genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8172610--8172655	14	3.3	14	90	0	74	52	26	13	8	1.69
8174979--8175205	82	2.7	82	78	7	226	34	18	14	32	1.91
8175002--8175209	83	2.5	82	80	6	224	32	18	14	34	1.91
8175885--8176297	42	9.8	43	73	10	124	26	20	17	34	1.95
8175902--8176125	84	2.7	85	79	2	220	29	17	17	35	1.93
8176079--8176313	42	5.5	43	83	5	280	24	24	16	34	1.96
8180890--8180942	27	2.0	26	88	3	79	45	3	11	39	1.58
8183777--8184078	5	59.6	5	67	18	60	48	5	3	42	1.42
8183837--8184078	2	125.0	2	68	26	114	47	5	3	42	1.44
8183792--8184078	7	39.7	7	70	16	115	48	5	3	42	1.43
8186239--8186529	96	3.0	95	86	3	397	42	16	12	28	1.85
8190745--8190829	32	2.7	32	86	0	116	29	25	25	18	1.98
8190969--8191256	96	3.0	94	79	11	282	42	13	11	31	1.81
8198019--8198043	12	2.1	12	100	0	50	0	8	24	68	1.16
8198490--8198706	20	10.5	21	72	18	90	50	5	2	41	1.38
8198556--8198705	2	76.5	2	73	18	120	50	4	2	42	1.37
8198525--8198705	28	6.3	30	73	19	106	49	4	3	42	1.39
8199233--8199293	26	2.4	27	83	8	74	44	24	9	21	1.82
8199739--8199771	16	2.0	17	88	5	50	78	9	9	3	1.05
8211301--8211354	28	1.9	28	88	0	81	33	12	12	40	1.82
8211795--8212285	134	3.7	133	81	3	556	34	19	15	30	1.93
8211795--8212343	134	4.1	133	80	6	535	34	19	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8212518--8212614	3	32.7	3	95	2	178	32	1	0	65	0.99
8213336--8213459	60	2.1	60	92	0	203	19	16	37	25	1.93
8215538--8215569	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
8216833--8216916	25	3.4	25	94	0	141	19	14	17	48	1.81
8219120--8219202	23	3.7	23	88	1	123	55	7	15	21	1.64
8219111--8219202	45	2.0	45	87	6	132	57	7	14	20	1.61
8222260--8222330	3	24.0	3	76	8	65	61	1	1	35	1.13
8222987--8223041	20	2.8	20	94	0	92	27	21	27	23	1.99
8223092--8223143	20	2.6	20	90	0	86	32	25	21	21	1.98
8223213--8223761	222	2.5	221	85	4	721	34	18	16	30	1.93
8223543--8223967	183	2.3	182	85	3	559	34	17	16	31	1.93
8223742--8224531	223	3.5	224	83	5	875	34	16	17	31	1.93
8223335--8224193	406	2.1	403	86	3	1165	33	17	17	30	1.93
8224064--8224531	240	2.0	240	86	1	670	34	17	16	31	1.93
8227262--8227488	109	2.1	109	84	8	295	45	18	15	20	1.85
8227262--8227504	108	2.2	109	83	10	295	45	18	15	20	1.85
8236008--8236290	141	2.0	141	99	0	557	35	12	30	22	1.90
8238883--8238923	20	2.0	20	85	9	55	41	17	2	39	1.62
8239370--8239419	19	2.7	18	81	9	55	24	2	0	74	0.93
8239372--8239420	11	4.2	12	75	14	50	24	2	0	73	0.94
8240549--8240575	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8240561--8240708	78	1.9	79	94	2	262	38	13	11	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8240780--8240819	8	4.9	8	84	6	53	25	0	2	72	0.97
8243721--8243808	3	29.3	3	80	13	83	67	3	3	26	1.23
8244021--8244108	3	29.3	3	80	13	83	67	3	3	26	1.23
8243698--8244304	300	2.0	301	99	0	1207	40	11	16	31	1.83
8244360--8244746	132	2.9	132	80	2	350	29	15	19	34	1.93
8244466--8244746	132	2.1	132	85	3	377	29	14	20	34	1.93
8257521--8257572	21	2.5	20	81	9	59	15	26	0	57	1.38
8257948--8258015	3	23.3	3	82	11	88	72	0	1	26	0.94
8258331--8258436	21	4.9	22	76	4	94	26	20	23	29	1.99
8268790--8268826	19	1.9	19	94	0	65	13	56	16	13	1.67
8269336--8269401	23	2.9	23	86	6	89	22	22	21	33	1.97
8269336--8269426	46	2.0	46	80	8	105	21	24	21	31	1.98
8271230--8271359	66	2.0	66	89	0	197	20	20	21	38	1.94
8272272--8272345	31	2.4	31	93	0	130	43	17	13	25	1.86
8272395--8272458	11	5.6	11	74	20	60	23	21	23	31	1.99
8272394--8272449	12	4.8	12	79	12	64	21	19	25	33	1.97
8272394--8272458	23	2.8	23	97	0	121	23	21	24	30	1.99
8272534--8272563	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
8272815--8272844	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
8272490--8273055	283	2.0	282	98	1	1107	30	13	15	39	1.87
8275779--8275834	24	2.3	24	93	0	94	39	14	16	30	1.88
8276278--8276302	8	3.1	8	100	0	50	36	24	24	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8290305--8290347	12	3.6	12	80	0	50	2	4	6	86	0.79
8290298--8290339	12	3.2	13	80	10	50	0	7	11	80	0.88
8290626--8291120	247	2.0	247	98	1	958	41	12	24	22	1.87
8291272--8291318	22	2.2	21	85	7	60	48	17	4	29	1.65
8295986--8296090	37	2.8	37	83	0	138	40	13	15	31	1.85
8296537--8296642	18	5.3	19	70	16	63	35	2	1	59	1.23
8296602--8296642	2	21.0	2	85	5	57	43	0	0	56	0.99
8296794--8296835	21	2.0	22	81	13	52	21	2	9	66	1.32
8296799--8296864	27	2.3	29	76	5	73	21	0	9	69	1.15
8296940--8296969	4	7.2	4	92	7	51	23	3	0	73	0.98
8301456--8301545	9	9.9	9	77	11	85	80	4	14	1	0.93
8301456--8301532	26	3.0	26	80	14	97	80	3	15	0	0.85
8302980--8304459	106	14.0	106	89	2	2113	33	24	18	23	1.96
8305258--8305348	19	4.6	19	67	17	51	31	3	3	61	1.28
8305638--8305712	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
8305716--8305795	13	6.4	13	70	13	51	17	10	0	72	1.11
8305731--8305771	15	2.6	16	81	14	50	14	7	0	78	0.96
8308719--8308744	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8313020--8313128	57	1.9	57	85	9	152	30	16	21	32	1.95
8313175--8313230	20	2.8	20	91	0	94	17	16	33	32	1.92
8315860--8315942	23	3.7	23	84	11	109	27	22	24	25	2.00
8315861--8315961	44	2.3	44	83	10	127	27	21	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8319770--8319811	21	2.1	19	83	16	50	40	9	2	47	1.49
8321725--8321890	65	2.6	64	79	11	178	25	18	24	31	1.98
8322817--8322855	20	2.1	19	90	9	62	35	15	25	23	1.94
8323574--8323612	21	1.9	20	94	0	60	30	17	15	35	1.91
8323571--8323659	21	4.2	21	74	5	54	25	14	22	37	1.92
8324594--8324710	57	2.1	57	82	9	141	23	8	8	58	1.55
8327173--8327292	42	2.9	43	76	8	133	25	20	22	30	1.98
8327043--8327605	259	2.2	258	92	1	937	33	14	17	34	1.90
8327429--8327551	42	3.0	42	77	8	126	26	21	21	30	1.98
8327868--8327907	12	3.5	12	75	25	50	42	12	27	17	1.85
8327864--8327909	22	2.1	22	100	0	92	39	15	28	17	1.90
8332349--8332378	14	2.1	14	93	0	51	23	10	0	66	1.21
8332595--8332635	20	2.0	20	85	0	55	24	31	12	31	1.92
8333788--8333880	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
8333788--8333880	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
8333807--8333941	41	3.3	41	84	4	148	38	20	20	20	1.94
8333869--8333962	20	4.7	20	78	2	80	35	23	17	24	1.95
8334482--8334548	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
8334544--8334728	19	10.1	19	76	14	165	12	22	21	43	1.86
8334544--8334728	33	5.1	38	78	12	165	12	22	21	43	1.86
8334671--8334728	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
8338166--8338219	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8339259--8339314	20	2.8	20	94	0	94	37	23	23	16	1.93
8339347--8339402	19	2.9	19	97	0	103	14	21	14	50	1.78
8339338--8339364	14	1.9	14	100	0	54	14	22	14	48	1.81
8341403--8341520	20	6.4	19	74	13	86	42	24	19	13	1.87
8341477--8341539	14	4.3	14	79	16	74	50	25	15	7	1.71
8341461--8341535	32	2.3	33	95	2	134	45	25	18	10	1.82
8341568--8341625	14	3.9	14	77	16	62	10	15	24	50	1.75
8341551--8341641	32	2.8	33	93	3	157	12	17	21	48	1.80
8341626--8341680	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
8342153--8342197	18	2.5	18	85	0	63	13	15	42	28	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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