genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3402--3444	21	2.1	20	86	4	59	23	11	27	37	1.89
5280--5372	47	2.0	47	89	4	143	24	6	3	65	1.31
5303--5395	19	5.4	17	72	24	63	24	5	2	67	1.22
5303--5379	4	19.5	4	75	19	65	23	3	2	70	1.17
8130--8249	42	2.8	41	85	6	168	26	4	18	50	1.64
12693--12720	11	2.5	11	100	0	56	21	17	17	42	1.89
13225--13267	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
20508--20550	21	2.1	20	86	4	59	23	11	27	37	1.89
22417--22513	4	24.8	4	76	17	80	24	5	2	68	1.21
22393--22486	48	2.0	47	91	2	152	24	6	3	65	1.30
25241--25360	42	2.8	41	85	6	168	26	4	18	50	1.64
29800--29827	11	2.5	11	100	0	56	21	17	17	42	1.89
30332--30374	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
36836--36878	21	2.1	20	86	4	59	23	11	27	37	1.89
38734--38824	4	23.8	4	76	14	86	25	3	2	69	1.15
38712--38799	46	1.9	45	88	6	133	23	5	3	67	1.28
41519--41641	42	2.9	41	85	6	174	26	4	17	51	1.64
44851--44883	16	2.0	17	88	5	50	6	27	21	45	1.75
48777--48819	16	2.6	16	77	3	50	34	2	11	51	1.51
56209--56256	20	2.4	20	96	0	87	8	27	20	43	1.80
57017--57081	34	2.0	33	90	6	105	40	7	15	36	1.76
57682--57721	21	2.0	20	85	14	55	57	5	0	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58202--58426	9	24.0	9	77	16	105	36	1	5	56	1.32
58202--58318	40	3.0	39	84	11	150	41	1	4	52	1.31
58202--58355	2	81.0	2	67	25	77	38	1	5	53	1.34
58365--58431	3	22.0	3	88	8	100	34	0	1	64	1.03
63609--63726	33	3.6	33	85	4	157	25	14	33	26	1.94
71833--71883	19	2.7	19	100	0	102	47	0	3	49	1.20
74006--74039	15	2.3	15	89	0	50	52	26	0	20	1.46
74013--74043	15	2.1	15	100	0	62	54	19	0	25	1.44
86095--86138	12	3.6	12	81	3	52	27	20	2	50	1.60
86163--86257	19	5.0	19	92	0	118	29	21	8	41	1.82
87617--87695	7	11.3	7	76	0	68	46	30	1	21	1.59
87621--87695	21	3.6	21	81	0	96	46	29	1	22	1.60
87748--87793	7	6.6	7	87	0	65	47	32	0	19	1.50
92756--92798	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
98429--98466	18	2.1	18	100	0	76	39	21	15	23	1.92
103259--103304	17	2.8	17	93	6	78	23	19	23	32	1.97
103911--103935	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
105426--105493	32	2.1	32	97	0	127	16	32	26	25	1.96
115982--116030	19	2.4	21	83	10	57	36	18	20	24	1.94
116485--116726	45	5.4	45	87	0	349	44	12	21	21	1.85
121981--122023	18	2.3	18	84	8	50	30	13	30	25	1.94
122164--122206	22	2.0	22	81	9	52	37	11	20	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122558--122793	45	5.2	45	91	0	382	44	12	21	20	1.85
131812--131892	3	26.7	3	83	16	105	65	2	0	32	1.06
131906--131955	22	2.3	22	85	0	64	44	6	4	46	1.47
132046--132136	35	2.6	35	92	3	148	42	10	3	42	1.56
131951--132192	91	2.6	90	80	10	226	42	10	3	43	1.56
132102--132157	23	2.6	21	83	10	76	42	10	1	44	1.49
132070--132192	56	2.2	57	89	5	187	42	12	2	43	1.55
132128--132215	35	2.6	34	85	7	108	42	9	3	45	1.52
132048--132215	91	1.8	91	88	5	259	42	10	3	44	1.55
132955--132994	20	2.0	19	85	9	53	55	0	2	42	1.13
143093--143148	19	2.9	19	73	7	60	69	3	3	23	1.20
144887--144931	12	3.7	12	82	11	56	57	0	0	42	0.98
145108--145147	20	2.0	20	100	0	80	40	15	20	25	1.90
145205--145838	105	6.0	105	97	0	1187	22	18	25	33	1.97
146573--146686	59	1.9	60	83	1	149	12	19	12	56	1.67
156053--156086	10	3.4	10	87	0	50	73	0	5	20	1.04
158909--158953	12	3.7	12	82	11	56	57	0	0	42	0.98
159223--159254	12	2.6	13	85	14	50	25	0	3	71	1.00
168057--168114	23	2.5	23	88	0	80	31	24	25	18	1.98
168861--168909	21	2.3	21	96	0	89	24	14	20	40	1.89
173418--173462	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
175148--175211	22	2.9	22	93	4	103	18	28	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182328--182511	92	2.0	90	89	2	278	30	11	17	40	1.85
191383--191420	14	2.7	14	87	0	58	23	39	28	7	1.83
191476--191577	29	3.7	29	85	10	158	23	26	35	14	1.94
194782--194812	15	2.1	15	100	0	62	16	25	25	32	1.96
196115--196816	350	2.0	349	94	0	1242	39	18	11	30	1.86
196965--197015	20	2.6	19	87	9	75	37	11	15	35	1.84
196979--197034	20	2.9	19	84	7	60	42	10	16	30	1.82
197145--197201	20	2.9	20	86	2	71	38	12	10	38	1.77
197164--197214	20	2.5	20	87	6	68	43	15	7	33	1.76
197293--197329	11	3.5	11	82	14	51	43	13	0	43	1.44
199066--199121	22	2.5	22	94	2	94	26	10	37	25	1.88
199788--199901	21	5.2	21	71	19	90	22	17	28	30	1.97
199804--199906	23	4.7	21	73	22	88	24	18	26	31	1.98
199788--199906	44	2.7	44	89	0	184	22	18	27	31	1.97
201150--201192	21	2.0	21	95	0	77	39	11	23	25	1.88
205506--205557	25	2.1	25	85	7	70	53	26	0	19	1.45
205506--205550	16	2.8	16	82	3	54	57	26	0	15	1.38
213346--213442	44	2.2	44	88	3	142	31	15	18	34	1.92
213365--213442	24	3.4	23	70	20	74	32	15	17	34	1.92
215521--215573	22	2.5	21	85	11	65	28	11	30	30	1.91
216219--216349	44	3.0	43	85	3	172	22	17	24	35	1.95
216234--216343	21	5.1	21	67	14	71	21	17	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217627--217688	23	2.6	24	89	5	99	19	33	8	38	1.81
225470--225587	59	2.0	57	90	3	182	36	22	15	25	1.93
232888--232942	22	2.5	22	96	0	101	21	34	25	18	1.96
233770--233859	18	4.9	18	71	19	62	43	1	5	50	1.33
240185--240298	57	2.0	56	94	1	201	35	7	26	29	1.85
240580--240614	8	4.4	8	100	0	70	40	22	0	37	1.55
241175--241243	20	3.5	20	97	0	129	23	15	23	37	1.93
244368--244426	29	2.0	29	96	0	109	47	13	15	23	1.81
249024--249081	28	2.0	29	90	9	93	51	13	13	20	1.75
253234--253293	19	3.3	19	63	13	54	51	1	6	40	1.38
254538--254568	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
255465--255494	16	1.9	15	93	6	51	43	3	0	53	1.17
257573--257615	21	2.0	21	82	8	52	27	2	27	41	1.68
262818--262869	21	2.5	21	81	6	61	21	26	19	32	1.97
262817--262892	20	3.7	20	79	6	62	26	23	18	31	1.97
262856--263087	20	11.6	20	93	0	383	33	18	22	25	1.97
263719--263776	20	2.9	20	84	0	62	18	17	20	43	1.89
263748--263787	20	2.0	20	100	0	80	10	15	20	55	1.68
263752--263795	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
265670--265753	20	4.5	20	72	17	90	40	20	20	19	1.92
265800--265866	20	3.3	20	89	0	98	20	19	20	38	1.93
266350--266454	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266347--266457	42	2.6	42	78	5	118	20	37	18	22	1.94
267730--267765	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
267867--267962	33	2.8	33	87	3	129	42	19	22	14	1.88
268115--268182	33	2.1	33	85	0	91	41	17	25	16	1.89
268195--268236	19	2.2	19	95	0	75	19	16	16	47	1.83
268172--268289	52	2.2	54	84	3	150	17	22	19	39	1.92
268243--268329	20	4.3	20	82	2	95	21	21	21	34	1.97
271649--271718	20	3.5	20	90	3	106	22	18	20	38	1.93
279899--279976	22	3.6	22	75	10	63	20	32	21	25	1.98
282249--282281	12	2.6	13	90	4	50	45	12	6	36	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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