genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  14  of  51  ( 6037 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2696554--2696616	22	2.9	21	77	11	65	19	3	15	61	1.46
2696553--2696624	22	3.3	22	77	9	60	20	2	16	59	1.49
2698374--2698413	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2698690--2698714	7	3.6	7	100	0	50	16	0	36	48	1.46
2698696--2698775	27	2.9	27	79	9	81	26	2	28	42	1.68
2699052--2699111	7	8.7	7	76	10	52	45	31	0	23	1.53
2699284--2699324	21	2.0	20	90	4	64	19	0	31	48	1.49
2699344--2699372	14	2.1	14	100	0	58	20	0	34	44	1.52
2701658--2701684	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2703716--2703740	12	2.1	12	100	0	50	8	8	32	52	1.60
2707543--2707567	12	2.1	12	100	0	50	8	8	32	52	1.60
2708655--2708719	21	3.0	21	88	2	94	52	9	0	38	1.34
2708667--2708733	14	4.9	13	75	13	55	49	10	0	40	1.37
2708910--2708952	21	2.0	21	90	0	68	51	9	0	39	1.34
2709481--2709522	19	2.2	19	86	0	57	54	4	16	23	1.61
2718910--2719009	50	2.0	50	96	0	182	37	32	12	19	1.88
2726501--2726571	3	23.7	3	100	0	142	66	0	0	33	0.92
2729845--2730468	51	11.8	51	86	6	655	29	25	15	29	1.95
2729845--2730468	106	5.9	102	83	8	664	29	25	15	29	1.95
2731792--2731889	16	5.9	16	73	19	78	9	17	0	73	1.08
2731793--2731909	50	2.3	50	84	10	134	10	16	0	73	1.09
2731841--2731909	24	2.8	24	74	24	70	11	15	0	72	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2731791--2731890	18	6.1	16	71	18	71	9	17	0	74	1.07
2731874--2731905	9	3.4	10	87	12	50	9	15	0	75	1.05
2745149--2745173	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2747709--2747760	21	2.5	21	85	14	65	38	3	7	50	1.50
2756127--2756317	101	1.9	101	96	0	355	28	27	17	26	1.98
2759056--2759148	32	2.9	32	73	10	93	31	16	19	33	1.94
2759104--2759180	31	2.5	31	82	0	91	27	16	24	31	1.97
2759913--2759954	21	2.0	21	95	0	75	16	19	30	33	1.94
2770725--2770759	3	12.3	3	88	11	56	34	0	0	65	0.93
2775199--2775311	55	2.1	55	88	3	165	43	11	23	22	1.85
2775207--2775329	55	2.2	55	84	2	149	45	14	21	18	1.85
2775991--2776141	72	2.1	72	89	0	230	37	12	25	24	1.90
2780694--2780807	37	3.1	37	82	2	140	32	24	16	26	1.96
2780694--2780794	36	2.8	37	83	3	132	35	24	16	22	1.95
2781194--2781762	54	10.6	54	81	6	534	34	18	24	22	1.96
2781194--2781533	161	2.1	162	90	2	542	36	17	26	19	1.94
2781964--2782007	3	15.3	3	90	9	74	36	0	0	63	0.95
2791535--2791576	6	7.3	6	89	10	70	14	52	0	33	1.42
2791535--2791576	11	3.7	12	90	9	70	14	52	0	33	1.42
2791535--2791576	17	2.4	18	88	11	70	14	52	0	33	1.42
2798422--2798483	13	4.5	15	78	13	55	61	0	0	38	0.96
2798431--2798475	11	4.0	11	81	13	56	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798439--2798479	16	2.6	16	85	11	50	65	0	0	34	0.93
2798432--2798480	24	2.0	23	88	7	71	65	0	0	34	0.93
2806977--2807031	20	2.7	21	85	2	67	60	5	9	25	1.49
2807016--2807058	15	3.0	14	80	13	52	58	2	13	25	1.48
2807920--2807964	16	3.0	16	75	12	51	66	0	2	31	1.04
2807995--2808112	39	3.1	39	84	8	143	42	1	17	38	1.60
2814171--2814205	10	3.6	10	96	3	63	54	0	0	45	0.99
2815576--2815736	56	2.9	55	90	3	241	31	21	5	41	1.76
2823347--2823394	3	15.3	3	78	8	51	58	2	0	39	1.10
2823349--2823394	10	4.9	9	89	5	56	56	2	0	41	1.11
2824527--2824566	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2825845--2825935	45	2.0	46	85	6	123	36	12	20	30	1.89
2829363--2829410	24	2.0	24	100	0	96	41	12	20	25	1.87
2832600--2832634	18	1.9	18	94	0	61	17	48	17	17	1.81
2833468--2833508	17	2.3	19	87	8	59	43	4	14	36	1.67
2834988--2835102	24	4.8	24	83	4	142	26	13	18	40	1.88
2835316--2835368	2	26.5	2	96	0	97	47	0	1	50	1.12
2836073--2836141	20	3.5	20	83	0	75	30	17	17	34	1.93
2836093--2836151	20	3.0	20	84	0	73	28	18	16	35	1.93
2836245--2836409	36	4.6	36	81	4	208	37	15	23	23	1.93
2837893--2837971	24	3.3	24	96	0	149	43	0	7	49	1.31
2838989--2839051	25	2.5	25	86	2	81	30	14	3	52	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839923--2840078	65	2.4	65	84	3	190	27	19	21	31	1.97
2840601--2840645	2	22.5	2	95	0	81	48	2	0	48	1.13
2848550--2848594	15	2.7	17	86	10	58	24	22	28	24	1.99
2849202--2849669	178	2.6	180	83	8	604	41	14	15	27	1.86
2851388--2851434	21	2.3	20	85	3	58	51	0	4	44	1.21
2851383--2851434	20	2.6	20	79	8	61	48	0	3	48	1.20
2851816--2851853	19	2.0	20	94	5	69	50	5	31	13	1.63
2851809--2851871	20	3.1	21	81	9	85	44	9	31	14	1.77
2852147--2852199	21	2.6	20	91	5	88	56	0	41	1	1.10
2853738--2853780	19	2.3	18	92	4	68	32	2	11	53	1.50
2853989--2855156	196	5.8	199	86	7	1565	37	15	15	31	1.89
2854835--2854882	20	2.4	20	100	0	96	41	4	10	43	1.58
2854637--2855081	220	2.0	218	92	0	746	37	15	15	32	1.88
2856622--2856673	12	4.3	12	82	0	59	40	11	32	15	1.83
2856622--2856673	6	8.7	6	86	0	50	40	11	32	15	1.83
2858088--2858850	200	3.8	199	83	6	963	38	14	15	31	1.88
2858088--2858820	407	1.8	392	87	4	1081	39	14	15	30	1.87
2861221--2861929	200	3.5	197	83	7	765	38	13	16	30	1.88
2862031--2862075	23	2.0	23	86	0	63	40	17	6	35	1.76
2862434--2862491	27	2.1	27	83	3	71	60	1	0	37	1.07
2862457--2862592	40	3.4	37	76	17	114	59	2	0	37	1.15
2862447--2862549	43	2.5	39	83	10	118	56	1	0	40	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2862507--2862576	36	2.0	35	88	8	106	54	2	1	41	1.24
2862507--2862565	17	3.4	17	76	15	66	55	1	1	40	1.20
2862539--2862597	8	7.6	8	70	14	52	59	1	0	38	1.08
2862505--2862576	37	1.9	37	83	10	94	55	2	1	40	1.23
2862741--2862812	30	2.4	31	84	11	96	52	2	1	43	1.24
2868370--2868418	21	2.3	21	92	0	80	42	14	18	24	1.87
2873029--2873076	21	2.3	21	96	0	87	41	12	18	27	1.86
2873547--2873590	18	2.4	18	76	0	52	29	52	2	15	1.55
2874035--2874071	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2874146--2874238	31	3.0	30	80	9	98	50	10	11	26	1.72
2875371--2875398	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2875568--2875624	23	2.5	23	85	0	78	17	10	7	64	1.46
2878809--2878995	29	6.6	29	81	2	155	33	2	18	45	1.61
2885453--2885522	35	2.0	35	85	0	95	51	8	8	31	1.63
2885774--2885800	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
2908382--2908418	4	9.0	4	96	3	65	48	0	24	27	1.51
2928516--2929287	255	3.0	255	97	0	1436	43	14	10	30	1.80
2928516--2929284	256	3.0	256	97	0	1432	43	14	10	30	1.80
2930803--2930867	24	2.6	25	68	7	60	53	3	0	43	1.16
2930838--2930877	15	2.7	15	85	11	55	50	0	0	50	1.00
2930846--2930877	14	2.1	16	88	11	50	53	0	0	46	1.00
2934928--2935032	23	4.7	23	84	2	133	22	19	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2939046--2939386	44	7.8	44	88	0	513	31	23	6	37	1.81
2939112--2939234	25	5.4	25	60	28	67	30	24	8	37	1.84
2939046--2939386	88	3.9	88	96	0	612	31	23	6	37	1.81
2939464--2939584	40	3.0	40	93	2	199	33	27	15	23	1.95
2939715--2939850	43	3.1	43	80	2	119	26	15	25	33	1.95
2939736--2939858	43	2.9	43	82	4	133	25	15	26	33	1.95
2939736--2939901	43	3.9	42	78	6	127	24	14	25	35	1.93
2939828--2939985	43	3.7	43	75	0	136	23	15	24	36	1.94
2940413--2940469	21	2.7	21	80	0	60	1	31	21	45	1.62
2940463--2940503	21	2.0	21	90	9	66	0	43	19	36	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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