genome.fa.s7923.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110328_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8415618

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   

This is table  1  of  40  ( 4704 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
398--480	29	2.8	29	88	1	121	44	8	13	33	1.74
4172--4245	29	2.4	32	76	19	86	24	24	18	32	1.97
14461--14606	65	2.3	63	82	10	163	31	23	17	27	1.97
18363--18397	12	2.9	12	100	0	70	25	14	34	25	1.94
27398--27492	40	2.3	41	80	14	106	28	15	27	28	1.96
27457--27610	82	1.9	83	86	1	220	37	19	16	25	1.93
27490--27618	42	3.1	41	70	11	111	37	20	12	30	1.89
27623--27782	41	4.0	40	85	5	205	36	13	18	31	1.90
29053--29391	41	8.2	41	75	7	265	28	19	17	34	1.95
29176--29281	42	2.5	42	83	3	124	33	20	16	30	1.94
29126--29336	83	2.5	83	78	5	203	29	18	15	36	1.91
29117--29378	125	2.1	124	81	6	298	27	18	17	36	1.93
38249--38353	21	5.0	21	75	4	86	41	19	35	3	1.69
38765--39007	128	1.9	128	86	1	344	34	25	15	25	1.95
38779--39007	85	2.7	84	84	5	289	33	24	15	26	1.95
38769--39059	43	6.8	43	80	4	284	32	25	14	27	1.94
42651--42809	32	5.1	31	74	9	92	35	19	16	28	1.93
42669--42807	32	4.4	32	72	14	110	35	17	15	30	1.92
43422--43479	20	2.7	20	81	10	62	27	20	18	32	1.97
46533--46601	23	3.0	23	76	0	84	34	24	23	17	1.96
46655--46706	21	2.5	21	78	12	61	36	21	19	23	1.95
51794--51837	20	2.2	20	84	4	63	65	0	15	18	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58186--58219	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
63347--63421	20	3.8	20	72	15	66	29	17	12	41	1.85
68503--68565	30	2.1	31	88	5	94	28	9	6	55	1.56
68509--68572	30	2.2	30	86	8	87	32	9	4	53	1.54
73688--73756	34	2.0	34	91	5	113	20	30	21	27	1.98
77523--77579	18	3.1	18	87	5	87	22	36	26	14	1.92
89890--89977	45	1.9	47	90	4	144	29	10	21	38	1.86
99620--99801	7	24.1	7	70	21	84	75	0	17	7	1.03
99620--99801	15	12.1	15	67	22	80	75	0	17	7	1.03
99665--99717	17	3.4	17	75	19	53	73	0	18	7	1.06
99621--99801	53	3.4	52	73	20	144	75	0	17	7	1.03
99719--99809	28	3.3	28	76	21	95	75	0	17	6	1.00
99627--99806	31	5.6	30	69	25	104	75	0	16	8	1.03
99613--99809	60	3.2	59	70	17	145	75	0	16	8	1.04
101066--101148	37	2.2	37	91	4	132	42	18	19	20	1.90
101148--101552	55	7.4	55	92	1	629	27	16	24	31	1.96
101131--101659	55	9.6	54	87	4	352	28	16	24	30	1.96
101148--101659	165	3.1	164	85	5	509	27	16	24	31	1.96
106067--106115	3	16.7	3	87	4	73	36	0	0	63	0.95
114169--114208	20	2.0	21	90	5	64	35	5	15	45	1.68
114136--114265	53	2.5	52	96	3	244	33	6	12	48	1.65
114222--114261	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120774--120880	43	2.5	43	98	0	205	35	11	17	35	1.86
120929--120964	15	2.4	15	95	0	63	19	16	50	13	1.79
122324--122380	29	2.0	29	86	6	80	50	0	1	47	1.11
122345--122581	120	2.0	120	81	4	286	45	8	7	37	1.64
122584--122643	9	6.2	10	76	18	56	66	0	1	31	1.01
124077--124103	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
124072--124151	6	12.3	6	87	10	81	60	0	0	40	0.97
124072--124144	15	4.6	17	83	16	95	58	0	0	41	0.98
124391--125007	112	5.5	111	93	1	990	27	20	13	37	1.91
124391--125008	221	2.8	221	92	2	1006	27	20	13	37	1.91
126523--126552	15	2.1	14	93	6	51	0	10	0	90	0.47
133881--133912	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
137927--137972	20	2.3	20	88	3	67	63	2	2	32	1.19
137974--138016	19	2.2	19	83	4	50	48	0	0	51	1.00
138923--138965	14	3.1	14	86	6	52	0	16	2	81	0.79
139393--139463	3	23.7	3	79	11	65	57	0	0	42	0.98
139393--139463	15	4.5	16	84	8	85	57	0	0	42	0.98
140125--140678	263	2.1	254	87	7	778	27	11	20	40	1.87
142045--142091	12	3.9	12	78	18	53	31	2	0	65	1.04
142041--142106	21	3.2	21	74	16	66	27	3	0	69	1.03
142053--142107	17	3.5	16	75	9	51	30	3	0	65	1.10
142174--142220	16	2.9	15	87	9	58	23	10	0	65	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146489--146552	16	4.2	15	77	15	69	81	7	9	1	0.94
146492--146539	12	3.6	13	81	18	55	81	8	10	0	0.88
146495--146551	30	1.9	30	85	7	80	80	7	10	1	0.96
147152--147228	22	3.5	22	90	0	127	36	28	14	20	1.92
147977--149235	106	11.9	106	92	0	1944	33	24	18	23	1.97
150484--150514	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
150550--150593	24	2.0	22	82	13	54	34	4	0	61	1.16
150720--150768	22	2.2	22	82	13	57	28	4	2	65	1.22
150749--150834	22	4.0	21	76	16	77	24	3	1	70	1.09
150749--150834	44	2.0	43	82	11	104	24	3	1	70	1.09
159466--159527	31	2.0	32	90	3	99	14	3	20	61	1.47
159586--159637	26	2.0	27	92	3	88	17	1	23	57	1.49
162263--162314	21	2.4	22	81	15	56	53	0	5	40	1.25
169302--169342	22	1.9	22	90	5	66	73	0	0	26	0.84
170403--170436	18	1.9	18	88	5	52	44	11	0	44	1.40
195131--195213	39	2.1	39	86	0	112	33	8	31	26	1.86
199111--199150	17	2.5	17	92	8	66	37	0	0	62	0.95
200810--200846	19	1.9	19	88	0	56	35	29	18	16	1.93
200894--200946	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
200936--200987	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
200976--201130	20	7.7	20	81	4	123	30	25	18	25	1.98
200973--201050	41	1.9	41	89	0	120	38	23	17	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201018--201130	40	2.8	40	83	0	145	26	27	19	26	1.99
201175--201231	16	3.3	16	77	17	69	15	43	1	38	1.57
201813--201866	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
202039--202064	12	2.2	12	100	0	52	73	0	26	0	0.84
204308--204363	20	2.8	20	91	0	85	41	21	21	16	1.90
204432--204469	20	1.9	20	94	0	67	13	13	28	44	1.81
205979--206070	42	2.2	42	86	1	132	21	15	41	21	1.90
205991--206059	21	3.3	20	75	13	68	20	15	39	24	1.92
206406--206511	20	5.4	19	84	5	104	38	24	20	16	1.92
206559--206617	14	3.9	14	72	20	55	10	18	22	49	1.77
206542--206633	33	2.8	33	94	0	166	11	19	20	47	1.81
206618--206672	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
207213--207260	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
208650--208693	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
220950--220991	21	2.0	21	82	13	52	50	26	7	16	1.71
221061--221113	24	2.2	24	86	0	70	54	18	13	13	1.70
230231--230284	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
230269--230366	21	4.7	21	69	15	69	37	20	21	20	1.94
230395--230565	40	4.2	41	81	5	179	36	24	18	21	1.95
230334--230570	20	11.8	20	76	11	121	37	23	18	21	1.94
231407--231460	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
233950--234118	19	9.7	18	70	23	105	44	20	21	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233950--234114	33	4.8	33	79	10	197	44	20	21	13	1.86
233950--234116	71	2.4	71	82	8	211	43	20	22	13	1.87
234114--234188	19	4.2	19	70	19	63	14	21	21	42	1.88
234124--234189	19	3.7	19	75	19	79	12	22	19	45	1.83
234287--234323	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
236169--236229	19	3.5	19	70	21	69	45	22	21	9	1.81
236235--236305	19	3.8	19	79	7	74	11	18	23	46	1.81
236270--236321	17	3.1	17	97	0	95	15	23	19	42	1.89
236409--236775	92	4.1	93	89	7	535	45	19	13	22	1.84
236408--236765	180	2.0	180	88	7	539	45	19	13	21	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40