genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   

This is table  14  of  64  ( 7674 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2721544--2721697	59	2.6	58	86	6	211	44	4	18	31	1.70
2721556--2721720	58	2.8	57	84	6	172	44	4	17	32	1.70
2722035--2722074	21	1.9	21	85	10	55	50	0	5	45	1.23
2722884--2722951	35	1.9	35	87	0	100	39	8	10	41	1.70
2723695--2723878	60	3.1	60	78	4	158	30	23	3	41	1.70
2724414--2724457	23	1.9	23	100	0	88	50	13	22	13	1.77
2724574--2724598	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
2727982--2728065	22	3.9	20	79	16	73	54	1	7	36	1.35
2728029--2728082	23	2.4	23	93	3	92	57	0	7	35	1.27
2728029--2728075	8	6.2	8	77	22	57	57	0	8	34	1.29
2727893--2728205	26	13.0	24	65	22	88	51	3	7	37	1.49
2728131--2728193	24	2.5	25	84	5	83	52	4	7	34	1.52
2728142--2728205	24	2.6	24	82	5	74	51	4	6	37	1.48
2728980--2729016	13	2.8	13	83	0	56	16	45	21	16	1.84
2731599--2731706	57	1.9	57	82	3	137	14	18	28	37	1.91
2734578--2734621	3	14.7	3	90	0	70	2	31	0	65	1.05
2736169--2736246	23	3.3	23	81	1	93	24	20	23	32	1.98
2739689--2739807	22	5.4	22	78	6	107	53	1	10	34	1.44
2739673--2740453	8	106.6	7	67	21	208	52	2	9	34	1.49
2739774--2739924	29	5.2	29	74	15	75	52	4	9	33	1.54
2739681--2739971	21	14.1	21	70	16	146	53	2	9	34	1.47
2739739--2739987	50	4.8	50	73	17	193	53	3	10	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2739873--2740261	43	9.1	43	74	15	301	52	2	10	33	1.50
2739823--2739924	29	3.2	29	75	19	105	52	3	9	33	1.53
2739921--2740334	29	14.9	29	65	20	113	52	2	10	34	1.49
2740081--2740173	22	4.3	22	82	10	88	53	2	7	36	1.41
2740076--2740241	79	2.1	80	92	4	273	53	3	8	34	1.47
2740124--2740261	22	6.3	22	75	10	122	53	2	9	34	1.45
2739747--2740368	330	1.9	328	85	9	872	52	3	9	34	1.50
2740339--2740513	22	7.9	22	75	15	148	50	2	8	37	1.48
2740423--2740561	67	2.1	66	71	15	97	53	0	7	38	1.36
2740499--2740541	14	3.0	14	86	3	50	60	0	4	34	1.17
2740503--2740585	34	2.5	32	90	5	121	56	0	6	37	1.24
2740510--2740573	14	4.1	14	73	21	56	54	0	6	39	1.26
2740783--2740824	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2741283--2741332	22	2.2	23	89	3	75	42	36	0	22	1.54
2741843--2742052	27	7.8	27	73	18	179	20	5	21	52	1.67
2741979--2742052	25	2.8	26	84	9	98	21	5	22	50	1.69
2741860--2742114	110	2.3	107	77	9	255	23	5	19	51	1.68
2744369--2744393	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2744940--2744985	21	2.2	21	88	0	65	4	41	6	47	1.49
2744926--2744959	12	2.8	12	100	0	68	0	41	8	50	1.34
2763297--2763402	42	2.5	42	78	0	122	33	21	16	28	1.96
2772926--2772967	21	2.0	21	90	0	66	42	16	0	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2774548--2774573	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2776431--2776528	29	3.4	29	65	15	69	36	9	8	45	1.66
2776812--2776851	9	4.3	9	82	17	55	65	0	22	12	1.26
2776810--2776851	13	3.0	14	86	13	68	64	0	21	14	1.29
2778478--2778550	29	2.6	29	91	2	112	6	24	5	63	1.41
2779780--2779836	26	2.3	25	84	6	71	64	8	21	5	1.41
2781467--2781502	15	2.3	16	90	4	56	22	2	0	75	0.94
2781686--2781761	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
2784509--2784562	26	2.1	26	92	0	90	20	20	22	37	1.95
2784528--2784874	131	2.6	130	80	3	338	28	17	21	31	1.96
2785473--2786176	45	16.0	45	79	5	663	42	19	16	21	1.89
2786754--2786821	23	3.0	23	76	8	75	27	23	17	30	1.97
2794691--2794729	20	2.0	19	90	5	60	82	2	2	12	0.89
2795134--2795474	136	2.5	134	87	2	504	24	20	17	36	1.94
2797909--2797998	28	3.2	28	81	9	112	25	5	32	36	1.79
2798620--2798718	7	13.0	7	71	17	56	6	16	1	76	1.03
2798667--2798729	27	2.3	27	86	5	83	7	14	1	76	1.08
2798660--2798740	18	4.6	18	78	1	65	7	16	1	75	1.09
2798695--2798742	16	2.7	18	87	12	64	10	16	0	72	1.10
2799180--2799207	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
2802368--2802463	49	1.9	50	93	2	167	23	22	13	39	1.90
2807459--2807576	23	5.3	22	85	7	98	28	26	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2807472--2807577	23	4.7	23	88	4	128	27	26	18	27	1.98
2819279--2819896	45	13.9	45	78	3	513	40	18	17	23	1.90
2819278--2819893	179	3.5	180	76	7	460	40	18	16	24	1.90
2820072--2820105	15	2.2	16	89	5	52	41	0	26	32	1.56
2821375--2821452	6	13.3	6	76	15	74	1	17	0	80	0.77
2821375--2821470	14	6.6	15	76	20	80	3	17	0	79	0.87
2821378--2821472	29	3.3	27	82	12	102	3	16	0	80	0.85
2821384--2821460	9	9.2	8	72	16	59	2	16	0	80	0.82
2821385--2821469	15	5.8	15	74	20	65	3	16	0	80	0.86
2826313--2826342	15	2.0	15	100	0	60	33	26	0	40	1.57
2826969--2827016	21	2.3	20	82	6	60	66	12	0	20	1.24
2826981--2827021	21	2.1	19	86	13	57	56	9	0	34	1.32
2833163--2833298	73	1.9	73	82	11	172	24	22	25	28	1.99
2833237--2833275	20	2.0	20	94	0	69	23	20	30	25	1.98
2834006--2834046	18	2.2	19	86	4	57	53	0	0	46	1.00
2834006--2834056	18	2.8	19	79	8	52	50	1	0	47	1.12
2834017--2834057	18	2.3	18	86	0	55	51	2	0	46	1.14
2834822--2834851	13	2.3	13	94	0	51	23	23	16	36	1.94
2839891--2839922	14	2.3	14	100	0	64	43	6	0	50	1.27
2840057--2840265	39	5.7	36	78	9	210	46	2	6	44	1.41
2840083--2840230	69	2.2	65	86	9	208	47	2	6	43	1.44
2840136--2840188	26	2.0	26	92	7	90	49	0	7	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2840057--2840253	108	1.8	109	87	3	299	47	2	6	44	1.41
2840191--2840283	28	3.0	28	72	24	87	46	0	6	47	1.28
2851188--2851267	40	2.0	40	82	0	97	43	12	25	18	1.85
2852791--2853061	37	7.2	37	78	10	230	47	2	5	44	1.39
2852791--2852932	39	3.6	38	90	2	194	47	2	6	43	1.40
2852810--2852981	67	2.6	67	81	3	186	48	2	5	43	1.39
2852891--2852939	15	3.3	15	75	11	55	51	0	6	42	1.27
2852906--2853008	26	4.2	26	68	12	90	47	0	5	45	1.33
2852931--2853031	47	2.2	46	85	3	139	49	2	3	43	1.36
2853011--2853087	30	2.7	26	74	18	73	45	1	5	48	1.33
2853075--2853137	7	8.6	7	86	10	81	36	0	3	60	1.13
2853136--2853164	6	4.8	6	100	0	58	17	13	0	68	1.20
2853137--2853194	15	4.1	15	76	8	52	12	10	1	75	1.11
2853142--2853195	21	2.6	20	77	14	56	12	11	1	74	1.16
2854433--2854485	7	7.6	7	79	8	63	20	0	0	79	0.74
2854436--2854484	4	12.8	4	79	16	59	22	0	0	77	0.77
2858014--2858098	43	2.0	43	83	4	109	36	10	28	24	1.89
2863977--2864025	22	2.2	22	96	0	89	32	16	10	40	1.82
2864483--2864573	41	2.3	39	83	7	103	24	20	19	35	1.96
2867476--2867519	20	2.3	19	88	11	63	65	6	0	27	1.17
2869315--2869389	30	2.5	30	82	4	89	18	9	10	61	1.55
2872966--2873008	12	3.2	13	80	12	52	79	6	13	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2874585--2874780	40	4.6	40	72	16	137	29	31	14	24	1.95
2874569--2874839	131	2.1	131	86	2	375	28	30	14	26	1.95
2874569--2874915	131	2.6	131	82	3	374	27	29	16	26	1.97
2875120--2875146	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2877105--2877132	14	2.0	14	100	0	56	21	28	28	21	1.99
2881520--2881589	29	2.4	29	85	4	88	27	28	21	22	1.99
2885032--2885119	30	3.0	29	81	8	88	17	10	9	63	1.50
2886977--2887001	13	1.9	13	100	0	50	20	16	16	48	1.82
2889362--2889403	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
2889398--2889501	33	3.2	33	93	1	165	32	7	15	44	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64