genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283280--2283322	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2283347--2283405	31	1.9	31	89	0	91	42	8	6	42	1.61
2288208--2288265	23	2.3	24	85	11	73	1	10	15	72	1.19
2288208--2288268	25	2.6	22	84	10	68	1	9	16	72	1.19
2288418--2288483	31	2.1	31	91	5	107	15	24	37	22	1.92
2288724--2288778	12	4.8	12	78	13	62	58	1	1	38	1.20
2288703--2288800	30	3.3	29	81	7	90	59	3	1	36	1.20
2288724--2288793	21	3.3	21	92	4	106	58	4	1	35	1.26
2289149--2289684	112	4.8	113	88	3	771	29	19	13	37	1.90
2289149--2289685	225	2.4	227	89	4	811	29	19	13	37	1.90
2289797--2289896	34	2.9	34	78	8	98	4	19	0	77	0.93
2289882--2289935	26	2.0	26	92	3	90	5	12	11	70	1.32
2289840--2289893	7	6.9	7	80	17	54	1	16	0	81	0.78
2292834--2292875	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
2294349--2294398	19	2.6	19	87	6	75	72	0	2	26	0.96
2294354--2294400	16	2.9	16	84	12	53	72	0	2	25	0.96
2294816--2294890	21	3.6	21	92	0	114	29	26	21	22	1.99
2294878--2294949	20	3.6	20	90	0	108	40	15	18	26	1.90
2294939--2295197	21	12.5	21	77	11	171	25	22	19	32	1.97
2294939--2295153	62	3.5	62	86	5	303	26	22	18	32	1.97
2294981--2295135	20	7.6	20	78	16	131	26	21	16	34	1.95
2294959--2295197	41	5.8	41	79	10	174	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296718--2296778	28	2.3	27	86	11	81	1	11	11	75	1.12
2297206--2297248	21	2.0	21	90	0	68	55	2	2	39	1.25
2297208--2297254	21	2.2	21	84	0	58	55	4	4	36	1.39
2299748--2299823	20	3.8	20	77	5	64	30	17	23	28	1.97
2307455--2307517	31	2.0	31	81	6	74	26	34	14	23	1.93
2307748--2308292	271	2.0	273	88	0	806	37	16	17	28	1.92
2320711--2320750	18	2.2	18	95	0	71	57	0	2	40	1.12
2320714--2320777	18	3.6	17	79	8	65	51	1	3	43	1.26
2321026--2321069	15	2.9	15	100	0	88	52	20	6	20	1.69
2321675--2321727	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
2323815--2323900	43	2.0	43	93	4	147	20	29	5	44	1.75
2327762--2327799	20	1.9	19	89	5	58	47	2	10	39	1.52
2331913--2331943	14	2.3	14	94	5	55	35	3	25	35	1.72
2338007--2338060	24	2.2	25	81	12	60	12	11	1	74	1.16
2344149--2344178	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2346596--2346661	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
2346752--2348904	549	3.9	550	90	2	3135	25	10	19	44	1.82
2349848--2349888	21	2.0	22	85	9	59	60	0	2	36	1.10
2350230--2350271	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2350476--2350518	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2359022--2359822	81	9.9	81	88	0	1145	31	19	11	37	1.88
2360346--2360389	20	2.3	19	96	4	79	31	22	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2368414--2368452	20	1.9	21	89	5	62	48	7	12	30	1.69
2368542--2368607	23	2.9	23	84	2	80	16	24	27	31	1.96
2374902--2374941	21	1.9	21	100	0	80	40	10	10	40	1.72
2375584--2375649	24	2.8	23	79	4	69	19	25	22	31	1.98
2378575--2378613	14	2.8	14	100	0	78	48	0	5	46	1.24
2381380--2381433	20	2.7	20	100	0	108	20	20	25	33	1.97
2384152--2384274	21	5.7	21	77	4	129	25	22	25	26	2.00
2384156--2384293	43	3.2	43	89	4	199	25	21	25	28	1.99
2384156--2384293	21	6.4	21	76	7	118	25	21	25	28	1.99
2390077--2390250	91	1.9	90	86	6	244	29	16	24	29	1.97
2390211--2390248	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2393539--2393579	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2397548--2397592	20	2.3	20	84	3	56	42	22	0	35	1.54
2404535--2404619	24	3.5	24	81	9	93	17	12	15	54	1.72
2404553--2404617	12	5.4	12	73	14	62	15	13	15	55	1.70
2406667--2406716	22	2.2	23	79	13	59	24	2	24	50	1.60
2409297--2409368	24	3.0	24	76	8	83	20	11	13	54	1.70
2409302--2409366	12	5.4	12	73	10	53	16	10	15	56	1.66
2411551--2411588	15	2.5	16	87	8	53	13	39	0	47	1.42
2413020--2413169	32	4.7	33	72	11	114	37	14	16	31	1.89
2413024--2413201	96	1.9	96	83	2	232	37	15	17	30	1.90
2418738--2418892	32	4.8	32	71	4	116	34	14	16	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424296--2424333	19	2.0	19	100	0	76	5	21	21	52	1.66
2426663--2426700	20	1.9	20	94	0	67	21	34	18	26	1.96
2432975--2433013	13	2.9	13	92	3	60	35	12	7	43	1.72
2435177--2435214	20	1.9	20	88	0	58	21	26	23	28	1.99
2437770--2437821	20	2.7	18	80	16	59	28	28	11	30	1.92
2437880--2437922	20	2.2	20	100	0	86	18	11	18	51	1.76
2437880--2437931	20	2.6	20	93	0	77	19	15	19	46	1.85
2443893--2443921	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2447407--2447582	29	6.1	27	79	13	142	33	5	18	42	1.73
2448596--2448634	13	2.9	14	84	7	53	41	2	5	51	1.38
2454619--2454768	29	5.1	29	79	9	162	32	4	20	42	1.73
2455500--2455532	15	2.2	15	89	10	50	24	15	12	48	1.78
2456891--2456966	24	3.2	25	81	10	88	7	15	36	39	1.77
2456995--2457029	3	11.3	3	93	6	61	65	0	0	34	0.93
2456996--2457028	16	2.1	16	100	0	66	69	0	0	30	0.88
2457578--2457707	51	2.5	51	78	8	131	53	19	14	13	1.73
2458627--2458651	6	4.2	6	100	0	50	64	0	36	0	0.94
2459660--2459696	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2460912--2461021	2	58.0	2	84	10	151	48	0	0	51	1.00
2463061--2463232	50	3.6	49	73	13	160	30	14	5	50	1.65
2463064--2463287	94	2.4	95	87	3	337	32	14	4	48	1.64
2463109--2463278	45	3.7	44	71	13	146	33	14	3	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468755--2468783	14	2.0	15	93	6	51	48	6	17	27	1.72
2471218--2471266	3	16.0	3	82	4	53	57	0	8	34	1.29
2472281--2472860	72	8.1	70	77	10	460	41	10	19	28	1.84
2472415--2472903	73	6.7	72	78	10	415	42	10	18	28	1.84
2472552--2472666	35	3.2	35	71	4	122	44	11	22	21	1.84
2472281--2472905	145	4.3	142	78	8	529	41	10	19	28	1.84
2472643--2472825	38	4.9	38	66	11	128	43	10	18	28	1.82
2472944--2473082	64	2.3	59	77	6	143	43	10	18	26	1.83
2475107--2475175	3	22.7	3	88	2	102	37	0	0	62	0.96
2476628--2476681	20	2.6	22	76	18	55	24	0	5	70	1.08
2476649--2476859	113	1.9	114	83	4	275	36	9	8	45	1.66
2477384--2477437	28	2.0	27	85	3	72	33	5	1	59	1.31
2477401--2477482	24	3.6	24	71	17	59	29	6	2	62	1.32
2482569--2482646	31	2.5	31	87	2	104	85	0	14	0	0.59
2482569--2482618	1	50.0	1	87	0	73	94	0	6	0	0.33
2482583--2482649	9	7.1	9	83	6	53	82	0	17	0	0.68
2482570--2482646	10	7.5	11	80	12	83	85	0	14	0	0.59
2482615--2482653	9	4.3	9	90	6	53	71	0	28	0	0.86
2483105--2483166	32	1.9	32	90	0	97	46	17	16	19	1.84
2486909--2487066	54	3.0	54	81	8	182	36	15	22	25	1.93
2487429--2487483	22	2.5	22	90	0	92	36	10	12	40	1.79
2488161--2488722	76	7.4	76	95	0	980	25	18	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488885--2488937	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
2490628--2490665	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
2494580--2494618	11	3.5	11	92	3	60	71	0	0	28	0.86
2494574--2494618	17	2.6	18	82	10	58	73	0	0	26	0.84
2494574--2494620	6	8.2	6	83	9	53	70	0	0	29	0.88
2496390--2496658	103	2.6	102	85	4	353	31	22	14	32	1.93
2497539--2497576	17	2.2	18	95	4	69	39	21	21	18	1.93
2498411--2498454	18	2.4	18	96	0	79	36	4	13	45	1.64
2499151--2499191	22	1.9	22	90	5	66	58	9	0	31	1.31
2500808--2500870	3	22.0	3	72	15	53	60	1	3	34	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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