genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8696163--8696471	46	6.7	46	92	0	492	20	23	13	42	1.87
8696277--8696438	20	7.2	20	70	22	108	19	25	14	40	1.90
8696196--8696464	26	11.5	25	66	21	156	19	23	14	42	1.88
8698028--8698135	23	4.7	23	80	5	101	33	22	19	25	1.97
8698016--8698135	46	2.6	46	81	1	123	32	22	19	25	1.97
8698337--8698380	16	2.8	16	89	3	63	31	22	2	43	1.66
8698912--8698965	20	2.7	20	94	0	90	33	27	9	29	1.88
8706011--8706081	18	3.9	18	81	0	79	21	16	33	28	1.95
8712246--8712290	19	2.4	19	100	0	90	26	17	31	24	1.97
8712871--8712941	18	3.9	18	90	0	106	19	19	30	29	1.97
8720002--8720040	12	3.0	13	85	11	53	41	10	0	48	1.37
8720137--8720186	24	2.1	24	82	17	61	54	0	0	46	1.00
8720377--8720466	42	2.1	43	89	6	139	27	4	15	52	1.62
8720737--8721017	2	136.5	2	66	17	112	40	4	7	47	1.51
8720892--8720956	7	9.6	7	91	3	80	36	0	9	53	1.33
8721159--8721200	19	2.3	19	87	4	59	47	0	0	52	1.00
8721163--8721199	15	2.5	15	84	16	51	45	0	0	54	1.00
8723210--8723285	34	2.2	34	85	0	98	18	19	27	34	1.95
8723244--8723464	43	5.1	43	91	0	325	18	25	24	31	1.97
8724884--8725304	43	9.7	43	89	1	610	17	24	24	33	1.96
8726204--8726249	3	15.7	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
8727987--8728028	15	2.6	16	82	17	52	33	4	0	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8732981--8733152	38	4.5	38	89	0	245	34	15	22	27	1.94
8732981--8733186	76	2.7	76	83	1	268	36	15	20	28	1.92
8734274--8734685	62	6.6	62	82	5	424	28	20	16	34	1.94
8734286--8734685	124	3.2	123	83	5	468	28	20	16	35	1.94
8734758--8735207	43	10.1	43	69	15	259	31	16	22	29	1.96
8734790--8735213	90	4.7	90	92	0	686	31	16	23	29	1.96
8734790--8735213	181	2.3	180	91	0	686	31	16	23	29	1.96
8735351--8735391	3	13.7	3	94	0	73	34	2	0	63	1.08
8737085--8737126	15	2.6	16	82	17	52	33	4	0	61	1.17
8740378--8740450	23	3.2	23	90	0	110	35	4	20	39	1.72
8740854--8740926	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
8739955--8743104	476	6.5	477	94	2	5199	41	7	11	40	1.68
8741331--8741403	23	3.2	23	84	0	92	36	4	20	38	1.72
8741807--8741879	23	3.2	23	88	0	110	34	6	21	36	1.81
8739955--8743104	953	3.2	959	93	3	5246	41	7	11	40	1.68
8742283--8742355	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
8742773--8742867	23	4.1	23	93	0	145	34	6	22	36	1.79
8743363--8743409	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
8743151--8743619	181	2.6	181	89	1	688	42	13	17	26	1.86
8743544--8743590	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
8743555--8743595	20	2.2	19	83	12	50	51	14	17	17	1.77
8744549--8745133	183	3.2	183	94	2	1005	34	14	16	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8744828--8746331	303	5.0	303	96	0	2738	33	14	16	35	1.89
8745015--8745253	120	2.0	120	94	0	424	32	13	15	38	1.86
8745314--8745560	120	2.1	120	92	1	406	33	13	15	38	1.86
8744549--8745743	486	2.5	477	77	10	1342	34	14	16	34	1.89
8745617--8745863	120	2.1	120	93	0	422	32	14	15	38	1.87
8745924--8746166	120	2.0	120	92	0	405	33	12	15	38	1.85
8749729--8749781	23	2.5	22	84	9	65	45	1	20	32	1.62
8749741--8749800	23	2.6	23	89	0	84	40	3	20	36	1.69
8749765--8749821	22	2.8	20	77	15	53	36	3	19	40	1.69
8750167--8750211	22	2.0	22	86	0	63	40	8	11	40	1.72
8750229--8750301	23	3.2	23	88	0	110	34	5	21	38	1.77
8750718--8750790	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
8751208--8751280	23	3.2	23	86	0	83	35	6	19	38	1.78
8749357--8751439	489	4.3	489	95	0	3695	40	7	11	40	1.69
8752973--8753009	19	1.9	19	94	0	65	24	32	24	18	1.97
8752974--8753040	9	7.1	9	77	9	53	28	28	25	17	1.98
8760181--8760250	19	3.6	19	82	3	70	28	30	28	12	1.93
8760181--8760237	10	6.0	9	76	11	51	26	31	29	12	1.92
8760184--8760250	29	2.3	28	82	10	82	29	31	26	11	1.92
8773081--8773110	6	5.0	6	100	0	60	16	16	33	33	1.92
8773081--8773118	18	2.1	18	90	0	58	18	18	31	31	1.95
8774205--8774251	17	2.7	18	90	6	78	78	0	17	4	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8774204--8774318	6	19.2	6	73	15	78	75	0	17	6	1.05
8774243--8774307	25	2.7	23	81	13	76	73	1	16	7	1.13
8779509--8779535	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
8781469--8781636	63	2.5	68	85	5	229	51	8	10	29	1.65
8787290--8787332	20	2.3	19	84	11	61	20	32	9	37	1.85
8787295--8787332	20	1.9	20	94	0	67	21	31	10	36	1.87
8787369--8787412	19	2.3	19	96	0	79	29	13	31	25	1.94
8788112--8788188	37	2.1	36	83	9	93	46	1	3	48	1.28
8788108--8788671	287	2.0	286	92	1	934	39	17	6	36	1.75
8790007--8790124	40	2.9	41	80	10	116	55	2	0	40	1.19
8790072--8790124	21	2.7	18	71	18	52	49	0	0	50	1.00
8790769--8790810	20	2.1	20	100	0	84	52	14	14	19	1.75
8792746--8792777	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
8792852--8793083	46	5.1	43	79	13	179	43	1	6	49	1.35
8792901--8792958	28	2.0	29	90	3	91	41	0	5	53	1.23
8792922--8793075	46	3.4	45	90	3	215	44	1	5	48	1.38
8793029--8793074	17	2.7	18	74	22	53	43	0	2	54	1.12
8796047--8796081	17	2.1	17	89	5	54	5	8	5	80	1.03
8801752--8801790	16	2.4	16	91	0	69	25	23	5	46	1.73
8803767--8803807	15	2.6	16	85	14	59	14	26	31	26	1.95
8803855--8803941	15	5.7	15	87	5	129	18	27	34	19	1.95
8806079--8806256	90	2.0	90	95	0	320	37	11	6	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8809606--8809680	12	5.9	14	70	29	62	48	0	1	50	1.09
8809647--8809681	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8809511--8809671	45	3.5	45	70	16	125	44	2	6	47	1.41
8811363--8811400	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8811432--8811467	13	3.0	12	88	11	56	55	0	2	41	1.14
8811505--8811540	5	7.4	5	96	3	65	41	0	0	58	0.98
8812490--8812601	56	2.0	56	92	3	190	40	2	6	50	1.41
8817836--8817876	10	4.6	9	85	14	50	48	0	0	51	1.00
8817842--8817875	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8819268--8819420	3	51.7	3	71	12	93	28	7	1	62	1.32
8819614--8819652	13	2.9	13	82	17	53	7	5	10	76	1.13
8819616--8819700	27	3.0	27	84	8	82	14	2	8	75	1.13
8819645--8819707	6	10.8	6	83	10	69	19	0	4	76	0.96
8825294--8825592	84	3.6	83	87	4	404	31	24	18	25	1.98
8825594--8825765	81	2.1	80	83	6	213	32	22	19	25	1.97
8827491--8827565	3	25.3	3	76	2	71	29	6	1	62	1.29
8827611--8827641	7	4.4	7	100	0	62	0	25	0	74	0.82
8827787--8827838	15	3.5	15	80	15	63	1	5	11	80	0.96
8827784--8827822	19	2.1	18	85	9	51	0	7	10	82	0.86
8827787--8827830	15	2.9	16	90	6	65	0	4	13	81	0.83
8827793--8827832	11	3.5	11	86	10	53	0	2	15	82	0.77
8827792--8827849	27	2.1	27	84	6	73	3	3	13	79	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8827842--8827889	6	7.8	6	81	4	51	20	0	4	75	0.97
8827842--8827894	18	2.8	18	78	16	63	18	0	5	75	0.99
8828568--8828621	16	3.2	18	75	15	53	57	0	1	40	1.09
8829535--8829589	18	2.8	18	81	10	56	25	32	23	18	1.97
8829554--8829609	22	2.5	22	94	0	94	25	30	28	16	1.96
8836465--8836544	22	3.9	19	84	7	72	26	31	23	18	1.98
8836484--8836561	22	3.5	22	92	0	138	26	30	26	15	1.96
8838724--8838765	22	1.9	22	85	9	59	64	4	2	28	1.26
8838856--8838927	37	2.0	36	91	2	117	51	12	9	26	1.70
8841834--8841897	25	2.5	27	82	12	82	64	6	3	26	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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