genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073920--2074318	55	7.4	55	88	5	446	28	27	16	27	1.97
2073926--2074318	110	3.7	108	87	6	504	28	27	16	27	1.97
2074320--2074614	54	5.5	54	93	0	482	18	25	18	37	1.94
2074614--2074693	37	2.2	37	84	4	99	20	20	16	43	1.88
2075001--2075151	37	4.1	37	89	1	223	26	17	21	33	1.96
2075001--2075151	73	2.1	74	88	1	223	26	17	21	33	1.96
2076372--2076603	125	1.9	125	83	3	306	24	25	16	32	1.96
2080003--2080153	72	2.1	73	95	2	270	23	26	13	37	1.91
2080834--2080995	55	2.9	55	95	0	288	23	21	11	43	1.84
2087746--2087838	13	7.2	13	82	14	104	17	46	20	16	1.84
2087815--2087845	7	4.3	7	92	8	53	12	35	25	25	1.92
2087799--2087846	15	3.3	15	91	5	73	14	39	25	20	1.91
2087812--2087866	7	6.6	9	84	16	50	18	34	23	23	1.96
2089269--2089318	26	1.9	26	83	0	64	34	22	20	24	1.97
2090278--2090409	48	2.8	48	76	13	137	21	16	18	42	1.89
2090295--2090409	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
2090346--2090419	24	3.1	24	86	3	78	21	16	18	43	1.88
2092529--2092621	13	7.2	13	82	14	104	17	46	20	16	1.84
2092598--2092628	7	4.3	7	92	8	53	12	35	25	25	1.92
2092582--2092629	15	3.3	15	91	5	73	14	39	25	20	1.91
2092595--2092649	7	6.6	9	84	16	50	18	34	23	23	1.96
2094052--2094101	26	1.9	26	83	0	64	34	22	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095061--2095192	48	2.8	48	76	13	137	21	16	18	42	1.89
2095078--2095192	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
2095129--2095202	24	3.1	24	86	3	78	21	16	18	43	1.88
2096529--2096815	37	7.8	36	80	11	291	42	4	8	44	1.53
2098084--2098131	19	2.5	19	86	3	69	22	12	8	56	1.63
2098417--2098444	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
2101245--2101316	35	2.1	34	89	2	108	19	13	4	62	1.47
2101811--2102010	99	2.0	98	90	0	310	34	16	18	31	1.92
2103374--2103590	42	5.1	42	62	22	101	30	24	24	20	1.99
2103138--2103992	86	10.0	86	89	0	1280	29	25	22	22	1.99
2104080--2104256	85	2.1	85	84	2	230	34	20	19	25	1.96
2104080--2104284	85	2.4	85	82	4	218	32	21	19	26	1.97
2104904--2104930	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2104988--2105340	37	9.7	36	72	18	186	42	3	7	46	1.50
2104999--2105320	36	8.8	37	79	10	238	42	4	7	46	1.51
2104987--2105341	74	4.9	71	78	12	321	42	3	7	46	1.51
2105346--2105373	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2105369--2105409	4	10.5	4	80	15	50	19	2	2	75	1.03
2106579--2106611	17	1.9	17	93	0	57	21	18	6	54	1.64
2106757--2106821	23	2.9	22	74	19	53	20	7	0	72	1.09
2112249--2112286	20	1.9	20	94	0	67	73	10	2	13	1.19
2113512--2113569	29	2.0	29	96	0	107	62	15	5	17	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115647--2115675	6	4.8	6	100	0	58	0	65	17	17	1.27
2123167--2123224	29	2.0	29	96	0	107	17	5	15	62	1.50
2124397--2124434	20	1.9	20	94	0	67	13	2	10	73	1.19
2125941--2126009	3	23.0	3	88	5	104	68	1	0	30	0.99
2126189--2126604	39	10.7	39	88	1	564	22	26	10	40	1.87
2126610--2126796	72	2.6	73	91	1	304	39	11	15	34	1.83
2127827--2127992	54	3.1	54	85	0	224	25	24	13	37	1.91
2128319--2128469	78	1.9	79	79	4	171	28	21	16	33	1.95
2129460--2129500	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
2129900--2130043	72	2.0	72	94	0	252	34	18	22	25	1.96
2135024--2135125	3	32.7	3	82	9	100	63	1	0	34	1.05
2139975--2140109	6	22.8	6	92	6	150	59	0	0	40	0.98
2139975--2140109	9	15.2	9	79	5	150	59	0	0	40	0.98
2140437--2140889	113	3.9	112	80	9	518	27	20	14	37	1.92
2153080--2153116	13	2.6	15	87	8	51	64	0	5	29	1.15
2153421--2153453	17	2.0	17	94	5	59	69	18	0	12	1.18
2155332--2155447	3	39.0	3	92	1	198	63	0	0	36	0.94
2164656--2164687	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
2167627--2167652	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2169627--2169700	39	1.9	38	71	17	55	41	0	21	36	1.53
2174289--2174330	21	2.0	21	85	0	57	33	28	21	16	1.95
2174358--2174402	22	2.0	22	91	4	72	28	33	26	11	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175692--2175909	103	2.1	103	93	0	373	26	14	22	36	1.93
2175935--2175993	23	2.6	23	91	0	91	20	27	25	27	1.99
2179532--2179574	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2180938--2181155	103	2.1	103	97	0	409	25	13	23	36	1.92
2181172--2181239	23	3.0	23	82	0	73	20	27	25	26	1.99
2184440--2184484	14	2.9	15	83	9	56	2	4	8	84	0.84
2185621--2185664	17	2.6	17	96	0	79	31	6	31	29	1.84
2207021--2207090	15	4.7	15	77	5	54	40	20	4	35	1.72
2207572--2207620	21	2.5	20	86	6	64	34	22	12	30	1.91
2213547--2213595	24	2.0	24	96	0	89	30	22	26	20	1.98
2213750--2213816	15	4.5	15	82	0	71	38	17	7	35	1.78
2218793--2219074	147	1.9	147	99	0	555	47	17	7	28	1.74
2219187--2219213	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2219308--2219363	28	2.0	28	100	0	112	25	7	32	35	1.83
2219882--2219922	20	2.0	21	86	13	59	63	21	2	12	1.40
2226181--2226225	20	2.2	20	96	0	81	48	15	11	24	1.77
2226188--2226231	20	2.2	20	95	0	79	54	15	6	22	1.65
2226666--2226701	14	2.6	14	90	0	54	0	16	2	80	0.83
2228239--2228288	24	2.1	24	88	7	75	60	14	2	24	1.45
2234022--2234082	24	2.5	25	84	10	81	57	19	9	13	1.63
2235228--2235263	19	1.9	18	88	5	54	47	2	2	47	1.31
2236704--2236812	24	4.6	24	75	15	109	57	16	14	11	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236704--2236826	24	5.2	23	74	12	106	58	15	13	12	1.63
2237005--2237054	14	3.6	14	88	0	82	58	18	12	12	1.64
2238146--2238209	23	2.8	23	95	0	110	39	26	14	20	1.90
2239722--2239783	26	2.2	29	83	8	85	53	4	1	40	1.32
2239732--2239791	26	2.5	24	80	17	70	53	5	1	40	1.33
2239874--2239952	26	2.9	27	92	7	124	53	0	3	43	1.19
2239874--2239962	26	3.3	26	87	7	99	55	0	3	41	1.17
2241308--2241348	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2241486--2241541	22	2.6	22	91	2	87	25	8	19	46	1.79
2245778--2245855	15	5.3	15	83	3	97	52	0	1	46	1.08
2245773--2246002	32	7.2	32	85	9	271	42	0	6	51	1.28
2245955--2246140	80	2.3	80	95	0	336	33	0	12	53	1.39
2246062--2246130	22	3.0	22	78	15	84	31	0	15	52	1.44
2246155--2246213	31	1.9	31	92	0	100	44	8	5	42	1.57
2258052--2258213	86	1.9	87	80	3	193	29	15	14	41	1.86
2258587--2258654	21	3.2	21	87	4	93	23	16	42	17	1.88
2260949--2260975	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2263306--2263330	13	1.9	13	100	0	50	48	40	0	12	1.40
2264029--2264071	19	2.3	19	84	8	52	53	2	0	44	1.13
2264225--2264272	23	2.1	22	85	11	62	37	0	2	60	1.09
2264226--2264377	38	4.1	36	77	15	116	45	1	0	52	1.13
2264225--2264349	38	3.3	37	81	11	137	41	0	0	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264432--2264470	20	2.0	20	84	0	51	48	2	5	43	1.38
2265850--2265879	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2271002--2271835	106	7.9	106	91	1	1167	34	24	17	23	1.96
2272337--2272366	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2277565--2277625	3	20.3	3	89	0	95	67	1	1	29	1.10
2278474--2278574	50	2.0	51	92	1	168	34	12	10	41	1.79
2279992--2280044	20	2.7	20	90	0	79	15	3	7	73	1.20
2280136--2280177	22	1.9	22	95	0	75	52	4	16	26	1.63
2281515--2281593	38	2.1	39	95	2	142	11	10	36	41	1.75
2281695--2281783	38	2.4	38	88	7	137	12	10	39	38	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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