genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          65   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8574881--8574921	17	2.4	17	100	0	82	48	24	0	26	1.51
8580640--8580854	97	2.2	96	80	4	236	41	18	9	29	1.83
8588872--8588905	17	2.0	17	88	0	50	38	2	11	47	1.55
8589645--8589804	39	4.1	39	90	0	248	15	25	27	31	1.95
8589645--8589837	39	4.9	39	84	5	221	16	23	26	33	1.96
8589649--8589837	78	2.4	78	85	3	247	16	23	25	33	1.95
8591898--8591945	16	2.9	16	77	19	53	56	0	2	41	1.11
8591925--8591969	21	2.1	21	87	0	63	55	2	2	40	1.24
8591899--8592073	64	2.8	58	81	11	163	54	1	0	43	1.11
8591939--8592096	61	2.5	65	89	8	245	56	1	0	41	1.07
8591992--8592073	25	3.2	25	79	16	89	54	1	0	43	1.07
8591995--8592066	24	2.8	27	80	14	82	52	1	0	45	1.09
8591939--8592073	64	2.1	61	94	5	234	54	1	0	43	1.09
8591939--8592088	14	12.0	12	68	19	85	56	1	0	42	1.08
8606376--8606412	16	2.4	16	95	4	67	40	0	0	59	0.97
8614243--8614276	15	2.3	15	100	0	68	26	5	0	67	1.13
8615616--8615655	21	1.9	20	85	10	53	30	2	2	65	1.19
8615765--8615798	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8618188--8618213	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
8619036--8619092	30	1.9	30	88	0	87	35	7	8	49	1.61
8619563--8619784	94	2.3	95	91	0	347	36	8	16	39	1.78
8619691--8619854	74	2.3	71	84	6	199	37	6	15	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8619647--8619952	169	1.8	168	94	0	540	35	7	16	39	1.78
8619487--8620066	263	2.2	254	89	5	844	37	7	15	39	1.75
8619816--8620046	94	2.5	94	92	1	383	35	8	17	39	1.79
8621284--8621322	19	1.9	19	85	10	51	48	2	7	41	1.45
8624020--8624048	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
8625844--8625924	30	2.7	30	98	0	153	37	12	11	39	1.78
8633185--8633214	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
8633213--8633301	3	29.7	3	90	0	142	64	0	2	33	1.06
8633618--8634059	116	3.9	114	92	1	667	29	20	12	37	1.90
8633618--8634059	229	1.9	227	88	4	665	29	20	12	37	1.90
8634695--8635144	83	5.4	83	97	0	837	36	20	14	29	1.92
8636264--8636323	1	60.0	1	76	0	57	0	11	0	88	0.52
8636265--8636322	11	4.8	12	82	17	75	0	12	0	87	0.53
8636264--8636324	27	2.3	27	91	8	99	0	13	0	86	0.56
8636263--8636323	12	4.9	12	82	13	79	0	13	0	86	0.56
8646954--8647004	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
8649022--8649046	12	2.1	12	100	0	50	48	24	12	16	1.79
8649098--8649127	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
8649126--8649208	3	27.7	3	92	0	139	62	0	2	34	1.08
8649624--8649712	28	3.1	28	76	9	79	43	8	7	39	1.65
8649634--8649728	28	3.3	28	80	8	100	42	10	8	38	1.70
8649824--8649886	30	2.1	31	88	8	94	39	12	11	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8653695--8654462	398	1.9	399	94	1	1362	36	14	16	31	1.89
8665584--8665794	105	2.0	104	90	2	334	38	14	11	35	1.83
8667611--8667721	2	55.5	2	100	0	222	50	0	0	49	1.00
8672082--8672140	22	2.7	22	86	5	75	30	23	22	23	1.99
8689144--8689204	20	3.3	17	84	15	77	83	0	3	13	0.76
8689144--8689205	28	2.3	27	88	8	90	82	0	3	14	0.80
8689144--8689204	9	6.6	9	82	14	79	83	0	3	13	0.76
8690206--8690786	55	10.8	55	83	8	662	29	16	25	28	1.97
8690370--8690764	111	3.6	112	83	6	477	29	16	25	28	1.97
8690209--8690692	166	3.0	164	87	6	643	29	16	25	28	1.97
8693727--8693758	16	2.1	16	94	5	57	9	0	6	84	0.78
8695711--8696495	182	4.4	182	88	3	1088	40	14	17	28	1.88
8697116--8697639	200	2.6	199	84	4	664	39	13	15	31	1.86
8703285--8703313	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8703492--8703538	3	15.3	3	87	12	69	36	0	0	63	0.94
8707453--8707494	8	6.0	7	82	17	52	14	16	11	57	1.66
8709121--8709149	15	1.9	15	100	0	58	41	13	24	20	1.89
8714993--8715327	113	3.0	113	89	3	489	37	16	19	26	1.93
8715258--8715321	20	3.2	20	67	20	62	42	10	21	25	1.85
8715650--8715713	12	5.3	12	70	20	53	42	0	0	57	0.98
8715650--8715693	3	14.3	3	86	13	63	38	0	0	61	0.96
8717220--8717263	10	4.2	10	81	18	54	36	4	0	59	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8718612--8718712	42	2.4	42	90	1	150	29	16	21	31	1.96
8720096--8720347	83	3.1	83	78	3	240	32	20	14	32	1.93
8723824--8723859	17	2.1	17	89	0	54	77	2	2	16	1.00
8723812--8723881	13	4.9	13	71	22	52	74	2	2	20	1.08
8723812--8723881	30	2.3	31	85	14	92	74	2	2	20	1.08
8723820--8723905	22	3.9	22	76	15	61	70	5	5	17	1.27
8724013--8724043	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8724097--8724148	27	1.9	27	81	14	63	53	5	3	36	1.43
8726241--8726326	39	2.3	35	88	7	118	29	8	23	39	1.83
8726313--8726545	37	6.6	36	73	17	132	39	13	20	26	1.89
8726443--8726545	36	2.8	37	89	2	163	36	14	20	28	1.92
8726346--8726532	102	1.8	102	82	6	245	38	13	20	27	1.90
8726610--8726682	37	2.0	37	91	0	119	41	12	19	27	1.87
8726612--8726696	37	2.3	37	82	6	102	43	12	17	25	1.85
8726714--8726798	37	2.3	37	83	2	100	38	16	22	22	1.92
8726816--8726900	37	2.3	37	85	2	109	40	15	18	25	1.90
8726583--8726996	102	4.1	102	88	0	578	37	13	19	29	1.90
8727169--8727502	106	3.2	106	89	0	488	22	19	22	35	1.96
8728123--8728236	32	3.5	32	82	5	113	37	18	13	30	1.89
8728141--8728231	33	2.8	32	86	1	119	37	18	12	31	1.88
8732564--8732641	28	2.6	30	84	10	97	74	5	3	16	1.15
8732578--8732665	23	3.9	23	77	15	67	71	6	5	15	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8732599--8732669	32	2.4	27	82	17	72	70	5	5	18	1.27
8735935--8735965	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8735983--8736048	29	2.3	29	84	7	89	68	0	6	25	1.13
8735985--8736058	32	2.4	31	82	13	89	70	1	5	22	1.16
8736071--8736124	2	28.5	2	89	10	87	53	0	0	46	1.00
8737286--8737502	106	2.0	106	83	1	265	22	18	24	34	1.96
8739762--8739794	15	2.2	15	100	0	66	27	45	15	12	1.81
8740917--8741119	31	6.5	31	93	0	343	39	21	18	19	1.92
8748992--8749047	27	2.1	27	83	6	69	73	1	3	21	1.08
8748981--8749053	36	2.1	35	82	14	89	72	1	4	21	1.09
8749084--8749118	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8753175--8753258	42	2.0	42	83	6	107	28	17	16	36	1.92
8753196--8753323	68	1.9	67	83	1	166	24	19	20	35	1.95
8753263--8753506	43	5.7	43	79	6	215	27	19	17	35	1.94
8754399--8754429	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
8754769--8754799	14	2.2	14	100	0	62	29	29	0	41	1.56
8756218--8756250	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8766868--8767048	57	3.3	54	77	18	169	18	9	1	70	1.24
8768453--8768501	3	16.0	3	87	8	64	71	0	0	28	0.86
8768453--8768501	14	3.8	13	87	12	66	71	0	0	28	0.86
8768453--8768499	17	2.8	17	90	6	69	72	0	0	27	0.85
8768499--8768798	37	8.6	36	81	15	339	43	6	2	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8768627--8768686	25	2.3	26	94	2	104	41	6	0	51	1.28
8768627--8768686	27	2.4	25	86	13	79	41	6	0	51	1.28
8768570--8768761	98	1.9	101	92	4	327	41	5	3	50	1.42
8768673--8768722	26	2.0	25	84	4	64	42	6	4	48	1.46
8768652--8768798	76	2.0	73	89	9	226	42	7	2	46	1.46
8768759--8768844	26	3.3	26	78	12	97	46	8	1	44	1.40
8768764--8768852	27	3.4	25	82	11	99	47	7	0	44	1.32
8768817--8768916	35	2.7	34	83	11	101	45	5	3	47	1.40
8768822--8768949	37	3.3	37	81	12	134	49	5	3	42	1.41
8768816--8768949	39	3.4	38	80	13	139	47	5	2	44	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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