genome.fa.s7923.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110328_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8415618

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   

This is table  12  of  40  ( 4704 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388946--2389265	132	2.4	132	83	2	372	25	17	30	26	1.97
2389363--2389486	36	3.6	36	70	24	115	47	12	14	25	1.80
2389271--2389490	65	3.4	65	87	4	304	45	12	17	24	1.84
2389271--2389541	128	2.1	126	78	9	280	42	12	18	26	1.86
2389609--2389715	36	2.9	36	79	4	108	39	13	16	30	1.87
2390435--2390475	17	2.4	17	95	0	73	34	19	4	41	1.73
2393109--2393146	18	2.1	18	90	0	58	50	10	15	23	1.75
2401504--2401618	59	1.9	59	85	3	160	33	16	15	33	1.91
2403892--2404237	42	8.1	43	82	4	407	33	20	22	23	1.97
2403970--2404237	87	3.1	85	89	4	389	33	22	21	22	1.97
2407362--2407796	41	10.6	41	78	6	382	33	17	17	30	1.94
2408797--2408863	29	2.4	28	90	5	100	49	10	10	29	1.70
2417279--2417463	43	4.3	43	82	1	192	25	18	25	29	1.98
2417279--2417486	43	4.8	43	80	3	181	24	17	26	30	1.97
2417534--2417575	14	3.1	13	89	6	57	28	11	2	57	1.47
2422918--2423036	59	2.0	59	91	3	195	31	18	15	33	1.93
2424571--2424642	29	2.4	30	86	2	92	61	9	11	18	1.56
2425998--2426032	3	11.3	3	87	6	52	62	0	0	37	0.95
2439836--2439917	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
2444605--2444686	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
2445204--2445340	72	1.9	71	89	1	211	18	19	5	55	1.63
2447902--2447932	16	1.9	16	93	0	53	25	0	25	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447980--2448029	22	2.3	22	96	0	91	14	34	40	12	1.82
2452257--2452281	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2452377--2452583	104	2.0	104	99	0	407	43	12	7	36	1.70
2452939--2452973	5	7.0	5	100	0	70	80	0	20	0	0.72
2457366--2457410	21	2.1	21	88	8	65	0	20	2	77	0.87
2457952--2458025	5	13.8	5	78	18	62	77	1	4	17	1.00
2457952--2458025	11	6.8	11	79	11	73	77	1	4	17	1.00
2457951--2458025	6	12.7	6	76	16	59	77	1	4	17	0.99
2457965--2458025	25	2.5	25	84	7	81	77	0	4	18	0.95
2458234--2458578	130	2.6	131	82	3	372	30	17	19	32	1.95
2459922--2459960	20	2.0	20	94	0	69	12	12	0	74	1.08
2459913--2459959	8	6.5	8	85	14	50	12	8	0	78	0.95
2466600--2466638	18	2.2	18	95	0	69	56	10	17	15	1.66
2472117--2472155	15	2.6	15	91	0	60	17	28	5	48	1.68
2473366--2473409	18	2.6	16	76	13	52	18	11	6	63	1.48
2476565--2476624	3	19.0	3	83	16	77	68	0	1	30	0.99
2477260--2477319	3	20.3	3	80	19	65	70	0	0	30	0.88
2477260--2477319	23	2.5	25	79	20	74	70	0	0	30	0.88
2481490--2481540	20	2.6	20	87	3	77	37	11	5	45	1.65
2482070--2482122	25	2.1	25	100	0	106	18	20	0	60	1.36
2485713--2485755	20	2.2	20	83	8	52	2	18	2	76	1.00
2485710--2485768	27	2.1	30	81	9	70	3	18	6	71	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486250--2486298	5	9.4	5	83	16	64	20	0	0	79	0.73
2486929--2487035	39	2.7	40	88	7	157	37	17	0	43	1.56
2488434--2488509	40	1.9	40	88	0	116	21	10	18	50	1.76
2493096--2493148	27	2.0	27	88	0	79	30	26	11	32	1.91
2493945--2493991	23	2.0	23	91	0	76	40	6	34	19	1.77
2494877--2494983	39	2.7	40	90	7	166	37	17	0	44	1.49
2494915--2494986	23	3.4	23	64	25	68	36	16	0	47	1.47
2497077--2497165	32	2.8	31	75	11	83	24	30	26	17	1.98
2497077--2497198	63	1.9	63	83	6	158	26	29	27	17	1.97
2500038--2500094	18	3.2	18	89	0	69	15	19	43	21	1.87
2505045--2505092	18	2.7	18	83	0	60	22	20	37	18	1.94
2505101--2505152	21	2.5	21	87	0	77	51	25	17	5	1.67
2506861--2506953	41	2.2	42	84	5	118	31	23	22	22	1.99
2511416--2511535	42	2.9	42	89	0	195	18	18	17	45	1.85
2511730--2511822	24	3.6	24	69	20	62	47	1	1	50	1.15
2511895--2511939	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
2512272--2512310	20	2.0	20	85	10	53	33	17	5	43	1.72
2512285--2512327	14	2.9	15	79	6	61	32	20	4	41	1.73
2512306--2512346	21	2.0	21	100	0	82	29	21	4	43	1.73
2519670--2519835	82	2.0	83	89	3	255	30	4	12	53	1.58
2520834--2520869	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2525232--2525272	21	2.0	21	85	9	57	41	24	14	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526648--2526695	20	2.4	20	92	0	78	12	18	25	43	1.85
2531027--2531158	12	11.4	12	69	24	63	65	2	3	29	1.20
2531023--2531085	25	2.5	24	73	26	60	65	0	1	33	1.03
2532505--2532576	3	24.7	3	83	10	96	68	1	0	30	0.99
2532795--2533364	124	4.7	124	87	4	744	25	18	15	40	1.90
2533159--2533381	113	2.0	113	97	0	419	26	18	16	39	1.91
2532795--2533364	237	2.4	242	85	6	759	25	18	15	40	1.90
2534724--2534777	27	2.0	27	100	0	108	25	11	29	33	1.91
2542151--2542182	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
2545351--2545404	28	2.0	27	88	3	81	59	0	5	35	1.21
2546148--2546282	12	11.7	11	66	20	55	62	2	3	30	1.27
2546125--2546186	20	3.3	18	80	11	63	66	3	1	29	1.17
2546173--2546232	23	2.9	20	71	23	61	63	0	3	33	1.11
2546171--2546232	20	3.0	21	73	20	58	64	0	3	32	1.09
2546262--2546303	21	2.1	21	86	8	61	71	0	2	26	0.98
2546271--2546323	21	2.7	20	77	16	58	67	1	3	26	1.17
2547615--2547701	3	29.7	3	82	9	99	65	0	0	34	0.93
2547598--2547639	14	2.9	14	80	16	50	54	0	0	45	0.99
2547922--2547958	19	1.9	19	100	0	74	40	5	0	54	1.24
2552667--2552743	28	2.6	29	79	12	84	18	2	14	64	1.39
2554056--2554105	3	16.7	3	87	0	55	36	2	0	62	1.07
2559105--2559153	18	2.7	18	93	3	80	53	0	2	44	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559105--2559163	18	3.2	17	81	11	64	50	1	3	44	1.28
2560239--2560377	62	2.2	61	77	9	156	59	11	10	17	1.59
2560633--2560876	109	2.2	109	86	2	330	45	20	15	18	1.85
2562442--2562840	158	2.5	157	84	5	500	30	18	5	45	1.72
2563103--2563132	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2564437--2564483	24	2.0	24	82	0	58	53	19	10	17	1.72
2567998--2568024	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2568997--2569026	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2572896--2572968	22	3.3	22	100	0	146	19	8	41	31	1.81
2588990--2589061	30	2.4	30	80	2	81	38	11	13	36	1.81
2589901--2589925	6	4.2	6	100	0	50	20	16	64	0	1.30
2589976--2590024	25	1.9	26	95	4	91	14	57	16	12	1.66
2589976--2590024	13	3.8	13	94	5	91	14	57	16	12	1.66
2590060--2590116	24	2.3	26	77	20	68	56	0	0	43	0.99
2590078--2590117	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
2590136--2590181	12	3.9	12	88	2	67	30	47	10	10	1.73
2590136--2590181	24	2.0	24	91	4	76	30	47	10	10	1.73
2592880--2592975	41	2.3	41	85	0	120	37	21	17	22	1.94
2592861--2593009	61	2.5	60	75	11	142	33	23	18	24	1.97
2592902--2592968	20	3.3	20	77	4	80	40	20	19	19	1.92
2592962--2593008	20	2.3	20	85	7	60	34	25	17	23	1.96
2593850--2593903	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596335--2596421	20	4.3	20	82	2	104	39	21	18	20	1.93
2596335--2596423	40	2.2	40	90	4	135	38	22	19	20	1.94
2596395--2596490	33	2.8	33	90	3	138	43	19	21	14	1.87
2596428--2596494	20	3.7	19	72	22	72	44	19	22	13	1.85
2596505--2596580	33	2.3	34	95	2	136	11	22	18	47	1.81
2596686--2596722	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2598031--2598123	42	2.2	42	80	3	107	22	17	39	20	1.92
2598603--2598711	20	5.4	20	86	0	119	35	21	19	23	1.96
2598756--2598918	20	8.5	20	78	8	151	19	17	20	41	1.90
2598718--2598865	20	7.8	19	77	10	72	19	19	18	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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