genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165022--2165194	20	8.6	20	78	5	186	19	17	25	37	1.93
2165021--2165236	40	5.3	40	84	6	258	18	17	25	38	1.92
2165021--2165236	81	2.7	80	86	4	274	18	17	25	38	1.92
2165024--2165255	121	1.9	121	84	3	306	18	16	25	39	1.92
2165305--2165358	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
2165902--2165952	20	2.5	20	96	0	93	47	11	21	19	1.81
2169894--2169962	23	3.0	22	81	8	75	30	26	23	20	1.98
2169902--2169972	23	3.1	22	75	15	63	29	23	23	22	1.99
2170185--2170244	31	2.0	30	87	9	86	36	25	1	36	1.66
2176807--2176867	23	2.7	23	81	0	86	29	27	24	18	1.98
2177086--2177149	31	2.1	31	88	8	96	39	23	1	35	1.64
2178161--2178186	13	2.0	13	100	0	52	69	0	30	0	0.89
2181517--2181602	3	29.7	3	76	6	61	55	3	2	38	1.29
2181569--2181609	14	2.9	14	86	10	57	56	0	2	41	1.13
2181565--2181602	20	1.9	20	94	0	67	60	0	2	36	1.11
2182250--2182639	138	2.8	138	82	3	453	30	12	13	43	1.81
2185042--2185409	131	2.8	131	85	3	481	39	16	12	32	1.85
2187607--2187649	22	2.0	22	90	0	68	13	13	39	32	1.85
2188140--2188231	42	2.2	41	80	3	112	31	20	22	25	1.98
2187893--2188961	242	4.4	242	87	3	1452	33	17	16	32	1.93
2187934--2188949	487	2.1	480	86	2	1437	33	17	16	32	1.92
2196042--2196405	130	2.8	129	78	7	355	40	13	10	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198668--2198714	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
2199274--2199875	244	2.5	243	81	6	655	33	17	17	32	1.93
2205023--2205122	31	3.2	31	94	0	164	17	15	19	49	1.80
2206297--2206354	25	2.3	25	96	0	107	29	12	20	37	1.89
2206707--2207771	243	4.4	242	81	4	1153	34	16	16	32	1.92
2212482--2212556	37	2.0	37	100	0	150	21	25	13	40	1.89
2213950--2213992	18	2.4	18	76	3	52	51	6	13	27	1.67
2223766--2223801	15	2.4	15	86	13	56	19	16	0	63	1.30
2225513--2225572	24	2.5	24	100	0	120	40	20	13	26	1.89
2231716--2231756	19	2.2	19	90	0	64	53	7	4	34	1.50
2232022--2232388	131	2.8	130	81	6	404	40	14	12	31	1.84
2232778--2232818	14	2.9	14	81	3	55	58	24	0	17	1.38
2234020--2234068	12	4.1	12	91	0	80	10	2	55	32	1.45
2240934--2240973	19	2.1	19	90	0	62	52	7	5	35	1.51
2240965--2240991	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
2241235--2241601	131	2.8	131	81	3	427	39	15	11	32	1.84
2243827--2243859	15	2.1	16	88	11	50	51	6	6	36	1.51
2244289--2244452	42	3.9	42	81	1	184	34	23	21	20	1.96
2251604--2251725	42	2.9	42	91	4	210	37	25	19	17	1.93
2253931--2253962	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2253991--2254046	26	2.0	29	83	10	73	35	12	0	51	1.40
2257637--2257667	15	2.1	15	93	0	53	6	16	58	19	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2258902--2258940	16	2.5	15	88	8	60	38	5	12	43	1.65
2260781--2260837	22	2.5	23	77	5	62	21	14	15	49	1.80
2263329--2263406	29	2.7	29	93	2	129	32	14	11	42	1.81
2268093--2268174	29	2.8	29	96	1	146	31	14	13	40	1.85
2269209--2269532	173	1.9	171	94	1	567	39	12	16	31	1.86
2273657--2273884	114	2.0	114	99	0	447	34	14	22	28	1.93
2273889--2273914	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2275496--2275524	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2276594--2276667	24	3.1	24	90	0	112	41	20	13	24	1.88
2276622--2276679	24	2.4	24	85	5	64	46	20	8	24	1.78
2278953--2278984	17	1.9	17	93	6	57	34	12	6	46	1.67
2279198--2279261	29	2.2	29	82	2	74	46	25	3	25	1.67
2280049--2280083	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2280419--2280771	107	3.3	106	83	4	388	40	10	13	35	1.79
2281552--2281682	62	2.1	63	81	4	149	36	10	15	37	1.82
2282091--2282298	56	3.9	54	74	9	165	43	19	12	24	1.86
2282754--2282797	23	1.9	23	90	0	70	36	6	18	38	1.77
2284147--2284213	6	11.2	6	83	0	53	47	14	2	34	1.60
2286292--2286342	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2286643--2286682	18	2.2	18	95	0	71	42	12	22	22	1.87
2287065--2287536	102	4.6	102	82	3	484	42	11	11	33	1.78
2287097--2287494	207	1.9	204	84	3	521	44	11	10	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288167--2288799	145	4.4	145	77	8	561	35	14	12	37	1.84
2288167--2289010	291	3.0	284	82	7	941	35	14	12	37	1.84
2302216--2302283	34	2.0	34	100	0	136	29	32	17	20	1.96
2306425--2306472	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
2307809--2308012	102	2.0	102	100	0	408	33	18	15	32	1.93
2311099--2311313	107	2.0	107	100	0	430	48	9	8	33	1.65
2311498--2311536	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
2311713--2311760	23	2.1	23	81	11	55	22	20	37	18	1.94
2315265--2315309	21	2.2	21	84	4	56	40	4	2	53	1.33
2319424--2319463	21	1.9	21	85	10	55	35	15	12	37	1.85
2321626--2321828	110	1.8	110	86	2	291	29	10	19	40	1.84
2321625--2321830	58	3.7	57	77	12	210	30	10	18	40	1.84
2322079--2322288	39	5.4	39	77	7	176	33	16	15	34	1.90
2322307--2322450	59	2.5	60	76	11	154	28	28	17	25	1.97
2323785--2323855	22	3.5	21	81	9	76	32	15	23	28	1.95
2324248--2324289	19	2.2	20	95	4	77	50	14	4	30	1.63
2324194--2324336	74	1.9	74	100	0	286	37	11	16	34	1.85
2324267--2324561	55	5.3	55	85	3	355	36	10	17	34	1.85
2334807--2334852	23	2.0	23	95	0	83	21	28	28	21	1.99
2334795--2334868	23	3.5	21	79	15	64	18	29	25	25	1.98
2341632--2341671	21	2.0	20	85	5	53	40	12	22	25	1.89
2341788--2341816	15	1.9	15	100	0	58	34	13	20	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342152--2342466	55	5.7	54	89	3	427	35	9	18	36	1.84
2344837--2344862	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2360705--2361313	54	11.2	54	83	6	474	31	18	18	30	1.96
2360832--2361313	108	4.5	108	85	2	567	32	18	18	30	1.95
2360834--2361315	162	3.0	162	87	2	639	32	18	18	30	1.95
2361751--2361800	20	2.5	20	90	6	75	18	30	20	32	1.96
2366463--2366630	81	2.1	81	81	6	189	30	25	9	34	1.88
2366769--2366983	55	3.9	55	81	4	213	26	19	19	34	1.95
2366935--2367538	54	11.2	54	81	3	653	33	18	18	29	1.94
2366935--2367538	162	3.7	161	85	2	737	33	18	18	29	1.94
2367876--2367952	19	3.8	21	86	11	99	31	15	15	37	1.89
2367976--2368025	20	2.5	20	90	6	75	24	32	12	32	1.91
2369724--2370072	174	2.0	174	100	0	698	30	21	9	38	1.86
2370782--2370809	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
2372107--2372131	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2372131--2372157	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2372517--2372550	5	6.8	5	93	0	59	44	0	0	55	0.99
2372814--2372925	50	2.2	50	98	0	215	25	20	33	20	1.97
2373587--2373714	63	2.0	63	100	0	256	26	24	15	33	1.95
2376686--2376760	34	2.2	33	80	15	82	61	17	1	20	1.42
2377242--2377304	33	1.9	33	87	6	92	23	19	39	17	1.92
2378376--2378455	24	3.3	24	80	0	88	41	16	16	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379166--2379261	29	3.3	29	82	1	111	42	20	7	29	1.79
2379193--2379291	29	3.4	29	78	2	92	38	23	8	30	1.83
2379292--2379353	22	2.8	22	90	4	90	14	20	45	19	1.85
2379359--2379404	9	4.7	10	79	12	51	28	26	23	21	1.99
2385554--2385649	29	3.3	29	89	1	138	43	20	5	30	1.74
2385554--2385679	29	4.3	29	86	2	137	41	21	5	31	1.76
2385554--2385679	58	2.2	57	84	2	153	41	21	5	31	1.76
2387774--2387814	20	2.0	21	86	13	59	68	4	0	26	1.10
2397349--2397420	31	2.3	31	97	0	135	51	16	6	25	1.69
2398237--2398340	52	2.0	52	100	0	208	32	26	5	34	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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