genome.fa.s8756.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008756.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111848_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4584045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332891--2332929	19	2.1	19	90	0	60	41	28	30	0	1.57
2333964--2333998	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2337697--2337814	21	5.7	21	71	6	80	35	26	16	21	1.95
2337801--2337954	20	7.7	20	79	4	87	36	25	18	20	1.95
2337801--2337954	40	3.8	40	77	4	141	36	25	18	20	1.95
2338338--2338408	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2338488--2338597	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
2338481--2338597	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
2338548--2338604	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2338540--2338620	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
2338616--2338711	14	5.7	18	73	19	91	10	22	22	43	1.84
2338637--2338725	14	5.7	14	73	21	79	8	23	23	43	1.82
2338621--2338733	32	3.5	32	95	3	199	9	23	21	46	1.80
2340430--2340805	93	4.1	93	98	0	718	22	12	18	46	1.83
2340853--2340981	19	7.3	19	73	17	116	46	28	16	8	1.76
2340889--2340981	33	2.8	32	88	4	141	47	27	17	7	1.74
2340853--2340981	52	2.5	52	73	14	131	46	28	16	8	1.76
2340977--2341111	19	7.6	19	73	16	110	11	17	23	47	1.80
2340982--2341074	33	2.8	33	90	0	150	10	18	21	49	1.77
2343024--2343059	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2343165--2343262	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
2343165--2343280	53	2.2	53	98	1	225	43	18	24	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2343295--2343349	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
2343309--2343505	19	11.4	19	74	21	202	13	21	18	46	1.84
2343287--2343519	85	2.7	86	85	9	325	13	22	18	45	1.84
2343309--2343477	52	3.2	52	98	1	322	13	23	17	46	1.83
2343287--2343519	33	6.9	33	78	13	269	13	22	18	45	1.84
2345998--2346044	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2346726--2346955	20	11.5	20	85	3	230	20	18	24	36	1.94
2346922--2347019	21	4.8	20	75	15	83	22	17	22	37	1.94
2346942--2347059	21	5.7	21	69	10	82	22	16	25	35	1.95
2346922--2347020	42	2.4	43	78	8	107	22	17	23	37	1.94
2348777--2349163	4	96.8	4	100	0	774	25	0	24	50	1.50
2351370--2351563	54	3.8	52	77	7	173	29	17	13	40	1.87
2351483--2351619	49	2.7	51	81	3	152	29	19	13	37	1.90
2351347--2351626	49	5.5	49	74	12	149	31	16	13	38	1.88
2351598--2351703	48	2.2	48	86	0	140	32	19	12	35	1.89
2351623--2351727	48	2.2	48	85	0	138	34	18	12	35	1.88
2352711--2353084	56	6.7	56	88	2	502	33	18	12	35	1.88
2352715--2353077	169	2.2	165	90	2	555	33	18	11	35	1.88
2352715--2353084	113	3.3	113	88	1	525	33	18	12	35	1.88
2356287--2356352	33	2.0	33	100	0	132	27	27	21	24	1.99
2359751--2360154	56	7.2	56	87	2	492	34	18	11	36	1.86
2359729--2360175	170	2.7	167	86	3	569	34	18	10	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2361782--2361947	83	2.0	83	82	5	201	48	7	16	27	1.73
2363455--2363623	47	3.7	46	87	7	229	31	22	7	37	1.83
2368025--2368079	27	2.0	27	92	0	92	38	29	10	21	1.88
2370239--2370292	22	2.5	22	93	0	90	38	14	25	20	1.91
2370785--2370943	47	3.5	46	88	6	225	32	20	8	37	1.84
2376998--2377065	31	2.2	31	84	7	86	39	7	22	30	1.81
2382934--2382965	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2390483--2390909	213	2.0	214	99	0	847	28	26	10	34	1.90
2390839--2391051	106	2.0	106	100	0	426	33	22	10	32	1.89
2401361--2401436	31	2.4	32	77	2	82	31	26	23	18	1.97
2405444--2405471	13	2.2	13	100	0	56	28	7	28	35	1.84
2407016--2407056	18	2.3	18	95	0	73	14	26	7	51	1.69
2407470--2407544	24	3.1	24	82	0	96	26	21	30	21	1.98
2417320--2417367	22	2.2	22	84	0	60	52	20	4	22	1.64
2417522--2417549	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2427699--2427757	30	2.0	30	83	6	75	35	18	8	37	1.81
2431339--2431408	34	2.1	34	86	2	97	31	15	12	40	1.85
2431489--2431541	17	3.1	17	83	0	70	39	18	7	33	1.79
2441708--2441769	27	2.2	28	83	8	83	24	27	11	37	1.89
2444277--2444302	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2444772--2444836	3	22.0	3	87	3	78	36	0	0	63	0.95
2446259--2446506	118	2.1	117	80	5	266	38	7	8	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447701--2447755	28	2.0	28	85	0	74	23	7	5	63	1.41
2449410--2449450	7	6.0	7	86	13	59	14	17	12	56	1.68
2451959--2452003	12	3.8	11	82	11	54	84	0	15	0	0.62
2451959--2452003	19	2.4	18	85	10	63	84	0	15	0	0.62
2451974--2452003	15	1.9	15	93	6	51	83	0	16	0	0.65
2453286--2453509	118	1.9	118	92	1	378	32	18	20	28	1.96
2454352--2454408	22	2.6	22	91	0	87	35	15	10	38	1.82
2455063--2455484	42	9.9	42	82	6	481	27	24	18	28	1.98
2455068--2455484	86	4.9	85	87	3	495	28	23	19	28	1.98
2455079--2455484	128	3.2	127	86	4	523	28	23	18	29	1.98
2455795--2455853	3	20.0	3	85	3	75	35	0	0	64	0.94
2457153--2457257	54	1.9	54	81	11	126	38	4	0	56	1.27
2460546--2460600	23	2.4	23	90	0	83	29	16	21	32	1.95
2465572--2466042	55	8.6	55	83	3	513	33	17	15	33	1.92
2465714--2465797	27	3.1	26	63	21	64	32	21	14	32	1.93
2469504--2469584	43	1.9	43	84	2	110	43	2	12	41	1.55
2471010--2471059	16	3.1	16	75	13	50	20	4	6	70	1.25
2473389--2473429	20	2.0	21	86	13	59	17	12	7	63	1.50
2478475--2478544	34	2.1	33	83	2	86	25	15	5	52	1.65
2478593--2478644	17	3.1	17	100	0	104	11	23	42	23	1.86
2479281--2479331	5	10.2	5	75	8	50	17	3	1	76	1.03
2479270--2479323	26	2.3	23	75	22	58	16	5	1	75	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483047--2483100	7	8.1	7	78	21	55	74	1	24	0	0.92
2483047--2483115	33	2.2	31	84	10	86	73	2	23	0	0.96
2486170--2486400	103	2.3	103	83	2	277	36	13	12	36	1.83
2494719--2495097	189	2.0	190	99	0	751	39	17	15	27	1.90
2496157--2496473	54	6.1	54	83	8	422	38	17	12	31	1.87
2496196--2496283	44	2.0	44	88	0	131	39	19	12	28	1.88
2496824--2496864	21	2.0	21	90	0	64	34	21	12	31	1.91
2503342--2503572	54	4.3	54	84	2	275	35	17	15	31	1.91
2503989--2504036	18	2.5	19	86	6	62	33	18	14	33	1.91
2504089--2504139	20	2.5	20	80	0	66	27	13	15	43	1.85
2509963--2510086	60	2.1	60	83	8	155	34	18	2	44	1.63
2510000--2510113	60	1.9	60	82	10	144	35	21	3	40	1.70
2510261--2510426	59	2.8	59	81	7	174	42	3	20	33	1.70
2510331--2510447	61	1.9	60	84	1	153	41	2	18	36	1.65
2512741--2512788	25	1.9	25	95	0	87	25	10	22	41	1.85
2526323--2526390	28	2.4	28	92	0	118	29	29	17	23	1.97
2533167--2533239	23	3.2	23	76	1	67	36	21	21	19	1.95
2534781--2534838	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
2534826--2534987	64	2.5	64	77	5	175	23	23	19	33	1.97
2540928--2541007	39	2.0	40	92	7	137	31	16	26	26	1.96
2543726--2543810	23	3.8	23	76	6	93	21	31	25	21	1.98
2545379--2545417	18	2.2	18	85	0	51	35	30	25	7	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548433--2548486	23	2.4	23	84	3	65	27	18	1	51	1.56
2549293--2549330	20	1.9	20	100	0	76	23	23	21	31	1.98
2549339--2549499	64	2.5	64	81	4	191	24	22	17	35	1.95
2560885--2561346	236	2.0	225	85	5	611	38	17	17	26	1.91
2574503--2574550	23	2.0	24	84	8	62	68	2	16	12	1.29
2574570--2574599	11	2.7	11	94	0	51	70	6	16	6	1.31
2576087--2576123	18	2.0	18	89	5	56	51	8	8	32	1.61
2576514--2576573	22	2.7	21	80	14	68	30	6	0	63	1.20
2578522--2578617	3	31.7	3	91	2	156	34	2	0	63	1.06
2578613--2578644	11	2.8	11	95	4	55	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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