genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403661--2403689	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2405698--2405898	82	2.5	82	88	3	280	23	17	21	37	1.94
2405913--2406045	47	2.8	47	84	4	153	30	15	21	31	1.95
2406070--2406489	137	3.1	137	83	1	488	26	15	26	30	1.96
2406649--2406756	57	1.9	57	88	0	162	26	25	13	33	1.94
2411065--2411112	25	2.0	24	84	12	62	54	2	0	43	1.12
2421757--2421781	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2422293--2422342	10	5.1	10	72	13	50	64	4	2	30	1.23
2422294--2422370	29	2.7	28	88	8	102	67	2	5	24	1.24
2426255--2426290	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2429007--2429266	52	5.0	52	85	1	324	26	25	11	36	1.90
2429007--2429266	104	2.5	104	87	1	360	26	25	11	36	1.90
2429177--2429257	27	3.1	27	61	20	62	29	25	9	34	1.88
2435935--2436175	26	9.2	26	63	24	96	25	24	12	37	1.90
2435924--2436181	52	4.9	53	92	1	414	25	24	11	37	1.89
2436094--2436175	27	3.1	27	66	22	73	26	25	10	36	1.89
2436563--2436595	18	1.9	17	88	11	50	33	18	6	42	1.75
2441592--2441670	24	3.4	24	87	3	108	34	17	17	30	1.94
2441802--2441865	24	2.8	24	85	4	87	32	18	17	31	1.94
2441614--2441948	180	1.8	185	90	5	554	30	19	15	34	1.93
2442906--2443291	136	2.9	132	82	3	450	30	14	21	33	1.93
2442892--2443291	134	3.0	131	81	5	451	30	14	22	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443595--2443674	42	1.9	42	82	5	99	33	21	20	25	1.97
2446577--2446754	6	29.8	6	83	12	176	0	14	0	85	0.59
2446577--2446760	20	9.2	20	82	14	211	0	13	0	85	0.62
2446578--2446755	52	3.5	51	83	11	229	0	14	0	85	0.59
2446571--2446760	1	190.0	1	71	0	137	1	13	0	85	0.64
2446577--2446789	40	5.3	38	81	12	216	1	14	0	83	0.76
2450380--2450469	26	3.5	26	90	0	126	17	24	14	43	1.87
2456260--2456297	20	1.9	20	94	0	67	21	21	31	26	1.98
2456262--2456313	20	2.5	20	84	9	59	23	19	32	25	1.97
2462336--2462491	82	1.9	82	80	5	181	26	17	14	40	1.89
2462628--2462819	55	3.5	54	88	5	296	38	14	8	38	1.78
2462797--2463105	54	5.7	54	85	2	379	30	15	20	33	1.93
2462797--2464495	108	15.9	109	80	6	1443	31	16	18	32	1.94
2462825--2464496	162	10.4	162	77	8	1394	31	16	18	32	1.94
2463076--2463154	41	1.9	41	89	0	122	29	11	26	32	1.91
2463022--2463212	95	2.0	95	85	0	256	29	13	23	33	1.92
2463117--2464495	54	25.6	54	82	7	1061	31	17	18	32	1.94
2463582--2463777	55	3.6	55	92	1	313	37	15	10	37	1.81
2464031--2464116	27	3.2	27	63	18	70	29	17	23	30	1.97
2464058--2464143	27	3.2	27	63	18	70	30	19	22	27	1.98
2464812--2464934	22	5.7	22	90	1	151	30	24	13	31	1.94
2468663--2468732	36	1.9	36	85	0	95	27	18	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469949--2470005	20	2.7	21	81	8	62	59	0	1	38	1.08
2471416--2471473	27	2.3	26	80	11	66	51	0	0	48	1.00
2471838--2472252	113	3.7	112	86	5	558	28	19	13	37	1.91
2471839--2472246	225	1.8	221	87	6	617	29	19	13	37	1.91
2472973--2473309	114	3.0	114	95	0	584	31	19	14	34	1.92
2484513--2484551	15	2.9	14	82	17	55	71	2	5	20	1.17
2484513--2484576	17	3.6	17	76	19	51	71	3	3	21	1.13
2485201--2485233	11	2.8	12	86	9	50	54	0	0	45	0.99
2486744--2486801	3	19.7	3	82	10	75	63	0	1	34	1.04
2487311--2487382	37	1.9	37	97	0	135	22	30	16	30	1.96
2492791--2492824	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2493019--2493047	13	2.3	13	94	5	51	62	0	6	31	1.22
2496784--2496911	35	3.6	35	85	3	159	28	19	16	35	1.94
2499036--2499068	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2499361--2499401	17	2.4	18	80	12	50	51	12	2	34	1.52
2501343--2502304	329	2.9	328	88	2	1335	23	24	18	33	1.96
2501389--2502317	55	17.0	55	88	2	1038	23	24	18	33	1.96
2502481--2502543	31	2.0	31	96	0	117	26	15	20	36	1.93
2502320--2502684	36	10.0	37	73	13	238	26	18	19	35	1.95
2503505--2503539	17	2.1	18	89	10	56	20	28	2	48	1.63
2504684--2504759	40	1.9	39	86	7	109	25	15	14	44	1.84
2504928--2504981	2	27.5	2	92	3	92	48	1	0	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509668--2509696	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2509989--2510029	17	2.4	18	80	12	50	51	12	2	34	1.52
2514234--2514431	43	4.6	43	83	2	236	34	22	22	20	1.96
2514224--2514429	86	2.4	87	86	4	290	34	21	23	19	1.96
2515804--2515868	27	2.4	27	81	0	76	26	13	12	47	1.78
2515820--2515876	27	2.2	26	93	3	96	21	8	19	50	1.74
2515948--2515985	18	2.2	17	86	9	51	26	21	5	47	1.71
2519451--2519484	7	5.0	7	85	7	52	32	0	0	67	0.91
2519458--2519482	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2522436--2522519	43	2.0	43	95	0	150	28	33	16	21	1.95
2522438--2522556	43	2.8	43	86	0	139	31	31	15	21	1.94
2522699--2522941	124	2.0	124	82	3	301	31	25	18	25	1.98
2523041--2523140	36	2.8	36	87	3	139	27	22	15	36	1.93
2523033--2523193	65	2.4	65	82	9	180	25	20	13	40	1.89
2523053--2523404	99	3.5	100	88	4	467	26	19	13	40	1.89
2523307--2523535	65	3.5	65	80	3	262	29	20	11	38	1.88
2525021--2525053	7	5.0	7	92	7	52	30	0	0	69	0.88
2529752--2529806	24	2.3	24	96	0	101	34	3	20	41	1.69
2529880--2529946	15	4.5	14	73	17	55	26	5	16	50	1.68
2529890--2529932	15	3.0	15	90	6	63	27	6	16	48	1.71
2536160--2536264	43	2.4	43	91	0	165	23	18	24	33	1.97
2536209--2536450	86	2.8	85	80	4	281	29	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536252--2536450	43	4.7	43	82	1	238	30	20	21	28	1.98
2536209--2536450	43	5.7	43	80	3	222	29	20	21	28	1.98
2539447--2539983	41	13.3	40	74	11	336	34	18	19	27	1.95
2539415--2539889	238	2.0	239	99	0	943	34	17	20	27	1.95
2539484--2539962	125	3.9	124	76	10	484	34	17	19	27	1.95
2539686--2539985	165	1.8	163	82	5	381	35	18	19	27	1.95
2544171--2544590	139	3.0	139	85	4	535	43	13	14	29	1.83
2544956--2545008	14	3.8	14	77	7	54	64	9	5	20	1.44
2546405--2546499	3	31.0	3	79	10	95	64	1	5	29	1.22
2546405--2546499	19	5.0	19	80	5	104	64	1	5	29	1.22
2546715--2547193	123	3.9	123	84	3	612	25	21	14	38	1.91
2548327--2548384	11	5.2	11	78	17	66	3	17	0	79	0.87
2548326--2548390	17	3.8	17	76	15	71	4	15	0	80	0.88
2548326--2548384	6	10.3	6	76	10	61	3	16	0	79	0.86
2548344--2548397	27	2.0	27	88	3	81	7	14	0	77	0.97
2550729--2550760	12	2.7	12	100	0	64	50	0	25	25	1.50
2564013--2564386	139	2.7	139	83	5	436	43	13	12	31	1.81
2564335--2564429	46	2.1	46	95	0	172	41	9	13	35	1.77
2564199--2564571	185	2.0	185	87	1	541	42	13	12	31	1.82
2564934--2564988	14	3.8	14	76	7	56	63	7	7	21	1.44
2565786--2565898	41	2.6	41	84	6	127	32	23	16	26	1.96
2565831--2565941	20	5.5	20	81	6	134	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565830--2565941	41	2.8	41	84	4	138	29	26	18	25	1.98
2566750--2566803	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2569066--2569100	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
2569158--2569440	140	2.0	140	96	0	521	28	13	14	43	1.83
2569411--2569595	20	9.9	20	75	13	169	34	22	17	25	1.96
2569419--2569515	34	2.9	34	88	0	140	37	26	15	20	1.93
2569614--2569731	20	5.9	20	88	4	166	15	17	22	44	1.86
2569851--2569887	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
2569786--2569950	77	2.1	78	94	4	287	50	16	2	30	1.58
2569806--2569931	36	3.4	36	72	14	128	52	16	3	27	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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