genome.fa.s7923.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110328_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8415618

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600816--2600859	20	2.2	20	87	0	61	36	25	18	20	1.95
2601233--2601298	22	3.0	22	90	0	105	21	15	39	24	1.91
2601502--2601608	20	5.3	20	86	2	160	22	20	18	38	1.94
2601502--2601611	41	2.7	41	88	2	159	22	20	18	39	1.93
2601605--2601645	21	2.0	21	95	0	73	41	17	24	17	1.89
2612133--2612173	19	2.2	18	86	8	55	17	31	31	19	1.95
2612157--2612218	23	2.7	23	87	2	90	22	24	30	22	1.99
2617981--2618017	19	2.0	19	94	5	67	13	21	43	21	1.87
2621435--2621488	22	2.4	23	78	9	67	51	0	1	46	1.11
2621443--2621489	22	2.2	21	89	10	78	55	0	2	42	1.12
2624774--2624829	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
2624777--2624827	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
2625225--2625279	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
2625265--2625364	34	3.0	33	91	4	157	45	16	7	32	1.74
2627676--2627721	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
2627675--2627714	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
2627850--2627922	36	2.0	36	89	0	110	21	24	19	34	1.96
2636576--2636609	14	2.4	14	90	0	50	35	14	17	32	1.91
2636908--2636958	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
2637131--2637177	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
2637139--2637182	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
2639885--2639917	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2640904--2640946	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2649154--2649182	13	2.3	13	94	5	51	58	0	0	41	0.98
2649696--2649759	27	2.4	26	73	21	60	35	29	9	25	1.87
2650501--2650530	11	2.7	11	89	0	51	46	0	0	53	1.00
2650514--2650580	20	3.3	20	71	18	59	56	4	0	38	1.19
2652986--2653042	29	2.0	29	92	0	96	19	14	19	47	1.82
2657928--2657991	32	2.0	32	93	0	110	39	20	15	25	1.92
2660765--2660795	16	1.9	16	100	0	62	22	12	6	58	1.58
2661687--2661896	103	2.1	103	88	6	317	47	7	6	39	1.56
2661957--2661996	20	2.0	20	85	0	53	65	2	7	25	1.32
2663744--2664454	45	16.0	45	91	3	1129	31	21	24	23	1.98
2664393--2664658	76	3.5	76	92	2	421	31	22	20	25	1.98
2675010--2675035	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2675144--2675351	103	2.1	99	89	6	310	45	9	6	38	1.62
2675448--2675474	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2675412--2675451	20	2.0	20	85	0	53	65	2	7	25	1.32
2681006--2681036	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2682323--2682578	69	3.7	69	85	0	341	39	20	14	25	1.90
2682535--2683097	230	2.4	231	86	2	736	37	20	15	26	1.92
2685461--2685494	11	3.2	11	87	8	52	32	0	0	67	0.91
2685772--2686000	106	2.2	104	81	3	246	34	11	12	41	1.79
2685819--2686017	105	1.9	106	80	1	238	35	13	12	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687154--2687198	22	2.0	22	91	0	72	37	13	17	31	1.89
2687319--2687359	21	2.0	21	90	0	64	46	24	0	29	1.53
2695398--2695533	42	3.2	43	78	7	152	36	13	16	33	1.88
2695398--2695574	42	4.2	43	76	9	143	37	15	17	29	1.91
2695833--2696001	41	4.1	41	76	8	182	32	17	15	33	1.92
2695850--2696029	83	2.2	83	83	7	224	35	18	13	32	1.90
2695843--2696029	41	4.5	41	76	7	164	34	17	13	33	1.90
2700903--2700983	22	3.7	22	79	9	94	32	17	16	34	1.92
2701498--2701650	56	2.7	56	95	0	270	28	7	28	35	1.84
2702156--2702219	20	3.2	20	65	0	56	34	6	3	56	1.40
2702213--2702244	10	3.2	10	95	0	55	46	0	0	53	1.00
2702156--2702293	40	3.6	38	76	17	133	38	3	3	54	1.36
2702192--2702432	136	1.8	130	86	7	349	39	3	2	53	1.34
2702192--2702463	136	2.0	135	79	9	286	42	4	2	50	1.36
2711723--2711767	20	2.2	20	84	0	63	26	0	26	46	1.53
2713107--2713247	36	3.9	36	85	3	203	38	19	23	18	1.93
2713097--2713247	72	2.1	72	97	2	286	39	19	23	18	1.93
2713443--2713506	20	3.2	20	95	0	110	21	0	29	48	1.51
2716241--2716298	28	2.1	28	100	0	116	34	22	3	39	1.71
2716251--2716296	14	3.3	14	72	22	51	39	21	2	36	1.66
2716936--2717007	2	36.5	2	94	2	128	50	1	0	48	1.09
2717013--2717223	35	5.9	35	74	11	162	46	3	6	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2717002--2717296	34	8.6	35	70	15	179	47	3	5	44	1.41
2717151--2717283	63	2.1	62	80	9	144	51	3	3	41	1.38
2717268--2717313	25	1.9	23	82	8	56	41	0	8	50	1.33
2717217--2717325	34	3.1	33	83	9	119	49	0	3	45	1.25
2720114--2721120	164	6.1	164	87	1	1305	29	24	20	24	1.99
2720114--2721116	329	3.0	328	86	1	1342	29	24	20	25	1.99
2720172--2721115	493	1.9	492	87	1	1359	29	24	20	25	1.99
2721469--2721494	8	3.2	8	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2721507--2721773	37	7.2	37	81	8	278	46	2	7	43	1.46
2721507--2721754	74	3.3	73	85	8	315	46	3	6	43	1.46
2721801--2721836	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2721895--2721972	36	2.1	36	85	4	102	48	1	1	48	1.17
2723080--2723310	4	57.8	4	91	0	363	46	1	3	48	1.27
2723528--2723588	21	2.8	22	78	9	63	19	8	0	72	1.10
2723519--2723578	21	2.9	21	76	14	70	23	6	0	70	1.11
2727369--2727407	14	2.8	14	84	0	51	76	2	0	20	0.90
2739474--2739528	19	2.8	19	77	2	65	32	10	12	43	1.78
2750815--2750849	4	8.8	4	100	0	70	0	0	22	77	0.78
2751882--2752096	42	5.2	43	78	8	232	21	23	21	33	1.98
2751992--2752065	37	2.0	37	84	5	96	24	18	18	37	1.94
2751894--2752101	79	2.5	82	83	6	246	22	23	20	34	1.97
2753963--2754103	73	2.0	71	88	5	212	36	6	12	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762578--2762626	20	2.5	20	96	0	89	18	34	24	22	1.96
2768322--2768407	22	4.0	22	74	15	63	26	27	24	20	1.99
2768338--2768386	23	2.1	23	88	0	71	20	34	22	22	1.97
2770674--2770705	16	2.0	16	100	0	64	18	6	31	43	1.75
2780383--2780768	135	3.0	127	82	8	460	31	17	22	29	1.96
2780669--2780876	93	2.2	93	90	0	317	32	15	22	29	1.95
2780762--2781175	135	3.2	133	81	8	526	30	16	21	31	1.96
2780669--2780900	93	2.5	93	86	1	268	31	16	22	29	1.96
2780534--2780981	228	2.0	229	91	1	738	31	16	22	29	1.95
2780970--2781053	42	2.0	42	85	0	114	27	20	23	28	1.99
2780848--2781103	122	2.1	122	89	0	395	29	16	23	31	1.96
2781111--2781228	22	5.6	21	70	16	91	28	17	19	33	1.95
2780970--2781352	177	2.2	177	89	0	586	30	18	20	30	1.96
2781146--2781642	135	3.7	135	91	0	791	30	17	21	30	1.96
2781116--2781687	42	13.0	42	67	16	187	29	16	21	31	1.96
2781462--2781736	92	3.1	92	72	14	295	30	16	21	30	1.96
2781715--2781844	42	3.1	42	82	1	136	27	18	20	33	1.96
2786051--2786079	12	2.4	12	100	0	58	17	6	20	55	1.65
2788509--2788563	28	2.0	27	85	7	74	40	3	0	56	1.17
2788638--2788806	29	5.8	29	78	9	166	56	1	2	39	1.22
2788640--2788806	89	1.9	88	82	8	214	56	1	2	39	1.23
2790064--2790098	13	2.8	13	95	4	63	31	17	37	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790112--2790307	93	2.1	91	97	2	365	33	21	32	11	1.90
2790112--2790306	61	3.2	64	85	10	257	33	22	32	11	1.89
2790338--2790446	29	3.8	29	93	2	175	15	31	31	22	1.95
2790480--2790587	54	2.0	54	98	0	207	19	38	15	25	1.91
2790584--2790618	18	1.9	18	100	0	70	28	17	25	28	1.97
2790746--2790811	4	16.5	4	76	9	55	63	0	34	1	1.04
2790745--2790803	21	2.9	21	94	2	102	62	0	35	1	1.05
2790938--2791026	41	2.2	41	78	8	92	42	1	10	46	1.45
2791007--2791098	46	2.0	48	87	8	136	42	0	11	45	1.41
2791139--2791215	34	2.3	33	81	14	88	40	0	12	46	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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