genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   

This is table  12  of  51  ( 6037 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282353--2282398	18	2.8	16	83	9	65	30	30	6	32	1.83
2282834--2282871	18	2.2	17	86	13	51	39	0	2	57	1.12
2291571--2291946	200	1.9	200	82	2	477	35	20	15	27	1.94
2292982--2293013	15	2.1	15	94	0	55	21	3	12	62	1.43
2293303--2293352	24	2.1	24	85	7	66	26	8	4	62	1.41
2295315--2295362	19	2.7	18	78	9	53	43	0	4	52	1.20
2295473--2295550	23	3.5	23	77	10	81	56	1	0	42	1.07
2297164--2297202	18	2.2	18	86	9	53	48	2	0	48	1.15
2301163--2301218	23	2.5	23	82	8	71	58	0	7	33	1.25
2301898--2301935	21	2.0	20	85	15	53	36	5	15	42	1.70
2308954--2309001	22	2.2	22	84	0	60	43	20	12	22	1.86
2317601--2317641	16	2.6	16	84	0	55	19	12	4	63	1.46
2319984--2320014	16	1.9	16	93	0	53	12	12	12	61	1.58
2324445--2324479	18	1.9	18	88	0	52	51	0	0	48	1.00
2328853--2329052	59	3.3	59	87	2	256	38	12	14	35	1.84
2328852--2329052	60	3.3	60	87	2	269	38	12	14	34	1.84
2328853--2329082	60	3.8	60	82	7	220	38	12	14	34	1.84
2330232--2330256	7	3.6	7	100	0	50	0	28	16	56	1.41
2334482--2334552	35	2.0	35	100	0	142	19	8	23	47	1.77
2353600--2353628	14	2.1	14	100	0	58	65	6	0	27	1.18
2353724--2353767	17	2.8	16	93	6	72	56	0	2	40	1.11
2353836--2353868	17	1.9	17	88	11	50	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354510--2354568	25	2.4	25	100	0	118	40	3	0	55	1.16
2354560--2354605	24	1.9	24	100	0	92	45	0	0	54	0.99
2354867--2354934	3	22.7	3	100	0	136	66	0	0	33	0.92
2357858--2357925	31	2.2	31	97	0	127	25	16	25	33	1.95
2364317--2364368	23	2.3	23	89	0	77	21	30	25	23	1.99
2364329--2364384	23	2.4	23	87	0	76	23	28	21	26	1.99
2364460--2364492	14	2.4	14	90	10	50	39	6	21	33	1.78
2370040--2370069	3	9.7	3	92	7	51	0	33	0	66	0.92
2370036--2370068	16	2.1	15	94	5	57	0	30	0	69	0.88
2371130--2371198	30	2.3	30	92	0	111	39	4	23	33	1.74
2371412--2371495	23	3.7	23	91	0	123	22	28	21	27	1.99
2375324--2375374	19	2.7	19	93	3	86	15	31	0	52	1.43
2375369--2375396	11	2.5	11	100	0	56	7	21	7	64	1.43
2375365--2375396	11	2.8	12	95	4	50	6	21	6	65	1.38
2380947--2380998	22	2.5	21	79	11	63	26	17	30	25	1.97
2381753--2381823	21	3.4	21	84	3	81	21	12	29	36	1.90
2395314--2395359	21	2.1	23	84	8	60	2	23	6	67	1.25
2397111--2397144	16	2.1	16	88	0	50	29	0	29	41	1.57
2397111--2397162	24	2.2	24	82	6	61	34	0	28	36	1.58
2397228--2397753	171	3.1	167	81	6	579	28	13	20	36	1.91
2397230--2397868	171	3.8	168	77	8	461	29	13	19	36	1.91
2398708--2398761	27	2.0	27	86	10	76	61	18	1	18	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399426--2399486	32	1.9	32	83	6	79	65	9	4	19	1.40
2403635--2403680	21	2.1	23	84	8	60	2	23	6	67	1.25
2405428--2405461	16	2.1	16	88	0	50	29	0	29	41	1.57
2405428--2405479	24	2.2	24	82	6	61	34	0	28	36	1.58
2405838--2405898	32	1.9	32	83	6	79	65	9	4	19	1.40
2412006--2412049	20	2.1	21	95	4	81	27	4	6	61	1.41
2413900--2413999	29	3.4	29	71	5	101	33	28	7	32	1.84
2413915--2414044	31	4.3	31	77	3	138	30	26	10	33	1.89
2413895--2414030	60	2.3	60	96	0	245	30	28	9	31	1.89
2423209--2423243	17	2.1	16	89	5	52	37	0	11	51	1.38
2428668--2428828	64	2.5	64	84	8	186	33	18	21	26	1.96
2429318--2429368	2	25.5	2	95	0	93	50	1	0	47	1.12
2429921--2430019	31	3.2	30	88	2	108	31	18	18	32	1.95
2429938--2430047	31	3.6	31	86	1	141	30	19	20	30	1.97
2430030--2430102	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
2433323--2433465	64	2.2	64	85	8	184	34	16	20	27	1.95
2433954--2433984	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
2434642--2434740	31	3.2	30	86	2	99	31	17	18	33	1.94
2434659--2434746	31	2.8	31	91	0	140	31	15	19	32	1.93
2434751--2434823	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
2437663--2437687	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2452314--2452448	60	2.3	59	79	10	141	37	14	3	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469085--2469175	32	2.9	31	81	4	94	30	13	41	14	1.84
2469504--2469569	27	2.4	27	78	12	64	46	25	15	12	1.80
2469982--2470015	17	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
2473428--2473675	124	2.0	123	95	3	446	32	12	28	25	1.93
2484026--2484064	16	2.4	16	95	0	69	43	20	12	23	1.86
2486563--2486620	24	2.4	24	91	0	89	31	22	20	25	1.98
2488676--2488720	14	3.7	12	80	13	56	75	6	15	2	1.11
2488678--2488717	12	3.1	13	79	13	55	72	7	17	2	1.19
2489581--2489612	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2490590--2490614	10	2.5	10	100	0	50	8	44	0	48	1.32
2490677--2490705	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2506692--2506753	20	3.0	20	77	11	56	27	30	16	25	1.96
2506792--2506846	22	2.6	22	82	8	69	29	12	20	38	1.89
2508072--2508837	55	13.9	55	93	0	1273	35	11	19	33	1.87
2508076--2508923	110	7.7	110	88	2	814	35	11	19	33	1.88
2523085--2523119	17	1.9	19	88	11	56	77	0	8	14	0.99
2523240--2523495	37	7.0	36	69	19	140	62	2	6	28	1.32
2523376--2523422	25	2.0	23	83	8	58	57	0	6	36	1.24
2523263--2523593	154	2.1	158	93	3	573	60	2	6	30	1.34
2523518--2523566	2	24.5	2	89	8	73	51	0	4	44	1.20
2523538--2523586	20	2.5	19	83	9	55	57	0	6	36	1.24
2523516--2523590	14	5.2	14	76	19	57	56	0	4	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2524911--2525175	110	2.4	110	83	8	323	23	18	23	35	1.96
2526023--2526211	36	5.4	36	79	11	178	38	11	20	29	1.88
2525960--2526298	101	3.3	101	82	2	369	38	11	20	30	1.88
2526227--2526298	37	1.9	37	88	0	108	38	13	20	26	1.90
2527764--2527901	69	2.0	69	95	0	249	25	15	21	38	1.92
2527984--2528028	13	3.4	13	85	14	65	4	15	2	77	1.02
2531109--2531183	26	2.9	26	74	7	73	77	6	5	10	1.12
2531144--2531168	11	2.3	11	100	0	50	92	0	0	8	0.40
2531232--2531273	17	2.5	17	78	17	52	73	0	9	16	1.08
2531301--2531393	36	2.6	36	78	17	104	69	4	4	21	1.23
2531375--2531429	8	6.6	8	83	8	56	78	0	1	20	0.85
2531301--2531437	45	3.0	46	72	24	114	70	3	3	21	1.18
2531417--2531488	37	2.1	35	82	12	87	66	4	5	23	1.30
2531519--2531551	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
2531555--2531614	21	2.8	20	69	20	50	68	0	5	26	1.10
2531526--2531626	18	5.4	18	71	19	64	61	0	3	34	1.15
2532460--2532573	20	5.7	20	82	6	104	31	24	18	25	1.97
2532457--2532573	61	1.9	61	84	3	155	33	23	17	24	1.97
2533119--2533160	19	2.2	19	86	0	57	54	23	16	4	1.61
2533086--2533160	38	2.0	38	81	5	89	50	21	18	9	1.74
2533156--2533222	19	3.5	19	87	4	98	11	20	20	46	1.82
2533156--2533335	20	10.1	19	72	17	102	13	22	21	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533161--2533237	39	2.0	39	82	5	93	11	19	23	45	1.83
2533250--2533286	14	2.6	14	95	0	65	10	24	24	40	1.87
2533199--2533272	33	2.2	33	80	0	85	13	21	24	40	1.89
2535429--2535495	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2535377--2535495	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
2536854--2536889	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2537044--2537088	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2538690--2538733	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
2538921--2538993	20	3.7	20	88	0	110	27	19	27	26	1.99
2538921--2539027	20	5.3	20	78	6	99	25	18	25	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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