genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          65   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1331116--1331160	18	2.5	18	88	0	72	11	55	4	28	1.54
1331406--1331460	24	2.4	23	80	11	69	49	7	0	43	1.30
1332973--1333024	25	2.1	25	100	0	104	48	3	7	40	1.50
1333424--1334263	182	4.6	182	94	1	1420	26	17	14	41	1.88
1333424--1334263	361	2.3	362	94	1	1443	26	17	14	41	1.88
1344681--1344736	22	2.6	22	85	2	69	39	23	26	10	1.87
1348792--1348864	23	3.2	23	78	0	83	4	13	43	38	1.63
1349286--1349908	228	2.7	227	90	1	962	30	17	24	26	1.97
1349574--1349679	42	2.5	40	83	4	131	29	21	22	26	1.99
1349802--1349915	42	2.7	41	76	6	113	31	21	19	27	1.97
1349967--1350165	58	3.6	56	81	9	230	41	19	10	28	1.84
1349969--1350194	58	4.1	54	81	7	226	40	19	10	29	1.84
1349969--1350189	110	2.0	115	84	7	303	40	19	10	29	1.84
1358365--1358504	27	5.2	27	61	13	72	32	20	19	27	1.96
1358446--1358531	27	3.2	27	65	12	68	36	19	17	26	1.94
1358111--1358601	54	9.1	54	88	3	659	35	20	18	25	1.95
1360725--1360788	23	2.8	24	81	9	80	17	26	23	32	1.96
1363184--1363533	54	6.5	54	81	3	393	36	20	17	25	1.94
1363184--1363514	107	3.1	107	84	4	409	37	19	16	25	1.93
1369495--1369776	54	5.2	54	90	5	419	37	20	17	24	1.93
1369484--1369776	107	2.7	107	89	4	446	37	20	17	24	1.93
1369686--1369866	90	2.0	90	91	0	290	34	18	20	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1369776--1370136	54	6.7	54	90	1	539	35	20	17	26	1.94
1369632--1369899	144	1.9	144	93	1	466	36	19	18	25	1.95
1369522--1370795	252	5.0	253	84	9	1314	36	20	17	26	1.94
1369776--1370836	162	6.8	161	81	9	1282	35	20	17	26	1.95
1370100--1370169	36	1.9	36	97	0	131	31	15	24	28	1.96
1370046--1370226	90	2.0	90	91	4	294	35	19	18	27	1.95
1370136--1370388	54	4.7	54	92	1	393	34	20	18	26	1.96
1369992--1370280	144	2.0	144	95	0	515	35	20	18	25	1.95
1370352--1370421	36	1.9	36	94	0	122	31	15	22	30	1.95
1370298--1370478	90	2.0	90	90	0	281	32	19	19	27	1.97
1370388--1370836	54	8.3	54	88	3	654	36	20	17	26	1.94
1370244--1370532	144	2.0	143	88	4	429	33	20	18	27	1.96
1371364--1371426	23	2.8	23	80	2	74	7	20	39	31	1.81
1375257--1375332	21	3.6	21	92	3	109	25	10	38	26	1.88
1377850--1377916	22	3.0	22	82	8	91	26	23	17	31	1.97
1378445--1378495	19	2.7	19	100	0	102	21	29	21	27	1.99
1384303--1384344	12	3.5	12	78	12	50	35	23	0	40	1.55
1384482--1384564	23	3.6	23	70	0	67	31	22	21	24	1.98
1384479--1384572	46	2.0	46	89	0	143	34	21	22	22	1.97
1384722--1384834	15	7.5	15	71	15	90	31	20	11	36	1.88
1384721--1384841	45	2.7	45	92	0	197	31	19	10	38	1.86
1384715--1384864	45	3.3	47	81	9	186	32	20	9	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389313--1389392	22	3.6	22	94	0	133	41	17	16	25	1.89
1389940--1389969	12	2.5	12	94	0	51	26	10	0	63	1.26
1390774--1390819	17	2.6	18	86	10	60	50	21	0	28	1.49
1392428--1392824	44	9.0	44	88	0	560	41	12	20	25	1.87
1407196--1407256	24	2.5	24	92	5	97	27	21	16	34	1.95
1407196--1407264	24	2.9	23	86	4	66	27	21	14	36	1.93
1409656--1409732	21	3.7	21	81	6	93	27	11	35	25	1.91
1420210--1420320	34	3.3	34	81	0	132	36	28	16	18	1.92
1426311--1426374	24	2.7	24	82	0	83	40	7	9	42	1.66
1426309--1426380	24	3.0	23	79	4	81	41	6	9	41	1.65
1426919--1426973	26	2.1	26	89	0	83	38	21	16	23	1.93
1427576--1427616	21	1.9	22	85	5	57	58	14	0	26	1.37
1427967--1428038	30	2.4	30	90	0	108	34	25	20	19	1.96
1428025--1428118	31	3.0	31	80	6	109	34	20	19	26	1.96
1429101--1429145	23	2.0	23	100	0	90	31	24	4	40	1.75
1429398--1429425	14	2.0	14	100	0	56	64	0	35	0	0.94
1432908--1432953	24	2.0	23	87	8	67	36	19	23	19	1.95
1433731--1433794	30	2.1	30	91	0	101	39	25	15	20	1.92
1433806--1433882	31	2.5	31	84	0	109	36	18	19	25	1.94
1435115--1435142	14	2.0	14	100	0	56	64	0	35	0	0.94
1437225--1437314	31	2.9	31	83	0	108	34	20	13	32	1.91
1441320--1441398	31	2.5	31	79	4	88	32	17	15	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1443573--1443603	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
1447197--1447399	54	3.8	54	87	5	279	32	19	17	30	1.95
1447197--1447399	106	1.9	106	86	3	291	32	19	17	30	1.95
1447566--1447703	45	3.1	45	88	0	213	43	13	23	19	1.86
1447600--1447671	24	3.1	23	68	11	67	41	13	25	19	1.88
1450696--1450783	31	2.9	30	81	5	113	31	18	15	34	1.92
1455671--1455700	15	2.0	15	93	0	51	36	0	6	56	1.26
1456202--1456996	418	1.9	415	88	1	1198	39	9	8	42	1.68
1459146--1459188	22	2.0	22	95	0	77	41	6	4	46	1.51
1459275--1459314	13	2.9	14	85	14	57	42	7	5	45	1.54
1459231--1459631	198	2.0	196	86	2	563	48	9	5	36	1.59
1468498--1469464	487	2.0	487	96	0	1772	32	20	15	31	1.94
1479906--1479948	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
1485185--1485242	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
1489081--1489128	15	3.2	15	90	0	78	27	4	6	62	1.38
1490124--1490192	4	17.2	4	87	0	102	49	5	20	24	1.71
1499841--1499956	24	4.8	24	87	4	162	24	16	19	39	1.91
1502009--1502077	29	2.3	29	80	7	68	21	7	21	49	1.73
1503504--1503543	18	2.2	18	86	0	53	55	5	12	27	1.58
1504641--1504756	24	4.8	24	88	4	162	24	16	18	40	1.91
1506155--1506221	23	2.9	23	84	0	80	22	31	22	23	1.98
1510912--1510953	21	2.0	21	95	0	75	26	16	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1512157--1512221	22	3.0	21	85	12	87	26	26	24	23	2.00
1515166--1515208	22	2.0	22	90	0	68	39	16	20	23	1.92
1515283--1515322	21	1.9	21	85	10	55	27	22	25	25	2.00
1515315--1515356	11	3.8	11	87	0	66	30	23	16	28	1.96
1515315--1515356	22	1.9	22	95	0	75	30	23	16	28	1.96
1515796--1516010	59	3.6	59	76	9	197	31	21	12	34	1.91
1515839--1516101	118	2.2	117	84	0	328	30	20	11	36	1.89
1515940--1516114	59	3.0	58	81	5	201	32	21	10	35	1.88
1516460--1516602	63	2.2	64	82	10	161	26	21	16	35	1.94
1520984--1521026	22	2.0	22	85	0	59	39	13	20	25	1.90
1521101--1521140	21	1.9	21	85	10	55	27	22	25	25	2.00
1521133--1521174	11	3.8	11	87	0	66	30	23	16	28	1.96
1521133--1521174	22	1.9	22	95	0	75	30	23	16	28	1.96
1521617--1521922	59	5.2	58	76	6	197	31	21	11	36	1.88
1521660--1521922	118	2.2	117	83	3	314	30	20	11	37	1.88
1524314--1524386	22	3.3	22	94	0	119	30	26	27	16	1.97
1524322--1524388	22	3.0	22	97	0	125	26	26	28	17	1.98
1524608--1524666	30	1.9	31	86	3	84	33	22	6	37	1.80
1524681--1524752	29	2.5	29	90	0	108	38	12	11	37	1.79
1525053--1525203	67	2.3	66	87	2	203	19	28	26	25	1.99
1525183--1525225	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
1525054--1525225	67	2.6	66	84	5	186	19	28	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1531207--1531269	22	2.9	22	95	2	110	28	25	28	17	1.97
1531557--1531627	28	2.5	29	88	2	99	38	12	11	38	1.79
1531919--1532063	66	2.3	63	84	9	179	17	26	29	25	1.98
1532043--1532085	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
1531920--1532085	64	2.6	64	81	10	155	18	27	28	26	1.98
1536416--1536479	22	3.0	22	84	6	78	28	25	21	25	1.99
1541829--1541871	18	2.3	19	80	8	52	32	13	30	23	1.93
1546378--1547914	4	392.0	4	95	4	2816	50	25	0	24	1.51
1550809--1550863	22	2.5	22	85	5	67	21	20	21	36	1.95
1551730--1551797	19	3.5	19	78	7	82	20	22	20	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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