genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   

This is table  43  of  51  ( 6037 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8831123--8831167	18	2.6	17	80	13	56	73	0	11	15	1.10
8831189--8831248	31	2.0	31	83	9	79	68	6	1	23	1.22
8831177--8831248	32	2.4	29	77	13	74	65	5	2	26	1.28
8831267--8831356	42	2.1	44	81	8	105	70	0	4	25	1.06
8831421--8831453	2	17.0	2	90	6	50	51	0	3	45	1.16
8831421--8831472	14	3.7	14	82	14	63	57	0	1	40	1.10
8831421--8831464	23	1.9	24	86	9	65	56	0	2	40	1.11
8832907--8832974	32	2.2	30	84	5	82	20	19	30	29	1.97
8833550--8833733	65	2.8	65	85	4	226	39	8	21	30	1.82
8833682--8834073	36	11.7	36	65	20	163	38	13	19	29	1.89
8833694--8833778	35	2.4	34	86	5	107	41	17	18	22	1.91
8833628--8833879	133	1.9	136	86	7	363	41	11	19	27	1.86
8833833--8834073	98	2.5	97	88	5	360	36	13	20	28	1.91
8834013--8834084	37	1.9	37	85	0	99	40	13	19	26	1.89
8835389--8835525	69	2.0	69	88	2	204	25	13	21	38	1.91
8835597--8835649	27	2.0	27	85	10	74	3	16	7	71	1.24
8835610--8835653	13	3.4	12	82	17	61	2	15	2	79	0.93
8847228--8847277	19	2.8	17	80	11	64	76	0	8	16	1.02
8847375--8847399	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
8847380--8847436	16	3.2	18	73	12	55	73	0	3	22	0.98
8847538--8847622	2	43.0	2	89	6	129	51	0	2	45	1.13
8852812--8852842	13	2.3	14	94	5	55	77	3	0	19	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8852894--8852926	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8852921--8852966	24	1.9	24	81	0	56	39	10	4	45	1.59
8852996--8853074	24	3.5	23	73	20	62	45	6	1	46	1.36
8852979--8853009	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8853002--8853044	17	2.5	17	92	3	68	46	4	2	46	1.36
8853021--8853149	24	5.4	23	71	17	77	44	6	3	46	1.44
8868457--8868498	16	2.6	16	92	0	75	0	35	0	64	0.94
8869714--8869788	18	3.9	18	83	13	105	18	20	33	28	1.96
8869709--8869788	40	2.0	40	95	0	142	20	20	31	28	1.97
8878844--8878885	18	2.3	18	87	0	66	42	7	4	45	1.52
8878966--8879032	2	35.5	2	79	11	70	49	0	0	50	1.00
8879458--8879508	20	2.5	19	81	12	57	27	23	19	29	1.98
8879526--8879576	21	2.4	21	83	0	57	27	33	13	25	1.94
8886281--8886324	18	2.4	18	88	7	63	15	9	15	59	1.61
8900985--8901036	27	1.9	27	92	0	86	36	11	3	48	1.58
8901020--8901075	26	2.3	25	80	17	64	39	3	5	51	1.42
8902570--8902628	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
8906756--8906893	54	2.6	54	90	0	204	31	16	17	34	1.92
8907007--8909987	81	36.9	81	86	0	3943	37	12	20	28	1.90
8913752--8913927	54	3.3	54	89	4	250	30	14	19	35	1.92
8914003--8914803	81	9.9	81	86	1	1054	36	12	20	29	1.90
8918413--8918557	53	2.7	53	83	1	173	34	14	16	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8918664--8919222	81	6.9	81	88	0	794	37	13	20	28	1.90
8927108--8927191	29	2.8	30	77	10	93	33	15	5	45	1.70
8934291--8934334	22	2.0	22	86	8	63	34	13	38	13	1.84
8934559--8934674	3	39.0	3	81	6	85	62	1	9	26	1.36
8935171--8935209	21	1.9	21	94	5	71	33	20	0	46	1.51
8937437--8937484	20	2.4	20	96	0	87	33	12	25	29	1.92
8940544--8940590	20	2.3	20	96	0	85	36	12	42	8	1.74
8944068--8944335	118	2.3	118	80	8	282	27	22	16	33	1.95
8948711--8948751	6	6.0	7	83	16	59	56	12	17	14	1.68
8950176--8950214	12	3.2	12	82	13	53	76	2	0	20	0.90
8950742--8950777	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
8950785--8951056	148	1.8	147	88	6	415	50	8	6	34	1.59
8950774--8951171	148	2.7	143	81	9	412	46	8	7	37	1.62
8951231--8951323	30	3.1	30	69	14	75	68	5	1	24	1.17
8952666--8952755	3	30.0	3	81	12	78	60	0	2	37	1.09
8952667--8952748	11	8.1	10	70	17	62	60	0	1	37	1.04
8958373--8958402	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8958696--8958737	20	2.1	20	86	8	59	35	4	2	57	1.33
8961815--8961842	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
8967856--8968214	44	8.2	44	84	2	458	16	25	23	34	1.96
8967856--8968214	87	4.1	87	86	3	481	16	25	23	34	1.96
8970232--8970305	30	2.5	30	88	0	103	22	24	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8973224--8973331	31	3.5	31	88	0	153	66	5	7	20	1.37
8975545--8975586	22	2.0	21	81	13	50	40	19	11	28	1.87
8979186--8979230	21	2.1	21	84	8	56	37	11	26	24	1.89
8979246--8979313	21	3.3	20	72	13	57	20	13	25	41	1.88
8980331--8980367	15	2.4	16	82	13	51	18	37	8	35	1.81
8985725--8985754	14	2.1	15	93	6	53	20	0	10	70	1.16
8987061--8987185	59	2.1	59	95	0	223	16	9	34	39	1.82
8989342--8989416	12	5.8	13	68	21	50	41	18	9	30	1.82
8989338--8989416	41	1.9	41	87	5	115	39	17	10	32	1.83
8992527--8992565	20	2.0	20	89	0	60	35	2	33	28	1.71
8996357--8996405	21	2.5	19	81	12	62	18	20	22	38	1.93
8997251--8997279	15	1.9	15	100	0	58	34	17	34	13	1.89
8999266--8999330	24	2.7	24	79	11	62	47	1	10	40	1.48
8999242--8999561	155	2.1	155	99	0	631	45	2	6	45	1.42
8999421--8999485	24	2.7	24	79	11	62	47	1	10	40	1.48
8999686--8999775	31	3.0	31	70	18	89	36	18	4	40	1.71
8999627--8999813	60	3.1	60	81	8	195	34	19	4	41	1.71
9002895--9002920	6	4.3	6	100	0	52	46	0	34	19	1.50
9003726--9003759	5	6.4	5	93	6	50	20	35	26	17	1.95
9003728--9003760	17	2.0	16	94	5	57	18	36	27	18	1.94
9004085--9004123	14	2.8	14	100	0	78	30	35	0	33	1.58
9006307--9006422	11	10.2	11	85	6	108	34	22	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9006314--9006422	34	3.2	34	92	2	166	33	22	21	22	1.97
9006307--9006422	45	2.5	46	91	1	180	34	22	20	22	1.97
9008088--9008126	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
9008471--9008511	3	13.7	3	89	0	64	65	2	2	29	1.18
9008957--9009334	71	5.3	71	74	6	255	20	18	23	37	1.94
9009966--9010249	36	7.9	36	75	8	204	32	25	7	35	1.83
9012254--9012698	54	8.2	54	88	1	633	27	20	18	33	1.96
9023968--9023999	14	2.4	14	94	5	57	59	0	9	31	1.29
9024236--9024318	37	2.2	37	89	2	121	55	3	0	40	1.17
9026286--9026330	22	2.0	22	91	0	72	40	35	0	24	1.56
9026461--9026487	13	2.1	13	100	0	54	66	0	11	22	1.22
9026564--9026601	19	1.9	19	89	5	58	65	7	0	26	1.19
9027074--9027118	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
9027430--9027456	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
9027466--9027495	15	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
9027859--9027898	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
9029256--9029378	64	1.9	64	83	3	158	31	19	17	31	1.95
9029373--9030694	664	2.0	656	97	1	2513	29	16	17	35	1.92
9031996--9032046	21	2.4	21	93	0	84	54	11	3	29	1.54
9035747--9035855	57	1.9	57	100	0	218	22	10	21	46	1.80
9035747--9035834	28	3.1	28	63	15	72	23	9	20	46	1.79
9040603--9040659	18	3.0	18	83	14	78	29	12	8	49	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9040603--9040659	21	3.0	20	85	12	75	29	12	8	49	1.70
9041065--9041105	21	1.9	21	85	5	55	26	26	24	21	2.00
9041387--9041457	34	2.1	34	86	2	99	32	15	29	22	1.95
9078425--9078451	12	2.2	12	100	0	54	22	44	0	33	1.53
9078703--9078766	12	5.3	12	80	0	65	25	43	15	15	1.86
9079564--9079619	27	2.1	27	100	0	112	35	3	28	32	1.74
9081223--9081261	19	2.0	20	95	5	71	58	10	20	10	1.59
9082437--9082601	78	2.1	77	80	2	188	36	13	15	33	1.87
9082895--9083104	74	2.8	73	81	3	215	44	7	14	33	1.74
9083306--9083680	99	3.9	97	80	11	401	35	15	12	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51