genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8841826--8841890	25	2.5	24	81	16	69	63	6	3	27	1.33
8843997--8844047	24	2.2	23	89	3	75	33	19	0	47	1.50
8847978--8848415	219	2.0	219	99	0	858	38	19	13	28	1.90
8849450--8849555	16	6.9	16	76	11	80	57	4	2	34	1.34
8849488--8849530	17	2.5	17	84	0	59	53	9	2	34	1.46
8849450--8849555	3	35.3	3	74	11	83	57	4	2	34	1.34
8849540--8849591	24	2.2	24	82	6	61	51	0	13	34	1.41
8851033--8851090	3	19.3	3	100	0	116	65	0	0	34	0.93
8851378--8851419	22	2.0	21	86	13	59	19	28	9	42	1.82
8851622--8851845	115	1.9	115	80	4	261	21	24	16	37	1.94
8852298--8852598	109	2.7	110	88	5	448	43	15	18	21	1.88
8852548--8852889	171	2.0	171	100	0	684	36	13	20	29	1.91
8857531--8857567	19	1.9	19	88	0	56	32	8	2	56	1.43
8857694--8857749	24	2.4	24	90	3	87	35	21	17	25	1.95
8857900--8857964	15	4.4	15	84	1	60	40	20	4	35	1.73
8863857--8863903	24	2.0	24	95	0	85	29	25	23	21	1.99
8863872--8863972	48	2.1	47	79	13	109	28	22	25	22	1.99
8863901--8863973	24	3.0	24	87	0	110	28	21	26	23	1.99
8864324--8864369	14	3.3	14	93	0	74	36	15	4	43	1.66
8864324--8864376	14	3.7	14	92	2	70	35	15	5	43	1.70
8865307--8865364	3	19.0	3	86	10	82	36	0	0	63	0.94
8867025--8867076	2	27.0	2	92	7	90	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8867564--8867630	28	2.5	27	83	7	75	32	4	2	59	1.32
8872903--8872987	29	3.0	28	77	15	86	71	2	22	3	1.12
8877527--8877603	22	3.5	22	96	0	145	33	11	14	40	1.82
8878270--8879054	76	10.4	76	93	4	1295	23	18	22	34	1.96
8879209--8879261	3	18.0	3	92	3	90	33	0	0	66	0.92
8892816--8892858	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
8892925--8893135	104	2.0	104	86	3	291	27	16	16	38	1.90
8893671--8893751	2	40.5	2	100	0	162	49	0	0	50	1.00
8897624--8897672	25	2.0	25	83	0	62	65	2	6	26	1.27
8897725--8897750	5	5.2	5	100	0	52	42	19	0	38	1.51
8897911--8898536	82	7.6	82	85	1	788	35	9	17	37	1.82
8907829--8907897	18	3.8	18	92	0	102	18	21	28	30	1.97
8908146--8908188	9	4.8	9	79	0	50	53	2	13	30	1.53
8911135--8911256	29	4.3	30	79	12	80	45	6	7	40	1.58
8911164--8911324	58	2.8	58	84	3	200	49	8	6	36	1.58
8911162--8911324	29	5.6	29	78	5	150	48	7	6	37	1.58
8911286--8911378	28	3.2	29	82	13	111	45	16	1	37	1.54
8917812--8918126	157	2.0	157	100	0	630	47	15	10	26	1.77
8923622--8923646	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8924418--8924460	21	2.0	21	95	0	77	13	11	20	53	1.71
8925797--8925828	16	2.0	16	100	0	64	6	18	12	62	1.50
8926092--8926127	13	2.8	13	95	0	63	44	13	19	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8927948--8928051	47	2.3	45	91	6	167	28	20	23	27	1.99
8927949--8928075	47	2.8	44	87	9	152	26	19	22	31	1.98
8928346--8928519	43	4.1	43	82	2	136	23	20	17	37	1.94
8928365--8928570	43	4.8	43	85	1	252	21	20	16	41	1.90
8928365--8928566	85	2.4	86	85	0	271	22	20	16	40	1.91
8928365--8928589	85	2.6	85	83	2	236	23	20	16	39	1.92
8928365--8928632	43	6.3	43	81	6	206	24	20	16	38	1.92
8931228--8931315	36	2.5	36	90	1	133	38	15	14	30	1.88
8933826--8934209	41	9.4	41	83	3	461	35	21	17	25	1.95
8933826--8934212	83	4.7	83	86	4	464	35	21	17	25	1.95
8933821--8934198	124	3.1	122	83	5	422	36	20	17	25	1.95
8933826--8934209	165	2.3	165	85	3	499	35	21	17	25	1.95
8934792--8934837	16	3.1	16	75	18	62	50	15	0	34	1.44
8934791--8934841	13	3.3	17	74	25	67	50	15	0	33	1.44
8934784--8934852	29	2.3	29	82	2	84	52	17	0	30	1.45
8939682--8939730	20	2.5	20	82	0	62	36	22	16	24	1.94
8939895--8939937	22	2.0	22	85	0	59	23	39	13	23	1.90
8941646--8941694	18	2.7	18	100	0	98	28	46	12	12	1.77
8941917--8941966	21	2.4	21	80	6	57	20	12	38	30	1.88
8942307--8942425	21	5.7	21	78	7	98	21	33	19	25	1.97
8942307--8942405	42	2.4	42	85	0	135	23	33	19	24	1.97
8943773--8943908	64	2.1	65	88	1	202	29	2	16	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8944237--8944272	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
8947565--8947612	20	2.4	20	82	6	53	31	10	29	29	1.90
8947990--8948041	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
8948205--8948301	5	19.6	5	97	2	187	40	0	0	59	0.97
8948929--8948970	22	1.9	22	85	9	59	35	2	0	61	1.09
8954623--8954664	15	2.8	15	82	17	52	66	4	2	26	1.23
8955095--8955126	16	2.1	16	88	11	50	56	0	0	43	0.99
8959530--8959567	16	2.3	16	95	4	67	26	7	28	36	1.84
8959737--8959782	21	2.3	21	85	7	60	43	15	17	23	1.87
8966017--8966044	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
8969546--8969578	17	1.9	17	93	0	57	69	0	15	15	1.19
8970579--8970996	55	7.7	55	90	4	598	29	15	27	27	1.96
8981333--8981400	31	2.2	30	80	10	75	50	4	8	36	1.54
8988528--8988558	6	5.2	6	100	0	62	48	16	0	35	1.46
8988895--8988990	23	4.2	23	79	0	102	31	26	25	17	1.97
8988895--8988990	46	2.1	46	88	0	138	31	26	25	17	1.97
8989181--8989278	45	2.2	45	81	3	108	36	21	8	33	1.83
8993561--8993641	23	3.5	23	74	0	81	33	24	23	18	1.97
8993532--8993641	46	2.4	46	87	3	150	34	25	22	17	1.96
8993826--8993913	45	2.0	45	86	4	124	34	20	10	35	1.86
8993826--8993923	45	2.2	45	83	3	117	34	20	10	34	1.86
8995700--8995803	35	3.1	35	90	4	169	38	16	4	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8999731--8999823	39	2.4	39	90	1	152	21	4	29	45	1.71
9001127--9001152	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
9001034--9001257	119	1.9	118	80	6	265	46	8	8	37	1.63
9002727--9002796	3	22.7	3	83	13	81	61	0	0	38	0.96
9003074--9003124	17	3.1	17	72	16	61	21	21	9	47	1.79
9003059--9003949	113	7.9	113	88	2	1199	29	19	14	37	1.91
9003044--9003949	228	4.0	226	87	4	1239	29	19	14	36	1.91
9003059--9003918	341	2.5	340	87	3	1247	29	19	14	37	1.90
9004356--9004410	22	2.5	22	84	0	74	36	12	14	36	1.84
9004777--9004882	54	1.9	55	83	5	135	26	23	14	35	1.93
9006958--9007177	114	1.9	114	95	0	395	29	22	15	32	1.95
9009341--9009393	27	2.0	27	85	7	72	3	22	0	73	0.99
9014345--9014383	20	1.9	21	94	5	71	71	0	0	28	0.86
9016508--9016592	3	27.7	3	88	9	102	61	0	0	38	0.96
9018367--9018845	215	2.2	216	93	2	836	51	8	11	28	1.67
9018940--9019084	2	73.0	2	72	16	106	48	3	2	46	1.31
9018944--9019084	11	12.5	11	70	15	85	48	3	2	46	1.31
9019057--9019104	20	2.5	20	89	3	71	45	10	4	39	1.58
9019154--9019206	11	5.1	11	74	19	51	49	0	3	47	1.19
9019136--9019191	22	2.6	22	88	5	80	48	3	3	44	1.37
9019133--9019303	22	8.4	20	69	20	68	46	2	4	46	1.37
9019475--9019520	9	5.4	9	75	15	53	50	8	2	39	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9019468--9019520	24	2.2	24	86	0	79	49	7	3	39	1.49
9019515--9019588	33	2.2	33	83	9	89	37	6	9	45	1.63
9019642--9019689	7	6.7	7	79	13	53	45	2	2	50	1.25
9019706--9019762	27	2.2	26	87	6	80	47	7	5	40	1.53
9019436--9020141	331	2.1	331	79	12	720	43	7	6	42	1.58
9019786--9019867	18	4.2	18	77	17	83	40	8	10	40	1.71
9019838--9019906	33	2.2	32	89	5	104	44	7	7	40	1.60
9019877--9019928	26	2.0	26	85	7	70	40	3	9	46	1.55
9019925--9019959	18	1.9	18	88	0	52	45	8	2	42	1.49
9027006--9027074	24	2.8	25	81	14	74	40	7	10	42	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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