genome.fa.s8756.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008756.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111848_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4584045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114745--2115153	121	3.4	121	89	2	581	26	20	20	33	1.97
2114888--2115030	76	1.9	74	84	2	187	26	20	20	32	1.97
2114964--2115077	45	2.5	45	82	5	122	27	21	21	30	1.98
2115014--2115210	76	2.6	76	87	0	277	28	19	20	31	1.97
2114893--2115260	197	1.9	194	87	3	542	28	20	20	30	1.97
2115522--2115563	3	14.0	3	84	0	57	38	0	2	59	1.10
2116893--2116936	2	22.0	2	90	9	72	47	0	2	50	1.13
2117101--2117131	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2117240--2117266	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2118978--2119009	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
2119719--2119747	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2121702--2121741	17	2.3	19	79	16	50	62	10	0	27	1.27
2129003--2129081	30	2.7	29	84	5	106	32	13	24	29	1.94
2129006--2129098	30	3.2	29	77	8	91	31	12	25	30	1.93
2133041--2133147	50	2.2	50	91	5	173	28	14	9	46	1.76
2135721--2135748	14	2.0	14	100	0	56	21	28	7	42	1.79
2140675--2140708	15	2.3	15	100	0	68	38	14	11	35	1.83
2143673--2143811	49	2.8	48	87	7	181	28	18	16	35	1.93
2151971--2152089	29	4.1	29	88	0	157	28	21	8	42	1.82
2152060--2152295	81	2.9	81	85	0	310	32	23	11	32	1.90
2152245--2152839	68	8.8	68	88	2	824	31	23	15	29	1.95
2153012--2153147	54	2.5	55	87	3	186	35	22	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153012--2153163	55	2.8	55	87	4	200	34	21	13	30	1.91
2154263--2154306	22	2.0	23	90	4	72	47	15	6	29	1.72
2178510--2178582	35	2.1	36	85	10	98	16	15	6	61	1.53
2179023--2179281	95	2.7	95	84	3	331	31	16	17	34	1.92
2183730--2183779	20	2.5	20	100	0	100	44	4	12	40	1.60
2185425--2185457	16	2.0	17	94	5	59	54	15	6	24	1.63
2187607--2187689	36	2.3	37	82	12	93	68	3	4	22	1.24
2187842--2187912	2	36.0	2	92	2	117	50	1	1	46	1.18
2189099--2189580	212	2.3	210	82	3	580	22	17	23	36	1.95
2189099--2189580	106	4.6	107	82	4	518	22	17	23	36	1.95
2190486--2190690	106	1.9	106	84	0	275	22	20	23	32	1.98
2191277--2191364	32	2.8	32	84	3	97	37	21	12	28	1.90
2192499--2192563	26	2.5	26	82	2	78	3	12	6	78	1.05
2193311--2193380	32	2.2	32	97	0	131	38	21	10	30	1.86
2195643--2195689	10	4.6	10	82	12	60	78	2	2	17	0.94
2195645--2195671	11	2.5	11	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2195733--2195779	17	2.7	17	81	12	60	72	0	12	14	1.13
2195884--2195908	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
2195889--2195945	16	3.2	18	73	12	55	73	0	3	22	0.98
2196039--2196081	8	5.4	8	94	0	50	48	6	0	44	1.29
2196046--2196100	2	28.0	2	83	10	69	50	1	3	43	1.30
2196092--2196178	13	6.4	13	69	12	50	68	0	4	26	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213515--2213619	21	4.7	22	72	15	65	43	3	2	49	1.35
2213595--2213644	25	2.1	23	82	10	57	50	0	4	46	1.20
2213893--2214000	41	2.6	41	80	11	96	32	12	23	31	1.92
2221120--2221201	21	3.9	21	75	13	71	23	36	25	14	1.93
2244837--2244877	16	2.5	17	76	7	50	63	4	31	0	1.15
2246879--2246915	17	2.2	17	90	4	58	35	5	10	48	1.61
2247311--2247347	18	2.0	20	84	10	51	35	5	5	54	1.47
2249523--2249691	84	2.0	84	100	0	338	23	15	22	38	1.92
2253349--2253391	20	2.1	21	87	12	63	41	11	16	30	1.83
2256678--2257135	226	2.0	231	97	2	881	37	7	15	39	1.76
2258371--2258443	36	2.0	36	82	15	89	68	2	2	26	1.16
2258389--2258421	13	2.3	15	90	10	52	72	6	0	21	1.05
2258420--2258457	19	2.0	19	89	0	58	57	0	5	36	1.21
2258504--2258754	25	11.0	23	73	17	170	47	5	2	44	1.39
2258600--2258641	19	2.3	19	87	4	59	45	9	0	45	1.36
2258569--2258753	69	2.8	66	82	10	211	49	4	2	43	1.36
2258505--2258754	23	11.0	21	72	22	136	47	5	2	44	1.39
2263999--2264138	74	1.9	76	86	5	205	32	26	17	22	1.97
2269812--2269867	23	2.5	22	88	5	78	23	30	16	30	1.96
2270348--2270390	13	3.3	13	80	6	52	34	9	9	46	1.68
2272510--2272693	72	2.5	72	81	9	187	29	27	17	25	1.98
2272968--2273032	9	7.6	9	73	22	50	70	0	3	26	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273003--2273035	16	1.9	17	88	11	50	66	0	3	30	1.06
2273623--2273750	65	2.0	65	84	6	170	55	16	1	26	1.50
2277950--2278064	61	1.9	61	85	0	158	25	19	26	29	1.98
2278174--2278331	47	3.4	47	86	3	216	38	8	18	33	1.82
2283593--2283618	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2283773--2283850	13	6.0	13	93	0	120	32	17	23	26	1.97
2285657--2285704	19	2.6	19	84	15	66	75	0	6	18	1.01
2288590--2288631	8	5.0	8	83	11	57	71	0	0	28	0.86
2288589--2288652	18	3.8	16	79	12	67	65	0	1	32	1.02
2288590--2288639	26	1.9	26	88	8	75	68	0	0	32	0.90
2289307--2289335	14	2.0	15	93	6	51	62	10	0	27	1.28
2291692--2291783	44	2.1	43	80	7	105	56	6	1	35	1.32
2292168--2292209	3	14.7	3	80	9	52	23	0	0	76	0.79
2292171--2292209	14	2.8	14	96	0	69	23	0	0	76	0.78
2292165--2292211	23	2.2	20	88	11	67	21	0	0	78	0.75
2292165--2292211	6	7.7	6	81	13	51	21	0	0	78	0.75
2299568--2299615	5	9.2	5	86	8	69	18	0	4	77	0.93
2299568--2299615	11	4.6	10	87	7	69	18	0	4	77	0.93
2300417--2300458	22	1.9	22	95	0	75	16	11	11	59	1.61
2300891--2300932	16	2.7	15	81	3	57	28	2	4	64	1.26
2301097--2301130	13	2.6	13	95	0	59	8	14	2	73	1.19
2301158--2301534	186	2.0	186	98	0	727	30	18	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306791--2306824	12	2.8	12	86	0	50	73	5	0	20	1.04
2307534--2307732	99	2.0	99	100	0	398	30	18	16	35	1.92
2308104--2308134	11	2.7	11	95	5	53	70	0	3	25	1.02
2308166--2308227	31	1.9	33	84	12	85	64	3	4	27	1.29
2309638--2309705	5	14.4	5	79	17	67	61	0	1	36	1.05
2309639--2309740	19	5.5	19	72	24	76	61	0	1	35	1.14
2309621--2309713	46	2.0	45	85	6	125	64	0	2	33	1.06
2309777--2309833	20	2.6	21	86	13	80	43	8	5	42	1.58
2309737--2309855	56	2.1	58	87	4	170	42	8	4	44	1.54
2309801--2310034	38	6.2	36	73	14	170	42	11	4	41	1.60
2312360--2312517	79	2.0	79	100	0	316	25	11	6	56	1.57
2312828--2312868	19	2.2	19	95	0	73	43	21	4	29	1.73
2312914--2312965	15	3.4	15	79	12	61	38	7	1	51	1.42
2312914--2312962	22	2.2	22	82	7	64	38	6	2	53	1.38
2314680--2314751	17	4.2	17	80	5	74	36	13	9	40	1.78
2317206--2317266	3	20.7	3	86	9	90	37	0	0	62	0.96
2317206--2317266	14	4.1	14	89	10	95	37	0	0	62	0.96
2317203--2317280	22	3.7	21	80	13	81	43	0	0	56	0.99
2317205--2317266	25	2.3	27	76	17	51	38	0	0	61	0.96
2318621--2318650	15	2.0	15	93	0	51	36	3	6	53	1.44
2319716--2319755	15	2.6	16	84	11	57	27	0	0	72	0.85
2325088--2325195	7	13.7	7	74	22	65	74	0	22	3	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325099--2325193	34	2.8	32	86	12	129	74	0	21	4	0.98
2325092--2325189	41	2.4	42	91	5	155	74	0	21	4	0.98
2329874--2329950	22	3.5	22	89	0	118	33	10	12	42	1.77
2330628--2331801	229	5.1	228	92	1	1936	25	18	20	35	1.95
2330628--2331801	153	7.7	152	93	0	1936	25	18	20	35	1.95
2330628--2331801	76	15.4	76	93	1	1936	25	18	20	35	1.95
2332343--2332415	22	3.0	25	88	11	116	32	1	0	65	1.01
2332341--2332416	23	3.2	24	88	9	120	34	1	0	64	1.02
2332341--2332416	3	25.7	3	89	7	120	34	1	0	64	1.02
2332657--2332692	16	2.2	16	90	0	54	19	33	22	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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