genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  40  of  51  ( 6037 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8227571--8227599	3	10.0	3	92	7	51	65	0	0	34	0.93
8228988--8229041	3	17.0	3	85	11	72	64	0	0	35	0.94
8228988--8229045	13	4.2	13	85	10	80	65	0	0	34	0.93
8230387--8230463	3	26.0	3	92	7	131	33	0	0	66	0.92
8231332--8231369	19	2.1	18	90	5	58	71	13	2	13	1.26
8232616--8232671	8	6.9	8	76	17	53	73	8	0	17	1.08
8232748--8232821	37	2.0	37	84	5	96	43	8	0	48	1.32
8236391--8236425	16	2.2	16	89	0	52	25	20	28	25	1.99
8249182--8249214	12	2.8	12	100	0	66	0	24	15	60	1.35
8253405--8253430	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8253425--8253461	15	2.5	15	100	0	74	32	13	10	43	1.79
8256856--8256977	40	3.0	40	96	0	226	33	25	17	23	1.96
8261905--8261933	6	4.8	6	100	0	58	31	34	17	17	1.93
8263130--8263168	13	3.0	13	78	14	53	43	5	23	28	1.75
8263640--8263769	47	2.7	49	81	8	144	29	21	6	42	1.79
8263873--8263994	40	3.0	40	96	2	219	32	27	16	23	1.96
8270936--8271180	36	6.8	36	74	11	169	35	9	18	35	1.83
8270940--8271254	73	4.3	71	76	7	260	36	9	17	35	1.83
8270949--8271184	110	2.1	109	79	7	246	35	8	18	37	1.82
8270949--8271244	146	2.0	147	81	8	345	36	9	17	36	1.83
8274378--8274448	21	3.3	21	86	5	97	38	22	5	33	1.78
8274383--8274453	23	3.2	23	88	8	110	38	22	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8274807--8274879	23	3.2	23	92	0	110	38	23	4	34	1.74
8275227--8275302	22	3.5	22	79	15	86	40	22	2	34	1.68
8274041--8276433	425	5.7	425	94	3	4136	39	12	7	40	1.72
8275656--8275725	23	3.2	22	84	9	90	40	21	4	34	1.73
8276072--8276120	21	2.5	19	84	12	64	42	18	2	36	1.62
8276084--8276144	23	2.7	23	90	5	90	37	21	4	36	1.75
8277756--8277829	9	7.6	9	73	16	58	22	33	5	37	1.77
8277755--8277829	15	5.0	15	85	0	96	24	33	5	37	1.78
8277755--8277829	6	12.5	6	86	0	87	24	33	5	37	1.78
8279278--8279845	197	2.9	198	95	2	1011	30	17	15	36	1.91
8279965--8280011	19	2.5	19	92	0	76	57	10	2	29	1.44
8281768--8281833	33	2.0	33	87	0	96	24	48	0	27	1.51
8281864--8281905	21	2.0	21	90	0	66	16	30	11	40	1.85
8284078--8284120	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
8284083--8284129	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
8284050--8284518	178	2.6	182	87	4	668	26	17	13	42	1.87
8284583--8285062	224	2.2	222	92	4	799	39	8	7	44	1.64
8302891--8302927	16	2.2	17	90	4	58	62	2	5	29	1.31
8303489--8303560	2	37.0	2	73	15	62	52	0	2	44	1.15
8305180--8305221	3	13.7	3	95	5	75	69	0	0	30	0.89
8305178--8305221	22	2.0	22	100	0	88	68	0	0	31	0.90
8305183--8305222	19	2.1	19	100	0	80	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8308428--8308588	41	4.0	41	86	3	218	31	22	11	34	1.89
8311204--8311247	1	44.0	1	81	0	52	2	0	6	90	0.51
8311205--8311247	15	2.8	15	89	3	68	2	0	6	90	0.52
8311203--8311246	23	2.0	23	90	4	72	2	2	6	88	0.67
8318585--8318622	17	2.2	17	86	9	51	55	0	10	34	1.34
8323531--8323606	34	2.2	34	81	9	82	35	18	9	36	1.83
8323963--8324380	137	3.0	137	81	6	452	37	14	14	33	1.86
8330571--8330634	18	3.6	18	77	8	67	21	29	12	35	1.91
8331517--8331563	19	2.4	19	82	3	58	29	12	27	29	1.93
8333384--8333434	11	4.6	11	75	15	52	35	1	0	62	1.06
8333468--8333515	21	2.3	20	89	3	69	35	4	0	60	1.16
8333459--8333506	23	2.0	26	84	12	66	39	4	0	56	1.19
8333458--8333512	21	2.5	21	77	11	58	36	3	0	60	1.15
8333456--8333515	18	3.3	18	78	19	54	35	3	0	61	1.12
8335236--8335269	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
8335340--8335383	17	2.6	17	82	7	54	20	4	0	75	0.98
8340900--8340980	5	15.8	5	73	14	67	20	6	1	71	1.14
8342666--8342823	75	2.0	75	83	10	192	31	1	11	55	1.46
8343391--8343435	4	11.2	4	86	9	65	24	0	2	73	0.95
8344215--8344290	21	3.8	20	77	8	66	22	1	30	46	1.60
8344449--8344481	10	3.0	11	86	13	50	54	0	3	42	1.15
8349992--8350017	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8362691--8362738	19	2.5	20	76	6	55	16	6	8	68	1.35
8364140--8364241	21	4.9	21	90	0	141	28	22	9	39	1.86
8372606--8372650	13	3.5	13	90	0	72	35	13	20	31	1.91
8376838--8376871	15	2.3	15	89	0	50	11	2	35	50	1.54
8377421--8377471	19	2.7	19	69	6	50	35	3	1	58	1.28
8377700--8377757	17	3.3	19	72	18	54	41	5	0	53	1.23
8377866--8377908	16	2.7	16	85	7	52	6	18	23	51	1.70
8379858--8379931	30	2.5	30	90	0	121	28	27	20	24	1.99
8379916--8379980	31	2.1	31	85	0	85	33	23	18	24	1.96
8380112--8380147	17	2.0	19	89	10	58	38	11	5	44	1.63
8383353--8383442	30	3.0	30	86	0	117	32	24	21	22	1.98
8384129--8384288	64	2.5	62	81	9	164	29	17	20	33	1.95
8389340--8389390	3	17.0	3	91	0	84	29	0	1	68	1.00
8389855--8389890	19	2.0	18	89	10	56	69	0	25	5	1.10
8390717--8390786	28	2.5	28	81	13	81	20	11	5	62	1.48
8390735--8390805	30	2.5	28	86	9	90	21	12	4	61	1.47
8391055--8391103	25	2.0	26	84	15	68	28	4	10	57	1.50
8393067--8393124	30	1.9	30	96	0	107	10	15	12	62	1.55
8394916--8394963	11	4.1	11	80	15	51	75	4	14	6	1.16
8396159--8397291	4	284.8	4	98	1	2012	49	25	1	23	1.60
8397406--8397452	4	11.8	4	100	0	94	51	25	0	23	1.49
8397584--8397648	4	15.8	4	93	6	112	49	26	1	23	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8398041--8398339	101	2.9	104	77	7	295	31	17	11	40	1.84
8398999--8399226	120	1.9	123	79	5	266	32	14	11	41	1.82
8399302--8399376	31	2.4	31	86	4	98	28	17	13	41	1.87
8399543--8399680	64	2.2	64	84	6	174	31	10	14	42	1.80
8399715--8399803	28	3.1	28	82	7	99	28	16	13	41	1.86
8399812--8400169	134	2.7	134	84	4	445	27	29	17	26	1.97
8400353--8400394	3	14.0	3	80	9	50	26	0	2	71	0.98
8401658--8401740	27	3.1	28	78	15	77	15	13	7	63	1.49
8402016--8402064	25	2.0	24	84	15	64	30	4	10	55	1.52
8406178--8406279	36	2.8	36	87	1	132	26	18	13	41	1.88
8406403--8406565	64	2.6	64	82	6	181	32	17	11	38	1.86
8406545--8406812	102	2.6	101	82	4	331	30	19	14	35	1.91
8407159--8407206	21	2.3	21	100	0	96	37	33	0	29	1.58
8407187--8407580	139	2.8	139	83	0	482	34	26	14	24	1.94
8408129--8408172	19	2.3	19	100	0	88	9	13	0	77	0.99
8408122--8408172	19	2.6	20	90	6	86	9	13	1	74	1.15
8408928--8409163	130	1.8	130	85	1	339	24	17	13	44	1.85
8409359--8409394	16	2.2	16	90	0	54	27	8	8	55	1.58
8413219--8413504	104	2.8	103	78	5	299	36	10	17	35	1.84
8413449--8413627	65	2.7	65	80	2	189	41	11	16	30	1.84
8413569--8413640	36	2.0	36	97	0	135	40	13	18	27	1.88
8413580--8413644	20	3.5	20	70	23	59	41	15	15	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8415546--8415594	19	2.6	19	96	0	89	32	16	20	30	1.94
8415989--8416211	45	5.0	45	86	0	302	32	10	21	34	1.88
8416344--8416389	24	1.9	24	86	0	65	23	23	17	34	1.96
8422662--8422885	45	5.0	45	87	0	304	36	10	18	34	1.85
8422962--8423037	23	3.3	22	81	7	80	21	25	19	34	1.96
8422970--8423040	23	3.1	23	80	8	81	21	22	22	33	1.97
8423029--8423085	24	2.4	24	90	0	87	24	19	19	36	1.94
8430873--8430912	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8435167--8435500	167	2.0	168	89	1	517	44	15	11	28	1.81
8440395--8440438	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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