genome.fa.s9175.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10629029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   

This is table  37  of  51  ( 6037 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7537911--7537975	20	3.2	20	66	23	53	38	20	20	21	1.94
7539698--7539730	16	2.1	16	88	5	50	30	18	9	42	1.81
7541048--7541094	21	2.4	21	86	13	66	31	23	8	36	1.85
7543149--7543190	3	14.3	3	85	5	50	23	2	4	69	1.20
7543149--7543188	21	2.0	20	90	5	62	22	2	5	70	1.19
7543564--7543639	20	3.8	20	79	8	93	40	10	23	25	1.86
7543559--7543634	40	1.9	40	91	0	125	42	10	21	26	1.85
7543792--7543866	38	2.0	37	87	5	107	45	6	0	48	1.29
7550827--7550988	5	31.4	5	92	7	263	39	1	0	58	1.09
7552231--7552300	8	8.2	8	77	12	68	11	2	5	80	1.00
7552242--7552318	18	4.3	17	80	9	82	12	1	6	79	0.99
7552241--7552318	36	2.2	35	82	8	95	14	1	6	78	1.01
7557568--7557613	20	2.3	20	96	0	83	39	26	6	28	1.81
7560123--7560182	28	2.1	28	81	6	68	75	3	5	16	1.12
7560189--7560239	23	2.2	23	79	6	59	78	5	7	7	1.09
7560356--7560412	22	2.5	22	77	8	62	64	3	5	26	1.30
7560400--7560428	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
7560495--7560530	10	3.7	10	92	3	56	80	0	0	19	0.71
7561754--7561951	36	5.5	35	84	3	189	39	13	22	24	1.90
7561780--7561949	72	2.4	72	87	2	234	41	14	21	22	1.89
7561955--7562032	37	2.1	38	85	7	106	39	12	20	26	1.89
7563630--7563815	95	2.0	95	90	0	291	31	19	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7566973--7567000	11	2.5	11	100	0	56	75	7	0	17	1.03
7566998--7567061	24	2.6	24	77	18	69	76	6	9	7	1.15
7567048--7567105	28	2.1	28	81	12	66	74	5	13	6	1.20
7567204--7567260	22	2.5	22	77	8	62	64	3	5	26	1.30
7568465--7568510	2	24.5	2	80	12	53	56	2	0	41	1.11
7574137--7574178	22	1.9	22	100	0	84	47	9	0	42	1.36
7574669--7574736	34	2.0	35	82	8	86	36	1	4	57	1.28
7577013--7577069	24	2.4	24	96	0	105	17	29	7	45	1.75
7581199--7581356	85	1.9	85	86	2	228	56	12	2	28	1.49
7585045--7585111	20	3.3	20	87	4	91	34	23	25	16	1.95
7585146--7585189	22	2.0	23	86	4	63	22	18	31	27	1.97
7585135--7585230	21	4.6	21	77	11	81	23	19	33	22	1.97
7585310--7585367	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
7585310--7585369	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
7585675--7585863	65	3.0	63	79	12	190	31	22	17	28	1.97
7585841--7585883	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
7592931--7593090	65	2.5	63	84	6	205	29	23	20	27	1.98
7593062--7593110	19	2.7	17	79	14	53	24	26	20	28	1.99
7598537--7598720	85	2.2	82	89	4	271	55	11	1	30	1.45
7599264--7599397	51	2.6	51	83	2	171	29	0	35	34	1.63
7600912--7600959	17	2.9	17	96	3	89	66	12	4	16	1.39
7601271--7601299	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7606009--7606078	10	7.1	10	82	14	83	80	0	7	12	0.91
7606009--7606061	19	2.8	19	91	8	90	81	0	9	9	0.89
7606009--7606062	18	2.8	19	94	5	92	79	0	9	11	0.93
7606018--7606060	9	4.8	9	88	11	70	81	0	9	9	0.88
7606018--7606078	9	6.4	9	77	7	50	80	0	6	13	0.90
7606019--7606059	8	4.8	8	91	8	55	80	0	9	9	0.91
7606009--7606070	18	3.3	18	88	6	88	80	0	8	11	0.90
7606622--7606696	2	37.5	2	91	0	123	49	4	0	46	1.20
7607587--7607663	2	38.5	2	100	0	154	50	0	0	49	1.00
7628965--7629017	3	17.3	3	77	11	54	64	1	0	33	1.05
7629283--7630333	106	10.0	106	91	2	1559	22	18	25	33	1.97
7635445--7635497	3	17.3	3	77	11	54	64	1	0	33	1.05
7636684--7636727	21	2.1	21	87	4	63	36	0	2	61	1.09
7637134--7637250	3	38.0	3	72	14	87	39	0	1	58	1.14
7637143--7637253	12	8.8	12	79	14	107	41	0	0	56	1.11
7638685--7638769	30	2.8	31	82	8	104	21	9	8	61	1.53
7638701--7638843	30	4.8	30	74	16	93	16	11	9	61	1.56
7638735--7638845	29	3.7	29	74	13	100	17	11	9	61	1.56
7639119--7639204	26	3.4	23	71	23	59	18	6	4	69	1.29
7642141--7642200	20	3.0	20	74	13	61	53	1	0	45	1.10
7642140--7642198	23	2.8	21	80	10	66	54	1	0	44	1.10
7642289--7642405	57	2.1	57	81	3	137	47	1	4	46	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7647503--7647657	82	1.9	82	89	6	242	36	21	19	23	1.95
7647470--7647785	42	7.6	41	73	15	179	35	18	18	28	1.94
7647669--7647809	41	3.4	41	80	5	151	35	15	17	31	1.92
7648283--7648383	51	2.0	51	84	7	134	21	19	22	35	1.96
7648349--7648666	42	7.8	42	82	7	372	26	20	20	32	1.97
7648457--7648605	76	2.0	76	97	0	280	26	22	22	29	1.99
7648498--7648563	34	1.9	35	87	3	98	27	22	24	25	2.00
7651173--7651254	21	3.9	21	90	0	101	42	19	37	0	1.51
7651728--7652051	43	7.5	42	79	6	319	31	23	15	29	1.95
7651757--7652050	86	3.4	86	87	1	394	31	22	15	29	1.95
7651728--7652061	129	2.6	129	80	4	370	32	22	15	29	1.95
7653566--7653806	131	1.8	131	87	0	356	24	17	31	25	1.97
7653561--7653757	43	4.5	42	69	11	137	25	17	30	25	1.97
7654278--7654384	36	3.0	36	93	2	171	36	8	20	34	1.83
7654313--7654374	21	3.2	21	60	21	53	33	9	20	35	1.86
7654273--7654400	36	3.5	36	85	5	159	38	10	19	32	1.85
7655796--7655894	4	24.8	4	100	0	198	50	24	0	25	1.49
7655892--7655919	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7659948--7660001	22	2.6	20	75	11	54	25	9	5	59	1.50
7660079--7660176	30	3.3	30	78	5	108	15	12	13	59	1.62
7661172--7661211	21	2.0	20	85	5	53	7	12	2	77	1.07
7661170--7661207	16	2.3	16	83	16	51	7	13	2	76	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7662576--7662612	12	2.7	14	80	19	51	21	13	13	51	1.75
7664644--7665082	200	2.2	201	89	2	650	33	17	20	28	1.95
7665114--7665218	46	2.3	47	89	1	158	29	19	10	40	1.84
7665159--7665389	67	3.5	67	83	5	283	30	19	11	38	1.87
7665863--7666034	91	1.9	92	89	6	269	37	15	22	25	1.93
7666051--7666242	69	2.8	69	96	0	348	39	21	16	22	1.92
7667956--7668056	30	3.4	30	79	5	114	14	13	12	58	1.64
7668968--7669017	25	1.9	27	84	8	68	68	4	2	26	1.18
7675757--7675826	20	3.5	20	71	7	61	32	12	14	40	1.84
7681327--7681358	3	11.3	3	87	12	50	65	0	0	34	0.93
7689555--7689598	23	2.0	23	90	4	72	54	6	9	29	1.58
7702265--7702324	20	2.8	20	82	7	66	26	31	25	16	1.96
7705789--7705839	24	2.1	25	92	3	86	23	27	27	21	1.99
7706030--7706099	31	2.3	30	80	4	70	32	27	2	37	1.72
7712592--7712642	24	2.1	25	88	3	77	25	27	25	21	1.99
7712833--7712901	29	2.3	29	80	7	68	34	27	2	34	1.72
7714620--7714691	2	36.5	2	97	2	137	48	0	0	51	1.00
7717070--7717103	16	2.1	17	88	5	52	58	2	5	32	1.37
7717808--7717864	25	2.4	23	82	8	69	42	1	1	54	1.21
7718994--7719041	25	1.9	25	100	0	96	45	16	10	27	1.80
7720617--7720825	41	5.1	41	80	4	217	34	16	17	31	1.92
7720284--7720691	205	2.0	207	84	5	540	34	17	15	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7720617--7720825	81	2.6	82	85	2	278	34	16	17	31	1.92
7721015--7721042	13	2.2	13	100	0	56	35	14	7	42	1.73
7721013--7721044	13	2.6	12	90	9	55	40	15	6	37	1.73
7722270--7722409	71	2.0	71	88	0	208	33	17	25	23	1.96
7724788--7724929	71	2.0	71	86	2	196	35	18	22	23	1.96
7730402--7730447	21	2.2	20	85	11	58	43	6	19	30	1.76
7732313--7732352	17	2.4	17	86	0	53	52	20	0	27	1.46
7735181--7735215	17	2.1	17	100	0	70	20	17	11	51	1.75
7748076--7748117	22	2.0	22	90	9	70	71	4	2	21	1.16
7748075--7748104	16	1.9	16	93	6	53	73	3	0	23	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51