genome.fa.s9592.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7920512

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2752660--2752740	30	2.7	30	83	7	101	27	24	9	38	1.87
2757189--2757255	21	3.2	21	95	0	116	35	25	17	20	1.95
2771519--2771570	26	2.0	26	96	0	95	51	11	3	32	1.56
2772158--2772304	60	2.4	59	78	12	156	34	16	16	33	1.91
2778531--2778659	59	2.1	61	80	10	142	34	14	15	34	1.88
2780483--2780519	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2780680--2780749	12	5.8	12	80	6	79	51	18	15	14	1.77
2780680--2780749	24	2.9	24	86	0	104	51	18	15	14	1.77
2780678--2780770	24	4.0	24	81	2	100	48	18	13	19	1.81
2780678--2780783	48	2.3	45	82	8	115	48	17	15	18	1.82
2781911--2781946	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
2783245--2783278	15	2.3	15	100	0	68	23	26	35	14	1.94
2783244--2783275	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
2783266--2783334	18	4.2	17	74	20	74	14	21	46	17	1.84
2783278--2783313	13	2.8	13	91	0	54	13	19	47	19	1.83
2783271--2783331	31	2.0	31	93	0	104	16	19	45	18	1.85
2786648--2786728	3	28.3	3	90	9	134	64	0	0	35	0.94
2786648--2786726	17	4.6	17	93	6	142	64	0	0	35	0.94
2786883--2787651	134	5.7	134	84	4	980	27	16	24	30	1.97
2786883--2787651	268	2.9	268	87	2	1107	27	16	24	30	1.97
2796044--2796085	12	3.7	12	76	23	54	57	16	2	23	1.51
2796046--2796090	22	2.0	22	100	0	90	51	17	4	26	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798979--2799201	36	6.2	36	85	5	292	19	23	21	34	1.96
2802179--2802235	27	2.1	26	83	9	69	50	0	7	42	1.29
2804313--2804372	30	2.0	31	90	3	95	36	10	11	41	1.75
2806651--2806685	17	2.0	18	94	5	63	28	11	8	51	1.67
2807936--2808020	18	4.7	18	78	8	93	41	17	5	35	1.74
2808090--2808118	14	2.1	14	100	0	58	58	13	0	27	1.36
2808148--2808198	17	3.0	17	73	15	52	29	13	11	45	1.79
2810714--2810743	7	4.3	7	91	0	51	20	0	40	40	1.52
2811239--2811300	20	3.3	19	74	14	58	48	3	0	48	1.17
2811238--2811289	18	2.8	19	80	11	54	46	1	0	51	1.12
2811372--2811425	11	4.9	11	86	6	74	50	0	0	50	1.00
2811372--2811425	21	2.5	22	87	6	74	50	0	0	50	1.00
2811378--2811431	21	2.7	19	81	18	65	50	0	0	50	1.00
2818969--2819127	81	2.0	81	85	0	219	27	23	14	34	1.94
2820491--2820519	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
2820607--2820643	19	2.0	19	89	5	58	24	0	8	67	1.17
2821321--2821374	28	1.9	28	81	7	65	48	0	1	50	1.11
2826733--2826787	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2836364--2836496	20	6.6	20	76	8	117	38	19	19	22	1.94
2836364--2836478	41	2.8	41	88	5	171	40	18	19	22	1.92
2836364--2836496	41	3.3	41	77	15	134	38	19	19	22	1.94
2836364--2836496	61	2.2	61	81	5	153	38	19	19	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837019--2837103	19	4.7	19	73	15	72	45	23	20	10	1.81
2837121--2837176	14	3.6	14	74	21	58	8	25	25	41	1.84
2837104--2837197	33	2.8	33	95	1	161	10	23	23	42	1.85
2837099--2837225	20	7.1	19	70	20	103	11	24	20	44	1.84
2838912--2839287	94	4.1	93	95	2	625	21	12	18	47	1.82
2839378--2839487	19	6.3	19	72	21	87	49	23	19	8	1.75
2839384--2839481	33	2.9	33	83	1	133	48	24	18	8	1.75
2839450--2839487	20	1.9	20	100	0	76	50	28	15	5	1.66
2839493--2839556	33	1.9	33	87	0	92	10	21	20	46	1.81
2841447--2841484	14	2.8	13	84	7	58	36	0	18	44	1.50
2841683--2841737	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
2841671--2841755	33	2.6	33	100	0	170	12	23	17	45	1.83
2841671--2841775	19	6.0	19	71	20	86	13	22	19	44	1.85
2841742--2841782	20	2.0	20	90	0	64	19	19	21	39	1.93
2844213--2844266	24	2.2	24	90	0	81	42	20	16	20	1.89
2845132--2845291	20	7.9	20	85	5	157	32	19	20	27	1.97
2845132--2845237	41	2.6	40	86	4	133	36	18	21	22	1.95
2845131--2845318	61	3.1	61	81	8	197	30	19	20	30	1.97
2845159--2845338	41	4.4	41	82	8	206	28	19	19	32	1.96
2845159--2845338	20	8.9	20	83	8	195	28	19	19	32	1.96
2845166--2845381	81	2.7	80	77	9	238	30	18	19	31	1.96
2845205--2845338	61	2.2	60	89	4	198	23	20	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2846752--2848805	353	5.8	353	97	0	3856	28	18	22	30	1.97
2846752--2848805	704	2.9	705	97	1	3854	28	18	22	30	1.97
2848829--2848919	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
2848828--2848975	53	2.8	52	95	3	271	33	5	13	47	1.65
2848934--2848973	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
2853533--2853623	20	4.9	20	65	20	63	35	5	14	45	1.68
2853532--2853681	53	2.8	52	94	3	264	34	5	12	48	1.64
2853638--2853675	20	1.9	20	94	0	67	36	5	13	44	1.66
2853798--2854988	353	3.4	353	96	2	2229	28	17	22	31	1.97
2864414--2864455	16	2.6	16	100	0	84	57	4	7	30	1.47
2864925--2864969	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2865830--2865974	26	6.0	26	77	18	179	44	11	24	20	1.84
2865869--2865993	20	5.7	20	75	20	115	41	9	28	20	1.83
2865843--2866006	46	3.6	46	96	0	301	43	9	26	20	1.83
2866370--2866567	81	2.4	81	88	3	292	36	11	21	30	1.88
2870110--2870135	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
2870227--2870260	17	2.0	17	88	11	52	41	2	2	52	1.31
2872461--2872559	30	3.3	30	91	1	155	30	26	22	21	1.99
2872458--2872576	60	2.0	59	85	1	157	31	26	21	20	1.98
2873891--2873935	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2877078--2877121	20	2.2	20	100	0	88	34	25	9	31	1.87
2880930--2880963	12	2.7	13	86	9	52	41	5	8	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2883201--2883278	21	3.6	23	73	16	76	34	17	20	26	1.95
2883199--2883256	23	2.7	20	78	17	71	34	17	18	29	1.94
2906868--2907009	63	2.3	62	78	9	146	27	22	18	31	1.97
2909978--2910011	16	2.1	16	88	0	50	58	23	5	11	1.55
2910055--2910094	12	3.4	12	82	6	55	32	22	10	35	1.87
2910055--2910105	23	2.2	23	92	0	84	33	23	11	31	1.91
2912066--2912095	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
2914086--2914136	20	2.4	22	90	6	79	25	9	23	41	1.85
2914423--2914476	27	2.0	27	96	0	99	31	14	24	29	1.95
2914426--2914483	27	2.1	27	90	0	89	36	12	22	29	1.90
2916563--2916599	16	2.4	16	90	4	58	32	24	5	37	1.78
2917396--2917449	3	18.0	3	92	7	92	66	0	0	33	0.92
2923670--2923705	10	3.4	10	88	11	54	41	0	0	58	0.98
2924257--2924286	15	2.0	15	93	0	51	43	0	6	50	1.28
2925633--2925670	14	2.7	14	95	0	67	31	47	15	5	1.68
2927657--2927967	155	2.0	156	99	0	615	38	17	6	37	1.75
2936337--2936586	123	2.0	123	99	0	491	37	14	18	29	1.91
2938368--2938402	15	2.3	15	90	0	52	42	8	20	28	1.81
2938636--2938691	21	2.6	22	72	8	53	30	10	21	37	1.87
2938707--2938746	21	1.9	21	94	0	71	20	17	30	32	1.95
2939638--2939771	67	2.0	67	89	0	205	21	21	20	35	1.96
2967506--2967578	2	36.5	2	100	0	146	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2969999--2970059	27	2.3	27	79	0	68	32	11	24	31	1.91
2972393--2972433	21	1.9	21	90	5	64	12	17	2	68	1.31
2981531--2981698	41	4.2	40	80	5	160	30	17	14	37	1.90
2981528--2981698	80	2.1	80	81	4	200	30	17	14	38	1.89
2988430--2988552	40	3.1	40	100	0	246	23	17	26	32	1.96
2990941--2990986	24	1.9	24	82	8	58	6	13	0	80	0.89
2991132--2991173	18	2.1	21	83	12	54	42	9	11	35	1.74
2991614--2991649	18	2.0	18	94	0	63	27	33	19	19	1.96
2992029--2992061	17	1.9	17	93	0	57	45	15	6	33	1.70
2993620--2993664	2	22.5	2	90	0	72	51	4	0	44	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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