genome.fa.s8756.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008756.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111848_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4584045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708758--708798	20	2.0	20	86	9	57	29	0	0	70	0.87
708755--708824	7	9.3	7	77	11	50	25	1	0	72	0.92
708978--709274	41	7.2	42	91	1	440	22	20	24	31	1.98
709120--709187	20	3.3	20	66	18	59	20	19	23	36	1.95
709214--709281	21	3.4	19	67	15	55	25	23	22	29	1.99
709661--709755	47	2.0	47	97	0	181	35	15	18	29	1.93
710201--710541	42	8.2	42	92	1	542	32	24	19	23	1.97
710199--710541	166	2.1	168	91	1	564	32	24	19	23	1.97
710274--710541	21	12.9	20	64	18	93	31	24	20	23	1.98
710699--710831	4	34.8	4	69	18	52	21	6	0	72	1.11
710699--710814	22	5.4	21	72	10	74	19	6	0	73	1.10
710699--710799	44	2.3	46	83	13	131	19	5	0	74	1.02
715828--715869	19	2.1	21	82	8	52	33	4	4	57	1.41
715974--716017	14	3.2	15	81	12	51	31	0	2	65	1.05
725176--725231	24	2.3	24	93	0	94	46	12	5	35	1.65
728019--728276	140	1.8	141	94	0	455	32	15	9	41	1.79
728290--728636	116	3.0	115	91	1	541	27	20	21	30	1.98
728418--728848	212	2.0	212	91	0	693	29	20	19	30	1.97
728532--728732	96	2.1	96	89	3	307	30	19	18	31	1.96
728628--730744	116	18.3	116	89	1	3117	28	20	19	31	1.97
729291--729372	41	2.0	42	85	2	112	21	23	21	32	1.98
730681--730738	21	2.8	21	78	7	73	18	20	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731805--732074	54	5.0	54	92	0	423	25	25	14	34	1.94
732939--733117	74	2.4	75	87	3	263	30	24	14	30	1.95
733092--733183	40	2.3	40	85	5	116	23	22	15	38	1.92
739055--739307	127	2.0	127	98	0	488	37	16	13	32	1.87
741362--741405	20	2.2	20	95	0	79	40	20	6	31	1.79
742063--742192	3	44.3	3	90	4	212	63	0	0	35	1.00
743340--743391	20	2.6	20	96	0	95	32	15	19	32	1.93
744265--744295	10	3.1	10	95	0	53	90	0	6	3	0.55
745624--746219	134	4.5	134	86	2	725	29	20	18	31	1.96
745628--746219	267	2.2	267	84	1	774	29	20	18	31	1.96
746511--746598	24	3.7	25	78	15	98	47	0	10	42	1.37
746516--746586	21	3.2	22	75	19	67	43	0	11	45	1.40
746538--746602	26	2.4	26	87	10	87	47	0	9	43	1.35
746557--746614	29	2.0	29	83	6	73	55	0	5	39	1.22
746549--746673	66	1.9	66	91	0	205	48	0	8	43	1.34
746617--746664	24	2.0	25	83	4	62	47	0	6	45	1.27
746653--746688	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
763196--763295	22	4.5	22	91	0	155	24	23	15	38	1.92
769351--769388	15	2.4	17	86	8	53	23	18	15	42	1.89
786386--787693	327	4.0	327	97	0	2505	34	11	18	35	1.87
786386--787693	653	2.0	654	98	0	2505	34	11	18	35	1.87
787884--787981	48	2.0	48	100	0	196	33	18	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794925--795019	41	2.3	41	100	0	190	29	18	17	33	1.95
797786--797890	47	2.2	47	83	3	122	28	19	20	32	1.96
799288--799348	19	3.1	20	79	9	63	63	3	8	24	1.37
799358--799414	29	2.0	28	83	10	71	73	1	7	17	1.14
804717--804776	32	2.0	30	81	18	72	53	1	6	38	1.37
807344--807484	17	8.2	17	81	7	133	43	15	9	31	1.80
815716--816215	247	2.0	251	98	1	972	33	20	15	30	1.94
820351--820379	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
820366--820583	35	6.4	34	73	12	117	50	2	4	43	1.35
820383--820478	33	2.9	32	75	7	86	56	4	2	37	1.30
820431--820560	35	3.8	34	79	7	129	44	3	7	44	1.48
822036--822079	15	2.9	15	83	6	54	25	4	0	70	1.06
826009--826863	116	7.3	116	89	1	1217	32	24	18	24	1.97
826009--826817	349	2.3	348	90	2	1257	32	24	18	24	1.97
826902--827077	83	2.1	84	84	1	228	31	23	19	26	1.98
827469--827689	35	6.4	32	76	13	181	47	3	5	43	1.43
827471--827682	71	3.1	67	78	11	207	47	3	6	43	1.44
827714--827760	4	13.0	4	75	20	50	23	0	0	76	0.78
827695--827759	28	2.3	29	84	10	89	20	3	0	76	0.91
827718--827759	7	6.0	7	83	8	50	21	0	0	78	0.75
827712--827760	24	2.0	24	88	8	71	22	0	0	77	0.77
831009--831054	23	2.0	23	100	0	92	21	13	34	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832834--832921	35	2.5	34	80	12	99	53	11	7	27	1.64
835238--835278	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
835320--835356	10	3.7	10	96	0	65	48	0	32	18	1.49
835786--835839	23	2.4	22	82	11	65	22	5	0	72	1.05
836346--836397	25	2.1	25	89	3	79	61	13	11	13	1.57
836647--836698	17	3.4	17	67	25	51	28	11	3	55	1.53
836648--836706	29	2.1	28	93	3	100	25	10	3	61	1.44
838804--839004	100	2.0	100	100	0	402	46	7	6	38	1.60
839789--839813	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
840982--841059	35	2.2	35	95	2	138	43	10	17	28	1.82
841432--841471	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
841529--841567	2	20.5	2	89	10	64	48	0	0	51	1.00
841529--841567	11	3.4	12	86	13	64	48	0	0	51	1.00
841526--841568	13	3.3	13	87	12	70	46	0	0	53	1.00
841737--841761	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
841968--842045	39	2.1	38	85	9	106	32	5	7	55	1.50
842113--842155	9	4.7	9	78	16	52	16	4	0	79	0.90
843608--843827	30	7.3	30	95	0	386	30	25	20	24	1.99
843801--843894	31	3.1	30	72	4	80	30	22	18	28	1.97
844079--844107	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
844839--844881	21	2.0	21	81	0	50	18	25	27	27	1.98
848313--848337	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849077--849119	21	2.0	21	81	0	50	18	25	27	27	1.98
855146--855225	8	9.5	8	72	10	61	38	7	12	41	1.71
855251--855277	14	1.9	14	100	0	54	37	22	18	22	1.95
855290--856057	106	7.4	106	87	4	1044	34	22	19	23	1.96
855314--856057	305	2.4	306	86	3	1006	34	22	19	23	1.97
856951--856990	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
857047--857089	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
857264--857303	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
857685--857725	18	2.3	18	86	0	55	14	14	0	70	1.16
860537--860622	32	2.7	32	81	3	93	23	30	29	17	1.97
861715--861771	29	2.0	29	92	0	96	17	28	7	47	1.73
862814--862890	38	2.0	38	97	0	145	20	18	27	33	1.96
864012--864038	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
864548--864604	30	2.0	28	86	6	78	50	5	15	28	1.65
866397--866457	12	4.8	12	73	11	59	49	3	6	40	1.45
866448--866558	2	55.5	2	69	7	73	46	2	6	44	1.43
868627--868671	14	3.4	14	78	12	58	48	0	4	46	1.22
868627--868672	20	2.3	21	75	20	53	50	0	4	45	1.21
869232--869293	32	1.9	32	96	0	115	48	12	4	33	1.63
869322--869391	2	37.0	2	88	11	112	50	0	0	50	1.00
869322--869391	19	3.8	19	90	7	110	50	0	0	50	1.00
872173--872410	119	2.0	119	100	0	476	38	15	18	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872595--872646	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
872635--872748	20	5.7	20	84	2	120	30	25	19	24	1.98
872614--872748	61	2.2	61	82	2	164	31	24	20	22	1.98
872635--872728	41	2.3	40	83	1	107	32	24	19	23	1.97
872832--873087	131	2.0	127	96	3	476	27	41	10	21	1.85
873417--873460	18	2.4	19	84	7	63	47	27	15	9	1.76
873456--873525	19	3.7	19	94	0	113	14	21	18	45	1.84
873461--873620	33	4.4	37	82	10	138	13	23	19	43	1.86
873508--873595	33	2.6	33	96	1	158	11	27	22	38	1.88
874464--874513	20	2.7	18	72	27	50	38	6	4	52	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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