genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  39  of  51  ( 6037 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8014753--8015064	82	3.8	81	78	5	304	33	17	18	29	1.95
8015269--8015302	16	2.2	15	89	5	50	35	5	0	58	1.22
8015319--8015380	23	2.6	23	78	16	65	75	0	20	3	0.94
8015325--8015386	32	2.0	30	84	6	79	72	0	20	6	1.06
8017966--8018643	200	3.4	200	81	4	728	34	11	19	34	1.88
8021880--8021934	17	3.3	17	78	9	60	16	14	7	61	1.54
8021880--8021928	18	2.8	17	81	9	55	18	16	8	57	1.63
8028372--8028435	30	2.1	30	97	0	119	29	15	7	46	1.74
8034536--8034586	26	2.0	26	100	0	102	35	7	3	52	1.49
8047045--8047088	17	2.6	17	79	13	54	20	18	38	22	1.93
8047677--8047734	27	2.2	25	84	12	71	13	13	3	68	1.33
8058599--8058635	18	2.1	18	89	0	56	27	18	0	54	1.44
8064733--8064866	28	4.8	28	84	1	171	44	18	20	17	1.88
8065476--8065521	17	2.7	17	79	0	56	21	19	34	23	1.96
8069643--8069766	39	3.1	39	83	8	151	20	18	20	40	1.92
8069629--8069766	39	3.5	38	81	8	125	21	19	20	39	1.93
8069701--8069795	39	2.4	39	84	8	122	18	16	23	41	1.90
8078461--8078512	24	2.3	23	83	9	63	15	23	3	57	1.54
8084683--8084764	41	1.9	41	85	7	110	46	0	0	53	1.00
8084807--8084891	42	2.0	42	86	0	116	18	40	8	32	1.81
8087680--8087718	20	1.9	21	94	5	71	46	23	15	15	1.83
8087342--8088225	180	4.9	180	82	7	1088	44	13	15	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8088501--8088653	19	7.7	19	70	8	65	41	24	15	18	1.90
8088662--8088806	78	1.9	78	89	2	229	32	25	20	21	1.98
8088620--8088845	20	11.5	20	83	5	210	37	24	19	19	1.94
8088620--8088845	78	2.9	78	78	10	228	37	24	19	19	1.94
8089994--8090033	21	2.0	21	95	5	73	67	0	15	17	1.23
8092763--8092799	3	12.7	3	83	16	51	70	0	0	29	0.88
8092764--8092795	16	2.1	15	94	5	55	68	0	0	31	0.90
8092763--8092816	28	2.0	27	82	13	67	64	0	1	33	1.04
8098046--8098101	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
8098053--8098122	24	2.9	24	87	4	97	12	10	18	58	1.62
8098850--8098924	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
8098856--8098920	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
8098990--8099022	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
8104364--8104637	54	5.0	54	75	7	171	32	18	22	26	1.97
8104502--8104681	56	3.2	56	70	6	159	30	18	24	26	1.98
8104403--8104689	54	5.2	56	72	7	162	31	18	22	27	1.97
8113924--8113964	20	2.0	20	86	13	57	46	0	0	53	1.00
8113925--8113994	23	3.0	23	81	12	72	42	0	0	57	0.99
8113925--8114025	46	2.2	46	79	8	109	40	0	1	57	1.10
8113924--8114003	19	3.8	20	73	22	56	42	0	0	57	0.98
8113945--8114021	23	3.2	23	85	9	93	37	0	2	59	1.11
8113978--8114034	19	2.9	19	67	12	53	40	0	3	56	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8114103--8114171	24	2.9	23	82	8	84	53	0	2	43	1.15
8114115--8114168	25	2.3	23	87	6	72	53	0	1	44	1.11
8114206--8114237	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
8121712--8121755	20	2.2	21	84	12	65	61	0	2	36	1.09
8121716--8121764	19	2.6	19	84	9	64	61	0	2	36	1.08
8121758--8121792	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
8124007--8124042	18	2.0	18	88	0	54	38	0	16	44	1.48
8124150--8124188	15	2.6	15	79	0	51	38	12	7	41	1.72
8124150--8124209	27	2.1	29	84	9	79	40	8	6	45	1.61
8124221--8124257	18	2.1	18	94	0	65	35	0	10	54	1.36
8125091--8125125	15	2.4	15	90	4	54	51	2	2	42	1.31
8125106--8125197	27	3.4	27	90	0	139	46	5	5	42	1.49
8125249--8125316	27	2.4	28	82	4	84	45	4	5	44	1.48
8125271--8125341	20	3.5	20	74	14	72	45	4	7	43	1.50
8125263--8125354	42	2.2	43	82	7	116	43	6	6	43	1.56
8125133--8125343	116	1.8	118	84	4	284	45	6	5	43	1.52
8125235--8125387	69	2.2	70	81	8	186	45	6	5	42	1.52
8125460--8125493	15	2.3	15	90	10	52	38	8	8	44	1.67
8125562--8125709	9	15.7	9	69	24	74	42	3	9	44	1.53
8125593--8125691	38	2.6	38	98	1	191	40	4	9	46	1.54
8125610--8125675	20	3.4	20	75	8	82	39	6	10	43	1.64
8125630--8125723	29	3.2	28	77	5	91	40	3	9	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8125718--8125798	29	2.7	30	79	5	76	45	7	3	43	1.49
8125731--8125816	37	2.3	37	82	4	111	45	6	3	44	1.47
8125785--8125813	15	1.9	15	100	0	58	55	6	0	37	1.27
8125380--8125883	268	1.9	268	80	12	590	43	6	6	43	1.56
8125869--8125924	26	2.2	25	93	3	94	42	1	1	53	1.21
8125878--8125928	15	3.5	15	78	21	56	45	1	0	52	1.12
8125878--8125926	17	2.9	18	74	20	52	44	2	0	53	1.12
8125881--8125928	13	3.8	13	75	25	57	45	2	0	52	1.12
8130259--8130324	22	3.0	22	81	0	87	42	10	19	27	1.84
8133085--8133114	15	2.0	15	93	0	51	23	13	0	63	1.29
8138663--8138733	7	10.1	7	100	0	142	28	0	0	71	0.86
8141750--8141817	33	2.1	33	88	0	100	44	14	20	20	1.87
8142868--8142908	15	2.7	15	96	0	73	12	14	4	68	1.36
8144943--8145010	34	2.0	34	100	0	136	23	20	17	38	1.93
8150712--8151233	55	9.7	55	85	6	662	28	19	20	30	1.97
8151087--8151169	27	3.0	27	62	20	64	30	19	19	31	1.96
8157913--8158440	55	9.7	55	84	3	638	28	18	20	31	1.97
8157912--8158453	109	5.0	109	87	2	662	28	18	20	31	1.97
8157959--8158453	164	3.0	163	85	3	663	28	18	20	31	1.97
8157959--8158453	219	2.3	219	85	3	667	28	18	20	31	1.97
8158980--8159033	21	2.6	21	100	0	108	24	25	16	33	1.96
8158847--8159026	94	1.9	94	82	4	229	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8167847--8167871	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8175057--8175099	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
8177523--8177569	18	2.6	18	96	0	85	12	36	14	36	1.85
8180936--8180978	20	2.2	20	95	0	77	37	18	11	32	1.87
8183683--8183725	22	2.0	22	95	0	77	30	27	18	23	1.98
8190021--8190089	34	2.0	34	85	0	93	44	10	20	24	1.82
8190162--8190191	9	3.4	9	90	9	53	83	0	10	6	0.81
8190156--8190191	17	2.1	17	94	0	63	83	0	8	8	0.82
8191749--8191812	23	2.8	23	80	0	92	34	26	21	17	1.95
8191821--8192045	103	2.2	103	95	0	405	37	24	12	25	1.90
8198711--8198774	23	2.8	23	78	0	74	34	26	23	15	1.95
8198791--8199006	102	2.1	102	98	0	414	38	25	12	24	1.90
8200883--8200927	15	2.8	16	86	6	56	24	13	0	62	1.31
8202674--8202713	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
8202739--8202777	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
8202674--8202838	64	2.5	65	82	8	176	33	26	15	25	1.95
8202861--8202903	19	2.4	19	84	7	54	23	30	18	27	1.98
8202674--8202883	64	3.2	62	77	11	165	32	26	14	26	1.95
8210021--8210060	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
8210086--8210124	19	2.1	19	90	0	60	20	35	15	28	1.93
8210021--8210250	64	3.5	64	79	10	204	30	26	16	26	1.96
8210202--8210250	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8214054--8214085	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
8215401--8215453	3	17.7	3	88	7	81	71	0	0	28	0.86
8215392--8215453	9	6.6	10	85	14	80	69	0	0	30	0.89
8215711--8216513	113	6.9	119	79	12	807	27	19	15	38	1.91
8215725--8216512	237	3.4	236	89	4	1117	27	19	14	38	1.91
8216930--8216984	22	2.5	23	82	8	69	40	14	12	32	1.84
8217387--8217466	40	2.0	40	97	0	151	30	21	16	32	1.95
8219159--8219499	115	3.0	115	92	0	551	31	20	14	33	1.93
8225026--8225079	14	3.8	14	80	2	54	50	9	14	25	1.73
8227258--8227312	27	2.0	27	82	6	67	49	1	1	47	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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