273752	33	2.6	34	77	3	84	16	19	20	43	1.88
2273726--2273812	20	4.3	20	95	0	147	20	19	20	39	1.93
2274297--2274341	21	2.3	20	88	11	67	26	31	13	28	1.94
2274324--2274383	21	2.8	22	72	7	61	25	40	15	20	1.90
2274323--2274403	42	1.9	42	82	5	101	23	37	17	22	1.94
2275756--2275791	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2275949--2276053	20	5.2	20	93	2	158	19	21	22	36	1.95
2278486--2278539	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2279401--2279547	20	7.3	20	89	3	224	21	20	20	38	1.94
2279544--2279589	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
2297383--2297456	31	2.4	31	93	2	132	33	0	5	60	1.19
2297683--2297748	33	2.0	33	93	0	114	33	21	16	28	1.95
2299435--2299483	25	2.0	25	91	0	80	34	18	20	26	1.95
2299539--2299605	32	2.1	32	94	0	116	37	10	14	37	1.81
2303461--2303511	24	2.1	25	88	3	77	31	9	15	43	1.80
2304070--2304099	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2304460--2304507	21	2.3	21	96	0	87	31	14	20	33	1.93
2308460--2308492	14	2.3	15	89	5	50	21	3	27	48	1.64
2311253--2311352	51	2.0	51	87	0	146	17	29	27	27	1.97
2313089--2313121	14	2.3	15	94	5	59	21	6	27	45	1.75
2313487--2313533	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
2313539--2313569	15	2.1	15	93	0	53	16	0	29	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313804--2313855	25	2.1	25	96	3	97	23	3	23	50	1.66
2315918--2315980	30	2.1	30	100	0	126	3	19	20	57	1.54
2323740--2324015	146	1.9	146	94	0	489	32	26	11	30	1.91
2328102--2328162	31	2.0	31	90	0	95	39	4	9	45	1.59
2328851--2328938	14	6.9	14	73	20	77	54	1	0	44	1.07
2328834--2328984	63	2.4	64	94	2	259	52	1	0	44	1.17
2329846--2329890	18	2.5	18	85	0	63	22	24	13	40	1.90
2332708--2332757	15	3.2	15	82	5	55	42	12	10	36	1.76
2332708--2332740	17	1.9	17	100	0	66	36	12	12	39	1.80
2333153--2333207	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
2333193--2333291	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
2333286--2333325	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
2345840--2345905	33	2.0	33	100	0	132	48	27	6	18	1.71
2349357--2349484	57	2.2	59	78	8	136	46	5	15	32	1.69
2349502--2349595	20	4.4	21	67	15	50	48	3	2	45	1.30
2353649--2353690	3	13.7	3	85	5	57	66	2	2	28	1.16
2357008--2357038	9	3.4	9	90	0	53	58	25	0	16	1.38
2361567--2361648	24	3.4	24	85	5	112	34	25	19	20	1.96
2362262--2362313	20	2.5	21	87	3	70	32	25	11	30	1.91
2363288--2363650	180	2.0	180	96	0	672	29	17	15	37	1.91
2368574--2368647	24	3.0	25	88	4	114	29	22	25	21	1.99
2371221--2371281	32	1.9	32	86	0	86	44	9	22	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2371210--2371290	32	2.5	32	74	9	83	41	12	22	23	1.87
2376613--2376684	20	3.5	20	74	20	67	27	23	25	23	2.00
2376788--2376826	5	8.0	5	97	2	71	58	20	0	20	1.39
2382521--2382566	19	2.4	19	96	0	83	26	23	28	21	1.99
2384859--2384941	22	3.6	22	87	12	130	49	0	0	50	1.00
2384865--2384941	26	3.1	26	85	14	126	46	0	0	53	1.00
2385689--2385724	18	2.0	18	100	0	72	33	22	5	38	1.77
2385993--2386068	14	5.5	14	93	1	127	1	22	5	71	1.14
2387181--2387301	30	4.1	29	74	12	104	62	9	11	16	1.53
2388666--2388721	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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