genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8922117--8922230	56	2.0	58	96	3	214	42	10	5	41	1.62
8923040--8923087	20	2.3	21	82	3	53	50	6	2	41	1.39
8925081--8925126	20	2.3	20	88	3	67	0	19	4	76	0.96
8925616--8925669	3	17.0	3	85	11	72	62	0	3	33	1.12
8925616--8925669	16	3.4	16	89	5	83	62	0	3	33	1.12
8926262--8926523	83	3.1	82	70	13	221	21	21	20	36	1.95
8926175--8926611	168	2.6	167	84	6	555	22	21	21	35	1.96
8926297--8926605	43	7.3	42	73	8	182	21	21	21	35	1.96
8928913--8929013	3	33.0	3	77	13	91	32	0	0	66	0.99
8930659--8930690	14	2.2	15	94	5	57	40	0	0	59	0.97
8931756--8931784	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
8936005--8936036	15	2.2	14	94	5	55	90	0	9	0	0.45
8938392--8938643	75	3.4	75	89	0	369	31	15	22	30	1.94
8939843--8939938	22	4.4	22	88	5	140	34	15	13	36	1.87
8939842--8939938	44	2.2	44	92	3	160	34	15	13	37	1.86
8940479--8940540	20	3.2	20	67	26	51	43	9	19	27	1.82
8940359--8941880	123	12.6	123	91	3	2416	40	14	19	26	1.90
8940717--8940780	20	3.2	20	61	12	51	42	9	21	26	1.83
8940359--8941880	240	6.3	243	92	3	2366	40	14	19	26	1.90
8940359--8941880	363	4.2	359	91	3	2394	40	14	19	26	1.90
8941449--8941512	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
8941566--8941629	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8941689--8941752	20	3.2	20	65	12	60	43	9	21	25	1.82
8942380--8942454	3	26.0	3	74	17	70	32	1	1	65	1.09
8943090--8943164	3	26.0	3	74	17	70	32	1	1	65	1.09
8941869--8943289	710	2.0	710	99	0	2824	35	16	14	32	1.90
8943678--8943707	4	7.5	4	100	0	60	73	0	26	0	0.84
8944014--8944043	15	1.9	15	93	6	51	56	0	36	6	1.26
8947378--8947436	31	2.0	29	83	12	75	50	0	1	47	1.11
8947492--8947533	20	2.2	19	86	4	57	64	0	0	35	0.94
8949107--8949167	3	20.7	3	83	9	81	63	0	0	36	0.94
8949094--8949168	9	7.9	10	77	15	63	60	0	0	40	0.97
8949578--8950016	113	3.9	113	86	1	628	28	17	14	39	1.89
8949547--8950055	227	2.2	227	93	2	853	28	17	14	39	1.89
8951191--8951239	16	2.7	19	78	18	68	48	6	6	38	1.53
8951594--8951640	6	8.0	6	80	20	55	0	17	0	82	0.66
8951594--8951640	23	2.0	24	91	4	78	0	17	0	82	0.66
8951596--8951640	16	2.6	17	86	10	65	0	17	0	82	0.68
8951594--8951655	24	2.7	23	85	5	79	4	14	0	80	0.87
8958975--8959006	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
8962246--8962298	24	2.2	23	78	15	54	66	1	3	28	1.20
8962265--8962318	26	2.2	24	83	6	63	61	1	5	31	1.30
8962800--8962858	31	2.0	29	83	12	75	50	0	1	47	1.11
8962914--8962955	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8962823--8963060	120	2.0	116	81	4	271	47	9	7	36	1.63
8964542--8964596	3	18.7	3	81	10	69	63	0	0	36	0.95
8964940--8965047	41	2.6	41	98	0	207	27	20	10	41	1.84
8966189--8966214	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8968201--8968256	23	2.4	23	84	0	76	21	16	25	37	1.93
8976009--8976592	54	10.8	54	89	0	835	34	18	15	31	1.92
8981265--8981414	54	2.8	54	84	6	171	34	16	16	32	1.91
8981547--8981616	20	3.5	20	84	1	79	41	10	17	31	1.82
8983767--8983888	64	1.9	62	81	6	147	59	9	2	27	1.42
8990913--8990951	18	2.2	18	85	0	51	74	0	7	17	1.05
8991589--8991630	12	3.5	12	81	12	50	61	2	0	35	1.09
8991543--8991718	70	2.6	67	84	6	221	58	11	0	29	1.37
8991679--8991716	19	2.0	19	89	0	58	55	13	0	31	1.38
8991550--8991718	67	2.5	69	84	6	220	59	10	0	29	1.36
8991624--8991718	24	4.2	24	64	17	58	60	12	1	26	1.40
8991663--8991732	29	2.3	31	74	13	74	62	7	2	27	1.35
8994202--8994252	21	2.4	21	93	0	93	39	13	19	27	1.90
8994986--8995483	54	9.2	54	90	0	755	33	19	15	31	1.93
8995908--8995951	19	2.2	20	88	11	65	27	22	11	38	1.88
8999626--8999664	19	2.1	19	85	9	53	30	12	10	46	1.75
9000310--9000352	21	2.1	21	86	4	61	39	0	0	60	0.97
9001055--9001107	7	7.6	7	80	0	61	45	26	0	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9001049--9001108	14	4.3	14	82	0	75	45	28	0	26	1.54
9001043--9001108	21	3.2	20	76	20	55	45	30	0	24	1.53
9005763--9005850	44	2.1	42	89	6	133	27	17	6	48	1.72
9007492--9007895	198	2.0	198	96	0	736	27	16	13	42	1.86
9009081--9009215	58	2.4	56	75	10	139	42	14	5	37	1.69
9009246--9009416	39	4.4	38	79	10	184	38	14	7	40	1.73
9009246--9009416	78	2.2	77	85	4	218	38	14	7	40	1.73
9009440--9009515	39	1.9	39	86	5	109	39	13	5	42	1.66
9009363--9009545	97	1.9	96	82	6	226	39	13	6	40	1.71
9009360--9009586	97	2.3	96	78	5	217	40	14	7	38	1.73
9009571--9009692	64	1.9	63	85	5	165	47	14	7	30	1.72
9009761--9010153	58	6.8	58	86	5	478	42	11	7	37	1.71
9015673--9015894	107	2.1	108	95	1	401	39	4	22	32	1.76
9018674--9018723	21	2.2	23	82	13	59	24	2	8	66	1.29
9019200--9019257	30	1.9	31	85	3	82	43	3	5	48	1.42
9026439--9026520	22	3.7	22	83	0	101	26	20	21	30	1.98
9026645--9026674	13	2.3	13	94	0	51	26	13	36	23	1.92
9031311--9031347	19	2.0	18	89	5	56	27	0	5	67	1.12
9033685--9033769	35	2.5	33	78	14	91	27	8	10	54	1.63
9035102--9035164	29	2.1	29	85	2	81	26	14	30	28	1.95
9040846--9040908	31	2.0	31	84	0	81	52	9	14	23	1.71
9048806--9048868	20	3.2	20	69	18	53	36	9	3	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9059404--9059507	45	2.3	45	83	3	120	36	20	20	23	1.95
9060619--9060686	2	34.0	2	96	0	127	51	0	0	48	1.00
9060748--9060778	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
9063668--9063718	21	2.4	21	71	12	50	50	7	21	19	1.72
9067182--9067255	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
9075206--9075270	24	2.6	24	85	4	76	15	9	16	58	1.62
9075243--9075271	14	2.1	14	100	0	58	13	13	17	55	1.70
9075232--9075256	10	2.5	10	100	0	50	16	12	12	60	1.60
9075591--9075649	20	2.9	20	87	2	82	11	13	16	57	1.65
9075548--9075645	10	10.1	10	69	10	60	13	11	17	58	1.63
9076256--9076307	5	10.0	5	95	2	68	38	38	23	0	1.55
9079060--9079209	65	2.3	64	87	6	198	20	18	27	33	1.96
9079087--9079217	65	2.0	66	92	4	221	19	19	27	34	1.95
9079060--9079551	235	2.1	231	88	4	726	21	18	26	34	1.96
9079254--9079451	64	3.0	65	91	2	308	20	18	26	35	1.95
9079942--9080059	36	3.3	36	71	11	100	40	16	18	24	1.90
9080873--9080915	22	2.0	22	95	0	77	23	13	27	34	1.93
9081476--9081533	13	4.4	13	75	16	57	0	10	6	82	0.83
9081476--9081535	27	2.3	27	88	8	88	0	11	8	80	0.92
9083451--9083479	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
9084226--9085219	106	9.4	106	93	0	1679	23	18	25	33	1.97
9084226--9085219	317	3.1	318	92	1	1672	23	18	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9084226--9085219	423	2.4	422	95	0	1801	23	18	25	33	1.97
9085821--9085865	13	3.4	13	82	14	56	77	8	13	0	0.98
9085830--9085886	15	3.8	16	82	13	68	82	7	10	0	0.84
9085828--9085889	13	4.5	13	82	13	72	80	8	11	0	0.90
9085829--9085900	22	3.3	22	78	18	71	77	8	13	0	0.98
9085830--9085889	29	2.1	29	87	9	88	83	6	10	0	0.81
9086451--9086493	22	2.0	22	95	0	77	34	27	13	23	1.93
9087307--9087441	36	3.8	37	74	7	109	25	19	15	40	1.91
9087496--9087573	36	2.2	36	86	4	104	28	21	17	32	1.96
9087915--9088137	64	3.5	65	90	3	319	34	26	18	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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