genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776071--776146	22	3.5	22	81	16	79	35	11	11	40	1.79
782689--783154	233	2.0	233	97	0	887	35	7	17	40	1.77
785177--785241	25	2.6	25	95	2	112	26	6	23	44	1.76
789228--789282	28	2.0	28	85	0	74	25	12	10	50	1.73
789600--789640	17	2.4	17	83	0	55	24	0	9	65	1.22
791580--791632	10	5.1	10	76	15	54	71	1	1	24	1.06
791801--791871	23	3.1	22	75	17	56	64	0	4	30	1.12
791901--791943	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
792943--793398	105	4.3	106	90	3	666	21	18	26	33	1.96
792943--793398	211	2.1	212	88	2	675	21	18	26	33	1.96
794001--794454	65	6.7	65	72	11	284	38	11	20	30	1.87
794133--794395	36	7.4	36	77	9	254	39	13	19	27	1.89
794085--794454	138	2.7	138	84	0	472	38	11	19	30	1.88
794169--794353	102	1.8	102	85	2	264	39	13	17	29	1.88
795252--795306	22	2.5	22	96	0	101	23	12	25	38	1.90
795964--796030	23	2.9	22	77	20	66	1	14	5	77	1.03
795939--796035	8	12.9	7	73	20	63	2	15	5	77	1.04
799385--799434	10	5.1	10	79	16	52	72	2	2	24	1.06
799705--799747	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
805418--805467	23	2.2	24	92	7	86	42	0	2	56	1.11
806895--806964	27	2.6	27	97	0	131	10	18	28	42	1.82
808239--808308	27	2.6	27	97	0	131	10	18	28	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809580--809649	27	2.6	27	97	0	131	10	18	28	42	1.82
814549--814599	9	5.0	10	76	19	52	78	0	19	1	0.85
814549--814593	22	2.0	22	83	12	56	77	0	20	2	0.87
815304--815348	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
815425--815485	3	19.7	3	75	18	54	65	3	1	29	1.18
816035--816132	37	2.6	37	85	3	117	32	12	14	40	1.83
816645--817464	165	5.0	165	88	5	1202	24	21	25	29	1.99
816645--817464	319	2.5	323	90	3	1231	24	21	25	29	1.99
818006--818041	18	2.0	18	94	0	63	41	33	8	16	1.78
818453--818529	22	3.5	22	94	0	136	22	11	27	38	1.88
819185--819224	16	2.6	16	85	14	57	0	12	10	77	0.99
823077--823173	37	2.6	36	80	6	104	36	11	12	40	1.79
827015--827077	26	2.4	26	86	0	90	19	9	9	61	1.53
828717--828748	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
829028--829062	15	2.4	14	86	9	52	20	2	0	77	0.90
829159--829205	21	2.3	20	80	16	53	12	8	0	78	0.95
830325--830354	15	1.9	16	93	6	53	13	6	0	80	0.91
831931--832186	95	2.7	94	87	5	352	31	18	18	30	1.95
833201--833643	124	3.6	124	89	1	674	31	25	17	25	1.97
833686--834111	84	5.1	84	87	1	552	32	24	19	23	1.97
834877--834915	11	3.5	11	100	0	78	64	35	0	0	0.94
835517--835552	13	2.8	13	100	0	72	36	30	16	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836184--836232	21	2.4	20	83	10	55	18	2	6	73	1.14
836153--836232	20	3.9	20	73	15	65	17	2	7	72	1.19
836649--836699	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
838497--838549	15	3.7	14	83	14	72	47	0	0	52	1.00
839420--839468	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
840329--841234	216	4.2	215	91	3	1450	50	8	11	29	1.68
840329--841234	424	2.1	427	91	2	1453	50	8	11	29	1.68
841240--841329	7	12.9	7	80	0	99	18	0	33	47	1.49
841240--841330	28	3.2	28	83	6	112	18	0	32	48	1.49
841263--841322	21	2.9	21	97	0	111	16	0	31	51	1.45
841327--841381	20	2.6	20	85	8	65	45	5	1	47	1.36
841334--841375	9	4.4	9	78	21	50	47	7	0	45	1.30
841334--841402	34	2.0	36	85	5	97	46	7	2	43	1.46
841438--841650	33	6.5	33	76	14	219	43	7	7	42	1.59
841465--841661	18	10.9	18	68	14	93	44	7	6	41	1.58
841519--841576	17	3.5	17	65	21	50	39	5	8	46	1.57
841569--841616	25	1.9	25	86	0	69	45	8	4	41	1.53
841538--841649	58	1.9	58	96	0	206	43	7	6	42	1.57
841476--841650	91	1.9	94	86	4	257	43	6	7	42	1.59
843280--843369	23	3.8	23	82	7	101	37	18	16	26	1.92
844502--844537	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
845854--845902	13	3.8	13	91	0	80	16	18	46	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845841--845876	18	2.0	18	94	0	63	11	22	47	19	1.80
845826--845854	8	3.8	8	90	9	51	20	27	37	13	1.91
847803--847843	2	21.5	2	90	9	68	53	0	0	46	1.00
847803--847843	19	2.2	19	100	0	82	53	0	0	46	1.00
847900--847974	35	2.1	35	95	0	132	32	29	29	9	1.88
848042--848142	23	4.3	23	83	3	103	40	18	12	27	1.88
848049--848138	23	3.8	23	85	4	108	38	18	14	27	1.90
849271--849306	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
850590--850632	13	3.3	13	100	0	86	13	23	46	16	1.83
850609--850668	18	3.6	18	76	21	76	10	21	48	20	1.78
850596--850668	31	2.4	31	95	0	128	10	21	47	19	1.79
850590--850663	13	5.3	13	80	17	69	13	21	45	18	1.84
850581--850645	26	2.5	26	76	19	73	15	24	43	16	1.87
850677--850723	9	4.9	9	85	14	67	29	34	21	14	1.93
853282--853327	21	2.1	22	96	4	85	47	4	0	47	1.21
853372--853432	26	2.3	26	83	8	70	45	3	1	49	1.28
853577--853647	16	4.4	16	94	0	115	39	14	26	19	1.90
856352--856395	22	2.0	22	91	8	72	47	13	13	25	1.79
865416--865516	51	2.0	51	88	3	150	30	21	26	20	1.98
867132--867185	17	3.2	17	82	15	67	64	9	0	25	1.23
867121--867195	33	2.2	32	80	13	89	62	6	0	30	1.21
868136--868194	18	3.3	18	78	4	66	1	55	1	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868205--868415	12	17.4	12	68	19	118	3	58	0	37	1.21
868207--868317	2	56.0	2	71	12	59	4	55	0	38	1.26
868325--868415	44	2.0	45	85	6	123	2	62	0	35	1.07
868181--868423	12	20.4	12	70	15	78	3	58	1	37	1.22
870189--870228	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
870444--870669	64	3.5	64	88	2	319	31	26	14	27	1.95
876458--876538	24	3.6	23	80	11	96	23	25	20	29	1.99
877236--877299	21	3.0	21	76	13	69	20	45	6	28	1.75
878948--878987	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
879203--879365	65	2.5	65	86	3	231	30	26	15	28	1.96
888630--888737	31	3.5	31	74	8	85	30	29	25	14	1.95
897530--897592	22	3.0	21	79	4	72	36	12	14	36	1.84
900334--900373	21	1.9	21	85	10	55	25	5	0	70	1.08
901133--901178	21	2.2	22	84	11	69	34	8	21	34	1.84
901140--901181	21	2.0	21	100	0	84	33	9	19	38	1.84
904372--904400	15	2.0	15	93	6	51	62	0	6	31	1.22
908539--908611	23	3.1	23	78	5	67	26	9	13	50	1.72
908934--908966	13	2.6	13	95	4	59	42	24	18	15	1.88
914390--914440	19	2.7	19	84	0	75	27	15	23	33	1.95
932074--932116	12	3.6	12	100	0	86	34	6	34	23	1.82
937814--937868	25	2.3	25	80	17	64	61	5	21	10	1.49
938066--938112	21	2.2	21	96	0	85	31	31	10	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938595--938663	30	2.3	30	80	7	77	15	27	30	26	1.96
940722--940776	10	5.5	10	73	16	51	14	9	18	58	1.62
940719--940789	20	3.5	20	84	0	88	15	11	16	56	1.67
940882--940936	23	2.4	23	93	0	92	23	14	25	36	1.93
941776--941814	16	2.4	16	86	0	51	35	17	25	20	1.95
947481--947562	2	41.0	2	95	0	146	50	0	2	47	1.14
948485--948525	3	13.3	3	89	5	64	65	0	0	34	0.93
948861--948945	40	2.2	39	82	6	100	23	20	34	22	1.97
949059--949220	46	3.8	44	76	10	140	27	17	30	24	1.97
949066--949221	40	3.6	42	77	10	140	26	18	30	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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