genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   

This is table  42  of  51  ( 6037 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712376--8712422	13	3.4	13	85	8	58	76	0	0	23	0.78
8712376--8712437	16	4.0	15	80	15	65	74	0	1	24	0.91
8712993--8713270	138	2.0	138	80	11	318	48	7	6	37	1.59
8719524--8719591	30	2.3	30	100	0	136	20	11	17	50	1.77
8725977--8726017	8	5.0	8	82	5	55	60	2	0	36	1.10
8726362--8726508	48	3.1	48	91	0	231	31	17	25	25	1.97
8726415--8726729	114	2.8	114	90	1	479	30	18	24	27	1.98
8726644--8726772	48	2.7	48	95	0	231	31	19	23	25	1.98
8727843--8727912	1	70.0	1	76	0	68	1	10	0	88	0.57
8727843--8727913	13	5.5	14	79	16	82	1	11	0	87	0.61
8740674--8740710	8	4.3	9	83	13	51	51	0	0	48	1.00
8742247--8742282	11	3.3	11	88	0	54	30	2	13	52	1.55
8742300--8742387	2	46.0	2	73	17	71	46	1	4	47	1.30
8742300--8742357	13	4.6	13	83	10	59	44	0	5	50	1.24
8742460--8742492	9	3.8	9	88	8	50	54	3	6	36	1.41
8742478--8742529	21	2.5	20	77	22	63	48	0	5	46	1.26
8746034--8746069	18	2.0	18	88	0	54	50	0	2	47	1.15
8746014--8746136	52	2.3	56	81	8	148	46	4	4	44	1.43
8746064--8746136	13	5.3	14	76	12	71	45	6	5	42	1.54
8746014--8746136	13	9.1	14	70	19	68	46	4	4	44	1.43
8746057--8746135	28	2.9	27	81	16	99	44	6	6	43	1.55
8746288--8746651	13	28.5	13	69	20	161	48	3	4	43	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8746289--8746428	15	8.9	15	71	18	65	49	2	3	45	1.31
8746328--8746431	7	15.0	7	71	22	62	49	1	3	45	1.31
8746288--8746651	2	188.0	2	67	19	177	48	3	4	43	1.39
8746693--8746875	18	10.4	18	68	24	92	47	6	4	40	1.51
8746786--8746977	15	12.9	15	70	16	123	49	8	4	38	1.52
8746818--8746989	13	12.1	13	71	18	94	48	8	4	38	1.54
8746894--8746948	28	2.0	28	85	7	76	52	7	1	38	1.40
8746865--8746989	41	3.1	39	75	19	123	48	8	4	37	1.55
8746984--8747068	20	4.3	20	73	20	81	44	5	4	44	1.49
8747140--8747181	2	21.0	2	88	9	59	50	2	2	45	1.27
8747108--8747177	25	2.7	26	84	6	97	47	7	2	42	1.45
8747249--8747289	21	2.0	21	90	0	64	43	7	4	43	1.53
8747284--8747325	22	2.0	21	90	9	68	35	4	7	52	1.50
8747308--8747426	36	3.5	35	84	5	111	39	4	8	47	1.53
8747336--8747426	36	2.5	36	89	0	137	41	4	8	45	1.55
8747421--8747491	24	2.9	24	79	14	74	43	4	5	46	1.46
8747546--8747602	14	3.9	14	73	13	51	45	1	1	50	1.22
8747502--8747614	31	3.5	31	78	13	129	44	3	1	50	1.29
8747488--8747700	31	6.7	30	72	18	123	46	5	1	46	1.33
8747567--8747736	15	11.4	14	68	20	80	46	4	0	48	1.25
8747629--8747680	21	2.5	20	82	17	63	48	0	1	50	1.12
8747718--8747756	20	2.0	20	100	0	78	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8748057--8748250	102	1.9	102	80	6	223	32	27	5	33	1.80
8750773--8750801	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8751565--8751650	40	2.0	42	80	8	95	41	13	3	40	1.62
8751703--8751756	23	2.3	24	96	3	101	48	9	0	42	1.35
8751985--8752048	32	2.0	32	81	6	76	37	12	21	28	1.90
8757479--8757523	17	2.8	16	90	6	72	64	0	13	22	1.28
8757532--8757576	17	2.6	17	96	0	81	57	13	13	15	1.65
8757545--8757626	34	2.4	35	78	13	89	63	9	15	10	1.52
8757562--8757627	34	1.9	34	85	11	91	63	9	16	10	1.50
8758639--8758704	14	5.3	14	73	26	76	7	13	25	53	1.66
8758639--8758711	24	3.0	24	100	0	146	8	13	24	53	1.67
8759430--8759496	16	4.3	16	86	3	84	11	11	17	58	1.63
8759428--8759488	32	1.9	32	89	0	95	9	14	21	54	1.69
8760744--8760793	22	2.3	22	100	0	100	30	4	14	52	1.59
8764286--8764402	36	3.3	36	75	5	112	29	21	22	27	1.99
8764699--8764731	17	1.9	17	93	0	57	63	0	15	21	1.30
8766027--8766051	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
8768481--8768563	24	3.5	24	89	0	130	21	18	22	37	1.94
8768645--8768677	15	2.2	15	94	0	57	0	30	33	36	1.58
8769478--8769538	23	2.7	23	87	12	83	50	3	4	40	1.40
8769499--8769544	23	2.0	23	91	0	74	54	4	6	34	1.46
8769778--8769835	21	2.8	20	76	5	71	32	29	15	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8769824--8769958	20	6.8	20	71	6	103	44	17	17	21	1.87
8769820--8769957	40	3.4	41	73	8	140	45	16	16	21	1.85
8770377--8770442	20	3.1	20	84	8	78	50	16	18	15	1.79
8770447--8770497	20	2.6	20	90	3	77	11	17	19	50	1.76
8770447--8770504	20	2.9	19	82	7	71	13	17	18	50	1.79
8771695--8771765	18	3.7	18	85	14	106	26	32	25	15	1.95
8772378--8772427	19	2.6	19	100	0	100	22	30	18	30	1.97
8772313--8772493	83	2.2	83	81	8	208	25	23	18	32	1.97
8774224--8774278	21	2.6	21	85	0	83	34	36	14	14	1.87
8774393--8774442	21	2.4	21	82	0	64	22	14	32	32	1.93
8774459--8774508	21	2.4	21	83	6	66	20	10	38	32	1.85
8774665--8774706	12	3.5	12	83	6	50	23	0	7	69	1.13
8774852--8774968	21	5.6	21	82	2	128	21	35	18	24	1.96
8776316--8776489	63	2.7	63	92	4	289	28	1	18	51	1.56
8776344--8776461	37	3.5	38	63	28	102	30	0	18	50	1.53
8776549--8776587	20	2.0	20	89	0	60	46	23	17	12	1.83
8776605--8776744	20	7.0	20	85	0	181	14	17	22	45	1.84
8776601--8776747	60	2.5	60	85	0	204	14	17	21	46	1.84
8779580--8779633	24	2.2	24	87	6	74	44	20	14	20	1.86
8780547--8780594	18	2.5	19	83	10	62	35	10	25	29	1.89
8780587--8780631	20	2.2	20	100	0	90	31	20	26	22	1.98
8780578--8780651	20	3.7	20	85	8	71	35	17	21	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8780708--8780751	20	2.1	21	87	4	63	25	9	22	43	1.82
8780748--8780811	20	3.2	20	84	8	85	18	17	21	42	1.89
8780804--8780898	20	4.7	21	77	5	72	22	13	29	34	1.92
8780850--8780898	19	2.5	19	83	3	53	22	12	28	36	1.90
8783388--8785899	627	4.0	628	99	0	4926	35	15	17	30	1.92
8786230--8786269	21	1.9	21	84	0	53	72	5	2	20	1.15
8787721--8788417	54	13.0	53	84	3	806	28	18	19	33	1.95
8787735--8788416	269	2.5	270	85	1	915	28	18	19	34	1.95
8788478--8788546	31	2.2	31	92	0	111	50	14	8	26	1.71
8793085--8794071	54	18.3	53	84	3	1066	27	17	20	34	1.95
8793086--8794071	162	6.1	161	85	3	1183	27	17	20	34	1.95
8793073--8794071	108	9.3	107	86	2	1189	27	17	20	35	1.94
8801982--8802016	13	2.7	13	90	0	52	40	25	8	25	1.84
8806417--8806507	39	2.4	36	82	8	110	62	3	2	31	1.23
8807650--8807739	32	2.6	33	86	8	110	32	6	18	42	1.77
8807775--8807818	21	2.2	20	84	8	54	47	13	15	22	1.81
8807865--8807921	30	1.9	30	82	13	73	36	12	14	36	1.83
8808006--8808092	37	2.4	36	82	5	104	40	14	19	25	1.90
8807878--8808259	102	3.8	100	82	3	372	40	12	17	29	1.87
8808047--8808355	167	1.9	166	90	0	501	40	13	18	28	1.88
8808162--8808304	65	2.2	65	78	2	153	37	13	18	30	1.89
8808330--8808384	21	2.6	21	91	0	83	43	10	21	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8808351--8808597	72	3.4	71	82	5	280	40	14	17	27	1.88
8809755--8810106	183	1.9	183	93	0	605	29	19	21	29	1.97
8814026--8814061	19	1.9	18	94	5	63	77	0	2	19	0.88
8814024--8814073	25	2.0	25	88	7	75	74	2	4	20	1.08
8814019--8814082	33	1.9	34	83	3	85	73	1	3	21	1.06
8814031--8814111	19	4.6	19	67	22	52	71	3	6	18	1.22
8814230--8814323	39	2.4	38	81	8	109	62	3	2	31	1.22
8824845--8824905	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
8825628--8825786	81	2.0	81	83	5	205	44	4	0	51	1.21
8825826--8825890	27	2.4	27	85	7	80	56	1	7	33	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51