genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7573454--7573485	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7574232--7574308	37	2.1	37	100	0	154	40	12	16	29	1.86
7577252--7577458	103	2.0	102	92	0	342	26	13	23	36	1.92
7577602--7578182	194	3.0	194	97	0	1099	38	4	21	34	1.75
7587164--7587240	21	3.7	21	77	6	75	25	18	20	35	1.95
7587158--7587310	21	7.1	21	68	16	55	25	18	20	34	1.96
7587215--7587310	44	2.2	45	79	3	106	26	19	19	34	1.96
7588003--7588067	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
7593397--7593456	20	2.8	21	85	7	68	16	23	33	26	1.96
7599845--7599888	18	2.5	19	82	17	51	47	11	22	18	1.80
7609591--7609657	35	1.9	34	87	3	98	31	16	23	28	1.96
7627569--7627650	42	2.0	42	97	0	155	37	7	18	36	1.79
7631397--7631444	25	1.9	25	82	0	60	41	4	0	54	1.20
7632629--7632670	22	1.9	22	90	0	66	16	50	21	11	1.77
7633201--7633775	159	3.6	158	85	4	712	29	16	5	48	1.69
7635941--7636030	24	3.8	24	95	1	155	20	24	25	30	1.99
7636254--7636291	20	1.9	20	84	10	51	50	5	15	28	1.66
7636744--7636794	21	2.4	21	96	0	93	25	25	25	23	2.00
7636808--7636849	21	2.0	21	95	0	75	26	23	26	23	2.00
7639878--7639907	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7642533--7642620	24	3.7	24	92	3	133	20	25	25	29	1.99
7642846--7642883	20	1.9	20	84	10	51	50	5	15	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7643337--7643387	21	2.4	21	93	0	84	27	25	23	23	2.00
7643401--7643442	21	2.0	21	95	0	75	26	23	26	23	2.00
7644081--7644189	20	5.7	19	80	15	118	38	28	14	18	1.90
7644454--7644481	7	4.0	7	100	0	56	42	14	0	42	1.45
7656165--7656249	37	2.3	37	89	4	127	16	10	21	51	1.74
7657291--7657480	4	48.5	4	68	23	52	71	1	2	25	1.03
7657286--7657480	50	3.9	53	76	16	161	71	1	2	25	1.05
7657341--7657470	49	2.6	48	78	13	140	69	1	1	27	1.07
7657640--7657678	14	2.7	15	88	4	53	71	0	0	28	0.86
7658071--7658178	37	2.9	37	92	0	180	33	11	14	40	1.82
7661444--7661503	22	2.7	22	76	20	63	18	1	3	76	1.00
7661458--7661511	17	3.1	17	82	15	58	14	3	3	77	1.04
7661450--7661576	18	6.9	17	71	20	71	21	4	3	70	1.19
7661533--7661581	23	2.1	24	84	3	64	30	2	0	67	1.02
7663577--7663604	14	2.0	14	100	0	56	21	7	14	57	1.61
7667205--7667275	35	2.0	35	97	0	133	26	11	21	40	1.87
7667745--7667828	34	2.6	32	86	5	114	32	8	17	41	1.80
7669845--7669891	23	2.0	23	100	0	94	21	4	17	57	1.56
7674853--7674988	12	11.4	11	67	16	58	41	0	1	57	1.08
7674884--7674961	26	3.0	27	80	12	85	46	0	1	52	1.08
7674862--7675018	63	2.5	64	92	5	259	42	0	1	56	1.10
7674914--7675015	37	2.6	40	77	17	108	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7675533--7675593	31	2.0	31	86	0	86	47	6	4	40	1.51
7676534--7676594	27	2.3	27	82	5	70	22	9	36	31	1.87
7678713--7678866	75	2.0	73	85	6	200	32	0	9	57	1.36
7680466--7680509	19	2.4	18	84	3	61	22	0	25	52	1.48
7680974--7681066	30	3.1	30	81	3	105	24	16	21	37	1.93
7681342--7681429	6	14.8	6	98	1	169	48	0	17	34	1.47
7682227--7682268	17	2.4	18	92	4	68	21	7	0	71	1.09
7682307--7682347	19	2.2	19	86	0	55	21	9	0	68	1.18
7685382--7685426	18	2.2	22	77	22	62	48	0	2	48	1.13
7685387--7685425	18	2.0	20	90	9	64	48	0	2	48	1.15
7689630--7689701	38	1.9	38	94	2	128	12	8	38	40	1.73
7689634--7689717	38	2.2	37	83	6	107	13	8	38	40	1.74
7690300--7690340	18	2.4	17	80	11	57	31	26	0	41	1.56
7690971--7691012	20	2.2	19	88	12	68	23	28	9	38	1.86
7693390--7693471	39	2.1	39	95	0	146	26	13	19	40	1.89
7698214--7698273	19	3.4	17	78	17	52	53	3	3	40	1.34
7701046--7701098	23	2.3	23	87	3	72	54	11	15	18	1.70
7702226--7702250	12	2.1	12	100	0	50	16	36	0	48	1.46
7707019--7707103	23	3.8	22	77	14	93	29	18	23	28	1.98
7707019--7707103	44	1.9	45	87	2	127	29	18	23	28	1.98
7710609--7710677	23	3.0	23	93	0	111	27	26	26	20	1.99
7711822--7711847	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7718032--7718104	26	2.8	26	95	2	130	50	12	28	8	1.68
7720813--7720901	35	2.4	34	78	12	88	49	6	3	40	1.46
7720810--7720925	59	2.0	58	82	11	141	50	6	3	39	1.46
7721006--7721032	14	1.9	14	100	0	54	44	7	3	44	1.49
7721027--7721068	14	2.9	14	85	3	57	35	7	4	52	1.50
7721407--7721451	21	2.1	22	84	12	58	51	8	2	37	1.46
7721443--7721632	14	13.6	14	67	26	77	45	10	1	42	1.48
7721350--7721622	131	2.1	135	81	9	321	43	9	2	44	1.52
7721370--7721621	11	21.1	11	69	21	127	44	9	2	43	1.50
7721448--7721561	26	4.7	25	82	11	123	42	8	2	46	1.49
7721742--7721783	8	5.2	8	80	11	50	52	9	0	38	1.34
7721795--7721850	22	2.7	20	72	20	60	48	8	0	42	1.34
7721795--7721939	36	3.3	42	67	28	113	46	11	0	41	1.40
7721834--7721924	29	3.3	29	74	15	88	47	13	0	39	1.43
7721775--7721945	89	1.9	89	92	2	292	46	11	0	42	1.40
7724516--7724569	28	1.9	28	96	0	99	59	12	0	27	1.34
7724512--7724576	28	2.3	28	84	10	96	56	10	0	32	1.34
7724546--7724594	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
7725149--7725219	29	2.4	29	95	0	124	29	30	26	12	1.93
7725742--7725780	14	3.1	13	86	13	55	66	0	0	33	0.92
7729950--7729990	21	2.0	21	95	0	73	19	46	26	7	1.76
7730463--7730627	90	1.8	90	84	6	226	32	23	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7736350--7736399	24	2.0	25	84	3	66	28	18	18	36	1.94
7736372--7736454	43	1.9	43	82	2	103	25	22	21	30	1.99
7739971--7740037	35	2.0	34	94	5	118	47	8	20	22	1.78
7740375--7740553	20	8.8	20	73	9	87	32	24	13	29	1.93
7740471--7740529	21	2.8	21	97	2	109	37	20	8	33	1.83
7740522--7740599	41	1.9	41	84	5	104	25	20	14	39	1.90
7740767--7740804	16	2.5	15	84	12	51	31	2	0	65	1.06
7741615--7741657	23	2.0	22	90	9	70	55	13	23	6	1.62
7743693--7743728	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
7745461--7745531	21	3.4	21	82	3	90	22	19	33	23	1.97
7745461--7745579	42	2.8	41	85	7	150	26	17	32	23	1.97
7745500--7745579	21	3.8	22	79	11	78	26	17	32	23	1.97
7747647--7747691	20	2.2	20	96	0	81	11	17	22	48	1.78
7747659--7747702	20	2.2	20	83	0	52	13	15	20	50	1.78
7748030--7748087	22	2.6	22	86	0	89	17	17	44	20	1.86
7748121--7748166	20	2.3	20	96	0	83	19	2	28	50	1.60
7748211--7748248	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
7748255--7748306	20	2.6	20	90	0	86	21	11	23	44	1.84
7748294--7748353	18	3.0	20	88	7	88	30	13	25	31	1.93
7748294--7748442	20	7.4	21	73	5	96	29	14	25	30	1.95
7751164--7751193	11	2.7	11	100	0	60	6	56	10	26	1.57
7751820--7751870	21	2.4	21	75	12	52	25	1	21	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7759181--7759232	14	3.8	14	78	14	54	57	3	0	38	1.17
7759181--7759252	27	2.7	27	82	0	81	54	8	1	36	1.39
7764405--7764470	27	2.4	27	80	9	80	54	6	1	37	1.34
7780568--7780645	3	26.0	3	100	0	156	0	33	0	66	0.92
7788100--7788155	13	3.5	16	73	23	55	53	0	0	46	1.00
7788119--7788158	19	2.1	19	86	9	55	50	0	0	50	1.00
7788282--7789301	76	13.5	76	93	0	1706	34	21	20	23	1.97
7788282--7789301	151	6.7	151	92	0	1691	34	21	20	23	1.97
7788282--7789301	454	2.2	454	93	1	1758	34	21	20	23	1.97
7789245--7789610	185	2.0	183	94	2	635	39	14	14	31	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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