genome.fa.s7984.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12923621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   

This is table  9  of  65  ( 7696 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1551709--1551804	40	2.4	40	94	0	165	20	22	22	33	1.97
1551685--1551797	21	5.6	21	76	8	92	20	20	24	34	1.96
1551709--1551805	19	4.9	19	75	7	77	21	22	22	32	1.98
1552093--1552133	21	2.0	21	100	0	82	29	29	19	21	1.98
1553016--1553215	21	9.9	21	73	7	164	34	24	20	21	1.97
1553019--1553191	40	4.3	40	95	0	310	35	23	20	20	1.96
1553082--1553215	61	2.2	62	80	8	157	32	26	20	20	1.97
1559688--1559726	14	2.8	14	80	0	51	64	0	12	23	1.28
1579474--1579578	54	1.9	54	92	3	176	14	9	27	48	1.74
1580481--1580544	31	2.0	32	84	3	85	48	18	7	25	1.75
1580882--1580976	4	24.8	4	92	4	99	0	84	0	15	0.63
1580900--1580958	1	59.0	1	82	0	73	0	91	0	8	0.42
1582735--1582780	15	3.1	15	96	0	83	21	19	6	52	1.69
1587575--1587671	41	2.4	41	89	5	151	18	20	23	37	1.94
1587643--1587691	20	2.5	20	100	0	98	10	24	22	42	1.84
1587663--1587776	40	2.8	41	86	2	185	15	21	23	39	1.92
1587578--1587772	101	1.9	102	97	1	374	15	21	23	39	1.92
1587620--1587752	61	2.2	60	81	9	153	15	21	24	39	1.92
1587683--1587752	21	3.4	21	66	15	65	18	18	25	37	1.94
1588438--1588582	41	3.8	36	90	7	177	40	24	21	13	1.90
1588496--1588566	21	3.4	21	70	18	76	36	26	21	15	1.93
1588473--1588582	41	2.7	41	98	0	211	40	24	20	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1588480--1588616	20	6.4	20	65	25	75	39	24	23	13	1.90
1588557--1588609	27	2.0	27	100	0	106	37	22	24	15	1.92
1588652--1588697	19	2.3	20	81	7	58	23	17	30	28	1.97
1590753--1590807	26	2.2	26	80	9	60	32	10	18	38	1.85
1591710--1591749	13	3.3	13	73	20	50	25	5	15	55	1.60
1601841--1601889	25	2.0	26	84	11	68	26	6	2	65	1.27
1602001--1602362	43	8.3	43	75	10	267	24	19	6	50	1.71
1602010--1602321	89	3.6	84	76	10	209	25	19	6	49	1.71
1602119--1602356	131	1.8	131	84	3	327	23	21	5	49	1.70
1603364--1603432	29	2.4	29	78	9	70	11	13	2	72	1.23
1608623--1608658	17	2.1	17	89	0	54	27	11	22	38	1.88
1613711--1613779	34	2.0	34	97	0	129	18	5	10	65	1.43
1615465--1615524	27	2.2	27	93	0	102	30	18	25	26	1.98
1618556--1618841	70	4.1	68	78	10	274	31	19	9	39	1.83
1618559--1618830	142	1.9	139	81	7	327	30	20	9	39	1.84
1631884--1631980	21	4.6	21	82	0	131	23	19	23	32	1.97
1638949--1639113	21	7.9	21	77	6	165	23	16	24	35	1.95
1638954--1639031	39	2.0	39	94	0	138	24	17	23	34	1.96
1640028--1640068	20	2.0	21	85	4	57	58	0	2	39	1.11
1641701--1641743	19	2.3	18	84	8	50	41	25	2	30	1.68
1644699--1644742	21	2.1	21	91	0	70	38	11	0	50	1.39
1647361--1647396	18	1.9	19	88	5	56	16	11	0	72	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1651794--1651837	23	1.9	23	85	0	61	65	22	2	9	1.32
1652668--1652706	20	2.0	20	89	0	60	38	17	10	33	1.84
1653470--1653521	20	2.6	20	100	0	104	23	21	17	38	1.93
1653509--1653838	42	7.9	41	89	2	439	22	19	22	35	1.96
1653534--1653838	84	3.7	84	92	0	488	22	18	22	36	1.95
1653509--1653838	126	2.6	126	92	2	533	22	19	22	35	1.96
1653931--1653957	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
1654434--1654474	5	8.4	5	86	2	57	0	39	26	34	1.57
1654434--1654478	15	3.1	15	90	3	65	0	37	28	33	1.58
1654598--1654667	19	3.4	21	70	18	67	37	22	20	20	1.95
1654585--1654686	21	5.0	20	73	12	100	34	23	21	20	1.97
1654585--1654686	40	2.5	42	93	3	181	34	23	21	20	1.97
1655668--1655934	50	5.2	51	82	6	283	51	12	9	26	1.71
1668368--1668436	35	2.0	35	100	0	138	55	21	8	14	1.66
1669733--1669775	3	14.0	3	95	4	77	32	0	0	67	0.91
1671528--1671563	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1675287--1675384	17	6.2	16	75	15	80	76	5	16	2	1.06
1675276--1675376	34	2.9	33	71	12	87	75	6	14	2	1.13
1678307--1678371	21	3.1	21	93	0	112	26	16	10	46	1.80
1678349--1678533	66	2.8	66	86	2	264	27	18	13	40	1.88
1678483--1678552	36	1.9	36	88	0	104	28	20	12	38	1.89
1678554--1678985	139	3.1	139	85	2	571	29	27	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1694173--1694374	105	1.9	106	80	4	235	39	22	14	23	1.91
1700257--1700377	50	2.4	50	97	0	224	51	12	0	35	1.46
1702016--1702063	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
1704537--1704592	27	2.1	27	93	0	94	32	3	16	48	1.63
1705468--1705503	18	2.0	18	88	0	54	55	13	22	8	1.65
1708842--1708872	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
1711560--1711694	35	3.8	33	67	14	83	25	7	25	41	1.81
1711930--1711979	22	2.3	22	96	0	91	4	22	36	38	1.73
1715350--1715390	22	1.9	21	85	14	57	48	14	4	31	1.65
1718987--1719265	82	3.4	82	78	1	290	25	17	18	38	1.92
1719275--1720269	47	19.8	47	73	11	644	31	21	20	27	1.98
1719233--1720269	149	6.9	149	81	6	886	31	21	19	27	1.97
1719282--1720269	204	4.9	200	74	11	723	31	21	20	27	1.98
1719628--1719965	102	3.3	102	90	0	478	31	20	19	28	1.97
1719733--1720353	157	4.1	155	76	10	602	30	21	20	28	1.98
1719878--1720122	55	4.6	55	76	8	227	29	21	18	30	1.97
1719934--1720353	102	4.1	102	88	0	615	29	21	20	28	1.98
1719331--1720224	259	3.5	258	83	4	1147	30	21	20	27	1.98
1719479--1720353	361	2.5	354	83	5	1134	31	20	20	28	1.97
1720563--1720938	38	10.1	39	76	11	299	36	15	20	27	1.93
1720572--1720930	75	4.8	75	77	12	278	36	16	20	27	1.93
1720579--1720783	113	1.8	113	86	4	297	36	16	20	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1720798--1720930	39	3.4	39	77	6	162	41	13	21	24	1.89
1720925--1721147	62	3.6	61	78	7	188	34	14	21	30	1.93
1721104--1721407	38	8.3	38	78	8	326	38	17	18	25	1.92
1721217--1721413	105	1.9	105	86	6	283	38	17	19	24	1.93
1725629--1725915	46	6.3	46	88	4	409	23	20	14	40	1.90
1728683--1729022	55	6.2	54	83	4	367	27	19	21	31	1.97
1728684--1729022	110	3.1	110	89	1	466	27	19	21	31	1.97
1728683--1728994	165	1.9	164	84	6	425	28	20	20	30	1.97
1729051--1729082	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1729465--1729516	22	2.5	20	82	11	68	28	28	13	28	1.94
1729388--1729592	95	2.1	96	84	6	256	27	22	16	33	1.95
1739506--1739538	15	2.2	15	94	0	57	30	33	21	15	1.94
1739683--1739717	12	2.9	12	91	0	52	37	25	5	31	1.80
1741502--1741537	15	2.5	15	90	4	56	63	0	2	33	1.08
1741979--1742014	14	2.5	15	90	4	56	61	0	2	36	1.11
1743373--1743406	3	11.3	3	87	0	50	58	0	2	38	1.13
1745356--1745411	20	2.8	21	82	12	64	33	12	12	41	1.81
1746054--1747871	761	2.4	761	91	0	2933	30	19	16	34	1.93
1759394--1759765	184	2.0	187	98	1	723	36	18	16	29	1.92
1759827--1759868	13	3.3	13	83	6	59	16	21	42	19	1.89
1759813--1759860	12	3.8	12	83	10	51	22	22	39	14	1.91
1759847--1759881	18	1.9	18	100	0	70	17	17	45	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1759885--1759939	9	5.6	10	77	10	60	34	25	21	18	1.96
1759892--1759940	10	4.8	11	73	16	52	36	22	20	20	1.95
1759888--1759940	19	2.7	19	86	11	72	33	22	22	20	1.97
1766878--1766919	13	3.3	13	83	6	59	16	19	45	19	1.86
1766897--1766933	18	2.1	18	94	0	65	16	16	48	18	1.81
1766936--1766971	11	3.6	10	89	10	56	33	30	22	13	1.93
1768971--1769008	8	4.8	8	87	9	51	52	0	2	44	1.14
1778064--1778119	20	2.8	20	83	2	67	30	8	26	33	1.87
1784288--1784547	54	4.8	54	89	2	369	30	13	17	38	1.88
1785378--1786907	766	2.0	765	91	0	2443	33	14	21	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65