genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8040716--8040863	61	2.4	61	98	0	287	39	19	20	20	1.93
8040716--8040877	41	4.0	41	82	4	204	40	17	20	21	1.92
8041424--8041474	20	2.5	20	90	0	75	50	21	13	13	1.76
8041467--8041522	14	3.6	14	74	21	58	44	23	19	12	1.84
8041467--8041538	33	2.2	33	94	0	126	45	25	18	11	1.81
8041691--8041745	25	2.2	26	81	15	71	18	9	18	54	1.69
8041944--8042009	21	3.2	20	81	10	62	24	24	16	34	1.95
8041957--8042009	21	2.5	21	87	6	72	22	24	16	35	1.95
8041999--8042110	20	5.6	20	84	2	152	39	20	20	19	1.93
8041999--8042115	41	2.9	41	84	1	155	38	20	19	21	1.94
8041999--8042112	61	1.9	60	87	1	165	38	20	20	21	1.94
8042640--8042711	20	3.6	19	79	5	72	52	16	16	13	1.74
8042655--8042715	21	3.0	21	80	7	72	52	16	19	11	1.74
8042738--8042850	20	6.1	19	74	13	110	14	22	18	45	1.85
8045038--8045081	9	4.6	9	78	15	52	86	0	13	0	0.57
8045038--8045081	10	4.4	10	77	11	54	86	0	13	0	0.57
8045038--8045081	21	2.2	20	91	4	70	86	0	13	0	0.57
8045421--8045469	19	2.8	17	84	9	64	36	8	6	48	1.58
8046649--8046872	114	2.0	114	88	1	333	34	16	19	30	1.93
8047600--8047935	116	2.9	115	86	2	446	37	13	18	29	1.90
8047891--8048180	124	2.4	124	84	7	348	42	15	18	23	1.89
8048326--8048388	3	21.0	3	90	6	101	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8050495--8050528	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
8056885--8056927	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
8056884--8056933	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
8060743--8060776	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
8061604--8061869	20	13.4	19	81	8	207	35	18	18	27	1.94
8061604--8061793	60	3.2	60	92	3	294	40	18	17	23	1.91
8061636--8061969	60	5.6	60	82	4	275	32	18	19	29	1.96
8061770--8061948	20	8.9	20	85	3	227	24	18	20	36	1.95
8061945--8061990	21	2.2	21	92	0	74	36	19	28	15	1.92
8063687--8064062	94	4.1	93	93	2	616	22	12	18	47	1.82
8064179--8064276	33	2.9	33	84	1	133	48	24	18	8	1.75
8064153--8064294	20	7.9	19	72	17	90	49	21	19	9	1.77
8064317--8064407	19	4.6	19	80	5	101	12	20	19	47	1.81
8064300--8064383	39	2.4	33	75	21	96	9	23	21	45	1.81
8064310--8064390	39	2.1	39	90	0	126	12	22	18	46	1.82
8064808--8064896	42	2.1	42	80	0	106	21	38	16	23	1.93
8066279--8066314	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
8066436--8066467	14	2.3	14	94	0	55	50	21	21	6	1.71
8066473--8066623	19	8.7	19	66	21	98	11	24	19	43	1.85
8066477--8066603	33	3.8	33	97	0	236	11	24	18	44	1.83
8066498--8066585	14	5.6	14	70	23	59	11	25	19	44	1.84
8066576--8066630	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8070004--8070168	19	8.4	19	84	6	145	34	18	18	27	1.95
8070004--8070151	19	7.5	19	80	9	154	36	18	18	26	1.94
8070004--8070180	79	2.2	80	86	7	247	34	19	18	27	1.95
8070004--8070154	60	2.5	58	85	6	178	36	18	18	26	1.94
8070135--8070310	21	8.6	21	88	4	227	21	21	17	39	1.92
8070118--8070310	41	4.8	41	89	3	284	21	21	18	38	1.93
8070118--8070310	83	2.4	80	90	3	289	21	21	18	38	1.93
8070125--8070353	83	2.8	83	80	2	214	24	20	19	36	1.95
8070300--8070352	21	2.5	21	78	0	61	33	16	26	22	1.96
8071848--8071879	4	8.0	4	92	0	55	28	0	0	71	0.86
8071844--8071879	12	3.0	12	95	0	63	30	0	0	69	0.89
8072910--8072949	21	1.9	21	89	0	62	60	0	5	35	1.19
8079036--8079135	3	33.3	3	100	0	200	33	0	0	67	0.91
8081474--8081556	30	2.8	30	85	1	105	33	30	19	16	1.94
8082792--8082952	64	2.5	63	83	5	189	27	21	17	34	1.95
8086269--8086351	30	2.8	30	79	1	96	33	28	18	19	1.95
8086329--8086420	31	3.0	31	75	3	96	32	18	18	30	1.95
8087648--8087698	19	2.7	19	90	0	84	23	25	17	33	1.96
8087602--8087760	83	1.9	82	84	5	212	25	18	18	37	1.93
8089431--8089555	32	3.9	31	79	7	117	32	16	18	32	1.94
8090295--8090337	12	3.8	12	78	12	54	18	18	18	44	1.87
8097770--8097811	18	2.4	18	92	4	68	50	0	7	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8097986--8098023	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8102404--8102447	22	2.0	23	86	4	63	34	0	4	61	1.16
8103337--8103459	47	2.6	47	90	1	194	31	15	21	31	1.94
8107871--8108099	125	1.8	125	83	5	302	31	18	28	20	1.96
8109295--8109416	36	3.4	36	72	3	111	36	21	17	25	1.95
8109785--8110476	54	12.9	54	87	3	900	33	19	26	21	1.97
8110427--8110698	55	4.9	55	86	7	338	30	15	26	27	1.95
8112904--8112947	22	2.0	23	86	4	63	34	0	4	61	1.16
8118434--8118492	22	2.7	21	74	7	55	49	6	3	40	1.46
8118632--8118682	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
8118632--8118826	20	9.6	20	78	5	86	41	20	20	17	1.90
8118934--8119043	6	18.5	6	99	0	213	32	50	16	0	1.45
8119734--8119770	6	6.5	6	96	3	60	0	16	54	29	1.43
8119848--8119887	20	2.0	20	90	0	62	10	17	20	52	1.72
8119880--8120030	20	7.4	20	86	4	185	18	26	18	36	1.94
8119860--8120051	40	4.7	40	81	5	204	17	25	18	38	1.93
8119877--8120051	83	2.1	83	91	0	278	18	26	19	36	1.94
8120065--8120116	20	2.6	20	90	6	79	11	15	19	53	1.71
8120453--8120495	16	2.8	15	79	6	50	11	13	0	74	1.07
8120453--8120496	15	2.9	15	80	6	52	11	13	0	75	1.06
8124899--8124964	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
8126165--8126778	224	2.8	222	88	4	886	30	15	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8126244--8126781	112	4.8	112	91	0	869	29	16	22	31	1.95
8126780--8126855	37	2.1	37	92	5	127	21	14	21	43	1.87
8126859--8127064	42	4.9	42	81	2	243	34	19	20	25	1.96
8127297--8127395	43	2.3	43	87	0	135	22	19	30	28	1.98
8127624--8127734	43	2.6	42	84	2	141	20	17	31	30	1.95
8127092--8127853	335	2.3	335	93	0	1292	23	18	23	34	1.96
8128012--8128073	32	1.9	32	93	0	106	33	27	9	29	1.88
8129115--8129185	10	7.5	10	80	16	71	0	18	1	80	0.79
8129119--8129221	46	2.3	44	83	9	127	2	15	1	79	0.94
8129113--8129226	10	10.5	10	73	19	63	2	17	2	77	1.01
8129127--8129248	36	3.6	35	80	8	110	2	14	4	77	1.03
8129207--8129249	22	1.9	22	85	4	59	0	11	11	76	1.02
8129117--8129249	56	2.3	55	76	16	121	2	15	5	77	1.04
8129847--8129884	19	2.0	19	89	0	58	44	5	28	21	1.73
8135993--8136017	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8139148--8139196	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
8139168--8139377	65	3.2	65	77	11	198	27	18	22	31	1.97
8139645--8139850	74	2.7	74	82	6	238	24	30	22	21	1.99
8145620--8145682	21	2.9	21	85	4	81	22	36	23	17	1.95
8148282--8148489	75	2.8	75	85	5	260	23	31	23	21	1.98
8149512--8149575	33	1.9	33	93	0	110	34	10	9	45	1.72
8150030--8150064	15	2.3	15	90	0	52	25	28	5	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8150038--8150073	15	2.4	15	90	0	54	19	25	13	41	1.88
8154763--8154805	20	2.1	21	86	4	61	58	4	0	37	1.19
8156062--8156114	26	2.1	26	85	3	72	39	1	0	58	1.09
8156133--8156171	21	1.9	20	84	5	51	64	2	10	23	1.37
8158969--8159007	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
8162803--8162857	12	4.8	12	77	6	60	30	0	0	69	0.89
8163209--8163258	24	2.1	24	81	3	57	46	0	0	54	1.00
8165510--8165556	23	2.0	23	83	0	58	42	8	8	40	1.66
8166177--8166241	23	3.0	21	75	18	60	27	0	1	70	0.96
8166180--8166232	12	4.7	12	77	11	58	28	0	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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