genome.fa.s9592.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7920512

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

This is table  4  of  39  ( 4673 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664453--664785	55	6.1	55	88	1	445	35	18	16	28	1.93
664475--664782	165	1.9	164	90	0	490	36	18	17	27	1.93
664810--664853	20	2.1	21	83	4	54	45	29	2	22	1.65
665949--665991	21	2.0	21	82	8	52	34	4	16	44	1.68
673678--673791	47	2.4	47	86	0	165	28	22	22	26	1.99
673696--673770	24	3.2	24	66	11	64	26	17	28	28	1.98
673720--673818	23	4.3	23	75	2	90	30	23	24	22	1.99
673927--673961	15	2.3	15	90	0	52	28	20	14	37	1.91
675863--676043	13	12.9	14	73	19	101	54	3	1	40	1.24
675887--676135	2	132.5	2	70	24	143	53	5	0	40	1.29
675867--676152	53	5.4	50	73	17	192	53	5	1	40	1.31
678261--678291	16	1.9	16	93	0	53	6	12	19	61	1.53
678362--678402	16	2.7	16	85	7	50	14	9	17	58	1.62
678638--678673	18	2.0	18	100	0	72	50	5	11	33	1.61
679089--679141	25	2.1	25	83	13	65	52	18	3	24	1.62
681368--681401	15	2.3	15	89	0	50	38	11	14	35	1.83
683424--683473	18	2.7	18	87	3	64	34	34	14	18	1.90
684257--684314	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
684302--684444	65	2.2	63	80	8	155	26	23	17	32	1.96
685943--686099	65	2.4	64	83	5	174	31	22	17	28	1.97
691872--692012	23	6.4	21	72	11	79	28	26	21	24	1.99
691934--692016	23	3.6	23	90	0	112	25	26	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691890--692038	46	3.4	43	73	11	140	27	26	22	23	2.00
694287--694372	34	2.6	34	96	1	156	38	0	31	30	1.58
694801--694904	45	2.3	45	88	5	147	28	21	20	29	1.98
697186--697253	33	2.1	33	100	0	136	29	14	8	47	1.75
699677--699718	20	2.1	20	82	8	50	42	2	9	45	1.49
701552--702119	30	19.0	30	78	5	326	27	14	27	29	1.95
701559--702119	90	6.2	90	77	4	402	27	14	28	29	1.95
701552--702118	60	9.5	60	75	7	393	27	14	28	29	1.95
703644--703674	9	3.4	9	90	0	53	19	25	35	19	1.95
707133--707236	46	2.3	45	80	12	131	41	16	10	31	1.82
710215--710299	31	2.7	31	79	1	89	27	31	28	12	1.93
722556--722598	17	2.5	18	81	11	54	32	25	27	13	1.94
732635--732697	22	2.9	22	87	0	90	36	28	11	23	1.89
736323--736689	132	2.8	131	85	3	488	40	16	10	33	1.81
737315--737365	2	26.5	2	88	7	79	52	0	1	45	1.12
739199--740010	244	3.3	243	86	1	1083	33	16	17	33	1.92
744640--744697	8	7.5	8	75	13	59	70	0	0	29	0.87
744640--744718	16	5.2	16	75	14	69	68	0	1	30	0.98
744631--744718	31	2.9	29	80	10	77	67	0	2	30	1.03
749108--749208	5	19.8	5	75	8	78	71	3	2	21	1.16
754673--754704	12	2.7	12	100	0	64	9	34	18	37	1.83
758234--758490	131	2.0	131	89	0	397	39	16	11	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758774--758815	16	2.6	17	77	11	52	0	7	14	78	0.95
760889--761016	58	2.2	59	84	1	159	28	25	17	28	1.97
773041--773279	126	1.9	127	90	2	383	37	17	11	33	1.85
778750--778789	16	2.4	17	83	4	55	22	2	25	50	1.62
780154--780182	13	2.1	14	93	6	51	51	0	13	34	1.42
783945--783973	13	2.1	14	93	6	51	51	0	13	34	1.42
788412--788452	21	2.0	21	85	9	57	17	26	31	24	1.97
788875--788914	16	2.4	17	83	4	55	22	2	25	50	1.62
790376--790417	22	2.0	21	85	4	57	21	19	33	26	1.97
791273--791336	29	2.2	29	97	2	121	46	9	12	31	1.73
792783--792816	15	2.3	15	89	0	50	64	2	17	14	1.40
795456--795484	13	2.1	14	93	6	51	51	0	13	34	1.42
795530--795571	22	2.0	21	85	4	57	21	19	33	26	1.97
797360--797419	30	2.0	30	100	0	120	33	20	16	30	1.94
797374--797475	30	3.4	30	83	2	107	26	18	20	34	1.96
797433--797518	30	2.9	30	77	3	84	25	24	20	29	1.99
800535--800570	16	2.2	16	95	0	63	58	0	0	41	0.98
800944--801054	30	3.7	30	84	6	116	18	28	12	39	1.88
803068--803142	30	2.5	30	89	2	116	29	21	25	24	1.99
804658--804690	16	2.1	16	94	0	57	54	24	9	12	1.66
804710--804787	35	2.2	36	82	11	99	26	21	20	30	1.98
804745--804820	23	3.3	23	81	0	98	26	25	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806535--806564	7	4.3	7	91	0	51	16	0	36	46	1.47
806611--806673	11	5.9	11	75	20	55	34	1	3	60	1.22
806628--806685	25	2.4	24	76	2	62	39	1	5	53	1.33
807127--807159	16	2.1	16	94	0	57	51	6	15	27	1.66
810782--810831	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
812829--812898	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
813408--813467	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
815609--815678	34	2.1	32	86	5	95	22	28	15	32	1.95
815961--816002	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
816221--816280	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
817765--818604	199	4.2	198	86	3	1078	28	13	15	42	1.85
817765--818607	398	2.1	400	89	1	1271	28	13	15	42	1.85
821608--822309	199	3.5	199	94	0	1217	27	14	15	42	1.86
822626--822674	19	2.6	19	87	9	66	55	12	2	30	1.48
824835--824890	24	2.5	21	76	20	60	48	8	1	41	1.45
825855--825893	18	2.2	18	86	9	53	41	5	7	46	1.55
826006--826030	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
826145--826193	19	2.6	20	87	12	77	38	18	0	42	1.50
826584--827795	164	7.0	165	71	16	687	27	15	12	44	1.82
826576--827923	346	3.8	348	79	9	1365	27	15	12	44	1.82
827059--827923	182	4.8	183	85	4	1069	27	15	12	44	1.83
827852--827891	20	2.0	21	90	5	64	15	15	20	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831183--831256	37	2.0	37	97	0	139	31	6	21	40	1.79
832697--832740	20	2.3	19	85	11	63	20	25	9	45	1.80
832703--832740	20	1.9	20	94	0	67	21	23	10	44	1.83
834183--834343	30	5.4	30	91	0	259	30	19	22	27	1.98
834328--834435	27	3.9	27	80	7	126	32	13	28	25	1.94
834353--834466	30	3.9	30	78	6	126	34	10	26	28	1.90
834335--834465	57	2.3	57	91	0	208	33	12	25	27	1.93
834689--835294	324	1.9	325	95	0	1106	23	17	24	34	1.95
839052--839112	23	2.6	24	79	10	72	57	0	4	37	1.20
840146--840178	14	2.4	14	90	10	50	51	0	0	48	1.00
840087--840202	59	1.9	61	84	3	155	55	1	0	43	1.10
841171--841220	21	2.3	23	86	6	68	40	0	2	58	1.10
843246--843287	15	2.8	15	92	0	66	26	9	21	42	1.83
850704--850754	6	8.5	6	100	0	102	33	50	15	0	1.44
850754--850798	5	9.0	5	92	0	72	20	37	40	2	1.65
855143--855171	12	2.4	12	100	0	58	44	13	6	34	1.71
859067--859154	44	2.0	44	100	0	176	45	13	6	34	1.70
863705--864379	72	9.5	71	82	3	662	28	15	17	38	1.90
863705--864379	213	3.2	211	81	6	704	28	15	17	38	1.90
863792--864379	142	4.1	142	79	7	541	28	15	17	38	1.90
865329--865718	185	2.1	184	89	4	597	41	3	9	45	1.53
867184--867555	41	9.2	41	71	8	181	32	17	15	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867196--867555	120	3.0	122	74	10	297	33	17	14	34	1.90
867219--867555	82	4.2	81	74	7	267	32	17	14	35	1.91
870363--870405	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
872745--872802	31	1.9	31	85	3	82	37	10	17	34	1.84
874604--874671	23	3.0	23	80	0	82	20	26	23	29	1.99
875508--875548	22	2.0	22	85	9	59	29	34	2	34	1.71
876457--876570	43	2.6	43	88	1	165	24	24	17	33	1.96
877716--877910	48	4.1	48	80	6	225	26	23	14	36	1.93
877728--877910	96	1.9	96	87	2	269	24	21	14	38	1.91
879532--879568	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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