genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571334--2571456	42	2.9	42	79	7	142	23	17	36	21	1.95
2571334--2571448	21	5.5	21	71	4	79	22	18	36	22	1.95
2571930--2571972	19	2.2	20	87	4	61	48	20	13	16	1.80
2571962--2572005	20	2.2	20	88	8	63	40	27	20	11	1.86
2572049--2572079	14	2.2	14	94	0	53	51	22	19	6	1.69
2572023--2572098	33	2.3	33	86	0	98	47	22	19	10	1.80
2572063--2572099	19	1.9	19	94	0	65	48	27	16	8	1.74
2572121--2572153	14	2.4	14	94	0	57	18	18	15	48	1.81
2572110--2572183	33	2.2	34	85	2	96	17	20	16	45	1.85
2572123--2572203	33	2.4	33	81	2	81	17	22	18	41	1.90
2572177--2572223	20	2.3	20	96	0	85	14	21	25	38	1.92
2574140--2574254	20	5.8	20	76	2	97	46	21	14	16	1.83
2574639--2574689	22	2.3	22	86	6	77	25	9	41	23	1.85
2574855--2574969	20	5.7	19	70	11	77	25	15	24	34	1.95
2574833--2574970	41	3.4	41	82	4	179	24	15	23	36	1.93
2576302--2576431	3	41.3	3	81	7	118	64	0	4	30	1.14
2576303--2576441	38	3.7	38	78	11	133	65	0	5	29	1.14
2576665--2576744	41	2.0	41	95	2	144	58	12	2	26	1.47
2576762--2576806	24	2.0	23	82	8	56	48	4	0	46	1.22
2579221--2579269	24	2.1	23	81	11	55	48	10	4	36	1.56
2582115--2582156	16	2.6	16	81	7	50	78	4	9	7	1.08
2583334--2583441	36	3.0	37	84	2	112	32	17	11	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2583359--2583461	36	2.8	36	86	1	134	32	18	11	37	1.87
2583552--2583580	15	1.9	15	100	0	58	34	17	6	41	1.76
2583534--2583688	66	2.4	64	79	11	147	30	19	12	37	1.89
2583705--2584058	131	2.7	131	75	5	347	27	28	18	25	1.98
2585230--2585280	23	2.2	23	100	0	102	31	15	21	31	1.95
2590564--2590618	27	2.0	27	83	13	69	65	0	21	12	1.26
2596795--2596819	11	2.3	11	100	0	50	68	8	8	16	1.38
2598836--2598885	24	2.1	24	81	7	57	50	10	2	38	1.48
2609717--2609812	46	2.2	44	84	5	122	25	14	18	41	1.88
2610093--2610164	21	3.3	21	72	16	65	6	31	19	41	1.78
2610105--2610175	24	3.1	24	76	8	76	4	32	22	40	1.73
2610105--2610201	45	2.2	45	82	0	113	4	32	19	43	1.70
2610106--2610234	21	6.0	21	73	5	96	3	35	20	41	1.68
2611831--2611859	12	2.4	12	100	0	58	37	17	0	44	1.49
2611911--2611981	36	2.0	36	97	0	133	30	9	16	42	1.81
2614332--2614426	41	2.3	41	77	8	104	32	11	18	36	1.87
2615562--2615612	22	2.3	22	89	0	75	33	15	9	41	1.80
2616012--2616283	82	3.3	81	82	3	285	29	23	15	31	1.95
2616012--2616229	41	5.3	40	72	12	147	29	23	16	31	1.96
2616139--2616289	41	3.7	41	72	13	132	29	23	16	30	1.96
2618652--2618690	15	2.6	15	87	0	51	5	20	30	43	1.73
2618652--2618679	5	5.6	5	100	0	56	0	21	35	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2620530--2620648	35	3.3	35	92	2	184	43	3	9	43	1.53
2620611--2620669	23	2.6	23	91	0	91	42	5	10	42	1.60
2620576--2620709	58	2.2	62	88	6	197	44	5	9	41	1.60
2620638--2620729	38	2.5	38	86	8	127	48	6	7	36	1.57
2620696--2620722	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
2621688--2621720	15	2.1	16	94	5	59	42	6	24	27	1.78
2622095--2622143	5	9.8	5	88	0	62	6	40	34	18	1.75
2622141--2622195	6	9.2	6	95	0	92	3	16	49	30	1.63
2622470--2622524	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
2628054--2628114	6	10.5	6	87	7	81	4	16	49	29	1.66
2628385--2628438	22	2.5	22	75	3	56	29	9	24	37	1.86
2634853--2634883	16	2.0	16	93	6	55	61	19	6	12	1.53
2634931--2635008	32	2.4	33	82	4	97	67	8	3	19	1.33
2637835--2637887	23	2.3	23	84	12	72	43	1	0	54	1.11
2638229--2638331	31	3.3	32	80	4	111	34	28	15	21	1.94
2638475--2638526	13	3.7	14	76	7	52	32	26	23	17	1.96
2640536--2640618	31	2.7	31	90	0	139	39	18	19	22	1.92
2644272--2644312	21	2.0	21	95	0	73	29	29	17	24	1.97
2651622--2651897	5	53.4	5	74	13	100	73	3	4	18	1.15
2651625--2651725	6	17.2	6	81	18	92	81	4	0	13	0.85
2651949--2651975	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2652030--2652087	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654157--2654207	21	2.5	21	84	9	61	25	11	17	45	1.83
2660820--2660864	22	2.1	21	84	8	56	8	24	4	62	1.43
2661348--2661388	21	2.0	20	90	4	64	68	4	12	14	1.36
2664722--2664772	11	4.8	10	79	16	50	76	1	1	19	0.98
2664799--2664851	9	5.9	9	82	6	54	77	3	1	16	1.01
2664799--2664862	22	2.9	22	77	11	69	79	3	1	15	0.93
2664787--2664860	13	5.6	13	75	15	55	77	2	4	16	1.04
2664781--2664861	5	17.0	5	75	15	59	77	2	3	16	1.01
2664902--2664944	18	2.4	18	88	11	63	72	0	6	20	1.08
2664949--2664986	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2665860--2665906	24	1.9	24	86	4	67	10	8	14	65	1.45
2669882--2669919	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2670749--2670787	20	2.0	20	89	0	60	56	2	0	41	1.13
2670750--2670801	20	2.5	21	79	17	56	59	1	1	36	1.19
2672033--2672070	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
2672005--2672074	23	3.0	23	81	4	79	58	0	1	40	1.07
2672312--2672922	123	4.7	130	82	9	531	25	19	15	38	1.91
2672312--2672782	140	3.5	137	83	8	512	26	19	15	38	1.91
2672589--2673045	123	3.7	123	91	0	702	25	19	15	39	1.91
2673559--2673599	21	1.9	22	85	14	59	51	4	14	29	1.63
2673953--2673985	6	5.7	6	92	3	50	3	9	0	87	0.63
2675737--2675779	22	2.0	23	86	9	63	41	0	6	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2675865--2675903	20	2.0	20	89	0	60	56	5	0	38	1.22
2675885--2675950	29	2.4	28	79	18	75	59	1	4	34	1.27
2677191--2677231	3	14.0	3	84	5	57	70	0	0	29	0.87
2677191--2677230	14	3.0	14	89	7	57	70	0	0	30	0.88
2677192--2677235	14	3.1	14	83	6	52	75	0	0	25	0.81
2679007--2679152	20	7.3	20	90	1	231	32	23	26	17	1.97
2679007--2679152	79	1.8	79	91	0	238	32	23	26	17	1.97
2679172--2679270	42	2.4	42	87	3	137	20	19	37	23	1.94
2679172--2679270	21	4.7	21	85	3	119	20	19	37	23	1.94
2679339--2679387	26	1.9	26	95	4	91	42	18	8	30	1.79
2679498--2679537	21	1.9	21	100	0	80	52	7	10	30	1.62
2679576--2679623	20	2.4	20	96	0	87	33	10	8	47	1.68
2682019--2682071	23	2.3	23	100	0	106	26	9	43	20	1.82
2682689--2682755	20	3.3	20	95	0	116	31	25	25	17	1.97
2682796--2682853	21	2.8	21	89	0	89	20	15	39	24	1.91
2682940--2682988	26	1.9	26	95	4	91	42	18	8	30	1.79
2685644--2685704	21	2.9	21	71	9	61	36	29	18	16	1.92
2692549--2692595	21	2.2	21	84	0	67	34	27	19	19	1.96
2697842--2697964	39	3.2	39	82	0	147	29	19	28	22	1.98
2697961--2698114	50	3.1	50	94	1	265	35	20	26	17	1.94
2698199--2698296	24	4.1	24	78	5	99	52	13	11	23	1.72
2698197--2698289	48	1.9	48	82	4	116	52	12	10	23	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2700220--2700257	14	2.8	14	92	4	60	23	18	28	28	1.98
2700263--2700313	13	3.8	13	76	7	50	17	19	47	15	1.83
2705993--2706028	14	2.6	14	95	0	63	44	8	33	13	1.74
2707052--2707090	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2710912--2710965	18	3.0	18	91	0	81	20	20	31	27	1.97
2716953--2717003	20	2.5	20	87	0	66	35	5	21	37	1.78
2716970--2717009	20	2.0	20	100	0	80	30	5	25	40	1.77
2717182--2717225	19	2.3	19	96	0	79	27	22	20	29	1.99
2719026--2719059	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2721228--2721415	60	3.1	60	76	8	161	37	13	4	44	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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