genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767528--767580	19	2.7	20	80	16	65	49	22	13	15	1.79
768063--768218	20	7.9	20	81	4	156	20	13	23	42	1.88
768063--768206	77	1.9	78	86	1	209	20	13	22	42	1.88
768212--768299	20	4.3	20	72	2	86	26	17	22	34	1.96
768287--768340	20	2.7	19	75	8	63	24	14	33	27	1.94
770620--770649	9	3.3	9	100	0	60	10	0	0	90	0.47
770724--770785	24	2.7	23	85	11	83	32	3	0	64	1.09
770725--770781	22	2.5	21	81	13	60	35	1	0	63	1.05
770718--770758	12	3.3	13	76	13	50	39	0	0	60	0.96
771673--771697	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
773951--773998	17	2.8	18	80	20	50	20	4	6	68	1.28
780723--780777	8	7.3	7	88	8	56	74	1	23	0	0.91
780725--780777	16	3.5	15	80	10	63	75	1	22	0	0.90
782630--782881	110	2.3	108	82	5	287	35	24	16	23	1.95
785148--785205	4	14.5	4	82	13	66	29	0	0	70	0.87
794902--794954	23	2.3	23	87	6	72	32	24	18	24	1.97
794948--794997	21	2.4	21	86	0	64	34	30	14	22	1.93
795130--795181	21	2.4	21	83	3	59	25	23	11	40	1.88
795564--795688	54	2.3	54	85	0	169	30	23	17	28	1.97
795677--795730	20	2.7	21	88	5	76	29	29	14	25	1.95
801293--801371	40	2.0	40	94	0	140	29	25	7	37	1.83
801913--801968	20	2.7	21	83	8	69	33	28	8	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802344--803129	391	2.0	392	98	0	1538	38	20	10	30	1.86
803817--803860	22	2.0	22	90	0	70	22	4	4	68	1.27
805589--805622	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
806761--806966	40	5.2	40	71	19	116	58	2	1	37	1.20
806787--807011	2	121.5	2	66	23	102	55	2	2	40	1.26
806789--806938	34	4.1	36	75	10	144	58	1	2	38	1.18
806762--807013	37	6.8	35	73	15	161	56	2	2	38	1.25
806826--807011	27	6.7	28	70	23	74	53	2	3	40	1.29
806775--806977	67	3.0	68	78	12	193	57	2	1	37	1.23
806755--806982	74	3.2	72	78	13	208	57	2	1	37	1.23
806762--806957	96	2.1	96	82	11	235	58	2	1	37	1.21
806829--807011	28	6.2	30	71	18	125	53	2	3	40	1.29
808626--808694	3	24.0	3	73	24	60	63	0	1	34	1.03
808649--808909	2	141.5	2	70	21	162	55	1	2	40	1.23
808624--808909	13	23.2	13	74	18	215	56	1	2	39	1.21
808621--808909	49	5.8	49	76	17	251	56	1	2	39	1.21
809296--809394	39	2.5	39	86	4	146	21	8	10	60	1.54
809645--809688	6	7.3	6	100	0	88	18	15	65	0	1.27
812405--812442	14	2.5	15	83	8	51	60	5	5	28	1.40
812685--812742	25	2.3	26	72	3	64	43	8	0	48	1.34
813269--813331	30	2.1	32	82	8	78	19	4	14	61	1.49
819789--819827	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819992--820052	20	2.9	21	85	7	70	19	26	32	21	1.97
829084--829113	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
829912--830341	216	2.0	213	90	8	687	33	16	20	29	1.95
830829--830884	19	2.9	19	77	17	62	37	19	25	17	1.94
830212--831458	689	1.8	674	84	7	1726	28	21	21	28	1.99
831491--831537	4	11.2	4	82	17	60	23	0	2	74	0.93
831493--831537	9	4.8	9	82	17	56	22	0	2	75	0.91
831494--831533	21	1.9	21	100	0	80	22	0	2	75	0.93
831491--831539	25	2.0	25	92	8	82	24	0	4	71	1.03
831491--831539	13	3.8	13	84	10	66	24	0	4	71	1.03
831976--832010	16	2.3	15	85	9	52	22	0	5	71	1.07
831979--832009	16	1.9	16	93	0	53	25	0	6	67	1.14
833705--833786	41	2.0	41	97	0	155	36	15	2	45	1.60
834784--835051	132	2.0	133	95	4	486	25	19	14	40	1.89
835041--835075	19	1.9	17	88	11	52	31	5	0	62	1.18
836696--836729	10	3.4	10	87	0	50	20	5	0	73	1.04
846367--846398	14	2.3	14	94	0	55	75	0	25	0	0.81
847122--847694	105	5.4	105	95	0	957	34	25	18	22	1.96
847122--847694	211	2.7	210	92	0	957	34	25	18	22	1.96
848095--848176	41	2.0	41	97	0	155	36	15	2	45	1.60
849203--849476	137	2.0	137	100	0	548	26	18	14	40	1.90
849814--849870	16	3.5	17	76	11	57	21	0	7	71	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860588--860633	11	4.1	11	80	2	56	19	21	6	52	1.69
867506--867581	14	5.2	15	69	15	52	42	0	0	57	0.98
867506--867546	15	2.9	14	82	10	57	43	0	0	56	0.99
867584--867628	21	2.1	22	88	12	67	53	0	2	44	1.13
871971--872051	35	2.3	34	77	10	83	28	23	6	41	1.78
872824--873357	201	2.7	199	77	6	504	35	19	9	35	1.85
874859--874927	35	2.0	35	85	5	95	36	18	17	27	1.94
876887--876924	4	9.5	4	83	11	51	73	0	2	23	0.95
887661--887710	12	4.2	12	94	0	91	26	8	32	34	1.85
892532--892901	185	2.0	183	91	1	605	45	8	3	41	1.52
892855--892898	21	2.2	20	83	4	52	43	2	2	52	1.26
902540--902662	36	3.4	36	82	4	140	34	2	17	46	1.61
907139--907203	21	3.4	20	66	25	59	30	3	18	47	1.64
907132--907251	36	3.3	35	84	10	143	33	3	18	45	1.66
910998--911060	25	2.4	25	92	5	99	47	7	14	30	1.72
915918--916004	46	1.9	45	81	11	106	24	17	4	54	1.62
922027--922233	24	8.5	24	75	12	163	46	6	2	43	1.43
922367--922425	21	2.8	22	82	5	68	44	8	16	30	1.78
922523--922622	22	4.6	21	67	26	66	55	7	2	36	1.39
922669--922752	11	6.7	12	78	21	84	45	11	1	41	1.49
922669--922772	25	4.2	25	89	9	137	47	11	0	40	1.46
922698--922764	11	5.8	11	72	16	55	46	11	0	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922877--922910	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
923011--923071	11	5.0	11	75	21	59	44	8	1	45	1.43
923057--923168	36	3.1	35	87	2	152	46	8	1	42	1.45
923054--923202	50	3.0	50	88	3	194	46	8	2	42	1.49
923015--923182	14	13.1	14	68	21	109	45	8	2	43	1.49
934243--934324	33	2.5	33	87	0	119	42	17	10	29	1.83
936871--936912	22	1.9	22	100	0	84	28	21	14	35	1.92
938994--939122	33	3.9	33	93	3	206	37	23	12	27	1.90
940928--941117	57	3.3	57	88	1	272	24	17	20	37	1.93
944786--945506	81	8.9	81	89	0	1014	29	23	12	34	1.91
952014--952429	81	5.1	81	87	0	573	30	22	12	34	1.92
955828--955866	20	2.0	20	90	10	62	46	15	0	38	1.46
958348--958409	27	2.4	26	83	5	72	24	9	0	66	1.22
963185--963231	22	2.2	20	85	7	58	34	0	6	59	1.23
967105--967146	21	2.0	20	86	4	57	16	30	30	21	1.95
970689--970741	16	3.4	16	75	12	56	45	3	0	50	1.19
970694--970740	16	2.9	16	78	12	60	44	2	0	53	1.12
970905--970945	19	2.1	20	86	13	59	53	0	0	46	1.00
972291--972374	3	28.0	3	90	0	105	58	0	1	40	1.06
972705--973151	113	3.9	113	92	1	707	30	19	14	36	1.91
972632--973151	226	2.3	226	88	5	735	29	19	14	37	1.91
973865--974192	115	2.9	115	94	1	586	33	19	13	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974138--974768	83	7.7	83	96	1	1083	36	22	13	27	1.92
974138--974768	247	2.6	247	94	1	1079	36	22	13	27	1.92
974138--974768	330	1.9	329	93	1	1077	36	22	13	27	1.92
975914--975968	10	5.5	10	75	16	51	0	18	0	81	0.68
975914--975972	12	4.8	12	78	15	59	0	20	0	79	0.73
983298--983329	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
987102--987148	16	2.9	16	75	12	51	42	2	2	53	1.25
987314--987366	21	2.5	22	85	8	67	52	0	0	47	1.00
988714--988797	3	28.0	3	90	0	105	58	0	1	40	1.06
991405--991459	21	2.6	21	88	0	83	20	25	36	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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