genome.fa.s9592.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7920512

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379523--2379634	21	5.3	21	85	8	156	19	34	25	20	1.96
2379529--2379634	42	2.5	42	93	0	176	19	33	24	21	1.97
2380156--2380262	34	3.1	34	87	0	151	57	4	1	36	1.31
2380658--2381386	128	5.7	128	92	0	1226	33	20	24	21	1.97
2380658--2381386	255	2.9	254	92	1	1208	33	20	24	21	1.97
2380658--2381382	383	1.9	384	93	0	1256	33	20	24	21	1.97
2381362--2381402	16	2.6	16	88	0	55	12	41	39	7	1.70
2381488--2381520	8	4.2	8	84	7	50	36	27	0	36	1.57
2386346--2386425	30	2.6	30	70	14	74	47	2	16	33	1.60
2387665--2387689	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2390153--2390178	13	2.0	13	100	0	52	46	0	30	23	1.53
2392309--2392347	18	2.2	17	90	4	60	28	0	12	58	1.34
2398809--2398849	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2399086--2399138	14	3.6	14	80	14	54	71	1	18	7	1.19
2401784--2401866	37	2.3	37	87	2	114	32	16	19	31	1.94
2401784--2401876	37	2.5	37	80	11	111	33	16	20	30	1.94
2402147--2402543	54	7.3	54	81	3	388	35	18	23	22	1.95
2402529--2403500	55	17.8	55	88	3	1293	32	14	23	28	1.94
2406714--2406804	33	2.8	33	91	0	146	30	21	16	30	1.96
2412542--2412618	40	1.9	40	89	0	118	45	15	27	11	1.81
2415713--2415746	12	2.8	12	90	0	50	17	26	20	35	1.95
2419290--2419380	22	4.1	22	94	0	155	36	15	14	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420781--2420834	24	2.3	23	79	17	65	9	37	9	44	1.69
2421017--2421088	3	23.7	3	88	2	108	61	2	0	36	1.11
2421559--2422079	36	14.6	36	76	17	302	36	14	19	29	1.92
2421866--2422079	77	2.8	77	87	4	306	34	15	18	31	1.92
2421828--2422087	39	6.8	39	86	4	316	35	15	19	30	1.92
2422158--2422319	75	2.1	75	82	5	184	40	13	15	30	1.86
2429859--2429888	3	9.7	3	92	7	51	63	0	0	36	0.95
2435830--2436705	441	2.0	441	92	1	1452	31	12	15	40	1.84
2436666--2436716	24	2.1	25	82	10	61	50	1	13	33	1.53
2438016--2438045	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2438466--2438521	2	28.5	2	96	3	105	48	0	0	51	1.00
2439598--2439636	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2439640--2439705	28	2.4	28	100	0	132	39	10	3	46	1.54
2444889--2444925	12	3.0	12	92	4	56	18	54	16	10	1.71
2444959--2445019	24	2.5	25	79	12	74	54	0	0	45	1.00
2444977--2445016	19	2.1	19	90	0	62	52	0	0	47	1.00
2445021--2445068	23	2.1	23	92	0	78	25	50	14	10	1.74
2445017--2445070	12	4.6	12	81	4	65	25	48	14	11	1.77
2454939--2454968	15	2.0	15	100	0	60	33	26	20	20	1.97
2462955--2463020	30	2.2	30	86	5	89	33	22	31	12	1.91
2469277--2469315	21	1.9	20	85	15	53	53	7	7	30	1.57
2469494--2469533	20	2.0	21	85	5	55	32	2	25	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469780--2469902	54	2.3	53	83	4	140	29	21	19	30	1.97
2469885--2469937	20	2.5	21	87	6	72	22	22	30	24	1.99
2469925--2469964	20	2.0	20	90	0	62	32	27	20	20	1.97
2470310--2470355	21	2.2	21	96	0	83	36	10	23	28	1.89
2471505--2471628	54	2.3	53	83	1	140	29	20	20	29	1.97
2471611--2471663	20	2.5	21	81	9	72	22	18	32	26	1.97
2477353--2477476	63	2.0	63	100	0	248	39	16	6	37	1.75
2478135--2478163	12	2.4	12	100	0	58	0	41	31	27	1.56
2479847--2479884	20	1.9	20	88	0	58	13	26	34	26	1.93
2483650--2483689	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2489666--2489690	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
2494052--2494267	101	2.1	102	97	1	407	36	23	14	25	1.93
2498776--2498836	23	2.7	23	86	0	86	27	27	24	19	1.99
2498851--2499058	98	2.1	97	90	8	325	37	22	13	26	1.91
2501876--2502032	70	2.2	70	82	4	192	21	21	19	38	1.94
2504174--2504479	151	2.0	153	96	3	573	49	5	12	33	1.63
2507612--2507647	17	2.1	17	89	0	54	22	13	33	30	1.93
2508115--2508160	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2509136--2509205	29	2.4	30	95	2	124	40	11	15	32	1.83
2509299--2509387	31	2.9	31	88	3	126	37	10	14	38	1.80
2509914--2509945	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2513647--2513682	18	1.9	19	88	5	56	66	0	2	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514045--2514079	17	2.1	17	94	0	61	31	0	0	68	0.90
2518496--2518542	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
2521039--2521077	17	2.3	17	81	0	51	61	2	0	35	1.10
2524475--2524519	24	1.9	23	86	4	63	66	2	0	31	1.04
2525203--2525341	21	6.8	20	73	4	89	37	25	16	20	1.93
2525308--2525597	20	14.5	20	82	7	275	37	25	17	20	1.94
2525328--2525597	40	6.8	40	91	3	339	36	25	17	20	1.94
2525328--2525597	60	4.5	60	86	1	319	36	25	17	20	1.94
2526276--2526322	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2528827--2528924	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
2528808--2528924	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
2529031--2529067	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2530986--2531050	18	3.4	19	83	10	80	44	27	16	10	1.81
2530986--2531119	19	7.6	19	75	18	119	45	23	19	11	1.82
2531041--2531097	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2530986--2531114	33	3.8	33	87	5	168	46	24	18	10	1.81
2531115--2531243	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2531115--2531206	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2531287--2531571	93	3.1	93	96	1	522	45	18	12	23	1.83
2533264--2533353	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2533256--2533370	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2533263--2533375	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533386--2533440	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
2533381--2533462	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
2533393--2533481	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
2533561--2533631	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
2533812--2533866	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2534012--2534185	20	8.6	20	83	5	217	19	19	26	34	1.96
2534014--2534185	60	2.8	60	84	0	245	19	19	26	34	1.96
2534172--2534295	21	6.0	21	72	5	108	25	16	23	34	1.95
2534171--2534269	41	2.4	43	90	8	152	23	17	22	37	1.94
2534153--2534227	20	3.7	19	73	7	60	17	17	25	40	1.91
2536773--2536860	7	12.3	7	68	13	54	44	29	0	26	1.55
2536771--2536827	21	2.7	22	84	7	66	42	31	0	26	1.56
2536771--2536848	29	2.7	29	92	2	131	42	30	0	26	1.56
2536797--2536862	21	3.1	22	79	16	68	42	28	0	28	1.56
2540398--2540452	28	2.0	28	85	7	76	47	3	14	34	1.62
2544438--2544550	35	3.3	34	86	2	145	41	22	0	35	1.60
2546305--2546412	35	3.2	34	84	6	139	35	0	24	39	1.62
2546971--2547000	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
2548105--2548174	37	1.9	36	88	2	104	47	4	0	48	1.21
2552119--2552204	42	2.0	42	93	0	145	45	6	5	41	1.55
2558824--2558947	35	3.5	35	76	15	105	45	4	2	47	1.34
2558885--2559085	36	5.6	34	77	11	163	45	6	2	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559018--2559042	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2558920--2559056	38	3.8	37	78	10	149	45	7	3	43	1.49
2559906--2561015	165	6.7	165	95	0	1777	24	21	25	29	1.99
2564454--2564498	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
2565113--2565145	17	1.9	17	93	0	57	72	9	12	6	1.26
2567798--2568008	38	5.6	38	78	9	186	47	6	2	43	1.43
2567941--2567965	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2567799--2568009	74	2.8	72	76	9	192	47	6	2	43	1.43
2570901--2571058	69	2.2	70	81	13	189	44	15	12	27	1.82
2570772--2571115	186	1.8	186	100	0	688	45	16	11	27	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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