genome.fa.s7923.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110328_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8415618

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   

This is table  36  of  40  ( 4704 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7493116--7493159	23	1.9	23	85	0	61	27	22	27	22	1.99
7493138--7493443	150	2.0	149	94	0	540	34	21	16	27	1.95
7493921--7493958	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
7495436--7495467	16	2.0	16	93	0	55	15	46	12	25	1.81
7501426--7501476	25	2.0	26	92	3	86	13	11	17	56	1.66
7501446--7501476	16	1.9	16	100	0	62	12	9	19	58	1.62
7501554--7501588	16	2.4	14	90	9	52	14	8	14	62	1.53
7503519--7503851	111	3.0	111	93	0	569	36	7	10	45	1.66
7506277--7506485	75	2.8	76	86	4	280	21	23	31	23	1.99
7507083--7507126	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
7507078--7507128	9	6.2	8	78	17	52	58	27	0	13	1.36
7509094--7509145	23	2.3	23	80	6	72	17	21	40	21	1.91
7514924--7515111	76	2.5	76	85	6	263	21	23	31	23	1.98
7520834--7520921	34	2.6	33	85	7	115	65	13	1	19	1.32
7523217--7523249	16	1.9	17	88	11	50	60	0	3	36	1.12
7524015--7524041	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
7533675--7533736	19	3.2	20	76	23	69	14	32	17	35	1.90
7537769--7537811	16	2.6	16	92	3	68	30	16	4	48	1.66
7543722--7543763	16	2.6	16	88	0	66	52	0	4	42	1.22
7554564--7554594	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
7555024--7555050	6	4.5	6	100	0	54	0	33	18	48	1.49
7556011--7556282	4	68.0	4	100	0	544	50	25	0	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7560438--7560587	32	4.7	32	65	6	106	26	14	24	35	1.93
7560481--7560514	16	2.1	16	100	0	68	29	26	23	20	1.99
7560792--7560843	27	2.0	26	88	3	77	9	46	9	34	1.69
7561432--7561496	30	2.1	32	85	5	89	36	3	12	47	1.57
7565205--7565602	191	2.1	191	96	0	735	47	20	8	22	1.77
7566097--7566166	13	5.1	13	75	8	59	47	0	4	48	1.21
7566663--7566721	25	2.3	26	97	2	111	27	3	3	66	1.24
7566673--7566716	15	3.3	15	70	29	53	25	4	4	65	1.30
7568795--7568915	44	2.8	44	91	2	190	23	1	4	71	1.13
7568819--7568925	24	4.6	24	66	19	66	26	1	2	69	1.13
7575389--7575425	9	4.3	9	83	10	51	59	0	0	40	0.97
7576179--7576218	20	2.0	20	100	0	80	35	0	30	35	1.58
7580786--7580813	5	5.6	5	100	0	56	17	21	39	21	1.93
7580909--7581122	73	3.0	71	87	6	281	30	14	12	42	1.82
7595675--7595762	33	2.8	31	75	8	88	23	22	25	28	1.99
7598651--7598695	20	2.2	20	84	0	63	44	28	2	24	1.66
7599341--7599386	24	1.9	24	95	0	83	30	30	15	23	1.95
7599877--7599944	34	2.0	34	94	0	118	36	14	10	38	1.81
7601658--7601689	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7602040--7602094	23	2.4	23	81	9	67	10	21	18	49	1.78
7605381--7605500	35	3.3	36	91	5	190	43	20	5	30	1.73
7605432--7605492	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7609357--7609383	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
7610017--7610101	37	2.3	37	84	6	111	43	18	4	32	1.71
7613282--7613367	24	3.5	24	88	3	136	26	31	4	37	1.77
7613347--7613376	15	2.0	15	100	0	60	20	33	6	40	1.78
7614027--7614070	18	2.7	15	81	18	61	20	20	9	50	1.75
7622124--7622274	45	3.3	45	90	3	230	30	9	19	39	1.85
7623806--7624893	543	2.0	543	97	0	2032	35	15	28	20	1.93
7632456--7632636	14	12.9	14	78	16	137	76	1	13	9	1.08
7632515--7632636	7	17.7	7	85	10	146	75	0	13	9	1.09
7632465--7632637	21	8.1	21	75	16	117	76	1	12	9	1.08
7632452--7632637	7	26.6	7	77	14	100	76	1	12	9	1.06
7632500--7632677	21	8.8	21	73	20	84	73	1	15	10	1.15
7633982--7634053	37	2.0	36	88	2	108	38	20	19	20	1.93
7634071--7634397	111	3.0	108	81	11	361	29	15	23	30	1.96
7634055--7634368	51	5.9	54	83	9	323	30	15	23	30	1.95
7634119--7634398	55	5.1	55	76	12	224	28	16	23	31	1.96
7642896--7642927	17	1.9	16	93	6	55	37	3	0	59	1.13
7643244--7643703	236	2.0	233	85	3	629	40	13	11	34	1.81
7647227--7647312	2	43.0	2	100	0	172	50	0	0	50	1.00
7647786--7647847	26	2.3	26	80	2	70	58	1	3	37	1.24
7647800--7647893	25	3.6	25	79	13	77	57	1	3	38	1.22
7647822--7647893	25	2.9	25	80	12	78	55	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7647822--7647890	23	2.8	27	72	18	69	56	0	2	40	1.14
7654088--7654160	31	2.4	31	92	0	128	31	9	9	49	1.68
7658003--7658058	22	2.7	21	81	8	60	48	1	0	50	1.11
7665817--7665947	70	1.9	70	85	6	185	43	2	6	47	1.42
7665886--7665976	45	2.0	47	89	6	143	47	2	5	45	1.38
7665931--7666167	33	6.8	34	79	15	227	45	2	6	45	1.41
7665694--7666162	112	4.2	113	75	17	380	44	2	7	45	1.46
7667026--7667079	12	4.6	12	81	11	67	29	0	0	70	0.88
7667026--7667087	23	2.7	24	82	9	76	27	1	0	70	0.96
7667131--7667183	10	5.4	10	82	13	74	18	7	1	71	1.19
7667123--7667250	30	4.4	29	78	14	113	17	6	3	72	1.20
7676111--7676145	16	2.3	15	95	5	61	22	0	0	77	0.78
7676561--7676616	21	2.5	22	80	11	69	39	7	1	51	1.40
7676573--7676631	24	2.3	27	77	13	72	44	5	0	50	1.24
7676561--7676618	22	2.7	20	77	17	62	41	6	1	50	1.39
7676573--7676634	26	2.6	24	85	10	74	43	4	0	51	1.23
7687468--7687535	21	3.2	21	74	12	66	44	27	2	25	1.68
7687673--7687785	60	1.9	60	81	3	138	31	22	7	38	1.81
7690942--7690980	17	2.3	17	95	0	69	25	28	33	12	1.93
7691223--7691267	14	2.8	17	77	19	60	64	0	0	35	0.94
7692358--7692457	32	2.9	34	85	10	132	16	9	34	41	1.79
7693056--7693102	18	2.7	18	90	3	69	27	31	6	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7697829--7698227	159	2.5	160	84	6	483	48	6	16	28	1.71
7697883--7698227	159	2.2	158	88	5	502	49	6	15	27	1.70
7712362--7712493	61	2.2	61	88	0	201	35	12	16	35	1.86
7720639--7720701	3	21.0	3	83	6	83	28	1	1	68	1.08
7720791--7720858	24	2.8	25	91	8	122	38	20	14	26	1.91
7722554--7722607	25	2.2	25	80	12	58	24	12	0	62	1.30
7728093--7728160	4	17.2	4	71	19	54	51	23	0	25	1.48
7728093--7728160	16	4.3	16	88	1	102	51	23	0	25	1.48
7728443--7728546	35	2.9	35	85	1	136	30	20	13	35	1.91
7728513--7728708	104	1.9	105	88	5	299	29	19	10	39	1.86
7729029--7729130	29	3.6	28	83	9	125	28	11	13	46	1.79
7729344--7729375	15	2.1	15	100	0	64	25	21	6	46	1.74
7729803--7730167	40	8.6	40	70	16	211	25	31	18	24	1.97
7729803--7730135	128	2.6	129	94	1	589	25	31	18	24	1.98
7730313--7730370	3	19.0	3	85	3	80	29	1	1	67	1.11
7730458--7730527	24	2.8	25	95	4	133	38	20	15	25	1.92
7732226--7732274	25	2.0	25	88	8	73	20	14	0	65	1.27
7735133--7735199	30	2.2	30	89	2	98	29	4	10	55	1.53
7736129--7736198	34	2.1	34	91	2	115	42	10	11	35	1.74
7741464--7741531	34	2.0	34	82	5	84	51	1	0	47	1.09
7741495--7741549	22	2.5	23	80	14	71	49	1	1	47	1.23
7741574--7741652	33	2.5	31	76	8	88	51	2	3	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7741625--7741694	23	3.3	23	68	20	62	50	0	1	48	1.09
7743448--7743504	4	14.2	4	88	0	69	26	7	22	43	1.78
7756170--7756217	14	3.5	14	79	20	57	62	0	37	0	0.95
7764587--7764625	17	2.2	18	95	4	71	56	5	0	38	1.22
7764783--7764813	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
7767828--7767882	24	2.2	24	80	3	65	23	23	18	34	1.96
7771497--7771535	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
7772979--7773012	14	2.5	13	90	4	50	73	11	2	11	1.20
7777499--7777545	23	2.0	23	83	0	58	23	12	38	25	1.90
7779188--7779345	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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