genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7990601--7990801	41	4.9	41	66	16	112	32	15	15	35	1.90
7990590--7990873	82	3.5	82	81	4	324	33	14	17	34	1.90
7990590--7990873	81	3.5	81	80	4	293	33	14	17	34	1.90
7990893--7991063	41	4.2	41	87	0	225	28	18	16	36	1.93
7992225--7992348	42	3.0	41	77	4	106	38	16	12	32	1.86
7994089--7994132	18	2.4	19	85	14	65	52	9	20	18	1.72
7998981--7999014	14	2.4	15	90	9	54	58	5	8	26	1.51
7999749--7999783	18	1.9	18	88	0	52	2	17	0	80	0.84
8000306--8000342	16	2.2	16	90	9	56	75	0	10	13	1.04
8002848--8003179	167	2.0	165	91	1	529	22	19	10	47	1.80
8007717--8007748	16	2.0	16	93	0	55	25	34	0	40	1.56
8009958--8010003	3	15.3	3	95	0	83	67	2	0	30	1.03
8010204--8010840	217	2.9	217	91	1	1042	34	14	13	36	1.87
8012121--8012241	60	2.0	60	85	0	161	22	16	12	48	1.79
8013304--8013418	12	8.7	13	67	21	53	3	20	1	74	1.05
8021898--8021945	25	1.9	25	91	0	78	20	2	27	50	1.60
8024051--8024083	15	2.2	15	89	10	50	33	0	0	66	0.92
8027915--8027975	3	20.0	3	85	9	79	60	0	1	37	1.07
8027919--8027986	9	7.1	9	82	12	64	55	0	1	42	1.08
8028127--8028454	135	2.4	135	89	2	489	25	22	17	33	1.96
8028576--8028605	15	2.0	15	93	0	51	30	13	23	33	1.93
8029063--8029200	74	1.9	73	87	1	204	40	10	20	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8029156--8029467	36	8.8	36	72	16	172	37	13	21	27	1.91
8029257--8029320	21	3.3	21	65	24	59	39	12	25	23	1.90
8029156--8029409	101	2.5	102	88	1	357	38	12	21	26	1.90
8029400--8029958	40	14.0	40	92	0	868	41	11	15	30	1.83
8029584--8029648	20	3.2	20	65	8	51	47	9	12	30	1.72
8029646--8029714	23	3.3	23	64	29	62	43	11	11	33	1.77
8029824--8029888	20	3.2	20	65	16	53	47	6	16	29	1.71
8029886--8029954	23	3.3	23	63	23	60	42	14	11	31	1.82
8039771--8039811	21	2.0	21	90	0	64	9	24	39	26	1.86
8039794--8039854	20	2.9	21	85	7	70	16	26	32	24	1.96
8048121--8048180	23	2.6	23	91	0	93	21	25	16	36	1.94
8050130--8050190	7	8.7	7	75	0	50	22	1	32	42	1.64
8051994--8052041	3	15.7	3	81	12	53	58	0	2	39	1.10
8051996--8052041	17	2.7	17	86	6	58	58	0	2	39	1.10
8051994--8052051	20	2.9	19	87	5	71	55	0	1	43	1.10
8051997--8052041	14	3.4	14	74	20	51	57	0	2	40	1.11
8051994--8052050	23	2.5	23	82	5	62	56	0	1	42	1.10
8058908--8059032	62	2.0	62	100	0	250	35	18	9	36	1.83
8061011--8061341	162	2.0	162	99	0	653	42	11	11	34	1.77
8061652--8061698	23	2.0	23	95	0	85	17	6	25	51	1.69
8061844--8061887	15	3.0	15	83	12	56	34	0	0	65	0.93
8065793--8065855	22	2.7	22	80	9	72	22	14	28	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8068458--8068502	3	15.0	3	85	0	63	0	28	2	68	1.01
8069191--8069242	19	2.5	20	81	9	61	32	15	30	21	1.94
8071929--8071963	18	1.9	18	94	0	61	20	51	14	14	1.76
8072619--8072691	36	2.0	36	89	5	112	41	9	17	31	1.82
8073122--8073264	71	2.0	71	100	0	286	36	9	12	41	1.76
8074525--8074609	24	3.5	24	75	10	84	17	12	18	50	1.77
8074539--8074607	12	5.8	12	70	13	52	17	11	20	50	1.76
8074767--8074791	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8079238--8079360	20	5.6	20	67	20	66	41	11	27	19	1.86
8079223--8079524	46	6.6	46	80	8	346	44	12	23	19	1.84
8079304--8079581	72	3.9	72	83	7	363	44	12	22	19	1.84
8079399--8079452	20	2.7	20	94	0	99	38	11	27	22	1.88
8079281--8079567	138	2.1	138	91	0	457	44	12	24	19	1.85
8085454--8085495	21	2.0	21	81	9	50	42	4	28	23	1.74
8085810--8085890	31	2.7	29	90	5	126	19	23	19	37	1.95
8089300--8089376	2	40.0	2	76	17	74	51	1	1	45	1.17
8089272--8089369	45	2.2	46	96	1	180	54	2	3	40	1.28
8090467--8090521	2	28.0	2	96	3	103	49	0	0	50	1.00
8091081--8091125	21	2.1	21	83	0	54	17	8	4	68	1.32
8094337--8094493	79	2.0	79	87	2	226	35	26	15	23	1.94
8097615--8097660	19	2.2	21	78	21	53	39	15	0	45	1.46
8097621--8097659	19	2.0	20	85	14	55	35	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8099058--8099111	9	5.7	9	85	12	72	40	0	0	59	0.98
8099059--8099111	3	16.7	3	81	11	61	39	0	0	60	0.97
8099130--8099159	14	2.1	14	93	0	51	56	40	0	3	1.16
8100835--8100882	22	2.3	21	80	16	55	27	2	4	66	1.21
8106465--8106510	21	2.1	23	84	8	60	17	17	4	60	1.51
8107204--8107249	2	24.0	2	91	8	78	47	0	0	52	1.00
8107508--8107601	24	3.9	24	76	16	95	77	2	19	1	0.93
8107508--8107601	25	3.8	24	77	12	84	77	2	19	1	0.93
8107520--8107601	13	5.8	14	80	15	80	79	2	17	1	0.91
8109731--8109845	42	2.7	42	84	0	158	26	20	22	29	1.99
8109758--8109825	22	3.2	22	70	16	70	27	17	22	32	1.96
8109842--8110585	257	3.1	236	82	8	879	28	18	22	30	1.97
8110238--8110317	42	1.9	42	89	0	124	25	16	23	35	1.95
8110238--8110332	42	2.3	42	83	0	109	23	18	24	33	1.97
8110481--8110588	42	2.6	42	75	8	112	26	19	22	31	1.98
8110943--8110999	9	6.0	9	82	11	69	38	0	0	61	0.96
8110944--8110999	3	17.7	3	78	10	58	37	0	0	62	0.95
8117282--8117328	2	24.5	2	91	8	80	53	0	0	46	1.00
8117282--8117343	12	4.8	13	84	9	65	48	0	3	48	1.17
8117283--8117343	16	3.7	15	80	12	59	47	0	3	49	1.18
8117268--8117330	12	5.0	13	81	14	78	53	3	0	42	1.16
8119791--8119948	79	2.0	79	100	0	316	26	12	12	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8120269--8120336	23	2.9	23	80	2	64	23	7	19	50	1.72
8120298--8120348	24	2.2	23	86	10	68	23	13	15	47	1.82
8120352--8120411	11	5.7	11	78	9	54	15	1	15	68	1.29
8120364--8120405	20	2.1	20	90	0	66	14	0	16	69	1.20
8122620--8122668	3	16.3	3	95	0	89	34	0	0	65	0.93
8129609--8129646	14	2.7	14	100	0	76	13	0	0	86	0.56
8130108--8130262	75	2.1	75	91	0	247	27	20	16	35	1.94
8131824--8131855	16	1.9	17	93	6	57	34	6	25	34	1.81
8131890--8131953	23	2.8	23	78	4	76	34	23	23	18	1.96
8132165--8132207	23	1.9	23	90	4	70	32	23	11	32	1.90
8132767--8132925	64	2.5	63	82	6	185	23	24	18	32	1.97
8134561--8134618	25	2.2	27	79	11	68	39	3	3	53	1.35
8134808--8134870	29	2.2	29	100	0	126	38	19	15	26	1.92
8144202--8144314	36	3.2	36	89	3	176	43	18	16	21	1.88
8145822--8145869	13	3.5	13	76	18	53	43	2	2	52	1.24
8147125--8147284	65	2.5	65	82	7	184	25	20	23	30	1.98
8147125--8147334	65	3.2	64	76	12	182	25	19	23	30	1.98
8155761--8155809	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
8155781--8155990	65	3.2	64	79	8	237	25	19	23	30	1.98
8156846--8156913	28	2.4	28	100	0	136	45	0	2	51	1.16
8156846--8156896	17	3.4	17	65	30	51	47	0	3	49	1.20
8159273--8159326	26	2.0	27	86	10	76	31	16	3	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8159977--8160259	41	6.9	40	78	3	206	28	19	17	34	1.95
8160011--8160251	82	3.0	80	80	2	266	30	20	16	33	1.94
8159996--8160259	81	3.2	80	80	2	276	28	19	17	34	1.94
8163955--8164410	43	10.7	42	83	2	536	32	17	21	27	1.96
8163955--8164410	85	5.3	85	85	2	558	32	17	21	27	1.96
8163947--8164410	128	3.6	128	85	1	608	32	17	22	27	1.96
8166094--8166152	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
8170725--8170783	29	2.0	29	96	0	109	23	11	13	50	1.74
8171702--8171734	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
8171805--8171865	16	3.8	16	95	0	113	55	22	13	8	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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