genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          65   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501088--2501392	134	2.3	132	83	1	376	27	19	30	23	1.98
2501421--2501509	28	3.1	28	77	7	83	41	11	14	32	1.81
2501544--2501764	65	3.5	63	80	7	241	45	11	9	33	1.72
2501859--2501917	30	1.9	32	86	6	86	44	8	13	33	1.74
2502252--2502567	107	3.0	107	87	2	449	41	9	16	32	1.81
2502660--2502809	36	4.0	37	80	12	157	38	14	16	31	1.88
2503104--2503285	4	45.5	4	85	0	193	1	8	44	45	1.43
2503104--2503285	22	8.3	22	87	0	193	1	8	44	45	1.43
2503291--2503322	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
2504633--2504750	6	18.5	6	65	17	51	2	16	6	74	1.14
2504655--2504714	22	2.8	20	80	11	66	1	15	5	78	1.00
2504649--2504722	27	2.7	26	81	10	67	2	16	4	77	1.04
2504648--2504733	35	2.5	35	81	11	88	3	17	4	74	1.13
2504724--2504759	13	2.9	12	84	8	54	0	13	11	75	1.06
2505993--2506034	12	3.1	14	83	13	52	50	14	21	14	1.78
2508247--2508287	22	1.9	22	90	5	66	58	9	0	31	1.31
2508422--2508479	29	1.9	30	86	6	82	56	12	12	18	1.65
2509937--2509978	3	14.0	3	80	9	50	64	2	2	30	1.19
2512771--2512814	23	1.9	23	81	9	54	43	25	0	31	1.55
2514729--2514786	29	2.0	30	90	10	93	34	17	6	41	1.76
2521345--2521400	29	1.9	29	88	0	85	12	35	30	21	1.90
2521450--2521494	22	2.0	22	100	0	90	13	35	28	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521502--2521562	31	2.0	31	93	0	104	27	37	11	22	1.89
2531734--2531774	22	1.9	21	95	5	73	68	0	0	31	0.90
2532204--2532228	12	2.1	12	100	0	50	36	24	24	16	1.94
2537816--2538159	87	3.9	87	91	1	528	36	15	12	35	1.85
2543058--2543305	130	1.9	130	94	0	433	35	14	12	36	1.85
2543770--2543803	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
2543925--2544001	35	2.2	35	85	0	100	38	1	22	37	1.62
2558177--2558232	5	11.0	5	77	11	51	14	1	7	76	1.07
2563196--2563256	23	2.7	23	89	0	95	26	27	26	19	1.99
2563272--2563489	103	2.1	103	100	0	436	36	23	13	26	1.92
2567960--2568037	23	3.3	23	78	1	84	34	23	17	24	1.96
2568044--2568261	103	2.1	103	100	0	436	36	23	13	26	1.92
2569738--2569775	20	1.9	20	94	0	67	21	23	26	28	1.99
2572804--2572881	23	3.3	23	81	1	93	34	21	17	25	1.96
2572888--2573105	103	2.1	103	94	0	382	37	21	13	27	1.91
2577077--2577348	100	2.7	100	82	3	291	36	13	8	41	1.75
2577180--2577500	95	3.3	92	79	9	302	35	14	10	40	1.80
2577781--2578702	139	6.6	139	86	1	1229	36	16	20	26	1.93
2577781--2578735	416	2.3	417	85	1	1290	36	16	20	26	1.93
2580866--2580906	16	2.7	15	84	3	55	29	12	4	53	1.58
2580866--2580901	16	2.3	16	90	4	56	33	11	5	50	1.61
2587334--2587358	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590462--2590510	23	2.1	23	82	14	57	42	16	22	18	1.88
2593825--2593858	15	2.3	15	89	0	50	38	8	2	50	1.49
2594015--2594046	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2595446--2595488	20	2.1	20	86	4	59	39	2	4	53	1.34
2597868--2597905	18	2.1	19	90	5	60	50	0	0	50	1.00
2598603--2598638	18	1.9	18	88	5	54	27	0	2	69	1.02
2598626--2598698	28	2.6	28	82	10	87	34	5	1	58	1.29
2599097--2599130	17	2.0	17	100	0	68	23	29	5	41	1.78
2601218--2601269	16	3.4	16	92	5	81	48	13	11	26	1.77
2602217--2602259	19	2.2	20	87	4	61	48	4	0	46	1.22
2606911--2606947	18	2.1	18	89	0	56	35	13	24	27	1.93
2611936--2611996	29	2.1	29	84	0	77	27	11	29	31	1.92
2613084--2613276	104	1.9	104	85	4	273	27	9	8	53	1.64
2613219--2613355	73	1.9	74	83	10	183	31	9	5	54	1.55
2615638--2615853	106	2.1	105	83	1	272	41	10	12	36	1.77
2616912--2617154	45	5.4	45	90	1	362	32	23	6	36	1.82
2617058--2617131	20	3.2	24	62	30	61	29	22	9	37	1.86
2616912--2617132	91	2.4	90	90	0	352	33	23	7	36	1.82
2616912--2617184	136	2.0	135	86	6	381	34	23	7	34	1.83
2625724--2625813	9	9.7	9	77	9	83	77	0	18	3	0.90
2625707--2625821	20	6.2	18	78	12	108	76	0	20	3	0.93
2625707--2625800	30	3.3	29	85	7	113	77	0	18	4	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2625703--2625807	7	13.9	8	67	23	50	76	0	20	3	0.94
2625725--2625821	21	4.6	22	75	16	57	77	0	19	3	0.90
2626353--2626387	18	1.9	18	94	0	61	40	5	2	51	1.40
2626555--2626598	19	2.2	20	80	12	54	34	27	6	31	1.83
2628946--2629070	49	2.6	48	85	5	164	25	22	7	44	1.78
2629122--2629880	81	9.4	81	90	0	1135	27	25	11	35	1.91
2629122--2629881	404	1.9	405	91	1	1238	27	25	11	35	1.91
2630209--2630257	19	2.6	19	100	0	98	26	20	18	34	1.95
2631383--2631452	33	2.1	34	82	12	83	62	5	1	30	1.27
2632335--2632372	20	2.0	20	89	5	60	0	7	13	78	0.94
2632799--2632862	3	21.7	3	81	9	78	65	0	0	34	0.93
2633001--2633302	124	2.5	123	86	5	402	24	18	15	41	1.89
2633214--2633698	116	4.2	114	75	13	431	28	19	15	36	1.92
2633215--2633513	115	2.7	112	84	9	403	27	20	14	38	1.91
2634478--2634930	115	4.0	115	96	0	793	30	20	15	33	1.93
2635224--2635272	16	2.8	17	81	12	64	48	6	8	36	1.58
2635622--2635669	9	5.3	9	80	9	62	2	14	0	83	0.74
2635622--2635669	19	2.7	18	87	6	62	2	14	0	83	0.74
2646219--2646276	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
2647091--2647160	33	2.1	34	82	12	83	62	5	2	28	1.32
2648047--2648085	21	1.9	21	89	5	62	0	7	12	79	0.93
2648513--2648557	23	2.0	23	86	0	63	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650106--2650132	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2652472--2652497	10	2.6	10	100	0	52	19	7	42	30	1.79
2658822--2658855	17	2.0	17	100	0	68	23	17	23	35	1.95
2660293--2660336	18	2.4	19	84	7	63	34	11	2	52	1.50
2665040--2665087	18	2.6	19	83	9	64	33	12	0	54	1.38
2666486--2666511	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2670807--2670859	23	2.3	23	87	6	72	20	22	22	33	1.97
2675856--2675918	23	2.7	23	90	0	81	20	23	26	28	1.99
2677627--2677679	27	1.9	28	88	3	81	60	9	9	20	1.55
2679166--2679228	16	3.8	16	78	15	65	71	0	0	28	0.86
2679168--2679249	3	28.3	3	76	11	82	67	0	0	32	0.91
2679186--2679249	11	5.6	11	87	10	76	62	0	0	37	0.95
2679169--2679249	14	5.6	14	81	16	69	66	0	0	33	0.92
2679180--2679249	22	3.3	22	84	11	85	64	0	0	35	0.94
2680693--2680751	2	30.0	2	89	3	93	45	1	0	52	1.10
2681568--2681608	20	2.0	20	90	0	64	7	14	4	73	1.22
2683631--2683671	21	1.9	22	85	14	59	46	14	19	19	1.84
2694148--2694194	24	2.0	24	100	0	94	23	21	8	46	1.78
2694736--2694765	14	2.1	14	100	0	60	40	0	0	60	0.97
2694741--2694843	42	2.5	42	82	6	111	47	0	1	49	1.19
2694781--2694843	21	3.0	21	80	11	85	52	0	0	47	1.00
2697834--2697865	16	2.0	16	93	0	55	56	28	6	9	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2701087--2701153	35	1.9	35	84	6	91	28	14	29	26	1.96
2701990--2702043	21	2.6	21	84	0	72	25	5	24	44	1.75
2701977--2702043	21	3.2	22	76	16	61	23	8	23	43	1.82
2702404--2702450	23	2.0	23	83	0	58	34	6	21	38	1.79
2706549--2706647	21	4.7	20	79	9	99	25	16	23	35	1.95
2706562--2706716	23	7.0	23	74	7	70	23	16	22	38	1.93
2706549--2706647	42	2.4	42	87	0	153	25	16	23	35	1.95
2706638--2706728	23	4.0	22	84	5	110	18	20	23	37	1.94
2708149--2708190	17	2.4	18	80	15	52	42	0	7	50	1.30
2714860--2714915	28	2.0	28	92	0	94	39	17	10	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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