genome.fa.s9592.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7920512

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1290447--1290541	6	15.3	6	76	6	64	21	34	7	36	1.81
1291998--1293421	199	7.1	199	97	0	2645	32	15	14	37	1.88
1293501--1293545	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
1295333--1295398	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
1297501--1297553	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
1297698--1297744	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
1297866--1297911	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
1300929--1300962	16	2.1	16	100	0	68	47	11	11	29	1.76
1306172--1306210	21	1.9	21	94	5	71	43	5	0	51	1.24
1306876--1306916	7	6.0	7	94	5	75	29	0	70	0	0.87
1312033--1312152	23	5.2	23	69	8	66	21	18	25	35	1.96
1313961--1314021	24	2.5	26	77	17	69	55	0	0	44	0.99
1313979--1314018	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
1314019--1314082	12	5.4	12	80	10	69	29	46	10	12	1.76
1329938--1330369	106	4.0	106	89	3	636	34	23	18	23	1.96
1331703--1331736	12	2.8	12	95	0	59	20	0	0	79	0.73
1331911--1331958	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
1335068--1335148	23	3.5	23	74	0	63	23	20	20	34	1.97
1335088--1335161	23	3.2	23	68	0	67	21	22	20	35	1.96
1335165--1335210	24	1.9	24	81	0	56	21	19	23	34	1.96
1336392--1337294	38	24.6	37	67	12	228	38	12	16	32	1.86
1336374--1336509	37	3.7	36	74	3	110	36	9	19	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1336527--1336916	73	5.3	73	77	7	326	38	12	17	31	1.87
1336732--1337294	38	15.2	37	70	8	288	38	13	16	31	1.87
1336784--1337257	111	4.2	112	84	3	605	38	13	16	31	1.87
1336901--1337294	74	5.3	73	72	9	296	39	13	15	31	1.86
1337156--1337324	74	2.3	74	86	4	216	39	11	18	30	1.86
1337682--1338020	169	2.0	170	99	0	671	36	11	20	31	1.89
1338544--1338704	64	2.5	63	83	5	198	36	17	19	26	1.94
1339168--1339385	103	2.1	103	93	0	364	27	12	22	37	1.91
1339402--1339464	23	2.7	23	85	9	83	19	25	26	28	1.98
1346115--1346340	103	2.2	103	91	3	366	27	13	21	37	1.91
1346325--1346373	23	2.1	23	100	0	98	24	12	20	42	1.86
1348055--1348095	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
1352190--1352224	15	2.3	15	100	0	70	51	5	28	14	1.65
1353157--1353210	13	4.2	13	97	0	99	55	0	37	7	1.28
1353146--1353210	19	3.4	18	78	16	60	53	0	38	7	1.30
1356168--1356290	46	2.8	44	89	7	185	39	8	21	30	1.83
1357312--1357406	47	2.0	48	97	2	183	33	8	13	44	1.74
1357785--1357823	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
1361851--1361932	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
1362009--1362090	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
1366642--1366723	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
1370217--1370290	31	2.4	31	75	11	78	37	13	6	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1370911--1370939	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1372172--1372204	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1372322--1372393	17	4.4	17	71	13	53	70	0	5	23	1.08
1375548--1375616	34	2.0	34	97	0	129	37	10	5	46	1.62
1376749--1376822	30	2.4	30	82	10	80	36	12	5	45	1.64
1378496--1378547	13	3.6	14	76	19	54	75	0	3	21	0.97
1378508--1378559	15	3.5	14	76	10	50	76	0	5	17	0.97
1378496--1378559	30	2.2	30	88	2	94	75	0	6	18	1.01
1378500--1378565	26	2.5	25	75	18	62	75	0	6	18	1.00
1378667--1378702	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1380024--1380092	34	2.0	34	97	0	129	37	10	5	46	1.62
1389093--1389139	23	2.0	23	100	0	94	44	4	12	38	1.62
1389157--1389182	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
1389371--1389420	23	2.2	23	96	0	91	46	0	2	52	1.12
1393338--1393381	15	2.9	15	81	15	54	29	4	18	47	1.68
1393465--1393546	24	3.5	24	74	3	85	18	21	25	34	1.96
1395499--1395531	14	2.4	14	90	10	50	3	24	3	69	1.16
1404833--1404874	19	2.2	19	95	0	75	52	7	21	19	1.69
1404833--1404895	19	3.3	18	80	10	54	49	6	22	22	1.72
1410056--1410126	34	2.1	34	84	10	92	12	16	1	69	1.27
1410502--1410539	18	2.2	16	90	9	58	65	0	7	26	1.19
1410517--1410575	8	8.3	7	77	19	52	67	1	3	27	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1410518--1410574	22	2.5	22	91	2	96	66	1	3	28	1.18
1410518--1410575	3	18.7	3	77	19	57	67	1	3	27	1.17
1414991--1415271	148	1.9	147	90	2	447	29	18	23	28	1.98
1418622--1418672	25	2.0	26	85	11	70	41	3	7	47	1.51
1419712--1419803	37	2.5	37	89	6	136	6	46	16	30	1.72
1422264--1422364	34	3.0	34	100	0	202	38	8	14	37	1.78
1426892--1426948	21	2.6	22	86	2	71	26	26	19	28	1.99
1427018--1427422	200	2.0	200	98	0	783	29	21	9	39	1.85
1429658--1429729	27	2.7	27	91	0	117	31	31	0	36	1.58
1438466--1438637	43	4.0	43	91	0	263	23	21	23	31	1.98
1438466--1438686	43	5.2	43	86	1	257	25	21	23	29	1.99
1438489--1438727	43	5.6	42	82	7	101	27	22	22	28	1.99
1438839--1438897	21	2.8	21	84	0	73	55	20	5	18	1.61
1439690--1439738	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
1446026--1446074	19	2.5	19	83	6	53	24	18	12	44	1.84
1455283--1455339	21	2.7	21	94	0	96	24	21	29	24	1.99
1456150--1456197	21	2.4	19	80	16	53	20	16	12	50	1.78
1459455--1459505	22	2.3	22	100	0	102	27	25	17	29	1.98
1466136--1466164	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
1468179--1468231	2	26.5	2	96	0	97	49	0	0	50	1.00
1471735--1471934	107	1.9	107	90	2	276	23	14	15	47	1.82
1472808--1473177	131	2.8	130	79	4	361	33	11	14	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1474044--1474145	51	2.0	51	96	3	188	29	30	19	20	1.97
1475162--1476208	94	11.1	94	92	1	1614	22	18	24	34	1.96
1476005--1476160	51	3.2	51	67	14	157	24	17	25	32	1.97
1481515--1481561	3	15.0	3	82	8	58	63	2	0	34	1.06
1481659--1481697	16	2.4	16	100	0	78	33	7	30	28	1.85
1483734--1483800	30	2.2	31	83	5	82	65	1	7	25	1.27
1484827--1484864	19	2.0	20	85	15	53	5	34	0	60	1.19
1485827--1485890	21	3.0	21	88	4	101	23	26	23	26	2.00
1486393--1486418	11	2.4	11	100	0	52	26	19	30	23	1.98
1486813--1486861	25	2.0	23	81	14	55	32	2	18	46	1.60
1492498--1492561	21	3.0	21	81	4	74	26	23	21	28	1.99
1493050--1493092	11	3.9	11	87	0	68	25	13	30	30	1.94
1493087--1493131	21	2.1	22	87	4	65	20	22	31	26	1.98
1497768--1497958	96	2.0	95	93	5	332	28	12	25	34	1.91
1498154--1498208	19	2.9	19	76	20	53	34	1	1	61	1.17
1498164--1498281	60	2.0	60	86	3	166	35	14	1	48	1.54
1498479--1498596	60	2.0	60	81	8	141	50	4	13	32	1.61
1500438--1500476	20	2.0	20	85	10	53	41	7	17	33	1.79
1505706--1505749	21	2.0	23	82	8	56	45	2	0	52	1.13
1505723--1505756	17	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
1505844--1505929	27	3.1	27	71	18	70	47	1	2	48	1.22
1505944--1505987	22	2.0	22	81	4	52	52	0	4	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1506050--1506156	25	4.2	26	75	14	100	50	0	0	48	1.07
1507822--1507861	17	2.4	17	91	4	64	42	2	0	55	1.13
1510927--1510957	16	1.9	16	100	0	62	45	25	16	12	1.83
1512378--1512467	14	6.4	14	85	0	108	25	7	31	35	1.84
1512447--1512471	7	3.6	7	100	0	50	16	16	36	32	1.90
1512591--1512672	14	5.9	14	72	5	69	25	1	28	45	1.61
1512588--1512650	28	2.2	28	88	0	90	25	1	30	42	1.64
1512576--1512674	28	3.6	27	77	10	76	23	2	29	45	1.64
1512570--1512674	7	15.0	7	71	12	56	23	1	29	44	1.64
1524739--1524781	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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