genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   

This is table  1  of  51  ( 6037 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6250--6304	27	2.0	27	82	6	67	60	0	0	40	0.97
10940--10990	22	2.2	24	83	13	63	45	0	3	50	1.20
12706--12750	21	2.1	21	88	8	65	55	0	6	37	1.26
17410--17469	20	2.9	20	87	5	75	15	26	35	23	1.94
17390--17469	20	3.9	20	74	15	65	13	26	35	25	1.93
21184--21223	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
23670--23728	31	1.9	31	89	0	91	42	6	8	42	1.61
23752--23790	19	2.0	20	95	5	71	48	15	0	35	1.45
23771--24570	31	28.4	32	66	27	307	51	12	0	35	1.44
23834--23920	21	3.7	22	75	21	88	50	13	1	34	1.50
23851--24628	28	28.4	29	65	25	215	50	11	0	37	1.42
23757--23898	76	1.9	75	87	11	209	51	15	0	32	1.49
23834--23952	53	2.3	53	88	8	192	51	13	0	34	1.47
23905--23958	18	3.2	18	65	20	53	53	14	0	31	1.41
23986--24065	21	3.2	25	65	28	60	50	11	1	37	1.46
23932--24245	52	5.9	53	87	9	453	50	12	0	36	1.44
24073--24121	22	2.2	21	82	10	62	53	14	0	32	1.41
23744--24245	105	4.7	105	75	15	462	50	13	0	35	1.44
24126--24173	21	2.2	21	78	14	53	52	14	0	33	1.42
24176--24217	22	2.0	22	90	4	68	50	11	0	38	1.40
23744--24381	185	3.5	182	80	14	638	51	12	0	35	1.43
24260--24547	53	5.4	54	79	15	346	51	12	0	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24308--24349	21	2.0	22	85	4	59	52	9	0	38	1.34
24197--24544	163	2.1	165	94	1	603	52	12	0	34	1.42
24092--24460	132	2.8	137	79	13	446	52	13	0	34	1.43
24396--24469	22	3.2	22	69	19	53	52	16	1	29	1.52
24472--24513	21	2.0	22	95	4	77	50	14	0	35	1.43
24474--24521	21	2.2	22	85	7	62	54	14	0	31	1.41
24545--24628	14	5.8	15	87	5	120	50	0	0	50	1.00
24545--24650	29	3.7	29	86	7	137	50	0	0	49	1.07
25967--26023	24	2.3	24	84	3	69	28	0	0	71	0.86
36806--36835	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
36962--37033	31	2.3	31	85	4	92	31	22	12	33	1.91
40361--40401	22	1.9	21	85	14	57	26	0	7	65	1.18
41674--41738	23	2.8	23	74	21	64	69	0	16	13	1.20
43275--43320	18	2.4	20	75	17	53	54	0	6	39	1.26
43270--43320	25	2.0	26	81	11	61	52	0	5	41	1.25
47130--47204	30	2.5	30	84	0	105	33	12	33	21	1.90
47803--47890	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
51383--51542	42	3.8	42	74	12	105	35	22	13	28	1.92
51660--51701	20	2.1	20	86	8	59	16	16	0	66	1.25
56317--56352	14	2.6	14	90	0	54	77	2	19	0	0.88
57723--57798	22	3.5	21	77	8	64	28	17	18	35	1.93
59705--59848	54	2.6	55	95	1	254	29	20	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66755--66888	54	2.5	55	90	3	200	30	17	21	29	1.97
69375--69433	20	2.8	21	79	10	66	15	25	37	22	1.93
75764--75823	25	2.4	25	82	0	75	33	40	13	13	1.83
76166--76192	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
77451--77494	19	2.3	19	84	11	54	52	2	13	31	1.53
79387--79426	17	2.2	17	86	8	53	77	5	5	12	1.09
79528--79552	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
81457--81590	68	2.0	67	89	1	205	29	17	20	32	1.96
89999--90038	20	1.9	22	90	10	66	70	5	7	17	1.30
104091--104154	24	2.5	25	71	21	60	68	4	0	26	1.09
104217--104244	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
104333--104361	15	1.9	15	100	0	58	48	34	10	6	1.64
104408--104457	12	4.5	12	72	27	56	46	2	0	52	1.12
108674--108722	3	15.7	3	91	8	80	30	0	0	69	0.89
108727--108791	3	21.0	3	82	3	67	56	1	1	40	1.18
109032--109090	17	3.4	17	71	17	57	16	23	8	50	1.72
109015--110360	113	11.9	112	93	2	2108	30	18	14	35	1.91
111090--111723	83	7.6	83	96	0	1126	36	23	14	26	1.93
124280--124312	15	2.2	16	89	10	52	72	6	3	18	1.18
125599--125639	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
125642--125706	3	21.0	3	82	3	67	56	1	1	40	1.18
130581--130660	39	2.1	39	85	4	108	31	16	17	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130643--131088	65	6.5	65	70	15	265	29	19	12	38	1.88
130829--130913	42	2.0	42	88	0	125	18	17	15	48	1.82
130801--130950	78	1.9	80	84	5	207	22	17	15	44	1.86
130784--130976	37	5.1	36	77	9	188	24	19	14	40	1.89
130623--131153	282	1.9	282	91	0	875	29	19	12	39	1.87
131144--131272	34	3.7	34	89	5	195	42	17	6	33	1.76
131820--131869	7	7.4	7	77	8	50	48	2	0	50	1.12
131833--131870	15	2.4	16	78	8	51	47	2	0	50	1.15
133235--133286	24	2.2	23	82	3	59	15	9	0	75	1.05
133568--133745	21	8.5	21	72	14	143	21	19	24	34	1.96
133593--133780	42	4.5	41	95	0	304	22	18	23	36	1.95
133593--133782	84	2.3	84	96	0	344	22	18	23	35	1.95
133614--133765	21	7.2	21	68	16	109	22	18	21	37	1.94
134363--134395	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
134511--134559	21	2.3	21	96	0	89	30	30	20	18	1.96
134579--134626	21	2.3	21	92	0	78	20	20	29	29	1.98
136141--136182	17	2.5	17	81	14	59	19	4	0	76	0.96
136154--136197	20	2.2	20	88	8	63	25	4	0	70	1.06
136141--136210	17	4.4	17	66	23	53	24	5	0	70	1.09
136227--136258	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
136358--136533	9	18.2	9	66	17	61	15	6	4	73	1.19
136452--136530	13	6.0	13	76	8	54	13	5	3	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142084--142208	32	4.0	31	85	8	164	26	19	23	31	1.98
142465--142510	22	2.0	23	91	4	76	26	0	23	50	1.50
144444--144670	72	3.0	73	83	11	221	55	11	3	29	1.50
144541--144701	80	2.0	80	97	0	304	54	10	5	29	1.58
150031--150075	16	2.7	17	86	6	65	57	2	0	40	1.11
150211--150278	31	2.1	34	86	8	97	45	0	8	45	1.34
151241--151285	23	2.0	22	86	4	63	57	15	6	20	1.60
152282--152423	65	2.2	64	84	1	185	32	22	15	29	1.95
162535--162573	20	2.0	20	84	0	51	79	7	2	10	1.02
162741--162784	9	4.9	9	80	0	52	79	0	4	15	0.89
166599--166717	61	2.0	60	81	5	141	31	10	5	52	1.58
167577--167610	16	2.1	17	88	5	52	2	32	0	64	1.08
169146--169186	15	2.9	15	75	10	50	41	0	0	58	0.98
170302--170363	29	2.2	29	94	5	110	37	3	24	35	1.72
174196--174250	20	2.9	19	83	5	58	40	1	12	45	1.53
174349--174413	21	3.1	21	75	0	67	24	20	21	33	1.97
175199--175256	22	2.6	22	86	0	80	24	20	22	32	1.98
175523--175566	21	2.2	20	87	4	61	34	15	6	43	1.74
179700--179791	31	3.0	31	76	9	89	27	17	21	33	1.96
179753--179849	30	3.2	29	76	5	95	18	18	27	35	1.95
185810--185918	32	3.5	32	75	9	91	27	11	21	40	1.86
186835--186925	16	5.8	16	68	5	51	7	13	28	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186858--186924	32	2.1	32	88	2	91	8	11	25	53	1.66
191276--191322	22	2.1	23	88	4	69	40	27	8	23	1.83
202582--202612	3	10.3	3	100	0	62	0	0	32	67	0.91
208416--208488	3	24.7	3	78	13	80	60	0	0	39	0.97
208848--208930	17	4.9	17	74	14	64	20	20	10	48	1.79
208837--208958	38	3.5	35	90	10	187	20	20	10	48	1.79
208906--209662	223	3.4	224	95	3	1322	26	19	16	37	1.93
208906--209662	111	6.8	112	94	3	1322	26	19	16	37	1.93
209953--210055	51	2.0	51	96	3	190	33	17	13	35	1.89
210510--210803	79	3.7	81	91	6	494	40	22	12	24	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51