genome.fa.s9592.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7920512

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2183958--2184012	21	2.7	21	97	2	103	50	0	0	49	1.00
2185945--2186001	29	1.9	30	85	3	80	33	10	17	38	1.84
2187149--2187225	3	25.7	3	94	0	82	55	0	0	44	0.99
2187349--2187674	159	2.0	165	95	4	592	49	3	7	39	1.48
2187642--2187726	31	2.7	31	85	5	109	48	8	1	42	1.40
2190116--2190156	21	2.0	21	95	0	73	26	24	19	29	1.98
2190082--2190228	73	2.0	74	89	4	226	29	26	15	28	1.96
2190506--2190756	40	6.5	40	88	6	353	36	20	23	19	1.95
2190575--2190636	16	3.8	16	71	21	56	33	24	24	17	1.96
2190506--2190774	20	13.9	20	67	9	146	36	20	23	19	1.95
2196843--2196953	30	3.7	30	78	2	116	32	7	23	36	1.82
2200304--2200331	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2200817--2200863	11	4.3	11	94	0	76	31	6	10	51	1.62
2202777--2202814	18	2.2	18	85	4	51	13	18	21	47	1.82
2202707--2202896	106	1.8	105	89	3	301	26	14	18	40	1.90
2211449--2211508	16	3.6	16	78	12	75	25	11	3	60	1.47
2211436--2211516	35	2.3	35	93	0	144	25	13	3	56	1.54
2211436--2211494	19	3.2	19	72	16	61	25	11	3	59	1.48
2220868--2220918	19	2.7	18	90	6	75	74	7	3	13	1.18
2226418--2226501	30	2.8	29	74	15	73	64	7	9	19	1.46
2226440--2226505	30	2.2	30	83	5	80	65	6	10	18	1.44
2238906--2238959	22	2.5	22	82	14	67	22	1	7	68	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243051--2243126	23	3.2	24	90	3	84	31	23	19	25	1.98
2243063--2243126	23	2.8	23	95	0	110	29	26	21	21	1.99
2243389--2243419	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2243848--2243879	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2247878--2247917	5	7.8	5	84	15	55	42	0	20	37	1.52
2247885--2247921	12	3.2	12	85	14	60	40	0	24	35	1.55
2247878--2247921	22	2.0	21	95	4	79	40	0	22	36	1.54
2247883--2247931	22	2.2	22	85	7	64	40	2	22	34	1.66
2254410--2254506	19	4.7	19	75	16	95	23	18	27	29	1.98
2254373--2254523	64	2.3	66	76	14	163	29	16	23	30	1.96
2256779--2256873	44	2.2	42	83	10	113	26	21	25	27	1.99
2256779--2256873	21	4.4	21	74	13	70	26	21	25	27	1.99
2256779--2256873	42	2.2	44	83	10	117	26	21	25	27	1.99
2262679--2262853	45	3.9	45	96	0	314	26	18	26	29	1.98
2262700--2262829	26	5.5	26	66	23	108	25	20	26	27	1.99
2262634--2262830	90	2.2	89	87	6	281	26	19	25	27	1.99
2265351--2265400	2	25.0	2	95	0	91	48	0	2	50	1.12
2267016--2267061	18	2.7	17	81	15	51	34	15	2	47	1.57
2267303--2267388	23	3.7	23	76	13	86	29	25	25	19	1.99
2270899--2270927	15	2.0	15	93	6	51	34	27	0	37	1.57
2272879--2272910	14	2.3	14	94	0	55	46	15	15	21	1.83
2273640--2273725	23	3.7	23	80	13	104	27	26	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275220--2275395	54	3.3	54	86	0	244	30	27	17	25	1.97
2275833--2275907	24	3.2	24	72	22	77	20	24	24	32	1.98
2282649--2282824	54	3.3	54	92	0	280	29	30	17	22	1.97
2283272--2283360	23	3.8	24	77	18	98	19	26	24	29	1.98
2284880--2284920	21	2.0	21	90	9	66	21	31	34	12	1.91
2286975--2287148	21	8.4	21	72	11	63	27	20	18	33	1.96
2287093--2287148	20	2.7	21	83	5	78	25	19	17	37	1.94
2287138--2287249	20	5.6	20	81	4	127	37	21	20	20	1.94
2287132--2287257	41	3.1	40	76	10	130	38	20	18	23	1.94
2287773--2287863	33	2.7	33	82	1	101	43	24	19	12	1.85
2287883--2287938	14	3.6	14	74	21	58	10	25	25	39	1.87
2287866--2287959	33	2.8	33	95	1	161	11	23	23	41	1.87
2287930--2287987	20	2.9	20	82	10	73	13	22	18	44	1.85
2290132--2290198	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2290080--2290198	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
2291555--2291604	14	3.6	14	94	5	84	32	0	22	46	1.52
2291711--2291802	19	5.4	19	68	24	87	46	18	20	14	1.83
2291711--2291837	33	3.8	33	93	0	209	44	18	23	12	1.84
2291842--2291882	19	2.2	19	95	0	73	9	12	24	53	1.68
2291854--2291978	33	3.8	32	85	8	144	14	17	20	48	1.82
2291885--2291978	19	5.5	19	64	27	66	15	20	18	45	1.85
2291853--2291978	66	1.9	66	86	3	182	14	17	20	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2291972--2292044	20	3.6	20	69	10	58	26	17	23	32	1.97
2292749--2292880	33	4.0	33	86	2	149	48	19	17	14	1.81
2292814--2292919	19	5.8	19	79	12	107	50	21	15	13	1.78
2294496--2294520	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2295544--2295693	20	7.4	20	83	4	131	29	26	18	26	1.98
2295590--2295702	20	5.7	20	93	0	172	25	26	19	28	1.99
2295554--2295711	60	2.6	60	80	1	181	31	24	18	25	1.98
2295925--2295972	20	2.4	20	96	0	87	33	27	25	14	1.94
2297618--2297709	42	2.2	42	84	1	123	22	15	40	21	1.91
2297645--2297705	21	2.9	21	72	0	68	24	13	39	22	1.90
2298043--2298135	20	4.7	20	93	0	78	34	26	18	20	1.96
2298049--2298174	40	3.2	40	87	3	148	36	25	21	16	1.94
2298069--2298175	20	5.4	20	90	1	162	36	24	24	14	1.93
2298222--2298280	14	3.9	14	74	20	55	11	16	22	49	1.78
2298206--2298296	33	2.8	33	93	1	148	13	17	20	48	1.81
2298282--2298324	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
2298290--2298335	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
2298870--2298917	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
2300236--2300294	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
2300557--2300600	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2300767--2300904	41	3.4	41	80	2	170	22	15	25	36	1.93
2300787--2300900	20	5.7	20	79	6	113	22	15	27	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300890--2300962	21	3.5	21	88	1	103	21	20	17	39	1.92
2300834--2300962	41	3.2	40	83	4	132	21	18	21	37	1.94
2300890--2300973	42	2.0	42	81	4	98	26	17	17	38	1.92
2300952--2301004	21	2.5	22	75	6	65	35	16	24	22	1.95
2311612--2311647	16	2.2	16	90	9	56	55	5	0	38	1.23
2311656--2311698	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
2313573--2313752	59	3.1	57	76	13	177	31	22	5	40	1.76
2317343--2317396	19	2.8	19	85	2	63	48	7	14	29	1.71
2317552--2317626	38	2.0	37	84	5	98	48	2	1	48	1.24
2318112--2318149	10	3.9	10	80	19	53	18	2	7	71	1.23
2318107--2318147	19	2.2	19	100	0	82	14	4	9	70	1.30
2318561--2318662	43	2.4	42	86	4	152	34	40	12	12	1.82
2318564--2319142	262	2.2	257	86	10	795	36	29	12	22	1.91
2319502--2319555	28	1.9	29	92	7	94	31	3	3	61	1.31
2325086--2325131	19	2.5	19	80	16	60	63	0	0	36	0.95
2342760--2342798	14	2.8	14	96	0	69	2	35	0	61	1.10
2342766--2342798	11	2.9	12	91	8	52	3	36	0	60	1.12
2344630--2344668	21	1.9	20	85	15	53	46	0	35	17	1.49
2345029--2345089	22	2.8	22	84	0	77	31	16	26	26	1.96
2350555--2350607	22	2.4	23	84	9	74	26	22	28	22	1.99
2351027--2351056	14	2.1	14	100	0	60	40	20	6	33	1.78
2354122--2354162	16	2.6	16	88	3	57	39	4	19	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354215--2354278	23	2.8	23	97	0	119	23	23	18	34	1.96
2362115--2362328	71	3.0	71	97	0	392	28	17	17	36	1.93
2369476--2369555	38	2.1	38	97	2	153	31	15	27	26	1.95
2373353--2373417	28	2.4	28	82	7	71	38	7	0	53	1.30
2374412--2374436	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2375235--2375263	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2377322--2377469	60	2.5	60	86	3	190	14	31	34	19	1.92
2377677--2377714	14	2.5	15	83	12	51	39	0	0	60	0.97
2377666--2377752	35	2.5	35	83	14	108	40	0	1	58	1.05
2377896--2377949	17	3.2	16	78	2	54	37	0	3	59	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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