genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8167245--8167272	12	2.3	12	100	0	56	78	0	0	21	0.75
8167235--8167283	22	2.3	21	85	3	62	73	2	0	24	0.94
8171311--8171361	15	3.4	15	88	0	75	23	54	1	19	1.54
8171316--8171356	18	2.3	18	91	0	64	26	58	0	14	1.37
8174036--8174462	145	2.9	145	80	5	461	31	22	24	21	1.98
8174593--8174657	29	2.2	29	81	5	78	15	10	12	61	1.56
8174616--8174694	30	2.7	30	82	9	83	18	11	11	58	1.62
8178917--8178979	24	2.7	23	79	16	76	34	14	3	47	1.60
8179112--8179183	32	2.2	32	82	0	81	37	8	25	29	1.85
8179718--8179800	43	1.9	43	95	0	148	27	31	19	21	1.97
8179717--8179819	43	2.4	43	86	0	143	27	32	17	23	1.97
8180212--8180328	36	3.4	35	71	13	109	24	23	13	37	1.92
8180186--8180391	66	3.1	65	82	7	220	25	21	14	38	1.91
8180751--8180779	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
8181089--8181363	145	1.9	145	84	0	370	31	18	26	23	1.97
8181089--8181411	145	2.2	145	82	2	362	32	18	25	23	1.97
8184965--8184997	9	3.8	9	92	8	59	57	0	0	42	0.98
8185399--8185545	36	4.1	36	87	2	215	40	13	18	27	1.88
8185399--8185545	71	2.0	73	88	2	217	40	13	18	27	1.88
8185640--8186223	292	2.0	294	88	2	877	25	18	23	32	1.97
8186143--8186266	43	2.9	42	81	3	140	24	18	26	30	1.98
8185897--8186717	335	2.5	335	96	0	1471	23	19	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8186479--8186594	43	2.7	43	86	0	151	23	19	26	30	1.98
8186910--8186966	31	1.9	30	82	7	71	26	21	14	38	1.91
8187990--8188025	9	3.9	9	89	7	54	0	16	2	80	0.83
8187992--8188056	33	2.0	33	81	6	78	4	13	1	80	0.95
8187990--8188056	10	6.7	9	73	26	55	4	13	1	80	0.93
8188255--8188282	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8195851--8195967	30	3.9	30	74	11	98	20	11	10	57	1.63
8196204--8196239	16	2.2	17	90	5	56	27	5	5	61	1.41
8198004--8198118	60	1.9	60	85	7	162	41	5	20	33	1.74
8201388--8201438	8	6.1	8	78	15	50	29	0	1	68	1.00
8201559--8201588	15	1.9	16	93	6	53	36	6	3	53	1.44
8204920--8204946	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8210589--8210640	26	2.0	26	85	3	70	25	21	11	42	1.86
8219618--8219723	23	4.7	23	75	11	119	31	26	23	18	1.98
8219656--8219752	45	2.2	45	100	0	194	36	23	20	19	1.95
8220243--8220308	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
8221372--8221428	20	2.7	20	81	8	60	26	26	19	28	1.99
8221416--8221577	64	2.5	63	80	8	177	25	24	19	30	1.98
8221855--8221905	25	2.0	25	100	0	102	41	15	11	31	1.83
8222282--8222306	8	3.1	8	100	0	50	36	12	0	52	1.39
8224891--8224967	23	3.3	23	76	7	84	27	19	28	24	1.99
8225464--8225501	2	19.0	2	89	10	60	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8225458--8225500	14	3.2	14	90	6	63	46	2	4	46	1.36
8226565--8226621	20	2.7	20	81	8	60	26	24	19	29	1.98
8227295--8227319	13	1.9	13	100	0	50	72	0	28	0	0.86
8228033--8228096	20	3.1	20	86	4	92	15	28	39	17	1.90
8229490--8229537	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
8236257--8236284	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
8253422--8253490	32	2.2	32	84	2	86	44	4	7	43	1.51
8253433--8253540	32	3.4	31	78	6	119	40	3	7	48	1.49
8253433--8253557	32	4.0	32	78	9	116	40	4	6	48	1.47
8255643--8255681	20	1.9	21	85	15	55	35	30	0	33	1.58
8276347--8276410	32	2.0	32	100	0	128	37	28	3	31	1.73
8280953--8281013	16	3.8	16	95	0	113	8	13	22	55	1.64
8281083--8281115	16	2.1	16	94	0	57	9	12	24	54	1.66
8281951--8282012	18	3.4	18	90	0	97	14	45	11	29	1.80
8284969--8285004	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8285268--8285393	60	2.1	61	82	7	150	30	16	15	37	1.90
8285496--8285608	51	2.2	49	80	10	113	23	8	7	61	1.50
8291650--8291719	36	1.9	36	88	0	104	28	22	12	35	1.91
8291902--8292264	39	9.5	39	83	5	411	28	19	15	36	1.93
8292160--8292219	30	2.0	30	93	0	102	26	20	16	36	1.93
8292122--8292258	69	2.0	69	85	0	184	29	21	13	35	1.92
8292247--8292306	21	2.9	21	94	0	102	25	16	13	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8292278--8292640	36	10.0	36	80	4	372	24	15	16	42	1.88
8292386--8292450	21	3.4	21	66	24	61	21	18	15	44	1.86
8291907--8292640	36	19.7	36	75	11	290	26	17	16	39	1.90
8292996--8293775	262	3.0	261	84	3	996	29	20	20	29	1.98
8292993--8293775	134	5.9	133	83	4	937	29	20	20	29	1.98
8293221--8293731	44	11.6	44	66	8	144	29	21	19	29	1.98
8293704--8293822	51	2.5	45	80	15	148	27	21	21	29	1.98
8293726--8293825	51	2.0	51	97	0	191	26	22	21	31	1.98
8293858--8294283	133	3.2	132	85	3	543	29	18	20	30	1.96
8294600--8294682	28	3.0	28	82	8	98	33	38	0	27	1.57
8294983--8295026	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
8295517--8295629	51	2.2	49	80	10	113	23	8	7	61	1.50
8298975--8299028	24	2.2	24	100	0	108	24	0	7	68	1.15
8298986--8299029	12	3.7	12	75	0	52	22	0	6	70	1.11
8299022--8299121	41	2.5	41	81	9	102	49	1	0	50	1.07
8299098--8299141	23	1.9	23	86	9	63	50	2	0	47	1.13
8299251--8299302	23	2.3	23	86	6	70	50	0	0	50	1.00
8299261--8299302	11	3.8	11	78	9	50	50	0	0	50	1.00
8299258--8299314	23	2.7	21	74	12	62	49	0	0	50	1.00
8300171--8300210	20	2.0	21	85	9	57	52	10	17	20	1.72
8301149--8301191	2	21.5	2	95	0	77	53	0	0	46	1.00
8305380--8305436	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8306969--8307053	3	28.3	3	84	9	111	62	1	0	36	1.03
8307338--8307786	52	8.6	52	94	0	763	29	25	16	28	1.96
8307782--8308061	55	5.1	55	91	1	447	28	29	15	27	1.96
8307782--8308061	108	2.6	109	91	2	454	28	29	15	27	1.96
8309214--8309345	9	14.3	9	72	16	74	9	9	0	81	0.93
8309219--8309351	11	12.2	10	72	19	63	9	9	0	80	0.95
8309214--8309347	8	15.8	8	77	14	85	9	8	0	80	0.94
8316430--8316472	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
8317998--8318061	3	21.3	3	83	12	69	60	3	0	35	1.12
8317998--8318066	19	3.6	19	77	12	79	59	2	0	37	1.12
8318003--8318061	22	2.6	22	84	10	75	61	3	0	35	1.13
8323462--8323495	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
8326603--8326642	16	2.6	16	88	4	55	47	2	0	50	1.14
8326603--8326648	15	3.0	15	84	6	56	52	2	0	45	1.13
8328799--8328887	24	3.5	24	82	15	117	30	16	15	37	1.91
8328845--8328942	40	2.4	40	77	5	108	33	12	12	41	1.80
8328845--8328941	41	2.4	40	76	10	99	34	12	12	41	1.80
8342851--8342907	20	2.8	19	82	12	53	17	5	3	73	1.16
8342881--8342942	30	2.1	29	82	8	72	20	6	4	67	1.32
8345658--8345716	23	2.6	23	88	0	82	33	32	18	15	1.92
8350706--8350806	42	2.4	42	88	0	139	37	21	19	20	1.94
8350963--8351069	42	2.6	41	82	5	126	31	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8350713--8351389	256	2.6	259	85	4	911	34	17	16	31	1.93
8351419--8351498	41	1.9	42	84	2	108	37	17	20	25	1.94
8351158--8351563	197	2.1	195	87	0	578	33	17	18	30	1.94
8359001--8359061	3	18.0	3	86	9	50	68	0	0	31	0.89
8359012--8359068	4	15.2	4	82	14	61	70	0	0	29	0.88
8359004--8359068	26	2.7	24	84	13	89	69	0	0	30	0.89
8359001--8359068	32	2.1	32	86	10	95	69	0	0	30	0.89
8359474--8359519	19	2.3	20	88	3	67	21	0	2	76	0.90
8359474--8359510	18	2.0	19	89	5	58	21	0	2	75	0.92
8359484--8359517	13	2.8	12	86	8	50	14	0	2	82	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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