genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          65   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2052210--2052281	28	2.6	28	90	0	108	45	5	5	43	1.50
2052152--2052282	41	3.0	43	78	12	133	46	7	4	41	1.53
2052363--2052420	20	3.0	20	80	7	68	48	1	6	43	1.40
2052500--2052569	9	7.4	9	77	15	52	52	7	4	35	1.48
2052764--2052803	20	2.0	20	90	0	62	45	5	10	40	1.60
2052785--2052827	13	3.3	13	83	0	59	48	11	2	37	1.52
2053099--2053232	63	2.2	60	84	8	162	41	5	2	49	1.42
2053278--2053334	20	2.6	22	76	18	66	47	0	1	50	1.11
2053689--2053874	102	1.8	102	81	6	234	32	23	5	38	1.78
2054131--2054189	19	3.2	19	87	2	66	49	32	3	15	1.61
2054138--2054249	18	6.2	18	73	5	91	46	33	6	13	1.68
2054221--2054263	18	2.4	17	84	7	50	46	37	2	13	1.57
2057966--2058002	16	2.4	16	86	4	58	43	10	18	27	1.83
2058543--2058860	172	1.8	172	87	1	476	38	5	10	45	1.61
2063357--2063416	23	2.7	22	90	10	88	28	28	18	25	1.98
2064229--2064300	20	3.5	20	77	5	65	29	25	12	33	1.92
2064251--2064320	20	3.5	21	77	12	60	27	24	11	37	1.89
2065498--2065755	134	1.9	134	90	0	408	37	8	10	43	1.71
2068780--2068822	10	4.3	10	84	0	59	32	37	0	30	1.58
2068787--2068825	20	2.0	20	100	0	78	25	38	0	35	1.56
2068832--2068879	5	9.0	5	82	13	60	25	0	2	72	0.95
2068837--2068911	12	6.1	12	77	19	75	30	0	1	68	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068837--2068907	11	6.8	11	72	13	53	29	0	1	69	0.98
2068836--2068892	23	2.5	24	85	8	82	29	0	1	68	1.00
2074760--2074884	51	2.5	51	85	2	153	25	28	27	18	1.98
2080374--2080413	17	2.4	17	88	12	57	50	0	5	45	1.23
2080914--2080954	18	2.3	18	95	4	75	31	0	21	46	1.52
2082889--2082936	20	2.4	19	83	10	60	33	18	18	29	1.95
2082938--2083004	21	3.2	20	77	8	62	29	17	17	34	1.94
2084328--2084371	22	2.0	22	90	0	70	50	25	6	18	1.71
2091143--2091196	22	2.4	21	84	9	63	66	1	25	5	1.23
2099025--2099049	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2102737--2102848	42	2.7	42	79	9	131	33	17	21	27	1.96
2102754--2102888	42	3.3	40	78	14	141	33	20	20	25	1.97
2102749--2102926	82	2.1	83	80	6	200	35	19	19	25	1.95
2102919--2103114	41	4.7	40	81	6	187	34	15	16	33	1.91
2102919--2103097	82	2.2	81	83	8	220	34	15	16	34	1.90
2103666--2104032	42	8.8	42	83	3	440	26	20	19	33	1.96
2103666--2104032	83	4.4	82	85	4	452	26	20	19	33	1.96
2103666--2104047	125	3.1	124	90	2	552	27	20	18	33	1.96
2106855--2106991	3	46.7	3	89	7	219	66	0	0	32	0.97
2108909--2109179	43	6.3	43	77	1	231	30	25	19	24	1.98
2108929--2109181	86	2.9	86	82	1	292	31	25	18	24	1.97
2108909--2109179	129	2.1	128	79	5	296	30	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111826--2111869	21	2.1	21	83	4	54	29	15	11	43	1.82
2123379--2123420	21	1.9	21	85	9	57	16	14	9	59	1.60
2124623--2124652	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2126884--2126996	23	4.9	23	82	2	120	30	24	16	27	1.97
2126884--2126996	46	2.4	47	81	10	142	30	24	16	27	1.97
2127635--2127686	20	2.6	19	78	6	59	25	32	13	28	1.93
2130260--2130322	27	2.3	27	94	0	108	41	14	11	33	1.81
2130702--2130776	23	3.3	23	78	10	75	32	22	17	28	1.96
2131412--2131463	20	2.6	20	81	6	61	25	25	11	38	1.89
2133451--2133513	22	2.9	22	90	4	83	23	22	28	25	1.99
2150690--2150716	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
2151813--2151838	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
2153051--2153095	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
2159272--2159351	23	3.5	23	98	0	151	27	21	32	18	1.97
2160835--2160875	21	1.9	21	85	5	55	70	0	2	26	0.99
2161459--2161504	21	2.2	21	84	0	56	26	0	2	71	0.97
2163775--2163805	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
2163775--2163807	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
2165279--2165337	3	20.0	3	89	3	93	62	0	0	37	0.95
2165604--2165666	21	2.9	23	68	15	62	17	23	23	34	1.96
2165711--2165859	45	3.3	45	92	0	244	34	19	20	25	1.96
2165793--2165935	76	1.9	74	86	2	205	34	20	19	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166737--2166950	54	4.0	53	82	6	245	29	21	14	35	1.92
2167761--2167927	75	2.2	75	87	2	228	33	23	13	29	1.93
2167883--2167964	42	2.0	42	80	4	94	28	19	14	37	1.91
2179347--2179480	65	2.1	65	95	0	241	36	5	29	28	1.81
2192142--2192265	46	2.7	46	83	5	153	28	15	13	42	1.85
2192453--2192548	46	2.1	46	84	3	122	27	18	14	39	1.90
2192730--2192770	21	1.9	22	90	5	66	19	12	17	51	1.76
2194614--2194709	46	2.1	46	84	3	122	27	18	14	39	1.90
2194891--2194931	21	1.9	22	90	5	66	19	12	17	51	1.76
2201066--2201168	32	3.2	32	88	2	154	43	14	17	24	1.86
2202789--2203205	130	3.2	130	83	1	548	40	16	11	32	1.83
2203163--2203244	38	2.2	38	97	0	155	39	12	15	32	1.85
2202902--2203505	299	2.0	299	90	0	958	40	15	11	32	1.83
2203204--2203706	131	3.9	131	84	2	663	38	16	11	32	1.85
2203204--2203678	261	1.8	261	92	0	808	38	16	11	33	1.85
2205864--2205945	3	27.3	3	82	0	92	62	3	1	32	1.21
2205857--2205957	30	3.3	30	77	10	105	62	3	3	29	1.31
2205980--2206321	134	2.6	134	87	0	477	28	15	23	32	1.95
2212421--2212783	130	2.8	131	83	0	476	41	15	9	33	1.79
2214856--2214907	3	17.3	3	83	0	59	59	1	3	34	1.27
2221100--2221146	24	2.0	23	83	4	58	34	2	8	55	1.42
2226702--2226760	28	2.1	28	96	0	109	20	11	38	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229768--2229861	31	3.0	31	89	3	136	36	23	20	20	1.95
2230665--2230709	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2233718--2233791	37	2.0	37	86	2	105	55	12	21	10	1.67
2233782--2233814	15	2.2	15	100	0	66	51	12	12	24	1.73
2245417--2245784	180	2.0	185	93	5	640	17	24	17	40	1.91
2247758--2247796	11	3.5	11	82	0	51	48	0	2	48	1.15
2248658--2248709	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2249049--2249130	41	2.0	41	92	0	137	43	21	2	31	1.66
2250513--2250542	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
2250513--2250545	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
2251438--2251498	11	5.5	11	76	0	68	47	0	0	52	1.00
2251439--2251496	22	2.6	22	100	0	116	48	0	0	51	1.00
2254624--2254712	26	3.4	26	95	0	151	60	10	8	20	1.55
2258785--2258840	22	2.5	22	88	0	85	28	28	19	23	1.98
2258841--2258915	30	2.5	30	80	6	80	37	20	13	29	1.90
2260081--2260129	23	2.1	23	88	7	73	57	10	2	30	1.43
2264952--2265009	22	2.6	22	83	0	71	25	25	18	29	1.98
2265031--2265101	31	2.3	31	85	2	90	36	19	18	25	1.94
2274810--2274834	7	3.6	7	100	0	50	64	0	24	12	1.27
2282622--2282763	15	8.7	17	71	20	67	50	1	2	45	1.25
2282674--2282803	30	4.1	30	79	13	154	47	0	2	49	1.19
2282674--2282803	15	8.3	15	78	12	136	47	0	2	49	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282808--2282850	22	2.0	22	90	0	68	34	0	11	53	1.37
2282786--2283268	54	8.8	54	69	19	306	34	0	12	52	1.39
2282830--2282936	32	3.7	32	74	23	126	35	0	11	53	1.37
2282862--2282904	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2282907--2282954	22	2.4	18	73	23	51	37	0	10	52	1.36
2282963--2283300	32	10.7	32	75	16	253	34	0	13	52	1.40
2282996--2283038	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2282884--2283268	166	2.3	166	96	0	716	34	0	13	52	1.40
2283162--2283204	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2283193--2283278	14	5.6	14	67	20	55	36	0	8	55	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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