genome.fa.s8620.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  13158977

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7698967--7699006	21	2.0	20	85	5	53	40	0	5	55	1.22
7701863--7701898	15	2.4	15	95	0	63	44	22	8	25	1.80
7713158--7713206	23	2.1	23	85	7	64	57	10	2	30	1.43
7718497--7718552	21	2.7	21	91	0	94	32	21	14	32	1.93
7719853--7719895	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
7719922--7719959	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
7720440--7720653	103	2.1	99	95	3	383	24	12	24	38	1.89
7720670--7720732	23	2.7	23	87	4	92	20	26	26	25	1.99
7726769--7726811	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
7727356--7727573	103	2.1	103	99	0	427	25	12	24	38	1.90
7727590--7727652	23	2.7	23	87	4	92	20	26	26	25	1.99
7728431--7728550	31	3.9	31	93	0	204	22	20	21	35	1.96
7731323--7731362	20	2.0	20	95	0	71	30	12	22	35	1.91
7732843--7732886	23	1.9	23	85	0	61	29	31	6	31	1.84
7761985--7762027	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
7772646--7772689	19	2.2	20	88	4	63	22	40	22	13	1.89
7773890--7773918	12	2.3	13	94	5	51	41	0	13	44	1.44
7773958--7774027	19	4.0	19	73	17	62	35	1	12	50	1.50
7773987--7774063	17	4.3	17	79	14	57	37	2	12	46	1.56
7776822--7776927	26	4.1	26	84	4	133	26	14	13	46	1.81
7776841--7776916	13	5.8	13	81	6	91	25	11	14	48	1.77
7776890--7776970	33	2.5	33	89	0	126	27	17	11	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7777101--7777137	15	2.6	15	91	8	60	24	10	16	48	1.77
7777648--7777708	3	20.3	3	86	6	79	36	0	0	63	0.94
7778666--7778721	21	2.5	22	77	8	60	21	3	1	73	1.08
7779246--7779314	16	4.6	16	73	14	56	18	2	14	63	1.42
7779290--7779329	15	2.6	15	88	4	53	27	0	15	57	1.38
7781476--7781588	60	1.9	60	85	7	158	41	4	20	33	1.72
7783704--7783764	21	2.9	21	100	0	122	19	22	24	32	1.97
7784249--7784282	12	2.7	13	86	9	52	41	5	8	44	1.60
7785989--7786022	13	2.6	13	90	0	50	41	5	14	38	1.70
7786046--7786091	20	2.3	20	84	0	56	63	13	0	23	1.30
7786534--7786560	14	1.9	14	100	0	54	37	14	14	33	1.88
7796480--7796537	23	2.6	23	81	10	75	15	18	32	32	1.93
7796784--7797148	134	2.7	134	82	3	407	27	14	24	33	1.94
7804743--7804803	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
7805612--7805920	54	5.7	54	87	1	406	31	15	18	34	1.92
7805612--7805920	162	1.9	162	87	1	458	31	15	18	34	1.92
7806959--7807033	23	3.3	23	77	1	71	13	18	33	34	1.90
7808273--7808311	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
7814661--7814694	17	2.0	17	100	0	68	23	0	0	76	0.79
7814662--7814705	17	2.6	17	89	3	54	27	2	0	70	0.99
7815965--7815994	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
7816964--7817010	13	3.7	13	82	2	60	38	0	2	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7818015--7818046	16	2.0	16	93	0	55	25	6	15	53	1.65
7818119--7818155	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
7829735--7829830	36	2.7	36	88	3	131	37	21	21	18	1.94
7830013--7830055	13	3.4	13	80	3	52	37	0	2	60	1.10
7833279--7833391	60	1.9	60	83	3	147	38	4	22	35	1.74
7838322--7838697	138	2.7	139	84	2	470	29	12	12	46	1.78
7839837--7839903	35	1.9	34	85	11	91	70	0	4	25	1.06
7839848--7839903	17	3.2	18	75	17	55	71	0	5	23	1.06
7840930--7840967	16	2.4	16	86	8	51	39	18	13	28	1.88
7841033--7841091	26	2.3	26	100	0	118	49	3	3	44	1.36
7841041--7841085	14	3.4	14	77	22	60	51	4	4	40	1.42
7842014--7842193	29	6.2	29	80	5	204	31	2	19	46	1.64
7847321--7847524	29	7.2	29	80	8	188	34	0	15	49	1.52
7847484--7847542	29	2.0	29	80	6	66	38	0	23	37	1.55
7849597--7849645	20	2.5	20	82	0	62	61	18	10	10	1.55
7849828--7849874	20	2.3	21	85	7	62	65	4	0	29	1.11
7852617--7852777	65	2.5	65	88	7	231	29	17	22	29	1.97
7853265--7853289	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7855443--7855524	23	3.6	22	78	8	94	24	24	26	24	2.00
7855447--7855540	44	2.1	44	83	11	113	25	21	25	27	1.99
7859689--7859760	24	3.0	24	83	0	99	50	16	13	19	1.79
7864440--7864511	24	3.0	24	83	0	99	50	16	13	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7865545--7865597	26	2.0	26	85	0	70	24	20	16	37	1.93
7869190--7869261	24	3.0	24	83	0	99	50	16	13	19	1.79
7875038--7875245	65	3.2	63	79	12	226	26	18	24	30	1.98
7875018--7875197	65	2.8	64	82	7	222	28	18	24	28	1.98
7875759--7875839	6	13.8	6	81	10	96	2	3	46	46	1.33
7875760--7875809	23	2.2	23	96	0	91	0	2	48	50	1.12
7875773--7875839	23	2.9	23	84	8	82	2	2	44	49	1.32
7875984--7876328	102	3.4	102	86	4	462	31	6	31	30	1.83
7876541--7876677	61	2.2	61	85	0	193	35	10	5	48	1.61
7876729--7876890	86	1.9	85	85	8	222	43	4	6	45	1.52
7876779--7876941	33	4.8	34	81	11	190	43	4	6	45	1.50
7876780--7876958	68	2.6	68	88	5	229	43	5	6	45	1.50
7876737--7876989	51	4.9	51	81	11	311	42	5	6	45	1.54
7876992--7877034	21	2.0	21	83	16	54	48	2	4	44	1.36
7876736--7877013	154	1.8	153	87	5	418	43	5	6	44	1.53
7877088--7877201	7	16.6	7	74	13	60	46	3	7	42	1.48
7877066--7877134	34	2.0	36	85	5	97	43	2	7	46	1.46
7877093--7877217	20	5.9	19	70	18	70	45	2	8	43	1.48
7877117--7877212	27	3.7	27	79	6	99	47	3	8	40	1.49
7876769--7877201	2	205.5	2	63	25	69	43	4	7	44	1.51
7877177--7877256	24	3.2	24	74	15	65	42	6	7	43	1.58
7877235--7877270	18	2.0	18	100	0	72	38	5	11	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7877235--7877306	18	3.7	18	71	20	63	40	8	8	43	1.65
7877307--7877431	20	5.8	20	71	15	88	50	3	5	40	1.42
7877306--7877400	22	4.2	22	70	21	79	50	3	6	40	1.44
7877290--7877429	33	4.1	33	75	16	133	49	4	5	40	1.46
7877320--7877390	13	5.6	13	71	17	60	50	1	7	40	1.38
7877404--7877438	18	1.9	18	88	0	52	45	2	5	45	1.41
7877489--7877525	13	2.8	13	87	0	56	37	5	8	48	1.56
7877455--7877557	55	1.9	54	86	4	145	39	6	9	43	1.64
7877681--7877736	22	2.7	20	78	10	58	44	3	3	48	1.37
7877746--7877842	42	2.3	42	82	8	110	42	5	5	47	1.48
7877786--7877818	11	3.0	11	90	0	57	45	3	0	51	1.16
7877773--7877837	20	3.2	20	73	12	62	41	4	6	47	1.49
7877886--7877991	2	54.5	2	72	19	73	49	1	2	46	1.27
7877863--7877913	20	2.6	20	81	3	68	45	3	5	45	1.46
7877886--7877990	11	9.7	11	71	19	60	49	1	2	45	1.27
7877887--7877990	7	14.0	7	70	14	50	50	1	2	45	1.28
7879397--7879433	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
7879478--7879531	21	2.6	21	85	8	74	27	20	20	31	1.97
7879560--7879654	41	2.3	41	90	0	145	31	26	21	21	1.98
7879589--7879667	20	3.9	20	79	9	97	29	27	21	21	1.99
7879560--7879634	21	3.6	21	71	10	73	32	25	21	21	1.98
7880486--7880541	24	2.3	24	84	0	76	25	17	16	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7880728--7880764	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
7882801--7882835	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
7883013--7883173	20	8.7	20	72	16	123	34	22	20	22	1.97
7883038--7883207	34	4.9	34	78	9	171	35	21	21	22	1.96
7883072--7883217	73	2.0	74	84	1	195	36	19	20	23	1.95
7883013--7883205	107	1.8	107	88	0	296	35	21	20	22	1.96
7883308--7883387	30	2.4	34	78	20	105	55	15	2	27	1.53
7883323--7883388	30	2.2	30	97	0	123	54	13	1	30	1.48
7883428--7883469	20	2.1	20	100	0	84	45	9	9	35	1.69
7884788--7884874	21	4.1	21	70	11	70	24	19	36	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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