genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1940131--1941048	307	3.0	307	91	1	1416	37	9	17	36	1.82
1941097--1941132	19	1.9	18	88	5	54	25	5	30	38	1.78
1941122--1941156	13	2.7	13	100	0	70	17	5	37	40	1.73
1945014--1945057	19	2.3	19	100	0	88	31	38	20	9	1.84
1951686--1951736	15	3.7	14	79	10	61	70	0	29	0	0.87
1951686--1951759	26	2.8	26	83	8	78	70	1	27	1	1.04
1953490--1954262	255	3.0	255	85	2	1044	31	14	17	35	1.91
1954620--1954743	38	3.2	37	81	10	140	24	17	16	41	1.90
1954625--1954745	42	3.0	42	84	4	133	24	18	17	39	1.91
1954662--1955073	45	9.2	45	81	5	320	24	16	20	38	1.93
1955669--1955957	134	2.1	135	85	3	384	30	17	18	33	1.94
1972430--1972727	150	2.0	150	100	0	596	27	31	15	26	1.96
1977104--1977231	65	2.0	65	87	6	188	55	14	0	29	1.44
1978907--1978945	17	2.2	17	90	9	60	79	5	7	7	1.05
1981669--1981717	19	2.6	18	81	9	62	73	2	4	20	1.10
1982346--1982484	73	1.9	73	83	8	183	56	12	0	30	1.41
1994324--1994387	14	4.5	13	83	15	65	64	7	7	20	1.45
1995342--1995389	9	5.1	9	76	18	53	62	2	12	22	1.40
1995304--1995402	29	3.4	29	92	0	171	53	9	14	23	1.69
1999543--1999603	33	1.9	33	86	6	90	29	0	0	70	0.88
1999629--1999728	24	4.3	24	88	3	143	24	1	21	54	1.51
1999825--1999896	9	7.9	9	74	13	51	20	4	1	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999809--1999865	9	6.3	9	78	8	53	10	7	1	80	0.96
1999809--1999865	19	3.1	18	79	18	64	10	7	1	80	0.96
1999840--1999916	26	3.0	25	75	14	68	20	3	2	72	1.12
1999934--1999975	18	2.3	18	80	8	50	19	4	2	73	1.12
1999977--2000016	18	2.1	19	86	9	55	12	5	2	80	0.98
2000426--2000478	19	2.8	19	91	0	79	28	30	16	24	1.97
2006478--2006516	18	2.2	18	85	0	51	25	38	0	35	1.56
2006805--2006834	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2009022--2009252	65	3.6	65	77	13	219	29	23	18	27	1.98
2009209--2009251	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
2014928--2016072	163	6.9	161	81	6	1059	31	21	19	27	1.98
2017753--2017803	15	3.3	15	79	12	59	25	1	1	70	1.08
2017822--2017929	24	4.6	24	80	3	123	25	1	21	50	1.58
2018002--2018026	7	3.6	7	100	0	50	0	36	0	64	0.94
2018031--2018055	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
2018177--2018260	14	5.5	14	70	20	53	15	8	1	75	1.10
2020247--2020310	20	3.2	20	75	8	58	10	17	0	71	1.13
2020258--2020309	20	2.6	20	81	9	61	9	17	0	73	1.09
2028345--2028416	24	3.0	24	76	15	78	37	19	19	23	1.94
2034790--2034815	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
2043067--2043277	105	2.0	105	93	0	359	36	9	14	38	1.79
2046927--2046969	19	2.3	19	91	0	68	39	20	23	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056429--2056789	119	3.1	114	78	7	372	39	15	16	27	1.89
2056436--2056870	119	3.8	113	77	8	362	40	15	17	26	1.89
2057083--2057120	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2064136--2064172	19	1.9	19	88	0	56	32	21	10	35	1.88
2067375--2067792	74	5.6	74	89	2	595	32	15	11	39	1.84
2067773--2067875	39	2.7	38	89	3	152	31	13	18	36	1.90
2067914--2068294	135	2.8	135	83	4	437	35	15	19	28	1.93
2067893--2068321	136	3.2	134	78	8	449	34	16	20	28	1.94
2068320--2068489	39	4.4	39	79	8	193	33	16	15	34	1.90
2068320--2068489	79	2.2	76	82	8	200	33	16	15	34	1.90
2068849--2068917	21	3.1	21	85	6	93	50	39	5	4	1.46
2071918--2071960	17	2.5	17	88	0	59	13	13	46	25	1.81
2073686--2073737	14	3.6	14	80	17	54	57	7	13	21	1.61
2076987--2077088	46	2.2	46	87	0	141	23	8	26	41	1.83
2079326--2079380	16	3.2	17	73	14	51	9	21	0	69	1.16
2079353--2079406	16	3.2	16	78	17	65	11	16	0	72	1.12
2081017--2081046	16	1.9	15	93	6	51	33	20	3	43	1.68
2091781--2091848	33	2.1	33	94	0	118	33	14	14	36	1.87
2093715--2093765	20	2.5	20	100	0	102	49	5	15	29	1.68
2093926--2093998	36	2.0	36	84	10	96	49	2	1	46	1.24
2095418--2095443	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
2097582--2097619	20	2.0	19	85	10	51	36	26	23	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103033--2103239	105	2.0	105	95	0	369	35	10	15	38	1.81
2114070--2114242	90	1.9	89	95	1	310	38	10	6	43	1.67
2119619--2119659	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2119883--2119937	2	27.5	2	96	0	101	49	0	1	49	1.11
2121698--2121737	13	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
2121698--2121734	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
2121698--2121734	19	1.9	19	94	0	65	59	0	0	40	0.97
2122150--2122387	104	2.3	103	80	1	260	27	15	22	34	1.95
2125273--2125433	11	14.7	11	69	22	99	3	19	0	77	0.92
2125273--2125447	6	28.3	6	68	22	73	4	18	0	77	0.93
2125273--2125431	38	4.0	40	73	15	141	3	19	0	76	0.93
2125307--2125440	18	7.2	19	72	24	106	3	18	0	77	0.91
2125273--2125440	60	3.1	52	73	20	146	3	19	0	77	0.91
2125274--2125431	59	2.6	61	77	15	177	3	19	0	76	0.93
2125289--2125447	17	9.1	17	72	14	101	4	18	0	77	0.93
2129451--2129483	16	2.0	17	94	5	59	21	36	12	30	1.90
2136530--2136580	10	4.8	12	75	22	51	54	1	7	35	1.40
2137712--2137774	32	2.0	32	96	0	117	42	15	14	26	1.86
2139251--2139305	29	1.9	28	82	10	67	54	3	16	25	1.58
2139672--2139815	70	2.1	70	96	1	263	23	24	18	34	1.96
2143448--2143491	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2144738--2144829	13	6.9	13	68	26	50	72	1	15	10	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144786--2144828	6	6.8	6	86	5	50	72	0	16	11	1.13
2144788--2144829	7	6.4	7	84	13	54	73	0	14	11	1.09
2144788--2144829	20	2.2	20	91	4	68	73	0	14	11	1.09
2149799--2149880	8	10.5	8	73	20	50	75	0	23	1	0.87
2149809--2149886	7	10.4	7	78	12	57	75	0	23	1	0.87
2149808--2149880	9	8.4	8	77	17	58	76	0	23	0	0.78
2149800--2149886	38	2.3	38	82	11	108	74	0	22	2	0.93
2149806--2149886	21	3.6	21	73	15	65	75	0	23	1	0.88
2151513--2151792	79	3.6	78	88	4	413	30	17	16	35	1.92
2151513--2151792	39	7.2	40	88	5	396	30	17	16	35	1.92
2155447--2155532	42	2.0	41	86	8	120	25	11	23	39	1.88
2156680--2156777	21	4.7	21	72	15	78	36	21	20	21	1.95
2156745--2156986	20	12.5	20	77	12	159	37	22	19	19	1.94
2156803--2156946	74	1.9	75	87	4	211	37	22	20	20	1.94
2156822--2156984	40	4.2	40	81	12	189	38	20	19	20	1.93
2160368--2160519	19	8.7	19	69	21	118	44	19	22	13	1.85
2160368--2160480	53	2.2	52	85	1	154	45	18	21	15	1.86
2160422--2160515	33	2.8	33	96	3	172	44	19	23	12	1.85
2160515--2160577	19	3.3	19	93	0	99	15	15	23	44	1.86
2160716--2160752	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2162117--2162197	21	3.9	21	66	6	65	23	20	33	22	1.97
2162102--2162195	42	2.2	42	83	7	111	21	20	35	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162133--2162220	42	2.1	42	82	0	104	23	17	36	22	1.94
2164168--2164290	20	6.2	20	83	7	115	43	17	22	17	1.88
2164175--2164290	60	1.9	60	91	0	187	41	18	23	17	1.90
2164175--2164290	40	2.9	40	87	2	144	41	18	23	17	1.90
2164275--2164330	14	3.6	14	74	21	58	42	23	25	8	1.82
2164266--2164349	33	2.5	33	92	0	132	45	21	21	11	1.84
2164383--2164439	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
2164367--2164447	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
2164424--2164487	21	3.1	21	84	6	87	10	20	17	51	1.75
2164431--2164502	20	3.6	19	83	5	81	12	15	20	51	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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