genome.fa.s9592.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7920512

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1813--1956	72	2.0	71	85	6	193	39	18	9	31	1.83
8031--8055	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
11767--12135	20	18.5	20	84	5	442	34	25	18	20	1.96
12810--12856	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
15330--15622	19	16.4	19	81	15	367	46	18	20	14	1.83
15330--15644	52	5.9	52	82	12	310	46	18	20	14	1.84
15651--15750	33	2.8	36	79	17	136	15	24	18	43	1.87
15651--15750	18	5.6	18	83	13	136	15	24	18	43	1.87
15857--15893	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
17788--17851	18	3.4	19	85	8	78	43	28	17	10	1.82
17842--17898	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
17805--17920	18	6.8	17	77	17	100	45	23	20	10	1.81
17788--17915	33	3.8	33	85	7	159	46	24	18	10	1.81
17916--17978	19	3.3	19	86	6	83	11	15	26	46	1.80
18022--18492	93	5.1	93	97	1	903	46	18	12	22	1.83
18022--18492	184	2.6	185	98	0	917	46	18	12	22	1.83
20186--20275	14	5.7	14	74	23	81	42	22	25	10	1.84
20178--20292	33	3.5	33	92	0	203	45	20	24	10	1.82
20185--20297	19	6.8	18	70	23	79	43	21	24	10	1.84
20309--20383	14	4.7	14	71	25	60	9	26	22	41	1.84
20293--20363	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
20482--20550	33	2.2	32	89	5	104	47	18	21	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20729--20783	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
20929--21102	20	8.6	20	83	5	217	19	19	26	34	1.96
20928--21121	20	9.6	20	81	2	66	19	19	25	35	1.95
20929--21102	60	2.9	60	85	0	249	19	19	26	34	1.96
21177--21228	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
21749--21864	52	2.2	51	83	4	151	48	9	7	34	1.65
22626--22707	24	3.4	24	83	8	103	20	0	29	50	1.49
22630--22709	26	3.2	26	87	3	110	20	0	26	53	1.45
22970--23083	53	2.2	51	87	7	158	55	9	7	27	1.60
22970--23086	26	4.4	28	77	17	126	55	9	7	27	1.59
25981--26116	67	2.0	67	98	0	263	38	7	5	47	1.56
26460--26514	21	2.6	21	100	0	110	38	27	16	18	1.92
32755--32788	13	2.6	13	90	9	52	47	11	2	38	1.55
34530--34563	12	2.7	13	86	9	52	44	5	5	44	1.52
35041--35080	21	1.9	21	100	0	80	32	25	22	20	1.98
41491--41524	7	5.0	7	89	7	52	17	0	0	82	0.67
41491--41523	13	2.5	13	95	5	57	18	0	0	81	0.68
45839--46450	170	3.6	169	80	5	659	28	18	18	33	1.95
46547--46644	31	3.1	32	81	8	119	17	20	13	48	1.80
47288--47352	6	10.8	6	77	12	71	33	0	16	49	1.47
48126--48197	36	1.9	36	86	5	99	61	12	1	25	1.39
50308--50405	17	5.6	17	72	23	71	61	1	0	37	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50292--50345	21	2.3	24	87	12	78	59	3	0	37	1.15
50340--50405	32	2.0	33	85	8	91	63	1	0	34	1.04
54499--54559	21	2.9	21	85	0	68	44	11	16	27	1.82
54550--54595	21	2.2	22	80	11	60	41	10	17	30	1.84
62835--63198	130	2.8	129	82	4	453	33	10	16	38	1.84
65321--65837	135	3.8	135	83	1	615	30	21	15	33	1.94
65321--65837	271	1.9	271	85	1	714	30	21	15	33	1.94
66137--66180	17	2.6	17	96	0	79	50	25	9	15	1.74
67050--67188	63	2.2	63	82	6	156	33	23	17	25	1.97
76146--76193	17	3.0	15	77	14	51	56	27	2	14	1.50
78157--78199	22	2.0	22	85	0	59	13	23	34	27	1.93
78205--78242	20	1.9	20	88	0	58	13	26	34	26	1.93
82037--82076	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
83846--83886	20	2.0	20	95	0	73	12	24	41	21	1.87
84344--84374	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
86568--86926	131	2.7	130	86	5	481	32	10	15	41	1.81
89149--89238	39	2.4	36	85	10	112	46	3	6	43	1.46
89209--89238	15	2.0	15	93	0	51	40	3	6	50	1.45
89898--89985	29	3.0	29	84	0	122	18	40	27	13	1.88
90190--90273	29	2.9	29	83	0	96	13	29	39	17	1.88
92243--92275	11	3.1	11	95	4	59	24	0	0	75	0.80
92246--92275	5	5.8	5	92	7	51	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94136--94163	14	2.0	14	100	0	56	21	21	7	50	1.72
95110--95219	19	6.1	19	71	23	69	76	0	18	4	1.01
95129--95215	27	3.1	28	82	15	92	78	1	18	2	0.93
95129--95207	9	8.4	9	74	13	70	78	1	17	2	0.93
95169--95196	11	2.5	11	100	0	56	75	0	17	7	1.03
95111--95215	9	11.8	8	75	19	68	77	0	18	3	0.98
96205--96263	20	3.2	20	64	35	51	15	33	30	20	1.93
96192--96263	35	2.0	37	94	5	130	18	31	30	19	1.95
96671--96821	46	3.3	46	94	0	259	43	7	17	31	1.77
96970--97067	38	2.5	39	81	1	126	25	20	26	27	1.99
98911--99002	2	46.5	2	97	2	177	51	0	0	48	1.00
99452--99487	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
102800--102950	46	3.3	46	95	0	268	43	6	17	32	1.75
102856--102929	24	3.2	24	67	27	68	43	8	16	32	1.77
103099--103194	38	2.5	38	87	0	147	28	22	26	22	1.99
105570--105844	53	5.1	54	80	8	265	30	11	17	40	1.85
105570--105844	108	2.5	105	81	7	284	30	11	17	40	1.85
106939--107448	139	3.7	138	91	2	781	35	18	20	24	1.95
110092--110143	4	12.2	4	89	6	68	25	1	0	73	0.94
110176--110218	4	10.0	4	85	9	50	25	0	0	74	0.82
110176--110218	13	3.3	13	90	6	61	25	0	0	74	0.82
110099--110256	81	2.0	78	96	3	289	27	8	11	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111786--111819	17	2.0	17	94	0	59	20	17	17	44	1.87
114849--114945	24	4.1	24	90	4	135	32	26	15	24	1.95
127822--127866	20	2.2	20	80	0	54	40	2	15	42	1.59
127847--128018	38	4.6	37	81	11	185	45	5	8	40	1.57
127847--128020	74	2.3	73	85	5	224	45	5	8	40	1.57
128031--128069	20	2.0	20	84	0	51	35	0	10	53	1.35
129747--129771	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
129734--129802	32	2.2	32	84	7	88	39	0	0	60	0.97
132713--132737	8	3.1	8	100	0	50	0	76	0	24	0.80
134226--134446	121	1.8	121	87	0	325	27	14	27	30	1.95
134323--134641	139	2.3	139	84	0	413	26	15	26	31	1.96
135613--135651	15	2.6	15	87	0	51	7	10	0	82	0.86
135613--135680	7	9.6	7	74	15	59	4	14	0	80	0.85
135627--135681	21	2.6	21	84	15	78	0	16	0	83	0.64
135636--135683	12	3.8	13	80	20	57	0	16	0	83	0.65
137908--137940	17	1.9	18	88	11	52	36	12	9	42	1.74
141353--141385	17	2.1	17	88	11	52	54	0	21	24	1.45
145022--145145	60	2.1	59	83	6	151	54	8	4	32	1.50
145976--146012	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
151116--151185	25	2.8	25	97	0	131	41	21	11	25	1.86
155795--155833	3	13.3	3	89	5	62	33	2	0	64	1.08
161782--161858	31	2.5	31	95	0	136	46	9	12	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164569--164618	3	17.7	3	78	12	52	58	0	6	36	1.23
164571--164618	14	3.7	13	78	16	55	58	0	6	35	1.23
164569--164620	17	3.1	17	89	8	72	57	0	5	36	1.23
164946--165027	42	2.0	42	82	0	101	39	19	15	25	1.91
174438--174476	21	1.9	21	89	5	62	25	15	23	35	1.94
178358--178391	17	2.0	17	94	0	59	23	23	2	50	1.63
183103--183147	24	2.0	22	82	8	54	46	20	15	17	1.84
184027--184091	31	2.1	31	85	0	85	36	21	16	24	1.94
188609--188661	3	18.7	3	81	11	67	60	0	3	35	1.15
188609--188661	14	3.8	14	87	9	81	60	0	3	35	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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